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# System prepended metadata

title: 51th Workflow Meetup (2022-04-06 Wed)

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# 51th Workflow Meetup (2022-04-06 Wed)
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[20220406 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20220406)

2022-04-06(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体



## 石井

- 次回5月11日水曜日、5月12日木曜日を予定
    - 2022年度は、月の第一週の水曜日と木曜日13時スタートの方向。ただし、木曜日石井は15時から一時不在。


## 西田

- AnVILとTerraの調査を行う


# こうなりました

## 全体

## 石井

- 次回日程など決めた
    - 5/11,12
    - 6/2,3(仮)
    - 7月6日、7日(仮)
    - 8月は、ちょっとまだ未定、石井としてはもしかすると、７月最終週がありがたいかもしれない。それかお盆ソン
- cwltool ResourceRequirement問題の修正に向けての作業
    - オリジナルのissue
        - [workflow level ResourceRequirements unable to access workflow level inputs · Issue \#1330 · common\-workflow\-language/cwltool](https://github.com/common-workflow-language/cwltool/issues/1330)
    - 現在作成中のPR(WIP)
        - [WIP fix \#1330 by manabuishii · Pull Request \#1566 · common\-workflow\-language/cwltool](https://github.com/common-workflow-language/cwltool/pull/1566)
    - おおよそ1330はなおったとおもっている。しかし、予定していない影響を与えるか検討したところ、ExpressionTool (と、Operaion)も、検討の必要がありそうだということがわかった。
        - 1330のケースをテストとして追加する方法を丹生さんにきくべきであったので、今度きく
    - 丹生さんにきいたところ ExpressionToolはfailするべきであるとのことだったので、CWL v1.2 用のconformance tests に追加をPullRequestした。
    - CWL v1.2 用のレポジトリ
        - [common\-workflow\-language/cwl\-v1\.2: Released CWL v1\.2 specification](https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.2)
    - 送ったプルリクエスト
        - [Add test case for fail uncconected ExpressionTool by manabuishii · Pull Request \#156 · common\-workflow\-language/cwl\-v1\.2](https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.2/pull/156)
- cwltoolには、興味深いissueがまだあるので、いくつかは直したい。実装したい。
    - bugとしては
        - [Default value in array stays · Issue \#1632 · common\-workflow\-language/cwltool](https://github.com/common-workflow-language/cwltool/issues/1632)
    - enhancementとしては
        - [Feature request: S3 file access · Issue \#1388 · common\-workflow\-language/cwltool](https://github.com/common-workflow-language/cwltool/issues/1388)
            - GSOCの課題としてよさそう。
- CWL Workflow Editorをほそぼそと開発中
- 近々ワクチン３回目を受ける予定なので、丹生さんのコメントも参考にしたい。（そんなに副反応でないでほしい。。。）

## 西田

- Terra App を実行しないでどこまで試せるか、そのシステム構成はどうなってるか 調べた。
- 「上記調査結果が他の人と共有できるか否か」試しに石井さん、丹生さんに聞いてもらった。

## 丹生
- 午前はワクチン副反応で寝ていた
    - 3度目になっても副反応が油断できない
        - 初日は微熱のみ(37度程度)だったため油断していた
    - 接種後の状態
        - 月曜午後接種
        - 火曜はずっと寝ていた
        - 水曜は午前中は寝ていた
    - 主な副反応
        - 熱 (37-38度)
        - 腹痛 (筋肉痛系; 火曜日のみ)
- [shaft](https://github.com/tom-tan/shaft) いじり
    - [ep3](https://github.com/tom-tan/ep3) の実装過程で、計算ノード上でツールをまともに動かすにはノード上でエンジン動かすしかないという結論に至ったため作り始めた
        - 大体 parameter reference と JSExp のせい
            - Related: https://github.com/ohsu-comp-bio/cwl-tes/issues/44
    - 現状は枠の作成を完了した段階
        - リリースごとに conformance tests 結果が出せる
        - リリースごとに shaft の static linked binary を release asset として提供
        - `shaft --version` でちゃんとバージョン情報が出せる
        - ~~実装上のブロッカーは dmd の regression~~
    - CommandLineTool, ExpressionToll のみ・ローカル実行・ローカルリソースのみ対応予定
        - リモートリソースとかリッチな機能の対応は ep3 などに丸投げ
        - ただし docker, podman, singularity などの対応は shaft 側で仕組みを用意する必要がある
    - さすがにエンジン二個目になると実装がそれなりに洗練される
    - 入力オブジェクトに型をつける部分を実装中
    - 素敵なキャッチコピーが欲しい

# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

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