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# System prepended metadata

title: 三級分析 / geneyx / UI
tags: [瑞林⽣技, 基因體/三級分析, 基因體, 三級分析, geneyx, 生物資訊]

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三級分析 / geneyx / UI
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###### tags: `基因體/三級分析`
###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `三級分析`, `geneyx`, `瑞林⽣技`, `ACMG`, `PS1+PS2+PS3+PS4`

![](https://i.imgur.com/CEvnroE.png)


[TOC]

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## 官網
- ### Geneyx 目標
    - Provides NGS data analysis and interpretation for WGS, WES, and Gene Panels
        提供 WGS、WES 和 Gene Panels 的 NGS 資料分析和解釋。
    - Accelerates the diagnostic process from the raw genetic data to the clinical report
        加速從原始基因資料到臨床報告的診斷過程。
    - Provides Genomic and Clinical Cohort Analysis
        提供基因體和臨床群體分析。
    - Promotes a world with zero undiagnosed diseases
        倡導讓世界沒有未經診斷的疾病。
- ### Geneyx Analysis Version 5.9 Release
    https://geneyx.com/post/blog-archive/geneyx-analysis-version-5-9-release/
- ### 操作平台
    - https://www.prisma-gene.com.tw/
    - https://analysis.geneyx.com/  (global 平台)
- ### 操作文件
    https://geneyx.com/docs/
- ### 教育訓練
    - **[瑞林⽣技][Geneyx analysis platform 教育訓練]**
[如何應用AI及資料庫來協助遺傳病的基因變異解讀.pdf](https://cghdpt.cgmh.org.tw/files/news/d9cbdf0c-29ee-4560-91b3-328db821cf90.pdf)
- ### [API] geneyx.analysis.api
    https://github.com/geneyx/geneyx.analysis.api
- ### 題外話
    :::info
    :bulb: **geneyx 發音** 
    - #### Google 翻譯軟體
        Google 翻譯發的音：[ˋdʒænɪˌæks] 
    - #### ChatGPT
        Q: geneyx 是哪個語言的詞彙？
        A: "Geneyx" 不是任何一個語言的詞彙，它實際上是一個公司的名稱，專門從事基因組學和生物信息學領域的研究和開發工作。該公司總部位於以色列，並且在全球範圍內提供產品和服務。
            ![](https://i.imgur.com/MAhuhk2.png)    
    :::
- ### 其他
    - [Geneyx Analysis Technical Datasheet](https://geneyx.com/wp-content/uploads/2022/09/GA-DATASHEET-02-web.pdf)


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## 新版界面
> 操作例子：HG002.hiseqx.pcr-free.30x.vcf

## Panel (入口點介紹)
![](https://i.imgur.com/Ven0yzR.png)
- **Dashboard**
    - Start new analysis (開啟一個 pipeline 來分析)
    - Account (使用者資訊＆資料統計)
- **Analyses**
    - Analysis (由底下 VCF Sample, Reports, Subject 組成)
    - VCF Sample (檢體來源)
    - Reports (檢體經由分析後的報告)
    - Subjects (檢體資訊)
- **Variant Browser**
    - 變異瀏覽 (Trail 無權觀看)
- **Settings**
    - 系統設定

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## Dashboard
> 用途：總覽、起新的 Pipeline、帳戶設定

### [Dashboard] Start new analysis > Single Sample Analysis (新的分析)
> https://geneyx.com/docs/importing-variants/
> 左側：Dashboard > Start new analysis
1. ### protocol
    [![](https://i.imgur.com/LowASqk.png)](https://i.imgur.com/LowASqk.png)

