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# System prepended metadata

title: '[tmp] 工作摘要'

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[tmp] 工作摘要
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[TOC]

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## 國衛院
### Parabricks
- ### Dockerfile
    - **gitlab**
        http://10.78.26.44:30000/Tj_Tsai/parabricks/-/tree/master/v3.7.0-by-tj/image
    - **ESC4000**
        `/home/diatango_lin/tj_tsai/workspace/parabricks/gitlab/v3.7.0-by-tj/image`
- ### image:
    - name: `parabricks:3.8.0-ampere`
    

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### Storage 問題
- [[NHRI][germline: WGS] 時間差異分析](https://hackmd.io/eaWPnBoHQXaGMeUz2PUhIA)
- PIC
    - Local disk: 找 Nvidia
    - NFS: 找 NetApp 的 SI
- `/workspace` 現況
    - file 在寫得時候，目前沒遇到問題
    - file 在讀的時候，如果遇到有問題的檔案，就會異常地慢，要讀很久
    - **Nick Hsiao(蕭碩瑋) 正在等待廠商的回覆**

### 如何偵測檔案有無異常？
1. https://bioaimaker.nhri.edu.tw/
2. 容器服務：tj-somatic
3. Jupyter 根目錄有一隻 python 程式
    ```
    $> python read.py /workspace/merged-2/SRR7890827_1.fastq.gz
    ```
    執行範例
    [![](https://i.imgur.com/q2fzNPc.png)](https://i.imgur.com/q2fzNPc.png)
    相同檔案，執行第二次一定會是正常，因為短時間內有 cache !!
    <br>
    另外一種判斷方式
    快速印 log 表示正常，一行一行慢慢印 log 表示異常
    讀取 100MiB 要花 19 秒是不正常的

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<hr>

## Hail
> 正在 study