第１０回、ワークフローミートアップまとめ
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# やったこと

## 全体

- セミナー([geneExplain](http://genexplain.jp/))
- [BioHackathon 2018 Paris](http://bh2018paris.info/)参加報告(石井)
- http://bh2018paris.info/projects
- [Rabix Composer](https://github.com/rabix/composer)
- [CWL Workshop Tokyo 2018](https://github.com/pitagora-galaxy/cwl/wiki/CWL-Workshop-Tokyo-2018) での紹介予定のもの
- [CWL Workshopで使うスライド](https://docs.google.com/presentation/d/13K6BKQoimiaOIFSnComw8in3HlCxEm820OASP8_jnDI/edit?usp=sharing)の紹介(石井)

## 石井

- 西田さんと打ち合わせ。
- BioHackathon2018Paris参加報告
- CWL GUI Workshopに向けて、実際にスライドを紹介しながら、みなさんからのコメントをいただく。
-

## 西田

- [阪医Python会](https://pythonoum.wordpress.com/)とworkflow-meetupの橋渡しに終始
- 右記の打ち合わせ > 12月25日~27日のどれか1日 (26日になるだろう) http://www.riken.jp/access/tokyo-map/ で https://bit.riken.jp/2018/06/2nd-hpc-ops-mtg/ の派生版(Jupyterとか可視化とか)
- 阪医Python会からの発表を依頼
- 阪医Python会に来年以降の http://2018.biohackathon.org/ への参加を依頼
- 今年の参加依頼が間に合わなかった
- https://groups.google.com/forum/#!forum/biohackathon-jp に入ってください
- https://github.com/pitagora-galaxy/cwl と https://github.com/yyoshiaki/auto_counttable_maker の橋渡し。 auto_counttable_maker が cwl でポータブルになるとよい？

## 丹生
- cwltool でハンズオンのサンプル実行する方法を紹介した
- 結果、cwltool の秘孔を突いた (スペース混じりのファイルをパラメータに渡すと `permanentFailure`)
- と思ったけどそんなことはなかったぜ
> If the path contains POSIX shell metacharacters (|,&, ;, <, >, (,), $,`, \, “, ’, <space>, <tab>, and <newline>) or characters not allowed for Internationalized Domain Names for Applications then implementations may terminate the process with a permanentFailure.
- むしろ Rabix Runny のバグを踏んだ
- と思ったけどそれも違った
> then implementations **may** terminate the process with a permanentFailure.
- 落ちても仕様としては問題ない
- ハンズオンの[Issue](https://github.com/common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop/issues/2) 立てた

##

## 安水

- cwltools-rabix composer 感動
- 大阪理研初めてきた
- DECODEすごい
- [Python会](https://pythonoum.wordpress.com/)をしっていただけて嬉しかったです。
- https://github.com/yyoshiaki/auto_counttable_maker がんばります
- [idep](http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/) 宣伝
- クリスマス行きます

## 新海

- 色んな人のセミナーを聞く
- nvidiaサーバー導入に関連した情報を伺う(西田さん有難う御座います)
- あとは自分の仕事をやってました

## 平岡

- 今日は非常に勉強になりました。また、東京に行った時はよろしくお願いします。
- cwltool 上手にコマンドラインで動かせるように勉強します。