UCSC === ###### tags: `基因體/三級分析/資料庫` ###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `資料庫`, `ucsc`, `db` <br> ## [UCSC](https://genome.ucsc.edu/)：基因資料庫源頭 - [UCSC (University of California, Santa Cruz)](https://zh.wikipedia.org/wiki/加利福尼亞大學聖塔克魯茲分校) 聖塔克魯茲 加利福尼亞大學 (加州大學 聖塔克魯茲分校） - 十所加利福尼亞大學之一 - 現代化研究型大學 - 以天文學、海洋生物學、**基因體研究**、人工智慧研究以 及 計算媒體學見長 <br> - ### 如何搜尋？ - google [```UCSC```](https://www.google.com.tw/search?q=UCSC) - google [```UCSC```, ```ftp```](https://www.google.com.tw/search?q=UCSC+ftp) - google [```genome browser```](https://www.google.com.tw/search?q=genome+browser) (基因體瀏覽器) <br> - ### UCSC 跟 NCBI 的關係是？ - [如何查找基因序列信息——獻給初學者](https://kknews.cc/zh-tw/science/68v8pz3.html) - NCBI、 UCSC 是常用的經典基因資料庫 <br> - 機構對照 | 機構 | NCBI | UCSC | | -------- | -------- | -------- | | 全名 | National Center for Biotechnology Information | University of California, Santa Cruz | | 中文 | 美國國家生物技術資訊中心 | 聖塔克魯茲 加利福尼亞大學 | | 等級 | 國家 | 大學 | <br> - [參考基因體-版本對照](http://www.bio-info-trainee.com/1469.html) | NCBI | UCSC | Ensembl | 年代 | | ------ | ---- | -------- | ---- | | GRCh38 | hg38 | release_76/77/78/80/81/82 | 2013/12 | | GRCh37 | hg19 | release_59/61/64/68/69/75 | 2009/02 | | GRCh36 | hg18 | release_52 | 2006/03 | - GRCH: The Genome Reference Consortium Human Genome Build 基因體參考聯盟(GRC) - 人類基因體建構 - HG: Human Genome, 人類基因體 <br> - ### 表格瀏覽器 - (新的) 線上瀏覽基因體： ![](https://i.imgur.com/zGZz9I6.png) - [UCSC](https://genome.ucsc.edu/) → Tools → [Table Browser](https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables) <br> - 舊的資料庫資訊 - https://genome.ucsc.edu/goldenpath/gbdDescriptionsOld.html - 可以查表格說明 <br> - ### FTP-based Web - https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/ - ### FTP - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/ - <span style="background: yellow;">**human (Homo Sapiens, 智人)**</span> - hg19 - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/ e.g. refGene.txt.gz (變異標記) - <span style="background: yellow;">**mouse (Mus Musculus, 小家鼠)**</span> - mm9 - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/database/ e.g. refGene.txt.gz (變異標記) - <span style="background: yellow;">**pig / wild boar (Sus Scrofa, 野豬)**</span> - susScr11 - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/susScr11/database/ e.g. refGene.txt.gz (變異標記) - ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/susScr3/bigZips/ e.g. susScr3.fa.gz (DNA 序列) - 物種英文單字-對照清單 - https://zh.wikipedia.org/wiki/GenBank GenBank中，鹼基數前二十的物種（版本 191） | 物種 | 鹼基對 | |------------------------------------------|----------------| | 智人 Homo sapiens | 16,310,774,187 | | 小家鼠 Mus musculus | 9,974,977,889 | | 褐鼠 Rattus norvegicus | 6,521,253,272 | | 家牛 Bos taurus | 5,386,258,455 | | 玉米 Zea mays | 5,062,731,057 | | 野豬 Sus scrofa | 4,887,861,860 | | 斑馬魚 Danio rerio | 3,120,857,462 | | 紫色球海膽 Strongylocentrotus purpuratus | 1,435,236,534 | | 普通獼猴 Macaca mulatta | 1,256,203,101 | | 水稻 Oryza sativa Japonica Group | 1,255,686,573 | | 紅花菸草 Nicotiana tabacum | 1,197,357,811 | | 非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis | 1,249,938,611 | | 黑腹果蠅 Drosophila melanogaster | 1,119,965,220 | | 黑猩猩 Pan troglodytes | 1,008,323,292 | | 擬南芥 Arabidopsis thaliana | 1,144,226,616 | | 家犬 Canis lupus familiaris | 951,238,343 | | 釀酒葡萄 Vitis vinifera | 999,010,073 | | 原雞 Gallus gallus | 899,631,338 | | 大豆 Glycine max | 906,638,854 | | 普通小麥 Triticum aestivum | 898,689,329 | <br> - ### Database - https://hackmd.io/JA-_6-QqSWqDSqL8aMRmfw