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# System prepended metadata

title: Galaxy tools 平台使用簡介 - WES分析
tags: [WES, Galaxy, 基因體, 生物資訊計算平台, 2022/11/30+20221130, 生物資訊]

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Galaxy tools 平台使用簡介 - WES分析
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###### tags: `生物資訊`, `生物資訊計算平台`, `Galaxy`, `基因體`, `WES`, `2022/11/30+20221130`

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目錄
[TOC]

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## 資訊來源
- 提供單位：NCHC教育訓練網
- 報名網址：[課程名稱：Galaxy tools 平台使用簡介](https://edu.nchc.org.tw/course/one_course_introduction.asp?lms_auto_course_id=4017&from_course_list_url=homepage)
    [![](https://i.imgur.com/SGGmjUV.png)](https://edu.nchc.org.tw/course/one_course_introduction.asp?lms_auto_course_id=4017&from_course_list_url=homepage)

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## 課程介紹
- ### (一) 課程名稱: Galaxy tools 平台使用簡介
- ### (二) 介紹：
     Galaxy是一種應用在生物資訊的工作流管理與分析系統，
     這個系統讓使用者能夠用圖形使用者介面，以拖拉圖形方式，
     建立多重基因流程分析組合，並實現一鍵執行完成，
     整套基因相關分析流程與產出結果, 其應用領域涵蓋了
     整個生命科學領域的廣泛領域。有基因組學、宏基因組學、
     轉錄組學、蛋白質組學、藥物發現甚至一些外部生物學的資源，
     如自然語言處理（其中幾個）和社會科學。
- ### (三) 課程規劃：本課程包含兩部分
    1. 如何快速佈屬Galaxy於國網雲端服務上 (7/21) 
    2. 如何用利用Galaxy 自行組裝一完整基因數據分析流程，
       並一鍵自動執行 (11/30)
- ### (四) 本次課程簡介：
    透過於國網上架設之Galaxy 平台將所需要基因分析的tools 匯入，
    進行 whole exome sequencing（WES）之分析
- ### (五) 本次課程大綱：
    1. 簡介Galaxy 平台
    2. Galaxy 平台於國網上之運用
    3. 簡介 WES 分析tools
    4. 實際操作

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## 課程外部資源
- **本次課程講義**
    https://drive.google.com/file/d/1CKRteZjwim6TBN1WTpnKhM08mI37Xfv1/view?usp=sharing
    - 主要針對第 8 號染色體的 WES 分析
    - 探索小孩骨硬化可能來源 (父母為近親，但都無此症狀)
        <br>
- **上次課程錄影**
    https://www.youtube.com/watch?v=2FoMbsA9fB4
    - [利用 Oneai 容器建立建置 Galaxy 服務](https://hackmd.io/dK3Bzkk3RA6VCCnuC_9DRw)
    - https://ctnservice.oneai.twcc.ai:30067/ (Galaxy: QIIME 2 Tools)
        <br>
- **國網資源文宣**
    https://drive.google.com/file/d/1wu4I6Pd533J13ygXMrsUyX5rspxe0q0F/view?usp=sharing
        <br>
- **Galaxy for Scientists**
    https://usegalaxy.org/training-material/

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## 課程講義細節
> https://drive.google.com/file/d/1CKRteZjwim6TBN1WTpnKhM08mI37Xfv1/view?usp=sharing
> - 主要針對第 8 號染色體的 WES 分析
> - 探索小孩骨硬化可能來源(父母為近親，但都無此症狀)

### Agenda
1. **Introduction**
    > 介紹
2. **Data Preparation**
    > 準備資料
    > 
    • Get data (獲取資料)
3. **Quality Control**
    > 品質控制
4. **Read Mapping**
    > 映射片段序列，其實就是對齊(alignment)
5. **Mapped Reads Post-processing**
    > 已映射片段序列之後製處理
    > 
    • Filtering on mapped reads properties
    • Removing duplicate reads (移除重複片段序列)
6. **Variant Calling**
    > 變異偵測
    > 
    • Generating [FreeBayes](https://github.com/freebayes/freebayes) calls
        (生成 [FreeBayes](https://github.com/freebayes/freebayes) 偵測)
    • Post-processing FreeBayes calls
        (FreeBayes 偵測的後製處理)
7. **Variant Annotation and Reporting**
    • Get data (獲取資料)
    • Variant annotation with functional genomic effects
        (具有功能基因體作用的變異標註)
    • Generating a GEMINI database of variants for further annotation and efficient variant queries
        (生成一個 GEMINI 變異體資料庫，用於進一步的標註和高效的變異體查詢)
    • Candidate variant detection
        (候選的變異偵測)
8. **Conclusion**

