ANNOVAR for susScr11
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###### tags: `基因體/三級分析`
###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `三級分析`, `Annovar`, `Sus scrofa`

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[TOC]

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## 標記對象
- 學名
- Sus scrofa (野豬，又名山豬)
- Wiki
- https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%87%8E%E8%B1%AC

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## Genomics(基龍米克斯)

### VCF file

##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##contig=<ID=1,length=274330532>
##contig=<ID=2,length=151935994>
##contig=<ID=3,length=132848913>
##contig=<ID=4,length=130910915>
##contig=<ID=5,length=104526007>
##contig=<ID=6,length=170843587>
##contig=<ID=7,length=121844099>
##contig=<ID=8,length=138966237>
##contig=<ID=9,length=139512083>
##contig=<ID=10,length=69359453>
##contig=<ID=11,length=79169978>
##contig=<ID=12,length=61602749>
##contig=<ID=13,length=208334590>
##contig=<ID=14,length=141755446>
##contig=<ID=15,length=140412725>
##contig=<ID=16,length=79944280>
##contig=<ID=17,length=63494081>
##contig=<ID=18,length=55982971>
##contig=<ID=X,length=125939595>
##contig=<ID=Y,length=43547828>
##contig=<ID=MT,length=16613>
##contig=<ID=AEMK02000452.1,length=3843259>
...
##contig=<ID=AEMK02000519.1,length=15096>
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=IGC,Number=1,Type=Float,Description="Illumina GenCall Confidence Score">
##FORMAT=<ID=BAF,Number=1,Type=Float,Description="B Allele Frequency">
##FORMAT=<ID=LRR,Number=1,Type=Float,Description="Log R Ratio">
##FORMAT=<ID=NORMX,Number=1,Type=Float,Description="Normalized X intensity">
##FORMAT=<ID=NORMY,Number=1,Type=Float,Description="Normalized Y intensity">
##FORMAT=<ID=R,Number=1,Type=Float,Description="Normalized R value">
##FORMAT=<ID=THETA,Number=1,Type=Float,Description="Normalized Theta value">
##FORMAT=<ID=X,Number=1,Type=Integer,Description="Raw X intensity">
##FORMAT=<ID=Y,Number=1,Type=Integer,Description="Raw Y intensity">

[](https://i.imgur.com/ZeRY9Hh.png)
- **D**: 杜洛克(Duroc) (主要終端公豬 -> Good, 萬能豬種)
- **L**: 藍瑞斯(Landrace)

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### 輸入指令

annovar$ ./convert2annovar.pl  --format vcf4 Genomics1152samples_c2_10.vcf > Genomics1152samples_c2_10.vcf.avinput

- ```./convert2annovar.pl```
- ```--format vcf4``` (輸入格式)
- ```Genomics1152samples_c2_10.vcf```
- ```Genomics1152samples_c2_10.vcf.avinput```

輸出結果

1	49384	49384	G	A	hom	.
1	70683	70683	T	C	hom	.
1	142764	142764	T	C	het	.
1	205163	205163	C	T	het	.
1	239523	239523	C	T	het	.
1	261794	261794	C	T	hom	.
1	289363	289363	G	A	het	.
1	309120	309120	A	G	het	.
1	356646	356646	G	A	hom	.
1	373626	373626	C	T	het	.

- hom: 同型合子(homozygous)/純合子, TT / tt
- het: 異型合子(heterozygous)/雜合子, Tt / tT

比對原始輸入資料：

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### ANNOVAR
- [[Articles] VCF pre-processing](http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/articles/VCF/)
- [[UserGuide] Format Conversion](http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/input/)

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## 參考資料
- [電腦選豬仔 (超級賽亞豬)](https://hackmd.io/xMMX0fh_RxWtYJbGtbBcOw)