科普知識
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###### tags: `基因體`, `科普`, `生物資訊`, `動物`, `黑猩猩`

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[TOC]

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## https://investigator.tw/
- ### [分類-基因與基因體學](https://investigator.tw/category/science-report/gene-genomics/)
- ### [分類-基因體學](https://investigator.tw/category/science-report/gene-genomics/genomics/)
- [幫細胞貼標籤：單一細胞分析的想法由來](https://investigator.tw/7204/)
> 自古以來人類最喜歡，也最擅長的就是給人「貼標籤」，也就是對事物加以「分類」。
>
> Science 的 2018 年度科學突破之首就是單細胞層級的細胞譜系研究（development cell by cell），使用了單細胞 RNA 定序（single cell RNA sequencing）等技術 [3]。
- ### [分類-計算生物學](https://investigator.tw/category/science-report/bioinformatics/computational-biology/)
- [第三代定序 — SMRT 技術及原理](https://investigator.tw/7007/)

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- 基因體總覽
- [Genomics-Human genome project (基因組學－人類基因體計劃及其應用)](http://www2.nsysu.edu.tw/Bio/images/commen/Genomics-Human%20genome1090530.pdf)
> 國立中山大學 生物科學系 黃明德

- 基因名詞解釋
- [基因概念的演變](http://www.sec.ntnu.edu.tw/Monthly/98(316-325)/318P-DF/02-98011-%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E6%A6%82%E5%BF%B5%E7%9A%84%E6%BC%94%E8%AE%8A_%E6%9C%88%E5%88%8A_.pdf)
- 基因是影響性狀的基礎物質，而非決定性狀的唯一因素，性狀的表現會受到環境因素影響。
- DNA 的分子結構及 A、T、C、G 組成的遺傳密碼，學生不可能在核苷酸序列上在找到「顯性」基因或「隱性」基因，顯隱律的概念也很難在分子的領域中得到解釋。
- 一個基因影響一個性狀的表現，但是進入分子的世界後，「基因」像是一套裝組合(package) (含數個基因)影響一個性狀的表現
- [重定序(Re-sequencing)常見專有名詞，你知道幾個呢？](http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-19.html)
- 基因體定序
- [RNA定序策略選擇的糾結！](http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-10.html)
- 糾結1. 要進行雙端 (Paired End) 定序，還是單端 (Single End) 已足夠？
- 糾結2. 讀長 (read) 的選擇又會如何影響後期的差異基因篩選？
- 糾結3. 定序讀長的選擇是否越長越好？
- [定序錯誤率](http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-45.html)
- CCS: Comprehensive Chromosome Screening

- 基因體儲存空間
- [What is the size of data in gigabytes that is produced from a whole genome sequencing?](https://www.researchgate.net/post/What_is_the_size_of_data_in_gigabytes_that_is_produced_from_a_whole_genome_sequencing2)
- [Big Data: Astronomical or Genomical? (PDF)](https://www.researchgate.net/profile/Bruna_Sollero/post/What_is_the_size_of_data_in_gigabytes_that_is_produced_from_a_whole_genome_sequencing2/attachment/59d621a279197b807797fffc/AS%3A297473751961626%401447934677754/download/BigData-AstronomicalorGenomical.pdf)
> An approximate conversion factor to use in interpreting these numbers is ==4 bases = 1 byte==

- 基因體的應用
- 總體基因體學 (Metagenomics)
- [高度複雜的環境基因體 提供有效率的分析利器](http://www.yourgene.com.tw/content/messagess/contents/655412454415503242/)
- 藥物基因體學
- [人類基因體：自己專屬與生俱來的大數據！](https://news.everydayhealth.com.tw/2014/08/06/9990-_)

- ### 科技新知
- [[科學人雜誌][生命科學][探針] 過敏晶片，一次檢測21種黴菌](https://sa.ylib.com/MagArticle.aspx?Unit=easylearn&id=1653)
- [[lncRNA] 基因也環保 ?! 長鏈非編碼 RNA 的誕生](https://geneonline.news/index.php/2017/11/24/long-non-coding-rnas/)

- ### 蛋白質結構的應用
- [X-光晶體繞射學與結構生物學](https://bc.imb.sinica.edu.tw/images/biotech/07_09.pdf)
> 生物巨分子（包含 DNA、RNA 和蛋白質）的三維結構，已漸漸成為在分子層次上了解各種生命現象所不可或缺的要素。而 X-光晶體繞射學是獲得高解析度蛋白質三維結構最有效的方法。
>
> 至今（2002 年 8 月）在蛋白質資料庫中共存有 16,558 個結構，其中 14,237 個結構是經由 X-光晶體繞射技術所測定的。
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> 蛋白質的三級結構能讓人了解它們所扮演的角色和各式各樣的功能。例如蛋白質是如何與親和試劑結合及催化作用機制反應，抗體是怎麼應付外來的病毒等。一
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- 2015/10/07 - [同步輻射：蛋白質晶體中的生物奧祕](https://scitechvista.nat.gov.tw/c/s2AC.htm)
> 豬環狀病毒是現今哺乳類間最小的病毒之一，嚴重衝擊全球養豬業。目前利用大腸桿菌表現二型豬環狀病毒的外殼蛋白，經過重組後形成病毒顆粒，再使這些病毒顆粒經過蛋白質長晶系統培養，最後形成病毒顆粒蛋白質晶體。利用同步輻射設施收集的這些蛋白質晶體Ｘ光繞射資料，最後分析這些繞射點圖可以得出二型豬環狀病毒顆粒的結構。利用這二型豬環狀病毒顆粒的結構，能了解病毒顆粒組合的關鍵胺基酸，有助於研發破壞病毒顆粒組合的藥物。
- 2020/03/14 - [AI趨勢周報第123期：DeepMind釋出武漢肺炎致病病毒的6種蛋白質結構預測](https://www.ithome.com.tw/news/136358)
> 團隊指出，了解病毒的蛋白質結構，可進一步了解病毒的運作模式，
> 但通常需要數個月的實驗，才能找出蛋白質結構，甚至更久。
> 因此，許多團隊都決定藉助電腦算力，來加速這個過程。

