12th Workflow Meetup まとめ
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# 西田

- azure 使いきる(ことができなかった...)
- 課金疑問はすべて https://azure.microsoft.com/ja-jp/offers/ms-azr-0111p/ に書かれてました...

    お客様は、未使用分のコミットメント額を、次のサブスクリプション期間へ繰り越すことはできますか?
    いいえ。Azure イン オープン プランのプログラムでは、将来の期間への繰り越しはできません。お客様には、ライセンス認証日から 12 か月後に期限の切れる、"使わなければ失われる" タイプの有効期限が設定されます。お客様は複数のタイミングで複数の OSA キーをライセンス認証した場合、各キーには利用開始日に基づいて異なる有効期限が設定されます。

    Azure イン オープン プラン サブスクリプションの残高がゼロになるとどうなりますか?
    Azure イン オープン プランのサブスクリプションの残高がゼロになると、サービスは中断されます。データは 90 日間保持され、サブスクリプションへの支払いが確認されると、サービスは復帰します。ただし、一部のサービスでは、再デプロイが必要になる場合があります。

- https://zero-to-jupyterhub.readthedocs.io/en/latest/microsoft/step-zero-azure.html をやるつもりだったができてない
- [GPUのlow priority vm](https://azure.microsoft.com/en-us/pricing/details/virtual-machine-scale-sets/linux/) + docker をためすのもできてません...

- [pip install --pre](https://pip.pypa.io/en/stable/reference/pip_install/#install-pre) でinstallできるpackageの作成
- 末竹さんに https://www.python.org/dev/peps/pep-0440/#public-version-identifiers を教えてもらうことでその方法がわかった
- 具体的なversionの付け方例(開発が古いものから) `1.2.dev1234 < 1.2 < 1.3a2.dev12 < 1.3a2 < 1.3` devやa(alphaのa)がついているversionは --pre オプションをつけないと pip installできない
- 画像のようなPyPIでのリリースが可能になる。しかし何故か `--pre` オプションをつけなくてもb1がinstallされてしまって困った... 

# 石井

- `--make-template` コマンドが遅い
- 石井が作ったサンプルのすごく短いファイルは大して遅くなかった。
- 末竹さんと話した結果、どうも遅いのは、runにgithubのファイルをかいているので、それをとってきているのではないか？
- おそらくvalidatorも走るから、github からおとしてくるのだろう。
- validateしない、`--make-template` オプションがあってもよいのではないか？
- `--make-template` inputパラメータのラベルやdocの情報が落ちている
- defaultはでてくる
- cwltoolのコマンドについても、テストをしたほうがよさそうだなとおもってコマンドのリストを作ろうとしている
- cwlの記事を書いたあと、そこに乗っているコマンドなどをチェックしたほうがよいなとおもった
- `cwltool --help echo.cwl`と`cwltool echo.cwl --help` では、出力がちがう。後者は`cwltool --tool-help echo.cwl` と同じ
- [Common Workflow Language User Guide: Recommended Practices](http://www.commonwl.org/user_guide/rec-practices/)の日本語訳をつくりはじめた
- [これ、ただし現状は以下の理由によりかなり読みにくい](https://hackmd.io/0htxFVJ-RAWOWoBLqV7ZYA?view)
- 音声入力を試してみた。
- 校正はそれなりに時間がかかる。しかし自分の文章に手を入れる感じなので、なじめるかもしれない。
- こんなのを試してみても良いかもしれない
- https://mizchi.hatenablog.com/entry/2019/01/20/203241
-
- いろいろを片付けた

# 末竹

- `pip install --pre` について調べた
- 先日から作っているワークフロー実行環境の整備をした
- https://github.com/suecharo/SAPPORO
- Web 画面から動かせるようになった
- Test をたくさん書いた
- WDL や Nextflow の仕様を調べていた

# 池田
cromwell を利用してGATKのワークフローを実行してみた
下記の一連のvariant callのステップを検証

- [cromwell を手元のOS Xにインストールする](https://qiita.com/percipere/items/485e43f9cb32a9fb668c)
- 実行環境の構築
- [cromwell でGATKのワークフローgatk4-data-processing-1.0.1/processing-for-variant-discovery-gatk4.wdlを実行する](https://qiita.com/percipere/items/a8fad12395b562f49fa8)
- ubamからvariant callのためのbamの作成
- [cromwell を利用してWorkflows for germline short variant discovery with GATK4を実行する](https://qiita.com/percipere/items/6cf1d7c0f9f67bbae35a)
- bamファイルからgvcfを作成
- [cromwell でjoint-discovery-gatk4-localを実行する](https://qiita.com/percipere/items/d85993b8c1f6b18b1fd3)(この部分は若干大きめのマシンを利用)
- variantのjoint discoveryを実行
- メモリの要求量が大きいので小さなシステムでは処理できない