25th Workflow Meetup まとめ(2/12) ================================ [20200212 · manabuishii/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/manabuishii/workflow-meetup/wiki/20200212) 2020-02-12(Wed) 10:00 - 19:00 まで。 大阪、東京同時開催 大阪：理化学研究所、A棟 3階 303会議室 東京：理化学研究所、東京連絡事務所（日本橋）、第１会議室 # 次回 2020-03-04(Wed) 10:00 - 19:00 まで。 大阪、東京同時開催 - https://github.com/manabuishii/workflow-meetup/wiki/20200304 # 全体 - ２月オンデマンドクラウドの何かをする予定 - うまく調整できれば、ハンズオン - できなければ、実際の活用方法の紹介 # 個別 ## 石井 - オンデマンドクラウドで、待っているジョブがあったら、自動でマシンを作って、ジョブを実行して、ジョブの実行がおわったら、マシンを消すというサンプルを新しいVCPSDKで作った ## 西田 - オンデマンドクラウドの学習 - 正直ノートブックの方は「101-VCノードの起動、削除」の最初でもう脱落してしまってました... - 自分はsdkを使う方が馴染めるかもしれない... - いしいさんが終盤にやられてたsdkデモのパッケージ化が行われたらぜひ使わせてほしい ## 丹生 - オンデマンドクラウド ハンズオン - NII の人間なのに完全に参加者してました - [ep3](https://github.com/tom-tan/ep3) のバックエンド用の状態遷移システムを作り始めた - 現在は [entr](http://entrproject.org) をバックエンドに使っている - ep3 に、バックエンドを修正 or 変更しないと直せないバグがある - ファイル監視の機構を利用するとお手軽にバックエンドを実装できるが、正しく実装するのが無理そうな部分がある - e.g., 複数変数の同時ロック・同時変更 - 状態をファイルとして持たなくても目的は達成できそう - 良さそうな候補を探してみたがなかった - 既存のシステム(ペトリネット処理系など)だと用途に合わない - GUI で編集したいわけではない - 到達性などの検証はできるとうれしいが、検証自体が目的ではない - 他の言語にコンパイルせずに、入力をそのままいい感じに動かして欲しい - 内部で話した感じだと、政治の問題は回避できそうだったのでプロトタイピング - ping -> pong -> smash! -> 終了 するサンプルは動いた - 今日は入力ファイルのパーサをひたすら書いていた - 完成しなかった ## 坊農 - [2019年からの宿題](http://bonohu.jp/blog/commonwl-for-practical-use-1.html)を相談、とりあえずの解決 - https://obf-jp.slack.com/archives/C9BJ2AGAF/p1577371689025300?thread_ts=1576738880.005700&cid=C9BJ2AGAF - オンデマンドクラウドの学習 ## おおた - 配列データ検索のためのサンプル情報整理をしている - 具体的にはBioSampleというDBに書いてあるメタデータの情報をRDFにして他の情報とくっつけてSPARQLで検索できるようにしている - 31GBのXMLが35TBのttlに化けて明らかに何かがおかしい - 可読性のための改行とかネストとかを削ってスリム化して再チャレンジ - Sapporoでwf動かそうとしたら謎のエラーが出た - service が404を返す、原因調査中 ## 那須野 - 学認クラウドオンデマンド構築サービスのミニ・ハンズオン https://cloud.gakunin.jp/ocs/ - Google Hangouts Meet で画面共有、ビデオ・音声はポリコムを使用したが、画面共有の応答速度が厳しかった ## 末竹 - MBP の E key の key top が外れた - Genius Bar を予約して、AppleStore 丸の内に持っていった - 1 時間先ぐらいですぐに予約できた - 交換を無料でやってくれた - 当たり前の様に無料だった - Data 管理プラットフォームを作っていた - Vue.js とか ## 長谷川 - オンデマンドクラウド面白かったです。 - ジュピターノートブック初めて触れましたが、面白かったです。 - 次回までにdockerを使えるようにする。計算ノードでcwltool+dockerできるようにしたい。 - pythonやRのツールのインストールで悩んでいるので、dockerイメージを作れるようになりたい。 - bash2cwlのgithubページを作る。https://github.com/moirai2/bash2cwl - bash2cwlで変数も扱えるようにした。次は『コマンドの実行結果を変数に入れる』を追加したい。 ## 後藤 - ハンズオンに参加 - まずは我々のアカウントで使えるように今後の流れを確認中 - 私は SGE はほとんど使ったことがなく、PBS Pro（有料の追加ライセンスが必要なのでクラウドでは使わない予定）, Torque（最近はほとんど使っていない）, slurmあたりしか経験が無いため、slurmに応用可能か今後調べたい。