- ### 染色體/染色質結構
- [新技術「顛覆」經典，也讓科學家看到了DNA的無序之美](https://kknews.cc/science/ogaqbzm.html)

- ### 蛋白質結構的變異
- [期刊導讀：TP53基因突變會造成p53蛋白質的結構或功能上產生甚麼樣的影響?](https://unclegene6666.pixnet.net/blog/post/283785658)

- ### 族群 / 後裔 / 族裔
- [關於族裔的分類](https://www.facebook.com/notes/huang-jun-xiang/%E9%97%9C%E6%96%BC%E6%97%8F%E8%A3%94%E7%9A%84%E5%88%86%E9%A1%9E/1114310121928405/)
- \#人類學, \#文化人類學, \#體質人類學
- [只靠粒線體，絕對無法找到人類起源：《Nature》上引發群起批評的人類起源研究](https://pansci.asia/archives/173507)
- [南非人類原鄉？落伍遺傳學，粒線體不能這樣用！](https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/224091447)
- [尼安德塔人的粒線體變化，古 DNA 揭露未知混血秘辛](https://geneonline.news/index.php/2018/01/18/the-secret-of-the-change-of-neanderthal-mitochondrion/)

- ### 精準醫療
#### 資料來源：
- Nvidia GTC - 20201008_A22454_支援異質性基因體科學之高擴展性智能高速運算平台 (蘇中才/ATGENOMIX)
- http://www.nature.com/news/personalized-medicine-time-for-one-person-trials-1.17411

- ### 遺傳因素
- [人類的知識可以遺傳嗎？這個實驗你可能沒有見過](https://kknews.cc/news/jk5lj96.html)
> 用小白鼠做一種氣味的實驗

- ### 突變
- [生命奧秘破解！新研究曝「神秘倒數3200」 歸零意味死亡到來](https://news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3898003)

- ### 農業
- [香蕉也有身分證！找到抗黃葉病品種的 DNA 特徵，保護台蕉專利權](https://technews.tw/2020/03/02/protection-of-taiwan-banana-variety-patent/)
三倍體定序結果，如何判讀？

- ### 動物
- [章魚基因解碼 智能演化驚艷學界](https://e-info.org.tw/node/109536)
- 基因比人類多一萬個 還有複雜神經結構
- 總計約有3萬3000個
- 章魚：27億個鹼基、3萬3000個基因
- ### 黑猩猩 vs 人類
- [人和黑猩猩相似？研究揭示進化論不敢說的秘密](https://www.epochtimes.com/b5/16/8/14/n8199429.htm)
- [研究揭黑猩猩和人類進化分途關鍵　「垃圾DNA」竟主導大腦發育](https://www.hk01.com/article/692789)
- 隆德大學研究人員使用的幹細胞技術是非常先進的技術，這項技術獲得了2012年諾貝爾生理學或醫學獎的認可
- [《人從哪裡來》萬年解惑：為什麼猩猩猴子沒有演化成人？](https://global.udn.com/global_vision/story/8664/6458246)
- 不少人也常問：如果人是從猴子或黑猩猩演化而來的，那為什麼現在還有猴子和黑猩猩？意思是，如果所有猴子和黑猩猩都變成人了，現在就不應當還有這兩種動物，不是嗎？
- 雖然我們和黑猩猩的基因，有將近百分之九十九相同，只有約百分之一的差異，但也不要小看這百分之一的差別。人的基因組，有超過三十億鹼基對。百分之一的差別，等於約三千萬個基因分別。(#基因體 DNA 99% 1% 30億 3000萬 3千萬)
- ### 㺢㹢狓 vs 長頸鹿
- [病毒，進化| 老高與小茉Mr & Mrs Gao - YouTube](https://youtu.be/_oBVDBVTKbU?t=230)

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## Videos
- [“冠狀病毒”是什麼？武漢新型肺炎病毒是如何使人生病的？](https://www.youtube.com/watch?v=E46_veB0DPU)

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## Projects
- ### 臺灣人體生物資料庫
- [2017《Taiwan Biobank 臺灣人體資料庫》 動畫簡介 (3min)](https://youtu.be/a4yK1AhUrRw)
- 目標：現代醫學 → 個人醫學，達到疾病預防與精準醫療 → 更好的健康生活
- [參加流程](https://www.twbiobank.org.tw/new_web/join-flow-before.php)

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## https://www.jianshu.com/
- ### [如何下载生物数据（三）：GATK数据下载]()
- ### [GATK bundle 数据下载](https://www.jianshu.com/p/51edb6b23143)
- ### [基因ID转换方法总结](https://www.jianshu.com/p/6b0b5c55058f)
- ### [连锁不平衡（LD）分析](https://www.jianshu.com/p/4393d1b79924)
- ### [使用CNVnator分析CNV](https://www.jianshu.com/p/98542359df20)
- ### [RNAseq上游流程](https://www.jianshu.com/p/8b1ab452fa7e)