一/二/三級分析：如何歸類？
===
###### tags: `基因體`
###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `一級分析`, `二級分析`, `三級分析`

<br>

[TOC]

<br>

## 做個「基因體資訊清整」小總結：
### ==FastQC==
- 定序儀跑完，產生 fastq (raw fastq)

    - **目的：**
        - 排除「品質差、沒有信心」的鹼基序列
    - **範圍：**
        - 可以屬於一級分析 / 二級分析，看定序廠商有沒有做
        - 或是同時提供 raw & updated file

### ==BQSR + ApplyBQSR==
- 序列組裝完，產生 bam (raw bam)

- **目的：**
- 拿已知 SNP 資訊供校正，並做正規化，重新調整分數，產生一堆 base metrics 資訊
- **範圍：**
- 屬於二級分析，目前似乎已經不跑 ApplyBQSR ，可能反而提高變異點的假陽性率

### ==VCF Filter==
- Variant Caller 跑完，產生 vcf (raw vcf)

    - **目的：**
        - 排除「品質差、沒有信心」的變異資訊
    - **範圍：**
        - 可以屬於二級分析 / 三級分析，看二級廠商有沒有做
        - 或是同時提供 raw & updated file)


<br>

## 三級分析
- ### [Next Generation Sequencing Data: Tertiary Analysis](https://bioinfoinc.com/next-generation-sequencing-data-tertiary-analysis/)
    > The core of tertiary analysis is what we refer to as ‘interpretation.’ Interpretation involves 
    > - the biological classification of observed variants, 
    > - determination of the clinical relevance of these variants, 
    > - the deemed action-ability of these variants in terms of treatment options, 
    > - and extends to the ordering physician in terms of how clinically helpful the results or recommendations are.

- ### [[data bricks] Tertiary analysis](https://docs.databricks.com/applications/genomics/tertiary/index.html)
    - [Joint genotyping pipeline](https://docs.databricks.com/applications/genomics/tertiary/joint-genotyping-pipeline.html)
        - [基因型分型](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E5%9E%8B%E5%88%86%E5%9E%8B)
            > 追溯某個體的遺傳學父親或母親，只需十至二十段基因組區間即可（如單核苷酸多態性，英語：SNP）
    - [GloWGR: Whole genome regression](https://docs.databricks.com/applications/genomics/tertiary/glowgr.html)
    - [Hail 0.2](https://docs.databricks.com/applications/genomics/tertiary/hail.html)

<br>

## 參考資料
- ### [BIOINFORMATICS 101:GENOME ANALYSIS TOOLKIT(GATK) 4](https://medicine.musc.edu/-/sm/medicine/departments/centers/bioinformatics/f/bio101-bioinformatics-gatk4.ashx?la=en)
    ![](https://i.imgur.com/SsOS0g3.png)

- ### [所謂「標準分析」的定義並沒有一定的標準](https://medium.com/@chungtsai/9c7c9521059d)
    > A-Tsai (阿才), Sep 22, 2019·11 min read
    [![](https://i.imgur.com/OnBinZP.png)](https://i.imgur.com/OnBinZP.png)
    
    [![](https://i.imgur.com/fExM0Rx.png)](https://i.imgur.com/fExM0Rx.png)
    - 簡單的分辨方法是，
        - 若最後廠商交付的只有 FASTQ 檔案，就是只做到一級分析（Primary Analysis）；
        - 若是交付 VCF 檔案，則一定可以確定有做到二級分析 （Secondary Analysis）
        - 或再加部分的三級分析。

- ### [ClinOme -- a User Friendly Computational Tool to Generate Automated Clinical Reports from Raw NGS Data](http://www.actrec.gov.in/pi-webpages/AmitDutt/Clinome.html)
    [![](https://i.imgur.com/xRDnDfH.png)](https://i.imgur.com/xRDnDfH.png)

<br>

## 關鍵字
- 一級分析 (Primary Analysis)
- 二級分析 (Secondary Analysis)
- 三級分析 (Tertiary Analysis)