[應用] 基因體 / 遺傳疾病診斷
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###### tags: `基因體/三級分析`
###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `三級分析`, `遺傳疾病`, `突變`, `診斷`, `判讀`, `HPO`, `移碼突變`, `Gene Ontology`, `HPO`, `Disease`, `Gene Associations`, `如何找基因`, `串聯重複`, `Tandem repeats`, `孟德爾遺傳`

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[TOC]

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## 遺傳諮詢師
- ### [中華民國人類遺傳學會Taiwan Human Genetics Society](http://www.thgs.org.tw/)
- ### [110年度「遺傳諮詢師甄審認證」](http://www.thgs.org.tw/news/news_info.asp?/204.html)
- 學經歷條件：（以下擇一評選）
(1) 完成同等碩士（碩士班、學分班、學程）之遺傳諮詢課程。
(2) 具備遺傳、生物醫學、護理、心理等相關碩士學位。
（※必修科目：**醫學遺傳學**、**分子細胞生物學**、**遺傳疾病之身心理學**、**諮商理論與技巧**、**遺傳統計學等課程**，並須檢附學校證明；僅本次辦理必修科目之落日條款：未修畢上述科目學分者仍可進行報考，如通過筆試以及口試，需在兩年內補足學分才得以領證。）
- 三、具有臨床遺傳門診實習4 學分及實驗室實習2 學分；或在衛生福利部國民健康署評鑑合格之遺傳諮詢中心完成300小時臨床實習及100小時實驗室實習。
- ### [社團法人台灣遺傳諮詢學會歡迎您](http://www.taiwangc.org.tw/index.asp)
- ### [[PDF] 遺傳諮詢專業的認證與展望](http://www.taiwangc.org.tw/content/images/%E9%81%BA%E5%82%B3%E8%AB%AE%E8%A9%A2%E5%B0%88%E6%A5%AD%E7%9A%84%E8%AA%8D%E8%AD%89%E8%88%87%E5%B1%95%E6%9C%9B%20.pdf)

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## 遺傳性疾病型態
- ### [遺傳疾病](http://www.csh.org.tw/dr.tcj/N%20teaching/%E9%81%BA%E5%82%B3%E7%96%BE%E7%97%85.htm)
- 孟德爾遺傳定律（Mendelian laws）：單一基因遺傳
- 單一基因遺傳性疾病分成顯性、隱性兩大類
- 體染色體顯性遺傳
- 體染色體隱性遺傳
- X性聯隱性遺傳
- X性聯顯性遺傳（少見）
- Y性聯遺傳
- 非孟德爾遺傳
- 由一個以上基因和環境的因素交互作用所造成故無法預知

### 顯性疾病
- ### 多指畸形/多指(趾)症
- [【多指(趾)症】- 遺傳諮詢解析 - 創源生技](https://www.gga.asia/tc/Knowledge_Sharing/Pregnancy_Information/about_news_detail/540)
- 遺傳模式: 大部分單獨發生的多指（趾）症常見有**顯性遺傳**，即患者的下一代可能有1/2的機率也可能會有多指（趾）
- [陸男嬰患多指症 手指腳趾共31根](https://www.chinatimes.com/realtimenews/20160502002530-260409)
- [[wiki] 多指畸形](https://zh.wikipedia.org/zh-tw/%E5%A4%9A%E6%8C%87%E7%95%B8%E5%BD%A2)
- 多指症是常見的體染色體顯性遺傳
- [解剖學-多指異常](https://doctor.get.com.tw/m/Journal/detail.aspx?no=402358)
- 多指異常病因與遺傳因素有關，屬顯性遺傳
- ### 亨丁頓舞蹈症
- [亨丁頓舞蹈症Huntington's Disease - 財團法人罕見疾病基金會](https://www.tfrd.org.tw/tfrd/library_b2/content/category_id/1/id/72)
- 亨丁頓舞蹈症（Huntington's Disease）是一種家族**顯性遺傳疾病**，肇因於第四對染色體內DNA（去氧核醣核酸）基質之CAG三核　酸重複序列過度擴張，造成腦部神經細胞持續退化
- [亨丁頓舞蹈症簡介 - 台北榮民總醫院](https://vghtpe2015.hihost.com.tw/infors_view.php?minfoid=55&lmenuid=6&smenuid=16&pm=B03)
- [神經科-亨丁頓舞蹈症 - 高點醫護網](https://doctor.get.com.tw/m/Journal/detail.aspx?no=402726)
亨丁頓舞蹈症 ( Huntington's Disease，HD)，以緩慢起病和進展的舞蹈病和癡呆為特徵。為體染色體**顯性遺傳**，異常基因位置在 4p16.32，是三核苷酸異常擴增 (CAG)，導致基因產物異常，引起腦部神經細胞退化是主要的致病機轉。
- ### 多發性內分泌腫瘤
- [認識多發性內分泌腫瘤 - 高點醫護網](http://doctor.get.com.tw/m/Journal/detail.aspx?no=402473)
- MEN-Ⅰ 是一種體染色體**顯性遺傳疾病**，又稱 Wermer Syndrome ，患病率約 2/10 萬 ~20/10 萬。MEN- Ⅰ包括甲狀旁腺、胰島細胞、垂體腫瘤組成，發現三者異常基因而導致 MEN- Ⅰ是位於第 11 號染色體上 ，為一種抑癌基因。
- MEN-Ⅱ 是也一種體染色體**顯性遺傳疾病**，患病率約為 1/10 萬 ~10/10 萬。
- ### 乳癌與BRCA
- [乳癌與BRCA 基因突變| News & Awards - 中國醫藥大學附設醫院](https://www.cmuh.cmu.edu.tw/NewsInfo/NewsArticle?no=3168)
- BRCA1 或BRCA2 基因的突變皆為「自體顯性遺傳」；在家族性乳癌、卵巢癌症候群中，一旦BRCA1 或BRCA2 基因產生突變，其家族子代中所有成員皆有50% 之機會帶有此突變基因。
- 「BRCA 基因有害突變」也只能解釋 5-10 % 的乳癌或 10-15% 卵巢癌之原因；大部份的乳癌或卵巢癌不能歸咎於 「BRCA 基因突變」；因此，判斷 「BRCA 基因突變」的意義必須要很小心。
- ### 馬凡氏症 Marfan syndrome
- [財團法人罕見疾病基金會](https://www.tfrd.org.tw/tfrd/rare_b/view/id/109)
- 馬凡氏症（Marfan syndrome）是一種全身性結締組織病變的疾病，主要是因第15對染色體上的肌原纖維蛋白（fibrillin—1，FBN1）基因發生突變所致，為體染色體**顯性遺傳**，發生率約為5千至1萬分之1，其中約有1／4病患是屬於自發性突變，沒有家族史。
- ### Q&A
- Q: 有沒有顯性遺傳疾病？請舉例？
A: ChatGPT
- 艾爾頓-賈爾綜合症：Albinism
- 多指症：Polydactyly
- 傳億病：Huntington's disease
- 多發性內分泌腫瘤型Ⅰ病：Multiple Endocrine Neoplasia Type 1 (MEN1)
- 多發性內分泌腫瘤型Ⅱ病：Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 (MEN2)