<br>

<hr>

<br>

# WES 分析的操作步驟
> Exome sequencing data analysis
> (HANDS-ON PRACTICE)

## 0. 前言
底下的工具選項，若沒有特別說明，就都是使用**預設選項**。

## 1. Account Registration
> 在 Galaxy 上註冊帳號
> 
https://ctnservice.oneai.twcc.ai:30673/
- 註冊帳號
    ![](https://i.imgur.com/S34zUh4.png)

    ---

    ![](https://i.imgur.com/zWeZQUO.png)
- 登入

<hr>

## 2. 認識 Galaxy 界面
![](https://i.imgur.com/1vUSvnc.png)
- **左側欄**：工具集
- **右側欄**：執行任務，可以多個分支同時並行
- **中間**：主要用來設定工具執行選項、或是查看任務執行結果

<hr>

## 3. 在右側欄建立新的歷史紀錄
> 1. Create a new history for this tutorial and give it a meaningful name
>
![](https://i.imgur.com/fYTtjf8.png)

<hr>

## 4. 上傳資料
> 2. Obtain the raw sequencing data
    https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R2.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R2.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R2.fq.gz
> 3. Check that the newly created datasets in your history have their datatypes assigned correctly
to fastqsanger.gz, and fix any missing or wrong datatype assignment
> 4. Rename datasets
> 5. Add #father/#mother/#child tags to the datasets
> 6. Obtain the reference genome
>     https://zenodo.org/record/3243160/files/hg19_chr8.fa.gz
> 7. Rename reference genome

### 資料來源
- https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R1.fq.gz
- https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R2.fq.gz
- https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R1.fq.gz
- https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R2.fq.gz
- https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R1.fq.gz
- https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R2.fq.gz
    **說明**
    - 6 個 fq.gz 檔，共 867.83 MB
    - father 爸爸, mother 媽媽, proband 小孩
        - proband: 確診病患, 發病者
    - 有 R1, R2 資料表示雙端定序
        - 一條 **片段序列(read)** 可以從頭尾兩端定序
            [![](https://i.imgur.com/acu1Qvv.png)](https://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/plan-experiments/paired-end-vs-single-read.html)
        - 好處：
            [![](https://i.imgur.com/ltQyvct.png)](https://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/plan-experiments/paired-end-vs-single-read.html)
            1. 讓數據量變成 2 倍
            2. 提高比對的精準度，尤其是在重複序列上
            3. 有能力檢測 插入-刪除(indel) 變異

