# 32th Workflow Meetup (9月18日)
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[20200918 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20200918)

2020-09-18(Fri)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 石井

- １０月の日程を決める
- いくつか、事務的な作業
- 議事録の内容を確認しつつ、hackmdから、githubへデータをうつす
- Sapporo関連、Sapporoから、toilでジョブを投げる
- Slackのonline-meetupチャンネルを、meetupチャンネルに統合してもらえるかを、西田さんにおねがい
- メッセージがなかったので、アーカイブ化していただいた。西田さん++

## 西田

- GitHub Container Registry を試す

## 末竹

## 丹生

## 大田

# 次回

# こうなりました

## 全体

### 石井

- TogoTVにあるCWL関連コンテンツ
- [Introduction to Common Workflow Language @ CWL Workshop Tokyo 2018 \- YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=4J6kiYFrqdA)
- [CWL\-metrics: CWL workflow runtime metrics analysis @ CWL Workshop Tokyo 2018 \- YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=xOiZSENnLiE)
- [How to develop a workflow engine to run CWL workflows @ CWL Workshop Tokyo 2018 \- YouTube](https://www.youtube.com/watch?v=lWVF3FBRAdU)
- １０月の日程を決める
- １０月１２日月曜日予定
- いくつか、事務的な作業
- 議事録の内容を確認しつつ、hackmdから、githubへデータをうつす
- 目で確認してからあげることにした
- Sapporo関連、Sapporoから、toilでジョブを投げる
- まずは、 run.sh にエントリーを足す。
- 環境変数で値を足せるようになった
- すくなくとも、service-info.jsonは、自分で設定したものがつかえるようになった
- Slackのonline-meetupチャンネルを、meetupチャンネルに統合してもらえるかを、西田さんにおねがい
- メッセージがなかったので、アーカイブ化していただいた。西田さん++

### 西田
GitHub Container Registryの使い方がわかった。それは下記

1. 下記を有効にする


2. PATをつくる https://docs.github.com/en/github/authenticating-to-github/creating-a-personal-access-token

3. 下記のようにPATを設定する。PAT の名前は次の4. に従うので4のymlを自分で作る場合は適宜変更してださい。


4. docker imageを作りたいgithub project のactionsでnew workflow ボタンを推し画像のworkflowテンプレを使う。大体の人はtestが不要なので右の方でOK


5. うまくいったらこんな感じでpackagesタブにdocker imageができている


6. 5はデフォではprivateになってるのでこれをpublicに変更する

7. こんな感じで docker pull できる 

### 丹生
- 自分の仕事をしてました。
- やる気と集中力が最近下降気味
- 部屋を閉め切っているので二酸化炭素濃度が原因？

### 大田

- https://github.com/ddbj/human-reseq/blob/master/Workflows/fastqSE2bam.cwl
- サンプルごとに必要なパラメータ
- RG_ID string
- RG_PL string
- RG_PU string
- RG_LB string
- RG_SM string
- fq File
- outprefix string
- 複数サンプルにした場合の入力
- 案1: 全部配列にしてyamlに書き込みscatter?
- CWL的に書きやすいけどメンテだるそう、暗黙に要求することがありバリデートがだるそう
- 案2: これらをまとめたyamlオブジェクトの配列を受け取る
- 参照でいける？
- `StepInputExpressionRequirement` `valueFrom` でいける？
- 案3: csv/tsv みたいなものを入力、パースするステップを作る
- 問題なく動くはずだが
- 結局案2と同じパラメータの振り分けをする必要が出てくるのでI/Fが変わっただけになる
- 本質的な問題は変わってない

inputObjects:
  - RG_ID:
    RG_PL:
    fq:
      class: File
      path: hoge
  - RG_ID:
    RG_PL:
    fq:
      class: File
      path: hoge

#### 結論

- 2でいく
- 小笠原さんに了解とっとく
-