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## 表現型資料庫

### terms
- ### Ontology: 本體論
- [個人理解] 一種統一的分類體系(講好的分類規則)，可以針對功能(特性)、過程、或組成進行分類，就像 域界門綱目科屬種，所以也可說是「標準化術語」
- 原發性顫抖（essential tremor） -> 癲癇？舞蹈症？巴金森氏症？
- 不自主抽動
- 不自主抖動
- 不自主顫動
- 無法控制的動作
- 不自主運動
- ### Gene Ontology
- ### [ChatGPT] Gene Ontology 是什麼意思？
Gene Ontology（GO）是一種用於描述基因功能和相關生物學過程以及細胞組成的標準術語系統。它是一種統一的詞彙和分類體系，用於標記和分類基因和蛋白質的功能特性。Gene Ontology 是一個由生物學家和生物信息學家共同創建和維護的知識庫，旨在幫助研究人員更好地理解基因和蛋白質之間的功能和相互作用。

Gene Ontology 包括三個主要方面：

- **分子功能（Molecular Function）**： 描述蛋白質分子的具體功能，例如酶活性、蛋白質結合、受體活性等。

- **生物學過程（Biological Process）**： 描述基因和蛋白質參與的生物學過程或活動，例如代謝、細胞分裂、免疫響應等。

- **細胞組成（Cellular Component）**： 描述基因和蛋白質存在於細胞的特定位置或組織結構，例如細胞核、細胞膜、細胞質等。

Gene Ontology 使用一個層次結構，其中每個功能或過程都可以進一步細分為更具體的子項目。這種結構使得研究人員能夠更精確地描述和理解基因和蛋白質的功能特性，並在不同生物學研究中比較和分析數據。

GO 的標準化術語使得不同實驗室和研究領域之間的溝通更加容易，同時也促進了基因功能注釋和數據庫的建立。它在生物信息學、基因組學、分子生物學等領域中廣泛應用，幫助研究人員進行基因功能分析、基因表達分析、蛋白質相互作用預測等研究工作。

### HPO
- [人類表型功能分類資料庫介紹](https://yourgene.pixnet.net/blog/post/120251329)
- 基因不但會彼此調控還會互相影響
- 像移碼突變(frameshift mutation)這類非常嚴重的突變，突變位點之後的胺基酸序列會全部受到影響
- 有些研究機構就去收集歸納已知的「基因變異」與疾病之間的關係，將之整理成比對參考用的資料庫，例如：ClinVar1與COSMIC2等等資料庫。

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### 如何發現基因與臨床症狀之關聯
- [[PDF] 台灣族群帕金森氏症Parkin及HTRA2基因變異的分子遺傳及功能研究](http://rportal.lib.ntnu.edu.tw:8080/server/api/core/bitstreams/643f378c-b903-4854-8700-c345bd998b06/content)
- 國立臺灣師範大學生命科學系碩士論文
- [臺灣博碩士論文知識加值系統](https://ndltd.ncl.edu.tw/cgi-bin/gs32/gsweb.cgi?o=dnclcdr&s=id=%22097NTNU5105039%22.&searchmode=basic)

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## 非編碼區DNA (垃圾DNA)
- [魔鬼藏在細節裡－非編碼基因變異造成神經發展疾患](https://investigator.tw/11182/)
- CNEs: conserved non-coding elements 保守非編碼元件
- 位於非編碼區的 CNEs ，產生神經中樞相關遺傳疾病，並不能透過 gnomAD 資料庫 (外顯子定序資料庫) 標記來發現
- [哪些非編碼 DNA 會影響植物育種？KeyGene、Annogen 啟動基因體研究計畫 | GeneOnline News](https://geneonline.news/non-coding-dna-keygene-annogen/)
- 在植物中，啟動子（promoters）是時下最常被研究的一種非編碼 DNA，它具有調控植物基因表現程度的能力，例如影響花朵鮮豔度、果實甜度、對病蟲害的免疫力等等。