    - #### Germline (生殖細胞)
        - Single Sample Analysis (分析單一樣本)
            Only the affected sample is available (只有受影響的樣本可用)
        - Trio Analysis (分析三人樣本)
            Mother, Father and Proband are available (母親、父親和受影響的樣本可用)
        - Mitochondria Analysis (分析線粒體)
            Mitochondrial genome analysis (線粒體基因體分析)
        - Germline - SV (分析生殖細胞結構變異)
            * * go over abstract * go over all text Track Changes * Structural variation analysis
            * * 檢閱摘要 * 檢閱所有文字資訊更改 * 結構變異分析
    - #### Somatic (體細胞)
        - Tumor Only Analysis (僅分析腫瘤樣本)
            Only the tumor sample is available (只有腫瘤樣本可用)
        - Tumor / Normal Analysis (分析腫瘤/正常樣本)
            Tumor and matched germline sample is available (可用腫瘤和對應的生殖細胞樣本)
        - Cancer Screening (癌症篩檢)
            Cancer Screening (癌症篩檢)
            - 幫助檢測出一些在正常組織中無法檢測到的腫瘤細胞的變異(by ChatGPT)
    - #### Health Screening (健康篩檢)
        - Carrier Screening (帶基因篩檢)
            Healthy sample is available (可用健康樣本)
            - 這個模板用於分析可能會被遺傳到下一代的變異，這些變異可能導致一些遺傳性疾病或症狀。這個模板可以檢測携带者基因，即指携带一種突變但本身並不表現症狀的人。當兩個携带者基因的人生下孩子時，他們的孩子有一定概率會繼承這種突變，並有可能表現出相應的疾病或症狀。因此，這個模板對於預測和診斷遺傳性疾病非常有用。(by ChatGPT)
2. ### Subject
    > 填入個案資訊 (檢體資訊)
    - Subject ID* 患者/個案
        > A unique identifier for the subject. Commonly it would be the patient identifier in the EMR or LIMS system, but it can be any identifier.
    - Name 姓名
    - Date of birth 生日
    - Gender 性別
        - Male 男性
        - Female 女性
    - Consent - personal data 知情同意-個人資料
        - No
        - Yes
    - Consent - clinical data 知情同意-臨床資料
        - No
        - Yes
    - Consanguinity [͵kɑnsæŋˋgwɪnətɪ] 血緣關係
        - Unknown 未知
        - Consanguineous 近親結婚
        - Non-Consanguineous 非近親結婚
    - Ethnicity [ɛθˋnɪsɪtɪ] 人種 (種族)
    - Paternal ancestry [pəˋtɝn!][ˋænsɛstrɪ] 父系祖先
    - Maternal ancestry [məˋtɝn!][ˋænsɛstrɪ] 母系祖先
    - Family history 家族史
3. ### Samples
    - 上傳檢體
    - 上傳完畢後，會要你填資料
        [![](https://i.imgur.com/pYCVs0Y.png)](https://i.imgur.com/pYCVs0Y.png)
        - #### sequencing machine 測序儀
            ![](https://i.imgur.com/66juz1r.png)
            - HG002 是透過 Oxford Nanopore Technologies (牛津奈米孔技術) 定序出來
                但這邊無相關選項
        - #### enrichment kit & smart filtering 濃縮試劑盒和智慧過濾 
            ![](https://i.imgur.com/YcGT1Df.png)
            - 如果要做 WGS 分析，這裡沒有選項可選
            - **Enrichment kit** 選項：
                - Agilent SureSelect Clinical Research Exome V2
                - Agilent SureSelect Human All Exon V5
                - Agilent SureSelect Human All Exon V6 r2
                - Agilent SureSelect Human All Exon V7
                - Default - Exons only
                - IDT xGen Exome Research Panel v1.0
                - IDT xGen Exome Research Panel v2.0
                - Illumina TruSeq Exome Targeted Regions Manifest v1.2
                    - [TruSeq DNA Exome](https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/truseq-dna-exome/downloads.html)
                        - [TruSeq DNA Exome Targeted Regions Manifest v1.2 (BED Format)](https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/downloads/productfiles/truseq/truseq-dna-exome/truseq-dna-exome-targeted-regions-manifest-v1-2-bed.zip)
                - Twist Human Core Exome <-- **可選**
                - Twist Human Core Exome Plus
            - warning from https://analysis.geneyx.com/#/new-analysis/
                [![](https://i.imgur.com/jv7M5qg.png)](https://i.imgur.com/jv7M5qg.png)
                :::info
                You have selected our Default enrichment kit
                This means we will be filtering out any variants that are not within exonic regions (+-50bp) or in ClinVar.
                We strongly suggest that you contact us so we can assist you in uploading your enrichment kit BED file, or select one of our other BED files that matches your enrichment kit.
                :::
            - :::info
                :bulb: **[ChatGPT] 從醫學角度來看，怎麼看待富集試劑？**
                
