# 46th Workflow Meetup (2021-11-10 Wed)
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[20211110 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20211110)

2021-11-10(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体

- GHCRのコンテナ容量問題が解決したかを、みなさんにたずねる。
- docker hub ライセンスについて
- ９月１日くらいの時点では pull の数に制限があるのではないか？
- [Jupyterlabのコラボのハンズオン](https://github.com/workflow-meetup-jp/handson/tree/main/20210602)
- CWL User Guideを動かす
- スクラッチからどれくらいで準備ができるか
- dockerはつかえなさそうだがどうなんだろう。
- udockerをいれればよいではないか？
- `rootless docker` ?
- binderは、OSはUbuntuの18.04です
- binderとngrokがあれば、Galaxyをたてられるんではないか？
- グラフの書き換えがみんなにわかるとよいだろう
- y=2xのグラフをy=3xにしたら、全員の画面がかわればそれはそれで便利そう。

## 石井

- 次回12月1日水曜日を予定
- 次次回１月５日水曜日？か１２日水曜日？
- 2021年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。

## 西田

## 丹生

## 末竹

# こうなりました

## 全体

### JupyterLabのgithubサイトを作る

## 石井

- [BioHackathon Europe](https://biohackathon-europe.org) 日本会場から参加
- 次回12月1日水曜日
- 次次回１月１２日水曜日
- もろもろの作業をしている
- sapporoのテスト用にcromwellのワークフローを実行予定
- gatk wdl workflowsで検索
- https://github.com/gatk-workflows

## 西田

## 丹生
- [BioHackathon Europe](https://biohackathon-europe.org) 日本会場から参加
- [cwl-utils](https://github.com/common-workflow-language/cwl-utils) などに PR/Issue 祭
- [最新バージョンのパーサーを `latest` モジュールとして参照したい](https://github.com/common-workflow-language/cwl-utils/pull/119)
- [schema-salad-tool が生成したパーサは「お前何のパーサーやねん」に答えられる API を提供するべき](https://github.com/common-workflow-language/schema_salad/pull/476)
- [cwl-upgrader](https://github.com/common-workflow-language/cwl-upgrader) の修正の前振り Issue (反応よければ PR 投げる)
- [アップグレード先のバージョンごとにパラメータ増やすの止めたい](https://github.com/common-workflow-language/cwl-upgrader/issues/77)
- [アップグレード用APIにファイルに書き出す以外の変換方法を追加して欲しい](https://github.com/common-workflow-language/cwl-upgrader/issues/78)
- まだ D言語で SchemaSalad, CWL のパーサーを書くのを諦めてない
- [自作のパーサーが動かなくなる regression を修正する](https://github.com/dlang/druntime/pull/3618)

## 末竹

## 大田

## 池田
- M1 macが届いたので早速利用してみた
- wgetをbrewで入れたが、動作がおかしいように見える
- 取得したgzファイルが数回に一回しか正しく解凍できない
- macOS標準のcurlコマンドの場合は問題が生じていない
- Arm 版のbwa を利用した場合のパフォーマンスは下記の状況

8(Performance) のみ利用

[main] CMD: ./bwa mem -t 8 -o NIST7035_TAAGGCGA_L001.sam ../sample/human_g1k_v37.fasta ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R1_001.fastq ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R2_001.fastq
[main] Real time: 559.480 sec; CPU: 4484.974 sec
#1回目
4457.83s user 27.17s system 801% cpu 9:19.53 total
#2回目
4453.14s user 26.89s system 801% cpu 9:18.97 total

8(Performance) + 2(Energy Efficient)

[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: ./bwa mem -t 10 -o NIST7035_TAAGGCGA_L001.sam ../sample/human_g1k_v37.fasta ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R1_001.fastq ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R2_001.fastq
[main] Real time: 502.307 sec; CPU: 4891.917 sec
#1回目
4861.00s user 30.94s system 973% cpu 8:22.37 total
#2回目
4863.09s user 30.54s system 976% cpu 8:21.06 total

比較データ
- iMac(Retina 5K, 27-inch Late 2015) : 4 core, 4 threads

$  sysctl -a | grep machdep.cpu
...
machdep.cpu.brand_string: Intel(R) Core(TM) i5-6600 CPU @ 3.30GHz
machdep.cpu.core_count: 4
...
#結果
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa mem -t 4 -o NIST7035_TAAGGCGA_L001.sam ../sample/human_g1k_v37.fasta ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R1_001.fastq ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R2_001.fastq
[main] Real time: 1568.324 sec; CPU: 5634.758 sec
real	26m8.434s
user	88m23.654s
sys	5m31.205s

- MacBook Air (Retina, 13-inch, 2020) : 4 core, 8 threads

machdep.cpu.brand_string: Intel(R) Core(TM) i7-1060NG7 CPU @ 1.20GHz
machdep.cpu.core_count: 4
machdep.cpu.thread_count: 8
...
#結果
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa mem -t 8 -o NIST7035_TAAGGCGA_L001.sam ../sample/human_g1k_v37.fasta ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R1_001.fastq ../sample/NIST7035_TAAGGCGA_L001_R2_001.fastq
[main] Real time: 1601.964 sec; CPU: 12089.786 sec

# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

- ここから書く
- 音声読み上げサービス AWS Pollyを使って、スライドや動画を用意するためのチュートリアル
- [Adding auto\-generated video to your slides](https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/contributing/tutorials/slides-with-video/tutorial.html)
- Rでは ariというパッケージがあるらしい
- [jhudsl/ari: The Automated R Instructor](https://github.com/jhudsl/ari)
-