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## [推測] 疾病的診斷方式
### [蕾特氏症（Rett Sydrome)](https://www.vghtc.gov.tw/UnitPage/RowViewDetail?WebRowsID=a6acf085-62af-452b-b8ee-1df0c661b823&UnitID=e9033ff7-7292-47f7-9742-4f30b4d8c63b&CompanyID=e8e0488e-54a0-44bf-b10c-d029c423f6e7&UnitDefaultTemplate=1)

- ### Q: 底下是一些特徵：
第一期（六個月～一歲半，早期）：
嬰兒於6~18個月前通常發展正常，患嬰於此年齡期之症狀通常會被忽略，父母開始會覺得嬰兒目光不注視外界人物，逐漸對玩具不感興趣。父母若回朔嬰兒早期時，會感知嬰兒很安靜、乖巧，也有母親會覺得病嬰特別喜好搓手，另外也注意到頭圍成長趨緩。

第二期（一～四歲，發展明顯遲緩及退化期）：
患童會顯現快速退化及發展遲緩現象，包括語言表達逐漸喪
失，呈現洗手、捻手、搓手等刻板動作，偶而的將手無理由的放在背後觸摸，握緊手、張手等，有的患童會呈現吐舌、陣發喘氣、睡眠不安或走路開始不穩，頭圍明顯成長趨緩。

你覺得可能是什麼疾病？
- ### A: [ChatGPT]
根據所提供的特徵描述，這些症狀可能與自閉症譜系障礙（Autism Spectrum Disorder，簡稱ASD）相關。自閉症譜系障礙是一種神經發展性疾病，主要影響社交互動、語言和溝通能力，以及對環境的行為和興趣。

特別是在第一期（六個月～一歲半，早期）描述了嬰兒開始對外界人物缺乏注視，對玩具不感興趣，以及母親注意到一些行為特點，如喜好搓手等。而在第二期（一～四歲，發展明顯遲緩及退化期）描述了語言表達的逐漸喪失，刻板動作（如洗手、捻手、搓手等），以及可能的神經系統異常（如走路不穩、睡眠不安等）。

然而，請注意我只是根據提供的特徵進行了初步的推測，如果您有相關擔憂，應該儘快諮詢醫生或專業的醫療專家進行詳細的診斷和評估。自閉症譜系障礙是一個複雜的疾病，其診斷需要進一步的評估和診斷。

- ### Q: 根據我上述提供的症狀，你覺得可能的 HPO term 有哪些？
- ### A: [ChatGPT]
根據您提供的症狀描述，可能相關的HPO（人類表型本體學）術語可能包括：

1. **注視不足 (HP:0000738)**：指嬰兒對外界人物缺乏注視，可能與社交互動障礙相關。
2. **對玩具不感興趣 (HP:0009813)**：嬰兒對玩具缺乏興趣，可能與興趣或互動的變化相關。
3. **語言表達能力丧失 (HP:0002465)**：患童語言能力逐漸喪失，可能與語言發展退化有關。
4. **刻板動作 (HP:0010552)**：描述了洗手、捻手、搓手等反覆的刻板性動作。
5. **手部動作異常 (HP:0002793)**：描述了在無明顯原因下將手放在背後觸摸、握緊手、張手等異常手部動作。
6. **頭圍成長趨緩 (HP:0000252)**：頭圍的成長速度減緩，可能與神經系統發展有關。

請注意，這只是根據您提供的症狀進行的初步推測，HPO術語需要進一步的臨床評估和診斷確認。如果您對這些症狀有擔憂，建議尋求醫生或專業的醫療專家進行詳細的診斷和評估。

- ### Q: 能同時提供上述 HPO term 原始英文名稱？
- ### A: [ChatGPT]
當然，以下是您提供的症狀所對應的可能HPO術語及其原始英文名稱：

1. **注視不足 (HP:0000738)**：Hypoplasia of the fovea
2. **對玩具不感興趣 (HP:0009813)**：Lack of interest in toys
3. **語言表達能力丧失 (HP:0002465)**：Loss of ability to express oneself verbally
4. **刻板動作 (HP:0010552)**：Stereotypy
5. **手部動作異常 (HP:0002793)**：Abnormal hand movements
6. **頭圍成長趨緩 (HP:0000252)**：Microcephaly

請注意，這些HPO術語只是描述可能的相關特徵，並不等同於確診或診斷。如果您對這些症狀有擔憂，請尋求醫療專業人員的建議以進行進一步評估和診斷。

- ### 蕾特氏症肢體動作影像
醫生觀察到的症狀：洗手、捻手、搓手等反覆動作
- -> **專業術語**：刻板動作
- -> **症狀**：Stereotypy
- -> **HPO**: 0010552