                從醫學角度來看，富集試劑是一種專門用於從樣本中分離出特定目標分子或細胞的試劑，例如 DNA、RNA、蛋白質等。富集試劑通常是一種高度純化的混合物，其中包含了能夠特異性識別和結合目標分子或細胞的分子，例如抗體、核酸探針等。
                
                在醫學研究中，富集試劑常常用於分離和檢測低濃度的目標分子或細胞，例如檢測罕見突變、稀有細胞、微生物等。此外，富集試劑還可以幫助減少樣本中其他干擾物質對分析的影響，提高檢測的靈敏度和準確性。
                
                然而，需要注意的是，使用富集試劑可能會產生偏差，特別是當樣本處理和分離過程不當時，可能會影響檢測的可靠性和準確性。因此，在使用富集試劑進行樣本分析前，需要對其應用範圍、操作步驟、實驗條件等進行詳細的評估和驗證。
                :::
        - #### genome build * 基因體 *
            > 參考序列
            ![](https://i.imgur.com/FZI2Zv1.png)
        - #### sequencing target * 測序目標
            ![](https://i.imgur.com/Li96qWX.png)
        - #### sample source 樣品來源
            > 根據跟 DNA 品質有關的 metadata 資訊？
            > - [Saliva samples as a source of DNA for high throughput genotyping: an acceptable and sufficient means in improvement of risk estimation throughout mammographic diagnostics](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5921411/)
            >   > At present, blood samples are favored for obtaining high-quality DNA; however, DNA can also be obtained by collecting saliva.
            >   > 目前，血液樣本是獲得高品質 DNA 的首選； 但是，也可以通過收集唾液獲得DNA
            > 
            ![](https://i.imgur.com/s8C8RKY.png)
            
            ![](https://i.imgur.com/1QevdgP.png)
            - **Germline**：生殖細胞。指人或動物體內的細胞，可以通過生殖傳遞下去。
                - 指影響下一代遺傳的細胞系，包括精子和卵子。
            - **Tumor Biopsy**：腫瘤活檢。指為了診斷或治療腫瘤而從腫瘤組織中取樣，進行病理學和分子學分析的過程。
                - 這是一種診斷和研究腫瘤的常見方法，通常在懷疑有腫瘤存在的患者身上進行。活檢是指取出患者體內的一部分組織進行詳細的檢查和分析，以了解其是否存在異常細胞、癌細胞、腫瘤類型和病情嚴重程度等信息。因此，「tumor biopsy」通常是由一位外科醫生或病理學家進行的手術程序，可以幫助確診腫瘤，指導治療和預測疾病預後。
            - **Blood**：血液。指人體內的循環系統中運輸氧氣、營養物質、代謝產物和激素等的紅、白血球和血小板等成分的液體。
            - **Buccal**：頰黏膜。指口腔內頰部的粘膜組織。
            - **Mitochondria**：粒線體。指人體細胞內的一種細胞器，負責產生能量，參與細胞呼吸和其他代謝過程。
            - **Saliva**：唾液。指由唾液腺分泌的液體，包含多種酶和化學物質，有利於口腔衛生和食物消化。
            - **Fetal**：胎兒的。指人或動物的受精卵發育成為胚胎和胎兒的過程。
                - 胎兒：絨毛，臍帶血，羊水
            - **Bone Marror**：骨髓。指人體內含有造血細胞的組織，負責產生紅血球、白血球和血小板等血液細胞。
            - **Other**：其他。指沒有列舉到的其它種類。
            - **Parents**

