# 65th Workflow Meetup (2023-06-07 Wed)
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[20230607 · workflow\-meetup\-jp/workflow\-meetup Wiki](https://github.com/workflow-meetup-jp/workflow-meetup/wiki/20230607)

2023-06-07(Wed)
13:00 - 19:00 まで。

完全リモートのため、全世界どこからでも参加可能。

# 事前計画

## 全体

## 石井

- 次回7月5日水曜日
- 7/5(Wed)
- 8/2(Wed)
- 9/6(Wed)
- 10/4(Wed)(Togoの日前日)
- 11/1(Wed)(BH Euro中)
- 12/6(Wed)
- 1/10(Wed)(２週目)
- 2/7(Wed)
- 3/6(Wed)
- 2023年度は、月の第一週の水曜日13時スタートの方向。ただし、月曜日など他の日になるかもしれないです。
- たいてい第１木曜日は、pitagora meetup ありとおもわれる

# こうなりました

## 全体

## 石井

大田さんの話と関連している。
- [ubuntu\-22\.04 が GA ⚠破壊的変更注意⚠ \[GitHub Actions\]](https://zenn.dev/snowcait/articles/73e42154ed4654)
- 20.04は、22.04がでた段階では、安定しているのだろうけど、初期の段階ではどんなだったかはわからない
- github actionsに対するCIをしたくなる
- 22.04の変更前と変更後をイメージのhashなどで指定できるとよいのだろうけど、それもできるのかはわからない。

上の記事より引用
>ワークフローで使用している場合は setup-* 系のアクションを利用してインストールすることになるでしょう。

- https://github.com/manabuishii/yevis-getting-started/blame/main/.github/workflows/yevis-test-pr.yml#L56-L57

broadinstitute/cromwell:80には、docker

docker run --rm -ti --entrypoint="" broadinstitute/cromwell:80 /bin/bash 
root@36f5fae90ae5:/# which docker
root@36f5fae90ae5:/# 

cromwell:80内のjava

root@36f5fae90ae5:/# ldd which java
        linux-vdso.so.1 (0x00007fff9e169000)
        libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007ff8fcafd000)
        libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007ff8fcada000)
        libjli.so => /opt/java/openjdk/bin/../lib/jli/libjli.so (0x00007ff8fc8c9000)
        libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007ff8fc8c3000)
        libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007ff8fc6d1000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007ff8fcd21000)
root@36f5fae90ae5:/#docker run --rm -ti --entrypoint="" broadinstitute/cromwell:80 /bin/bash 
root@36f5fae90ae5:/# which docker
root@36f5fae90ae5:/#
root@36f5fae90ae5:/# ldd which java
        linux-vdso.so.1 (0x00007fff9e169000)
        libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007ff8fcafd000)
        libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007ff8fcada000)
        libjli.so => /opt/java/openjdk/bin/../lib/jli/libjli.so (0x00007ff8fc8c9000)
        libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007ff8fc8c3000)
        libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007ff8fc6d1000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007ff8fcd21000)
root@36f5fae90ae5:/#

cromwell:80内のglibcは、見た目的には、glibc 2.31っぽい

root@36f5fae90ae5:/# ls -l /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 
lrwxrwxrwx 1 root root 12 Apr  7  2022 /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 -> libc-2.31.so

石井の予想は、cromwell:80の中のjavaを起動しようとしてエラーがでているのではないかとおもっているが、確認できていない。

再現するとしたら、
- ubuntu:22.04上にyevisをdocker-composeで実行して、sapporo-serviceを起動し、その中でjavaを起動する。
- もしくは、javaまで起動できていて、ワークフロー内に記述されているdockerコンテナを起動するときかもしれない。
- ただ、cromwellの実行ができているとすると、javaまでは起動できているのかもしれない。cromwellが出力するログがあるところをみると、javaは起動できている可能性が高い？
- wdlのhello worldを

## 丹生
- [`File[][]` を含む CWL が valid にならない件](https://www.biostars.org/p/379639/)
- 素朴に考えると動くべき
- 仕様上は現状 valid (再帰的に展開しろ、という仕様はない)
- CWL v1.3 に [issue 登録した](https://github.com/common-workflow-language/cwl-v1.3/issues/10)
- codegen にも変更が必要なため、v1.2 系に入れるには破壊的すぎる

## 大田


- DDBJ Workflow Registry (yevis-repo) で workflow testing が死んだり通ったりする問題を解決する
- GitHub actions の github hosted runner が再現性ガン無視野郎だった
- https://docs.github.com/en/actions/using-github-hosted-runners/about-github-hosted-runners#supported-runners-and-hardware-resources
- `latest` をそもそも使うなという話であり `20.04` のタグをつけていたとしても `20,04` イメージがそもそも static ではないという地獄
- https://github.com/actions/runner-images/blob/main/images/linux/Ubuntu2204-Readme.md
- なんでだよ
- https://github.com/search?q=repo%3Aactions%2Frunner-images%20docker&type=code
- https://github.com/actions/runner-images/blob/main/images/linux/scripts/installers/docker-moby.sh
- `apt-get install moby-engine` みたいな雑な入れ方してるので docker 側の変更があった可能性はありそう。

エラーはこれ

docker: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version GLIBC_2.32' not found (required by docker)
docker: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version GLIBC_2.34' not found (required by docker)

当時の状況
- Cromwell は GLIBC_2.31 を要求していて、Cromwell コンテナにも 2.31 が入っている
- Cromwell コンテナに docker bin を差して実行すると docker が 2.32/2.34 を要求する

### Docker (moby-engine/moby-cli) をどこからインストールしているのか？

- `apt-get install -y moby-engine moby-cli`
- https://github.com/actions/runner-images/blob/main/images/linux/scripts/installers/docker-moby.sh
- そんなものは ubuntu にはない
- `wget https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/$LSB_RELEASE/packages-microsoft-prod.deb`
- https://github.com/actions/runner-images/blob/dfdd2daf84e33e18c114a9986bab5418c381664a/images/linux/scripts/base/repos.sh#L9
- MS の repo を取り込んでいるっぽい
- これを取り込むと moby-engine インスコできた

$ docker -v
Docker version 20.10.25+azure-1, build b82b9f3a0e763304a250531cb9350aa6d93723c9

Azure用の docker っぽい、、こいつが変更されたから挙動が変わったのでは（ということにしてここらで諦めたい）

# 前回のミートアップから今回のミートアップまでにSlackなどにあったリンクメモ

- ここから書く