- ### Geneyx 的操作
> dataset: HG002

- ### 在 geneyx 的 HPO 欄位，打上 Stereotypy
[](https://hackmd.io/_uploads/HJuS2nenh.png)
- ### 出現兩筆基因都跟 Stereotypy 有關
[](https://hackmd.io/_uploads/rJbFnhg22.png)
- ### 第一筆 ACMG 判讀：
[](https://hackmd.io/_uploads/Skwt3he23.png)
- ### 第二筆 ACMG 判讀：
[](https://hackmd.io/_uploads/H1Tt23ghn.png)
- 看起來 致病因素都有亮燈，但最後都歸類於 VUS

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## 精準醫療
- [癌症的基因檢測與精準治療](https://www.canceraway.org.tw/uploads/No79.pdf)

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## 染色體異常
> 結構性變異、染色體重組、染色體易位

- [貓哭症](https://zh.wikipedia.org/zh-tw/%E8%B2%93%E5%93%AD%E7%97%87)
- 每年出生的活產嬰兒中，約每兩萬至五萬名新生兒之中有一人患有此症。
- 此症可發生於任何族裔，男女比例約為3:4。
- 其他疾病
[](https://i.imgur.com/W7DWEG8.png)

- [SYT-SSX基因融合可當作關節滑液肉瘤組織形態及預後的決定因素](http://www.tccf.org.tw/old/document/STS01.HTM)
- :::info
:bulb: **[ChatGPT][基因融合] 何謂基因融合，有實際例子？**

基因融合是指兩個或多個基因在一起形成一個新的功能基因的過程。這個過程可以通過不同的機制來實現，例如基因重組、染色體重排和基因突變等。基因融合在生物進化和疾病發生中都起著重要作用。

一個實際的例子是SYT-SSX基因融合，這是一種導致肉瘤的基因融合事件。在這種情況下，SYT基因和SSX基因發生了重排，產生了一個新的功能基因。這種基因融合與肉瘤的發生有關，因為它改變了細胞的正常生長和分化，並促進了腫瘤細胞的形成。
:::
- 基因融合 例子
- **BCR-ABL基因融合**：這是一種導致慢性髓細胞白血病的基因融合事件，將BCR基因和ABL基因連接在一起形成一個新的功能基因。
- **TMPRSS2-ERG基因融合**：這是一種在前列腺癌中經常出現的基因融合事件，將TMPRSS2基因和ERG基因連接在一起形成一個新的功能基因。
- **ALK基因融合**：這是一種導致肺癌和其他惡性腫瘤的基因融合事件，將ALK基因和其他基因連接在一起形成一個新的功能基因。
- **RET基因融合**：這是一種導致多種癌症的基因融合事件，將RET基因和其他基因連接在一起形成一個新的功能基因。

這些基因融合事件都與癌症的發生和發展有關，因為它們可以改變細胞的正常生長和分化，並促進腫瘤細胞的形成。
- [肺癌的ALK分子檢驗](http://www.biomedicine.org.tw/Upload/V6N4%20%E8%82%BA%E7%99%8C%E7%9A%84ALK%E5%88%86%E5%AD%90%E6%AA%A2%E9%A9%97-199.pdf)
- 在肺臟，ALK是不表現的
- NPM-ALK融合基因
- 基因融合示意圖
- [利用高通量基因體分析平台進行癌症致病機轉的研究](https://ndltd.ncl.edu.tw/cgi-bin/gs32/gsweb.cgi/login?o=dnclcdr&s=id=%22105YM005550004%22.&searchmode=basic)
- 色體重組或易位引發的融合基因在癌症發生過程中扮演重要角色
- 透過分析全基因體基因定型生物晶片掃描12個常見肝癌細胞株
- 發現 FNDC3B-PRKCI 融合基因
- 具有促進細胞遷移(migration)及增生的能力
- 近年來的研究知道：==**微小核醣體在人類癌症發生過程中可能扮演致癌或抑癌因子**==
- 癌症的發生與進程是相當複雜且多變，個體間的差異也極大

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## 近親結婚
- [除了人類基因體計畫，還有另一種：Human Knockout Project](https://lifesci-murmur.blogspot.com/2017/04/human-knockout-project.html)
- MacArthur 和同事發現健康的人平均有一百種 LoF variants 和二十個完全喪失功能的基因突變
- 發現他們真的缺少不少基因，在 821 人裡有 781 個基因共出現 847 種 variants，其中有 575 個 variants 是 LoF。
- 有 38 個人缺少了之前以為很重要的基因，但只有 9 人因為缺少這些基因而生病
- 這個研究發現少了一個或一對 Lp-PLA2 基因的巴基斯坦人得到心血管疾病的機率並沒有比較低，也許可以解釋為什麼 Lp-PLA2 inhibitor 會失敗

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## 孕前遺傳疾病診斷
- [胚胎著床前基因診斷（PGD)](http://www.hemophilia.org.tw/page/about/index.aspx?kind=148)
具有單一基因遺傳疾病的家族，在孕育下一代時，都需等到懷孕後再以侵入性檢查（如絨毛採樣或羊膜穿刺），進行基因檢測，才能得知胎兒是否正常，若結果為胎兒患有遺傳疾病，則中止妊娠，這中間會經歷長時間的身心煎熬。利用「胚胎著床前基因診斷」技術，將檢測提早於胚胎著床前，經由基因診斷，將無基因異常的胚胎植入母體，避免生下帶有基因缺陷的胎兒。
- [新一代胚胎著床前染色體篩查方案](https://www.prismabiotech.com.tw/vitrolife)