        - #### :warning: 已經產生 VCF，卻還要選擇 Enrichment kit 選項
            - Could not find an hg38 bed file for enrichment kit 'Default - Exons only'. Please select a different enrichment kit
                [![](https://i.imgur.com/dkUl0Yn.png)](https://i.imgur.com/dkUl0Yn.png)
            - 套用後結果
                ![](https://i.imgur.com/DU0DGe0.png)

                ![](https://i.imgur.com/w5NEp9D.png)
        - #### Your VCF sample quota has been depleted. Click on Help->Contact us to request more.
            ![](https://i.imgur.com/or88Cud.png)
            ![](https://i.imgur.com/zuTgOa6.png)
            是在儲存的時候，才跳出訊息，說 quota 用完
4. ### CLINICAL INFO
    [![](https://i.imgur.com/Shx4puv.png)](https://i.imgur.com/Shx4puv.png)
    - PHENOTYPES
        - 跟 BRCA1, BRCA2 基因有關的 phenotype terms (by ChatGPT)
            > 與 BRCA1 和 BRCA2 基因有關的 phenotype terms 包括：
            > 
            > Breast cancer：乳腺癌，BRCA1 和 BRCA2 基因突變與遺傳性乳腺癌風險增加有關。
            > 
            > Ovarian cancer：卵巢癌，BRCA1 和 BRCA2 基因突變與遺傳性卵巢癌風險增加有關。
            > 
            > Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome (HBOC)：遺傳性乳腺和卵巢癌綜合症，是由 BRCA1 或 BRCA2 基因突變引起的一種遺傳疾病。
            > 
            > Prostate cancer：攝護腺癌，一些研究表明，BRCA2 基因突變也可能與攝護腺癌風險增加有關。
            > 
            > Pancreatic cancer：胰腺癌，BRCA2 基因突變與遺傳性胰腺癌風險增加有關。
            > 
            > 這些 phenotype terms 是與 BRCA1 和 BRCA2 基因突變有關的常見臨床表現，並且對於診斷和治療相應疾病具有重要意義。
    - HPO
        - :::warning
            :bulb: **[ChatGPT] 從醫學角度來看，什麼是 Human phenotype ontology**

            從醫學角度來看，Human Phenotype Ontology（HPO）是一個用於描述人類表型特徵的標準化詞彙和結構化的知識庫。該知識庫基於表型特徵的統一術語和標準化的定義，用於描述個體的表型特徵，包括外部表現、臨床症狀、影像學表現等。

            HPO是由一個國際性的組織——Human Phenotype Ontology Consortium（HPO Consortium）開發和維護的。該詞彙庫包含了約1萬個表型特徵，這些特徵已經被結構化編碼和分類，並且與其他醫學知識庫和資料庫進行了整合。

            在醫學研究和臨床實踐中，HPO被廣泛應用於分析和解釋表型特徵，幫助診斷和治療多種人類遺傳疾病。通過將HPO與其他醫學知識庫和資料庫相結合，可以更好地理解人類表型的分子和遺傳基礎，從而為精準醫學的實現提供了重要的基礎。
            :::
        - Alzheimer 
            ![](https://i.imgur.com/cSnBBSw.png)







5. ### Analysis Details
    > 執行時間：約 11 分鐘
    > 
    [![](https://i.imgur.com/UfCucBP.png)](https://i.imgur.com/UfCucBP.png)
    - Performing XXX Annotation	
        - XXX=gnomAD, dbSNP, ESP 6500, dbNSFP, MasterMind, Splice AI
        - version set: v5.12
            ![](https://i.imgur.com/O4bdRbh.png)
            - 1kGenome: 2019-02
            - ACMG: 2023-02
            - CADD: 1.6
            - ClinVar: 2023-02
            - Cytogenetic: 2022-12
            - DbNsfp: 4.1
            - DGVGold: v107_2016-05-15
            - DbSnp: 1405
            - DbscSNV: 1.1
            - DGVSV: v107_2020-02-25
            - ESP6500: 2
            - GeneEnhancerSv: v5.12
            - Gerp: 2010
            - gnomAD-exomes: 2.1.1
            - gnomAD-genomes: 3.1.2
            - GnomADSV: v2.1
            - MasterMind: 2023-01
            - gnomAD-mit: 2.1.1
            - MitoMap: 2021-10
            - OMIM: 2023-02
            - Phylop: 2015-05
            - Revel: 2016-03
            - Rmsk: 2020-04
            - SnpEff: v5.0-2023-02
            - SpliceAI: 1.3


