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# System prepended metadata

title: '[Infra] 容器服務'
tags: [Clara, 基因體, Parabricks-v3.5, 二級分析, NVIDIA, Parabricks]

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[Infra] 容器服務
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###### tags: `Parabricks-v3.5`
###### tags: `基因體`, `NVIDIA`, `Clara`, `Parabricks`, `二級分析`

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[TOC]

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## 工具集
### 所需工具
- Parabricks 
    - `$ pbrun`
- GATK 4.1.0.0
- GATK 4.2.0.0 (`$ gatk` 預設指到 4.2)
    - `$ python2` (執行 gatk)
    - `$ jre`
    - vcf diff
        - `$ gatk Concordance`
- bwa
- BamUtil
    - `$ bam diff`
- samtools
    - 檢視/轉換/處理：bam / sam / fastq / fasta 
- BQSR diff
    - `$ diff` (Ubuntu 內建)
- bcftools
    - `$ bcftools stats`
    - `$ bcftools query`
- vcftools
    - `$ vcf-concat`
    - `$ vcf-stats`

### 未用到，但常看到
- HTSlib 

### 建議工具
- `$ tree`
- `$ nano`

### 目標
- build image
- 考慮使用者會用到那些工具, 是否也要一併安裝進去
- 測試工具能不能正常運作,
- 檢測有沒有隱藏的 bug,
- 是否需考慮操作手冊, 是否需提供範本
    - 前面提到的額外工具, 是否也需要提供使用說明
        (比如: 如何比對 bam 檔, 如何比對 vcf 檔)
- 後面若由其他人接手, 是否容易維護