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## 藥物反應
### 藥物過敏
- ### 史帝芬－強生症候群 (Stevens-Johnson syndrome)
- 藥物或是代謝物刺激T細胞引發嚴重自體免疫反應
- [HLA-B*5801 藥物過敏基因篩檢](https://www1.cgmh.org.tw/intr/intr2/c3920/INFOR/01/HLA-B%205801_2013.pdf)
- 藉由 HLA-B*5801 基因篩檢可預先偵測病患的基因型，協助醫師評估是否需使用替代藥物，以避免病患發生藥物不良反應症狀。

### 精準用藥
- ### [CYP2C19基因多型性在臨床藥物基因體篩檢的重要性](https://www.labmed.org.tw/journal04.asp?IsAno=7&IsBno=23&IsCno=85&IsDno=135)
- 目前已知CYP2C19基因有25種多型性變異
- `CYP2C19*2` 與 `CYP2C19*3` 基因型對 clopidogrel 的代謝率較差，擁有此基因型者為poor metabolizer (PM)，在用藥後效果多不如預期，易引起血栓。
- 而 `CYP2C19*17`基因型對 clopidogrel 的代謝率會增加，為ultra rapid metabolizer (UM)，增加血流不止的危險性。

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## @ 有勁的基因資訊 :: 痞客邦 ::
- ### [認識不孕症⼀克林菲特氏症](https://yourgene.pixnet.net/blog/post/121280680)
- 如果以核型來標示，正常男性為46,XY，女性為46,XX。
- 克林菲特症是在1942年由克林菲特醫師發現，罹患此症的男性其細胞中多了一條X性染色體，核型標示為47,XXY。

- ### [融合基因 (fusion gene) 經常發現在血癌、前列腺癌及軟組織肉瘤](https://yourgene.pixnet.net/blog/post/70857951)
- 應用 NGS 的技術在 RNA-seq 上，陸續有研究在癌症發現新的融合基因
- Michael F. Berger 等人在2010年使用 GA2 定序了 10 個皮膚癌樣本的 RNA-seq，從中首次發現了融合基因，對於皮膚癌在生物調控上的機制給予新的觀點及突破。
- 參考資料
- [Illumina 融合基因檢測工具整理](https://www.prismabiotech.com.tw/post/iillumina生態系中融合基因檢測工具整理)
- 除了分析 RNAseq 表達外，也會檢查 BAM 檔中是否有融合基因的證據。
- Manta (Structural Variant Caller)
由 illumina 所開發，針對結構變異及融合基因檢測的開源演算法。

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## 台基盟生技
- [Congenica基因解讀案例分享](https://cghdpt.cgmh.org.tw/files/news/40d24ba6-ee49-4109-8aa0-c3c8d105d7ca.pdf)

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## 台北榮總
### 張家銘
- ### [[PDF] 利用基因體資訊量身選擇個人最適合的藥物](https://wd.vghtpe.gov.tw/pharm/files/4.1/2021/利用基因體資訊量身選擇個人化藥物.pdf)

- ### [[基因醫師張家銘] 孕前基因檢測](https://www.facebook.com/cmgenome/posts/pfbid0BCEQzZXvPpTBNbYoxzW3DSZvM4f4iCoQ7LAcCa9oj11n7fqqsr8QQURu5rgZdJ6il)
> 王先生自己倒是有一對NQO1基因的變異，這個基因，會造成人體對常用的化學物質”苯”的代謝能力比較差，較容易累積在身上。苯是一種致癌物，有這種體質的人 因為不容易代謝苯，罹癌的風險較高。
>
> 他的工作，與防水工程有關，正好會長期接觸到苯。

- ### [[基因醫師張家銘] 準醫療〉瞭解你的基因了嗎？先進的基因定序判斷更準](https://www.gvm.com.tw/article/85731)
> 浩瀚的人體基因，大約有30億個鹼基對，個人獨特的基因影響了一生的健康，而沒有一個人的基因是完美的。在精準醫療的新時代，需要開始做以前沒做的──打開基因密碼，這是掌握個人健康的關鍵點。
- 「我未來會罹患某種疾病嗎？可以預防嗎？」
- 「我為何會得到這種癌症？哪種治療或藥物最適合我？」
- 「我準備生小孩，擔心下一代會不會有異常？」
- 「我的家人生病了，我未來會不會有一樣的情況？」

- ### 2023/05/28 -[年輕的肺腺癌原因](https://www.dna.tw/content/cate4-1072.html)
- 相關基因: NTHL1

- ### 2023/06/04 - [高帕金森氏症風險的預防](https://www.dna.tw/content/cate4-1073.html)
- 相關基因：LRRK2, PARK2, PINK1, DJ1
- 我從善如流幫他寫了一份有些特別的診斷書:
「因為病患具高帕金森氏症風險，建議避開化學污染，宜遷移至山上或者是海邊 等處，以降低帕金森氏症的風險」

- ### 2023/06/18 - [精神科教授的全基因檢測](https://www.dna.tw/content/cate1-1075.html)
- 相關基因：SLC6A4
- SLC6A4基因：高敏感及內傾(内向) (#個性)

- ### 2023/05/14 - [造成中風及失智的NOTCH3基因變異](https://www.dna.tw/content/cate1-1070.html)
- 相關基因：NOTCH3

- ### 2023/05/07 - [精準預防醫學會將提供基因檢測判讀課程](https://www.dna.tw/content/cate1-1069.html)
[](https://www.dna.tw/upload/202305/230507_1683457314.jpg)
- 相關基因：PIK3CA