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### [Dashboard] Account
- ### Overview
    [![](https://i.imgur.com/rq4yEpH.png)](https://i.imgur.com/rq4yEpH.png)
- ### Usage
    [![](https://i.imgur.com/xXGxZhR.png)](https://i.imgur.com/xXGxZhR.png)
- ### update Account
    [![](https://i.imgur.com/Og7pjX8.png)](https://i.imgur.com/Og7pjX8.png)

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## Analysis

### [Analysis] Analyses (分析總覽)
1. ### Dashboard
    [![](https://i.imgur.com/yIq6gkl.png)](https://i.imgur.com/yIq6gkl.png)
    - ### NAME
        [![](https://i.imgur.com/TZvqWZH.png)](https://i.imgur.com/TZvqWZH.png)
    - ### PROBAND SAMPLE
        [![](https://i.imgur.com/PnkZJpD.png)](https://i.imgur.com/PnkZJpD.png)
    - ### SUBJECT ID
        [![](https://i.imgur.com/zSuEnVe.png)](https://i.imgur.com/zSuEnVe.png)
2. ### 



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## 表格功能

### 篩選變異
- ### 側欄：顯示篩選條件
    [![](https://i.imgur.com/G3AHTzQ.png)](https://i.imgur.com/G3AHTzQ.png)
    - ### GENE LIST: 可以設定想要顯示於清單上的基因
        ![](https://i.imgur.com/X4M64ir.png)
- ### 選單：設定篩選條件
    [![](https://i.imgur.com/PeFdDq6.png)](https://i.imgur.com/PeFdDq6.png)

### 搜尋某基因內的變異資訊
- BRCA1
    [![](https://i.imgur.com/eE6uC2U.png)](https://i.imgur.com/eE6uC2U.png)


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## 表格內容
> https://geneyx.com/docs/analysis-screen-2/

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### Summary Information
> https://geneyx.com/docs/analysis-screen-2/#h-summary-information
- ### Subject
    ![](https://i.imgur.com/Ey9CrG6.png)
- ### Clinical
    ![](https://i.imgur.com/Tao3N8C.png)
- ### VCF Samples
    ![](https://i.imgur.com/XkAlY6F.png)

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### Variant Analysis
> https://geneyx.com/docs/analysis-screen-2/#h-variant-analysis
> 
[![](https://i.imgur.com/wqXSLpv.png)](https://i.imgur.com/wqXSLpv.png)

- ### Genetic Models
    > https://geneyx.com/docs/analysis-screen-2/#h-genetic-models
    - **HET in both parents**: reflects the total number (Count) of heterozygous variants in both parents and the number of homozygous variants in the proband (should be around 25% for a real trio).
        意思：如果父母雙方都有一個異質性變異 (HET)，且孩子有一個純合性變異 (HOM)，那麼這代表在父母雙方中總共有多少個異質性變異，在孩子中有多少個純合性變異。這個比例大約應該是真正家庭的三口之間的比例（約為25%）。
    - **HOM-ALT in Mother, HOM-Ref in Father** reflects the alternate alleles that are potentially transmitted from the mother to the proband, missing in the father and called as heterozygous in the proband (should be around 100% for a real trio).
        意思：如果母親是純合性替換突變 (HOM-ALT)，父親是純合性野生型 (HOM-Ref)，而孩子是異質性變異 (HET)，那麼孩子的異質性變異有可能是從母親傳遞過來的，父親沒有傳遞這個變異，而孩子也只有一個異質性變異。這個比例在真正的家庭三口之間應該是接近100%。
    - **HOM-ALT in Father, HOM-Ref in Mother** reflects the alternate alleles that are potentially transmitted from the father to the proband, missing in the mother and called as heterozygous in the proband (should be around 100% for a real trio).
         意思：如果父親是純合性替換突變 (HOM-ALT)，母親是純合性野生型 (HOM-Ref)，而孩子是異質性變異 (HET)，那麼孩子的異質性變異有可能是從父親傳遞過來的，母親沒有傳遞這個變異，而孩子也只有一個異質性變異。這個比例在真正的家庭三口之間應該是接近100%。
- ### RELEVANCE (relevance) / PATHOGENIC (pathogenic) / NOTES
    ![](https://i.imgur.com/KeyeuaV.png)
    三個欄位皆用於修改註釋結果 (推測：優先權大於 db)
    - relevance 關聯性？
    - pathogenic 致病的？
    - validation
        ![](https://i.imgur.com/hqmydUg.png)

