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# System prepended metadata

title: 14th Workflow Meetup まとめ

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14th Workflow Meetup まとめ
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# 全体

次回は、2019年04月24日水曜日
理研AIPと、理研大阪

## 八谷先生より、ワークフローの解説を予定

[ddbj/human\-reseq](https://github.com/ddbj/human-reseq)

> ヒトゲノム（whole genome sequencing）データのワークフローで、入力＝配列データ（FastQk形式）、出力＝多型データ（genomic VCF形式）



# 石井

- 次回の日程を決めた
- いろいろな作業をした
- CWL の language server protocol 実装の vim でのデバッグをした
    - [common\-workflow\-language/cwl\-language\-server: A Language Server for CWL](https://github.com/common-workflow-language/cwl-language-server/)
    - その過程で、最近導入したライブラリ[openlawlibrary/pygls: a pythonic generic language server](https://github.com/openlawlibrary/pygls/)にプルリクエストを送った
    - [Not include error field on response message if there is no error by manabuishii · Pull Request \#62 · openlawlibrary/pygls](https://github.com/openlawlibrary/pygls/pull/62)
        - PRの内容は、いつも ResponseMessage に error フィールドを作ってしまうので、errorがないときには、error フィールドを作らないようにした。
        - 仕様としても、エラーがあるときだけおくればよいようにみえる
            - [LSP Response Message](https://microsoft.github.io/language-server-protocol/specification#response-message)
        - クライアントの環境によっては、errorフィールドがあるだけで、エラー判定され、そのままエラーになる。しかもそのエラーメッセージの真の意味を読み取ることがむずかしいこともある。

# 西田
何もできず...すみません

azure global boot campに向けて

- E-Cell4用のazureなどbatchサービスを用いるpython packageの作成を行っています
- またazure devopsを使ってみています

dash dash.plot.ly を使いはじめました
dashboardとワークフローに何か関連をもたせることができそうであれば情報共有をお願いしたいです。

# 千葉
早退したので進捗は芳しくないです

- Common Workflow Language User Guideを読む
	- http://www.commonwl.org/user_guide/
- CommandLineToolの作成
	- Samtools viewでuncompressed bamを作成する
	- 作成したCommandLineToolをStep実行する
- 作成したソースコード
	- https://github.com/ken0-1n/CWL-DNA-Alignment

# 丹生
- cwltool での conformance test の結果をちゃんと CI からバッジにして公開できる仕組みを作るための PR での作業
    - https://github.com/common-workflow-language/cwltool/pull/1088
    - Michael と相談して badge の保存先を決めようとしている。
- [cwl-language-server](https://github.com/common-workflow-language/cwl-language-server/) に関する色々
    - pylspclient から pygls への以降 ([#12](https://github.com/common-workflow-language/cwl-language-server/pull/12)) -> done
    - `publishDiagnostics` への対応 ([#14](https://github.com/common-workflow-language/cwl-language-server/pull/14))
        - client と server と schema-salad のバグ・問題が一斉に襲いかかってきた
        - pygls のバクを見つけたので[潰した](https://github.com/openlawlibrary/pygls/pull/56)
        - schema-salad がとてもつらい
            - エラー内容の取得方法が、既に文字列化されたものを取得するしかない
            - `schema-salad-tool` と codegen したライブラリでのエラーメッセージのフォーマットが違う
                - ので、`schema-salad-tool` で使用していたテキストフォーマット用ヘルパー関数がほぼ流用できない
            - 投げてくる例外クラスがそれぞれ違う
            - 同じ CWL ファイルに対して全く異なるエラーメッセージを出すことがある
            - 両方微妙に異なる方法でエラー内容をキレイな文字列にして返してくるため、こちらでパースするのがきつい
            - 心が折れてきたので `schema-salad-tool`を直接呼び出す方式に変更中
            - ちゃんと直すなら、schema-salad の例外機構をまるごと再設計するくらいのパワーが必要そう
                - 巨大な PR にせざるをえない
        - 石井さんが vim の language client のバクを踏み抜いていた