- ### TOPPMS 專業基因體分析及推廣應用

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## 高雄長庚
- [高雄長庚紀念醫院 遺傳諮詢中心](https://www1.cgmh.org.tw/intr/intr4/c8a600/rare-PediatricNeurology.htm)
- [[台中榮總] 蕾特氏症（Rett Sydrome)](https://www.vghtc.gov.tw/UnitPage/RowViewDetail?WebRowsID=a6acf085-62af-452b-b8ee-1df0c661b823&UnitID=e9033ff7-7292-47f7-9742-4f30b4d8c63b&CompanyID=e8e0488e-54a0-44bf-b10c-d029c423f6e7&UnitDefaultTemplate=1)

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## 參考資料
- ### [《博士開講》牛道明：全基因定序 有效防癌症與猝逝](https://ec.ltn.com.tw/article/breakingnews/3823314)
- [[youtube]《博士開講》牛道明：全基因定序 有效防癌症與猝逝](https://www.youtube.com/watch?v=XiilL73vJl0)
- 馬凡氏症候群 -> 主動脈剝離 -> 猝死
- 有藥物以延緩疾病的進程
- 定期至心臟科追蹤檢查，及早介入處理，可避免猝死的發生
- **參考資料**
- [奪走吳清友生命的馬凡氏症，有多麻煩？](https://www.cw.com.tw/article/5084003)
- 發病率：萬分之一
- 已知：基因fibrillia-1-gene的突變所造成
- 除了高瘦特徵，深度的近視、水晶體脫垂，甚至造成視網膜剝離而雙眼失明也是常見症狀。
- 美國馬凡基金會提供馬凡氏症7個明顯可見的症狀
- [Marfan Syndrome 馬凡氏症](https://epaper.ntuh.gov.tw/health/202004/child_1.html)
- [[FBN1] wiki](https://en.wikipedia.org/wiki/Fibrillin_1)
- 心律不整
- 身體十分健康的人
- 跑步 -> 死掉
- 馬拉松比賽 -> 突然去世
- 事先知道自己有這個體質
- 就可用一些藥物進行預防
- 或是避免一些非常劇烈的運動
- 體質
- 一些抗生素，造成聽力喪生
- [不當使用藥物 也會損聽力](https://udn.com/news/story/7266/6366332)
- 具粒線體基因突變的病人使用"胺基醣苷類抗生素"此類藥品時，可能會增加耳毒性風險
- 對葉酸代謝不好
- 容易有中風、新血管疾病
- 補充葉酸
- 吃了某些藥，造成皮膚潰爛
- ### [健康前沿：開啟個體化治療對你來說意味著什麼？](https://www.bbc.com/zhongwen/trad/science-48690673)
- 我們每個人身體中有99%的DNA是相同的。但剩下的那不到1%的區別才是構成我們每個人獨一無二的原因。也正是由於這一微小的差別，才會影響人們所患疾病的嚴重程度以及接受治療的效果等。
- 個體化治療既能用在緊急搶救中的急症患者，也能用在像癌症這樣相對長期的慢性病患者身上。
- ### [用基因體定序診斷胎兒異常的共識立場聲明](http://www.tpms.org.tw/2018/01/25/用基因體定序診斷胎兒異常的共識立場聲明/)
- 專家共識認為：除非確認有胎兒異常，否則不建議以侵入性方法
- 在實施診斷性基因體定序時，必須特別小心考慮下列各點

- ### [台灣人酒精代謝基因缺陷率高居世界第一](http://www.chimei.org.tw/ePhotoAlbum/files/63A25E19DEE77D447010B871153AE4C3.pdf)
- ~喝酒易臉紅 罹食道癌風險高 14 倍
- 奇美醫學中心共同研究並率先提出基因檢

- ### [阿茲海默症相關基因- 脂蛋白酶元E 分型檢測 - 長庚醫院](https://www1.cgmh.org.tw/intr/intr2/c3920/sop/newsletter/L72-698%20%E9%98%BF%E8%8C%B2%E6%B5%B7%E9%BB%98%E7%97%87%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E5%AE%A3%E5%82%B3%E5%96%AE.pdf)
| SNP | Position | Alleles | ClinVar |
|-----|----------|---------|---------|
| [rs429358](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs429358) | chr19:44908684 (GRCh38.p13) | T>C | [ClinVar](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=((682795[AlleleID])OR(32903[AlleleID]))) |
| [rs7412](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs7412) | chr19:44908822 (GRCh38.p13) | C>T | [ClinVar](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=((32887[AlleleID]))) |

| rs429358 基因型 | rs7412 基因型 | APOE 基因型判讀 |
|:----------------:|:-------------:|:---------------:|
| T | T | E2 |
| T | C | E3 |
| C | C | E4 |

