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# System prepended metadata

title: 基因註解工具
tags: [基因體/三級分析, 基因體, dbSNP, Variant, SNP]

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基因註解工具
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###### tags: `基因體/三級分析`
###### tags: `基因體`, `SNP`, `dbSNP`, `Variant`

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[TOC]

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## 科普知識
- ### [「生資無價系列專題」- 使用次世代定序技術來分析基因體的變異點前應該要知道的幾件事](https://chungtsai.medium.com/x-9c7c9521059d)
    - 所謂「標準分析」的定義並沒有一定的標準
    - 這個 VCF 是怎麼做出來的？
        - 第一、Human Reference Genome 目前仍不完整
        - 第二、尚有很多的 DNA 序列不在 Reference Genome 中
        - 第三、用單一的 Reference 來描述世界上的每一個人並不合適
        - 第四、結構型變異與密集型變異群集
- ### [[台基盟生技,生資與精準醫療經理,謝嘉珊] Congenica基因解讀案例分享](https://cghdpt.cgmh.org.tw/files/news/40d24ba6-ee49-4109-8aa0-c3c8d105d7ca.pdf)
    ![](https://i.imgur.com/wQcNTrh.png)
- ### [[medium.com][Chien-Yu Chen 陳倩瑜] TaiwanGenomes](https://medium.com/@chienyuchen_75596/taiwangenomes-660d9228cf2d)
    - https://genomes.tw/
    - 使用範例：
        - 想尋找與癌症相關的致病點位?
        - 想知道 BRCA1 有多少常見 (e.g. AF>0.05) 的胺基酸變異 (nonsynonymous substitution)?
        - 想知道常見變異中 (e.g. AF>0.05) 有多少可能與藥物相關?
        - 想知道有多少不太罕見 (e.g. AF>0.01) 的 LOF (loss of function) 變異? (e.g. stopgain, stoploss)
        - 想知道 BRCA2 的致病點位 (ClinVar 資料庫的分類) 在台灣出現的頻率?
        - 想知道所有 ClinVar 的致病點位在台灣人出現的情形?



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## 工具清單

- [生資雜技團](https://www.youtube.com/@GenomicMakers/videos)
    - [TY06 基因註解工具-SNPnexus](https://www.youtube.com/watch?v=5zfgcF7ubIM) :+1: 
        > 觀看次數：120次  2021年9月22日
        > 
        > 努力了好久， 終於作完了分析，但手中上萬的差異位點不知誰才是真命天子，這些序列的變異又跟你想分析的疾病或生理特徵有什麼關後呢?這一集教你用個網頁小工具SNPNexus 輕輕鬆鬆解決完成功能註解, 再帶你看有那些註解資料可以用。
    - [SNPnexus](https://www.snp-nexus.org/v4/)
        - license
            SNPnexus if freely available for academic and non-profit use only.


### ANNOVAR
- [GWASLab – GWAS实验室](https://gwaslab.com/author/cloufield/page/6/)
    - Variant Normalization 变异的标准化
    - 使用ANNOVAR 对Variants进行功能注释 Annotation POST-GWAS analysis
        - 基于基因的注释 Gene-based annotation：主要针对SNP或CNV是否引起蛋白编码改变进行注释，可以灵活选用 RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView genes等多种不同来源的基因定义系统。
        - 基于区域的注释 Region-based annotation：针对基因组某一特定区域的变异进行注释，例如44个物种的保守区域，预测的转录因子结合位点，GWAS hit， ENCODE H3K4Me1/H3K4Me3/H3K27Ac/CTCF sites，ChIP-Seq peaks, RNA-Seq peaks等
        - 基于筛选的注释 Filter-based annotation：使用某一特定的数据库进行筛选注释，例如注释变异的rs id，1000基因组项目中的MAF，或是ExAC、gnomAD等，再例如SIFT/ PolyPhen/ LRT/ MutationTaster/ MutationAssessor/ FATHMM/ MetaSVM/ MetaLR 分数等。

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## 變異資料來源
- [[Nvidia][Parabricks] Annotating Variant Calls with Information from Databases](https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/3.7.0/How-Tos/WholeGenomeGermlineSmallVariants.html#annotating-variant-calls-with-information-from-databases)


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## 參考資料
- [[News] 扭轉BRCA檢測壟斷爭議！ Myriad：共享基因資料數據庫-環球生技月刊 | 華人第一生醫產業KOL資料庫平台](https://news.gbimonthly.com/tw/article/show.php?num=54127)