### 透過 Galaxy 工具，下載定序資料
1. 點選右側欄的**上傳**圖示，會出現**上傳表單**
    [![](https://i.imgur.com/iGJxyDs.png)](https://i.imgur.com/iGJxyDs.png)
    <br>
    [![](https://i.imgur.com/OXcah2h.png)](https://i.imgur.com/OXcah2h.png)
    <br>
2. 點選下方的 **Paste/Fetch data** 按鈕
    [![](https://i.imgur.com/gNd35ib.png)](https://i.imgur.com/gNd35ib.png)
    <br>
3. 貼上下載 link
    ```
    https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/father_R2.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/mother_R2.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R1.fq.gz
    https://zenodo.org/record/3243160/files/proband_R2.fq.gz
    ```
    [![](https://i.imgur.com/myaFv1W.png)](https://i.imgur.com/myaFv1W.png)
    <br>
4. 再按 ![](https://i.imgur.com/PkNHOdS.png)
    - 隨後歷史任務清單，就會出現 6 個(並行)任務，用於抓取每個下載點。
    - 粉桃色表示執行中；淺綠色表示執行完畢。
    ![](https://i.imgur.com/dXgt1jM.png =48%x) ![](https://i.imgur.com/rwO6UQU.png =48%x)
    <br>
5. 查看資料
    - 點選**眼睛**，查看檔案內容
        [![](https://i.imgur.com/q0JY4s1.png)](https://i.imgur.com/q0JY4s1.png)
        <br>
    - 點選**選項**本身，展開任務的執行細節
        ![](https://i.imgur.com/oIWA4he.png)
        <br>
        - 點選**驚嘆號**，可查看指令的**工具名稱**、**版本**、**參數**，以及更多資訊
            ![](https://i.imgur.com/ooA9new.png)
            <br>
6. 為資料打上 tag ，方便辨識檢體，tag 就會一路跟著後面的分析操作
    1. 點選**選項**本身，展開任務的執行細節
        ![](https://i.imgur.com/mji58Zo.png)
        <br>
    2. 點選**編輯數據集標籤**
        ![](https://i.imgur.com/YYvLFFp.png)
        <br>
    3. 點選**標籤**，並輸入 `#father` (:warning: 需打上`#`)，並按 Enter 鍵
        ![](https://i.imgur.com/BYvydGN.png)
        <br>
        ![](https://i.imgur.com/sTIdj63.png)
        <br>
        :::warning
        :warning: **比較 `#father` vs `father`**
        - `#father` (任務名稱下方多了 tag)
            ![](https://i.imgur.com/sTIdj63.png)
        - `father` (任務名稱下方沒有 tag)
            ![](https://i.imgur.com/DnMsuFx.png)
        :::
    4. 分別對 6 份 fastq 打上 tag
        - father_R1.fq.gz -> `#father`
        - father_R2.fq.gz -> `#father`
        - mother_R1.fq.gz -> `#mother`
        - mother_R2.fq.gz -> `#mother`
        - proband_R1.fq.gz -> `#child`
        - proband_R2.fq.gz -> `#child`
        <br>
    5. 後面在操作資料時，第一眼就可以看出 tag 優勢
        [![](https://i.imgur.com/dXNREGX.png)](https://i.imgur.com/dXNREGX.png)
        <br>
        :::warning
        :warning: **比較有`#`和沒`#`的差異**
        #1 為 `#father`, #2 為 `father`, 比較其差異
        #3 為 `#mother`, #4 為 `mother`, 比較其差異
        [![](https://i.imgur.com/ROqDtC3.png)](https://i.imgur.com/ROqDtC3.png)
        :::
        <br>
7. 亦可以對任務名稱進行編輯，方便辨識資料來源
    1. 點選**鉛筆**圖示(**編輯屬性**)
        ![](https://i.imgur.com/FP9lXDb.png)
    2. 編輯任務名稱
        - 編輯前：
            [![](https://i.imgur.com/VOh16Np.png)](https://i.imgur.com/VOh16Np.png)
        - 編輯後：
            [![](https://i.imgur.com/k9wY2sz.png)](https://i.imgur.com/k9wY2sz.png)
        - 按**儲存**
            [![](https://i.imgur.com/rZr5uIA.png)](https://i.imgur.com/rZr5uIA.png)
    3. 編輯後結果：
        - 編輯前：
            ![](https://i.imgur.com/FP9lXDb.png)
        - 編輯後：
            ![](https://i.imgur.com/We5ZLmE.png)
        - 後面在操作資料時，第一眼就可以看出**資料來源**優勢
            ![](https://i.imgur.com/KWbq28i.png)

    4. 編輯前 vs 編輯後
![](https://i.imgur.com/rwO6UQU.png =48%x) ![](https://i.imgur.com/fD0omua.png =48%x)
8. 查看資料類型
    1. 點選**鉛筆**圖示(**編輯屬性**)
        ![](https://i.imgur.com/FP9lXDb.png)
    2. 點選頁籤：**Datatypes**
        [![](https://i.imgur.com/A3Tq4pw.png)](https://i.imgur.com/A3Tq4pw.png)
    3. 確認檔案類型是否為 `fastqsanger.gz`
        [![](https://i.imgur.com/L1L7bSf.png)](https://i.imgur.com/L1L7bSf.png)
        - 可以點選 `Detect datatype` 進行偵測
9. Database/Build 版本
    > 不清楚帶來的用途、好處是什麼？
    >
    1. 點選**鉛筆**圖示(**編輯屬性**)
        ![](https://i.imgur.com/FP9lXDb.png)
    2. 查看 dataset 屬性：**Database/Build**
        [![](https://i.imgur.com/UDzOMLq.png)](https://i.imgur.com/UDzOMLq.png)
    3. 在過濾欄位上輸入 `hg`
        [![](https://i.imgur.com/dBPbl32.png)](https://i.imgur.com/dBPbl32.png)
    4. 再挑選 `hg19`
        [![](https://i.imgur.com/5qEKuyk.png)](https://i.imgur.com/5qEKuyk.png)

### 透過 Galaxy 工具，下載參考序列
1. 步驟同「**下載定序資料**」一樣，資料來源為：
    https://zenodo.org/record/3243160/files/hg19_chr8.fa.gz
    下載完：
    ![](https://i.imgur.com/GD4glu0.png)
2. 對任務名稱進行編輯，方便辨識資料來源
    - 編輯前
        ![](https://i.imgur.com/WQ8eEK0.png)
    - 編輯後
        ![](https://i.imgur.com/HizBtPq.png)
    - 套用後
        ![](https://i.imgur.com/UKXi2s0.png)