- APOE exon4 上的兩個位點，可以轉譯出三種 isoforms 分別為 E2、E3 及 E4。
- rs429358 (c.388T>C, p.Cys130Arg)
- p. = protein
- Cys(**U**GU, **U**GC) -> Arg(**C**GU, **C**GC, CGA, CGG)
- DNA: T -> RNA: U -> Protein: U
- position: 130
- rs7412 (c.526C>T, p.Arg176Cys)
- 備註：
- [描述蛋白質變化](https://hackmd.io/YVZr6VAXQjCIhyiqcLLdhQ#%E6%8F%8F%E8%BF%B0%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B3%AA%E8%AE%8A%E5%8C%96)
- 當 rs429358 與 rs7412 的基因型分別為 T 與 T 時，APOE的基因型判讀為E2；
- 當 rs429358 與 rs7412 的基因型分別為 T 與 C 時，則判讀為 E3，
- 而 rs429358 與 rs7412 的基因型分別為 C 與 C 時，則判讀為 E4。
- 因此，遺傳自父母的 APOE 主要有六種對偶基因型(alleles)：E2/E2、E2/E3、E2/E4、E3/E3、E3/E4 及 E4/E4，其發生率以 E3/E3 最常見
- 備註：
- [rs429358](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs429358) | chr19:44908684 (GRCh38.p13) 有可能跟 阿茲海默症(Alzheimer) 和 帕金森氏症(Parkinson) 有關
- [ClinVar](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=((682795[AlleleID])OR(32903[AlleleID])))
- [第二點：NM_000041.3(APOE):c.[305C>G;388T>C]](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/441269/?new_evidence=true)

- [檢驗項目- 臺中 - 台中榮總](https://www.vghtc.gov.tw/UnitPage/RowViewDetail?WebRowsID=1d9434b8-9b44-41f0-b166-c7c3975b718c&UnitID=3607794c-42f0-4147-88eb-74404636cd6f&CompanyID=e8e0488e-54a0-44bf-b10c-d029c423f6e7&UnitDefaultTemplate=1)
次世代定序疾病基因突變檢測 (Whole exome Sequence)
| 基因檢測 | 基因 |
|--------|------|
| 失智症基因檢測 (Dementia gene test) | APOE, APP, C9orf72, CSF1R, DNMT1, EIF4G1, GBA, GRN, MAPT, PRNP, PSEN1, PSEN2, SNCA, SNCB, TREM2, TYROBP |
| 腦血管風險基因檢測(Cerebrovascular diseases) | Notch3, APOE, FTO |
| 失智症和帕金森(Dementia and Parkinson) | APOE, APP, ATP13A2, ATP1A3, C9orf72, CSF1R, DCTN1, DNMT1, EIF4G1, FBXO7, GBA, GCH1, GRN, HTRA2, LRRK2, MAPT, NOTCH3, PARK7, PINK1, PLA2G6, POLG, PRKN, PRKRA, PRNP, PSEN1, PSEN2, SLC6A3, SNCA, SNCB, TAF1, TH, TREM2, TYROBP, UCHL1, VPS35 |
- 如何找疾病所對應的基因
| [HPO] Parkinson disease | Gene Associations |
|-----|-----|
| [Parkinson disease 1, autosomal dominant](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:168601) | SNCA |
| [Parkinson disease 13](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:610297) | HTRA2 |
| [Parkinson disease 14, autosomal recessive](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:612953) | PLA2G6 |
| [Parkinson disease 15, autosomal recessive early-onset](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:260300) | FBXO7 |
| [Parkinson disease 17](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:614203) | VPS35 |
| [Parkinson disease 18](https://hpo.jax.org/app/browse/disease/OMIM:614251) | EIF4G1 |
- 失智症
- [健康醫療網》林志玲淚崩「媽媽不認得我了」 認識失智症２大分類](https://talk.ltn.com.tw/article/breakingnews/4328330)
- 一、退化型失智症
1. 阿茲海默症
2. 額顳葉型失智症
3. 路易氏體失智症
- 二、血管型失智症

- ### [A GUIDE TO INTERPRETING SEQUENCE VARIANTS](https://www.sickkids.ca/PDFs/Paediatric%20Laboratory%20Medicine/info-sheets/64478-SeqVariants%20Info%20Sheet.pdf)

- ### [生活習慣和環境也在不斷影響人體](https://www.hk01.com/%E5%8D%B3%E6%99%82%E5%9C%8B%E9%9A%9B/393813/)
> 日本科學研究DNA血液尿液　推測人類存活率準確度達80%
>
- 僅是特定基因異常還無法解釋病因。透過最頂尖技術修復特定基因也不一定能治癒疾病

- ### [癌液準(AlphaLiquid 100)-循環腫瘤DNA檢測](https://www.tshbiopharm.com/ec99/rwd1427/category.asp?category_id=98)
- 118基因全外顯子定序(Full Exon Sequencing)
- 完整檢測四大基因突變類型( SNV, InDel, CNV, Fusion )
- 微衛星不穩定狀態( Microsatellite Instability, MSI )
- 腫瘤突變負荷量（Tumor Mutation Burden, TMB）
- 6 種檢測變異資訊
- SNV、InDel、CNV、Fusion、MSI、TMB

- ### [為什麼癌症治療會出現抗藥性？看懂6種抗藥性機轉](https://www.breastcf.org.tw/contents/text?cid=62&tid=103)
當今二十一世紀，已邁入精準醫學及個人化醫療的時代，癌症治療自不例外，已經慢慢改變過去傳統「一體適用」(one size fit all )之標準療法，而是根據每位癌友個別狀況做量身訂製之個人化的用藥選擇，如此可以達到療効極大化、副作用極小化、如有抗藥性產生亦可適時調整改變用藥，進而提升活存率，降低死亡率，更重要的是讓癌友在治療過程中免受治療期間因為副作用造成之痛苦，使生活品質提升，相對地，也減少不必要的醫療浪費，此乃癌友之福。