- ### GENOMIC AND GENETIC DATA
    > https://geneyx.com/docs/anotations-and-algorithms/#1-toc-title
    > 基因體和基因資料
    [![](https://i.imgur.com/Cbft0zb.png)](https://i.imgur.com/Cbft0zb.png)
    - **LOCATION** 變異所在處(格式：染色體:鹼基位置)
    - **GENE** 基因名稱
    - **REF (reference)** 群體鹼基
    - **ALT (alternate)** 個體鹼基(個體變異)
    - **AA (amino acid)** 胺基酸變異(格式：變異前胺基酸 + 變異位置 + 變異後胺基酸)
    - **HGVS (human genome variation society)**
        - HGVS（Human Genome Variation Society）是一個標準化的命名系統，用於描述人類基因組變異和突變的命名標準。它提供了一個標準化的方式來描述基因組變異和突變，以便研究人員和臨床醫生可以更容易地共享和理解這些數據。
        - HGVS系統使用一個統一的格式來描述基因組變異和突變，並且包含三個不同的級別：g.（基因組）、c.（轉錄本）、p.（蛋白質）。
        - 在HGVS系統中，g.表示基因組，用於描述基因序列中的變異和突變；c.表示轉錄本，用於描述轉錄本序列中的變異和突變；p.表示蛋白質，用於描述蛋白質序列中的變異和突變。
        - 例如，一個基因變異可以描述為"NM_000051.3:c.257A>T"，其中"NM_000051.3"是參考轉錄本的名稱，"c.257A>T"表示核苷酸在第257個位置從A變成了T。
    - **ZYG (zygosity)**  
        > - en: The genotype call in the proband sample.
        > - cht: 主樣本基因型
        - "zygosity" 的中文意思是"合子性"，指的是一個生物體兩個等位基因的狀態，也就是該基因是同質性（homozygous）還是異質性（heterozygous）。這個術語在基因分型和基因組學的研究中非常常見。
    - **REFSEQ (Reference Sequence)**
        > - en: Refseq: The transcript ID(s) relevant to the effect on the protein. 與蛋白質影響相關的轉錄本ID
        > - cht: 参考序列: NCBI序列号
    - **Exon #**
        > - en: Exon #: Exon number.
        > - cht: 外显子: 几号外显子
    - **Codon**
        > - en: Codon: Codon change
        > - cht: 密码子: 密码子改变
    - **dbSNP**
        > - en: dbSNP: dbSNP ID
        > - cht: SNP数据库: dbSNP中的编号
    - **dbSNP Version**
        > - en: dbSNP Version: The earliest dbSNP version that included this variant.
        > - cht: SNP数据库版本: 最早包含该变异的SNP数据库版本

