三級分析 / VCF Filter
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## 參考資料
- [留下還是放棄，是一個問題](https://www.luoow.com/dc_hk/105159115)
- [[簡中] 群体遗传专题：关于SNP的过滤（3）：如何从NGS生成高质量的SNP数据集？](https://www.luoow.com/dc_tw/108232523)
- [[繁中] 群體遺傳專題：關於SNP的過濾（3）：如何從NGS生成高質量的SNP資料集？](https://www.luoow.com/dc_tw/108232523)
- [GATK4.0全基因組和全外顯子組分析實戰](https://kknews.cc/news/ab9opzv.html)
- 變異質控和過濾
> 檢測出的突變並不是每一個都可以用於下游分析，有些突變是假陽性，需要進行質控和篩選，將這些位點過濾掉。這部分推薦閱讀 http://www.huangshujia.me/2018/03/23/2018-03-23-WGS-Best-Practics-2.html ，後面的內容也主要參考這篇博文。
- [GATK4.0和全基因组数据分析实践（下）](http://www.huangshujia.me/2018/03/23/2018-03-23-WGS-Best-Practics-2.html)