- ### 血友病
- [血友病是什麼](http://www.hemophilia.org.tw/page/about/index.aspx?kind=85)
- 血友病依其缺乏凝血因子種類之不同，可分為：
- A型血友病：缺乏第八凝血因子
- B型血友病：缺乏第九凝血因子
- C型血友病：缺乏第十一凝血因子
- [血友病的遺傳](http://www.hemophilia.org.tw/page/about/index.aspx?kind=87)
- [血友病的治療曙光-基因治療發展FAQ](http://www.hemophilia.org.tw/page/about/index.aspx?kind=143)

- ### 類風濕性關節炎
> 基因：人類白血球抗原（HLA-DR4）及（HLA-DR9）
- [關節超音波 有效診斷早期類風濕性關節炎](https://www.commonhealth.com.tw/article/84408)
- 若是直系血親有自體免疫疾病，家族成員中會有三分之一至一半都有免疫相關疾病
- [類風濕性關節炎](https://depart.femh.org.tw/rheumatology/RA.html)
類風濕性關節炎的發生率約佔人口的0.5%，女性患者人數是男性的3到4倍。
- [免疫學-免疫缺失](http://doctor.get.com.tw/m/Journal/detail.aspx?no=402448)
免疫缺失的原因包括辨識錯誤、無法辨識外來物、反應過度之過敏反應。HLA 對偶基因異常可造成自體免疫性疾病，如HLA-B27常可在Ankylosing spondylitis或Acute anterior uveitis患者血清中出現。

- ### [基因突變攜帶者每天只需睡六小時](https://big5.sputniknews.cn/20190830/1029429994.html)
> 第10號染色體短臂的ADRB1基因中，都有一個胞嘧啶被鳥嘌呤取代，這導致一個氨基酸被相應的蛋白質取代，而非被含有纈氨酸的丙氨酸取代。

- ### [是基因的良性變異還是致病的突變?以黏多醣症第二型新生兒家族篩檢遺傳諮詢為例](http://www.biomedicine.org.tw/Upload/3_09_%E6%98%AF%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E8%89%AF%E6%80%A7%E8%AE%8A%E7%95%B0%E9%82%84%E6%98%AF%E7%AA%81%E8%AE%8A.pdf)

## 罕見疾病
### SMA 脊髓肌肉萎縮症
- [只要辦帳號就送300萬現金！？號召上千人洗爆知名交易所！【好棒Bump】](https://www.youtube.com/watch?v=X9Yocc0tK2g)

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## 術語
- effect, consequence, outcome, result
> [詞義辨析](https://dict.cn/big5/effect)

- 這四個詞都可表示「效果,結果」。其區別是：
- result 是普通用語,指直接或間接、近因或遠因所引起的結果;
- consequence 指自然而然的或當然的結果;
- effect 嚴格強調因果關係,指和 cause 直接相對應的結果;
- outcome 強調事件的特有的結局,表示最終的結果。例如:
- 範例
- The fire was the result of carelessness.
這次大火是粗心大意的結果。
- The rise in lung cancer was a consequence of cigarette smoking.
肺癌的增加是吸煙的結果。
- He began to experience the evil effect of drinking.
他已經開始感受到喝酒的有害影響。
- The outcome of the war was doubtful.
戰爭的勝敗尚難預料。
- ### [[FB] 上醫治未病，中醫治欲病，下醫治已病"出自《黃帝內經》](https://www.facebook.com/SkyCells/posts/1061322917298851/)
- 當代名醫陸廣莘先生雲：
- 上醫治未病之病，謂之養生；
- 中醫治欲病之病，謂之保健；
- 下醫治已病之病，謂之醫療。
- 用後現代醫學的說法
- "上醫" 屬於養生學
- "中醫" 屬於保健學，或者叫預防醫學
- "下醫" 才是今天理解的醫學。

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## 專業
- [解開基因諮詢師的神秘面紗](https://geneonline.news/201601041700/)
> 未來基因檢測，是需要被把關、探討與規範的，許多國際研討會也都不斷的討論這個議題，這是現在面臨的最大問題。尤其是NGS出了這麼多的研發與創新技術，延伸出的道德議題卻沒有對應的解答與共識。由此看來，基因檢測的發展突飛猛進，可是要如何謹慎的檢視是其背後很重要的一項課題。
>
> 台灣的基因檢測雖然也發展的很快，但支援前、後端的人才卻不夠，沒有符合資格的人去解釋這些數據，會不會因此而病人做出錯誤的決定？這些數據獲得後該如何應用？ 要是其實患病風險並沒有很高，當事人卻在看了報告後直接把子宮拿掉或是切除乳房，真的有其必要性嗎？當未知的事物發生，人性難免會一直往壞的地方想，這時就必須有基因諮詢師存在與協助的必要。
>
> 引用國際會議上的一段話：「病患和人類，每個人都有權利知道自己基因所有的數據、所有的DNA，有權利去知道怎麼運用這些數據、知道數據背後的意義。可是如果沒有後端遺傳醫師或遺傳諮詢師這些有專業訓練背景的人，就沒有辦法好好地去分析和解釋，可能會得到錯誤的訊息。」現在可能不知道意義的東西，或許過幾年因為有新的發現就會被重新定義，所以需要不斷的去重新檢視，我覺得這是當前發展最重要的議題。

- [職場新趨勢：了解遺傳諮詢師的 6 件事 | GeneOnline News](https://geneonline.news/6-things-about-genetic-counselors/)