<hr>

## 5. 品質控制
> Quality control
> 1. Run FastQC on each of your six fastq datasets
> 2. Use MultiQC tool to aggregate the raw FastQC data of all input datasets into one report
> 3. Inspect the Webpage output produced by the tool

### 使用 FastQC 分析 6 個資料集
1. 開啟 FastQC
    ![](https://i.imgur.com/5m8eRw5.png)
    <br>
2. 點選 Multiple datasets，並選擇 6 個 fastq 資料集
    ![](https://i.imgur.com/MD2JcUb.png)
    <br>
3. 點選 Execute，產生 12 個結果
    ![](https://i.imgur.com/XQS6cdg.png =75%x)
    - RawData 是處理後的純文字結果
        [![](https://i.imgur.com/DBdbESc.png)](https://i.imgur.com/DBdbESc.png)
    - Webpage 則是用 HTML 來呈現結果
        [![](https://i.imgur.com/NNpgaB8.png)](https://i.imgur.com/NNpgaB8.png)

### 使用 MultiQC 匯總前面 6 個 RawData
1. 開啟 MultiQC，並選擇 FastQC 子工具，來源為 6 個 FastQC 的 RawData
    [![](https://i.imgur.com/JUlgUT3.png)](https://i.imgur.com/JUlgUT3.png)
    <br>
2. 點選 Execute，產生 1 個結果
    [![](https://i.imgur.com/gnCBGjD.png)](https://i.imgur.com/gnCBGjD.png)
    實際上產生兩個結果：一為 Webpage，另一為 Stats
    [![](https://i.imgur.com/NjzrRmU.png)](https://i.imgur.com/NjzrRmU.png)
    - **Webpage**
        [![](https://i.imgur.com/V85t37i.png)](https://i.imgur.com/V85t37i.png)
    - **Stats**
        ![](https://i.imgur.com/PFbNIr4.png)
        - **fastqc**
            [![](https://i.imgur.com/HnN0Ju8.png)](https://i.imgur.com/HnN0Ju8.png)
        - **general_stats**
            [![](https://i.imgur.com/0MQGPbD.png)](https://i.imgur.com/0MQGPbD.png)
        - **sources**
            [![](https://i.imgur.com/1LOdYLR.png)](https://i.imgur.com/1LOdYLR.png)

<hr>

## 6. 組裝序列
> Read mapping
> 1. Map with BWA-MEM tool to map the reads from the father sample to the reference genome
> 2. Map with BWA-MEM tool to map the reads from the mother sample to the reference
genome
> 3. Map with BWA-MEM tool to map the reads from the child sample to the reference genome

### 組裝爸爸的序列
1. **開啟 BWA-MEM (Burrow-Wheeler Aligner)**
    [![](https://i.imgur.com/sM6fiaj.png)](https://i.imgur.com/sM6fiaj.png)
    <br>
2. **設定：挑選前面下載的 hg19_chr8.fa.gz (hg19中的8號染色體 )**
    [![](https://i.imgur.com/0qFFd4p.png)](https://i.imgur.com/0qFFd4p.png)
3. **設定：選擇序列來源**
    [![](https://i.imgur.com/yjDT7bv.png)](https://i.imgur.com/yjDT7bv.png)
    - 選擇雙端定序(Paired)
    - 選擇第一組序列(讀數)：`father_R1.fq.gz`
    - 選擇第二組序列(讀數)：`father_R2.fq.gz`
4. **設定：樣本資訊(?)**
    > 如果後面有用到 analysis software，就設定
    ![](https://i.imgur.com/6cugGYq.png)
    - **Set read groups information?**
        Set read groups (SAM/BAM specification)
    - **Read group identifier (ID)**
        000
    - **Read group sample name (SM)**
        father
    - 術語 (參考：[[HackMD] 二級分析 / VCF Format](https://hackmd.io/6rATKTvURVSKia8K_9kBeQ))
        - @RG: [Read Groups](https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890671-Read-groups)
            - `ID` = Read group identifier
            - `PU` = Platform Unit
            - `SM` = Sample
            - `PL` = Platform/technology used to produce the read
            - `LB` = DNA preparation library identifier
5. 點 Execute
    [![](https://i.imgur.com/sv4Edhf.png)](https://i.imgur.com/sv4Edhf.png)