- ### ACMG
    ![](https://i.imgur.com/Y8MJZou.png)
    - [Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4544753/)
        [![](https://i.imgur.com/gEJbNz1.png)](https://i.imgur.com/gEJbNz1.png)
        <br>
    - [如何應用AI及資料庫來協助遺傳病的基因變異解讀.pdf](https://cghdpt.cgmh.org.tw/files/news/d9cbdf0c-29ee-4560-91b3-328db821cf90.pdf)
        [![](https://i.imgur.com/cdXvQpr.png)](https://i.imgur.com/cdXvQpr.png)
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- ### VARIANT CALLING Q&R
    > https://geneyx.com/docs/anotations-and-algorithms/#3-toc-title
    > Variant Calling Quality and Reliability (Q&R)
    ![](https://i.imgur.com/Y8MJZou.png)


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### Filters And Tools
> https://geneyx.com/docs/analysis-screen-2/#h-filters-and-tools

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### Genetic Models


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## Settings 設定
[![](https://i.imgur.com/5d9LLsR.png)](https://i.imgur.com/5d9LLsR.png)

### Enrichment kits & Smart Filtering
### Gene Panels
### Variant Maps
### Allele Frequency Backlog
### Sequencing Machines
### Case Sub Statuses
### ACMG Settings

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## Phenotypes

### HUNTINGTON 亨丁頓舞蹈症
- 設定表現型
    [![](https://hackmd.io/_uploads/ryZI3my2h.png)](https://hackmd.io/_uploads/ryZI3my2h.png)

- 證據量化值
    [![](https://hackmd.io/_uploads/HkKUam1h3.png)](https://hackmd.io/_uploads/HkKUam1h3.png)

- HUNTINGTON DISEASE 摘要
    [![](https://hackmd.io/_uploads/Bk7ppmJ32.png)](https://hackmd.io/_uploads/Bk7ppmJ32.png)

    - HUNTINGTON DISEASE; [OMIM](https://omim.org/entry/143100) [Orphanet](https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/OC_Exp.php?lng=EN&Expert=399) [Uniprot](https://www.uniprot.org/uniprotkb/P42858/entry)
        - **Summaries:**
            - The classic signs of Huntington disease are progressive chorea, rigidity, and dementia.
            - Huntington disease is an autosomal dominant disorder.
            - Huntington disease has a frequency of 4 to 7 per 100,000 persons.
            - Bates et al. (1997) reviewed transgenic models of Huntington disease.
            - Marsh et al. (2003) reviewed Drosophila models of Huntington disease.

- HUNTINGTON DISEASE + Alzheimer 摘要
    [![](https://hackmd.io/_uploads/By43lVynn.png)](https://hackmd.io/_uploads/By43lVynn.png)
    - HUNTINGTON DISEASE; [OMIM](https://omim.org/entry/143100) [Orphanet](https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/OC_Exp.php?lng=EN&Expert=399) [Uniprot](https://www.uniprot.org/uniprotkb/P42858/entry)
        - **Summaries:**
            - The classic signs of Huntington disease are progressive chorea, rigidity, and dementia.
            - Huntington disease is an autosomal dominant disorder.
            - Together, these results were interpreted as indicating that amyloid fibrillogenesis in HD, as in Alzheimer disease (104300), is a nucleation-dependent polymerization.
            - One schizophrenic patient, who died at age 88, had a CAG repeat size of 36; a 68-year-old patient, who died of presenile dementia of Alzheimer disease type, had a CAG repeat size of 34.
            - Both animal and human studies suggest that transplantation of embryonic neurons or stem cells offers a potential treatment strategy for neurodegenerative disorders such as Parkinson disease (168600), Huntington disease, and Alzheimer disease.

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## ACMG screenshots
### [VUS] Uncertain Significance
> - Other criteria are unmet or the criteria for benign and pathogenic are contradictory

- ### [VUS] Uncertain Significance (PM2)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/B1dZ4Mynh.png)](https://hackmd.io/_uploads/B1dZ4Mynh.png)

- ### [VUS] Uncertain Significance (PM2+PP3)
    ![](https://hackmd.io/_uploads/rk1HtGy3h.png)


- ### [VUS] Uncertain Significance (PP2+BS2)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/S1_REMyn3.png)](https://hackmd.io/_uploads/S1_REMyn3.png)

- ### [VUS] Uncertain Significance (PM2+BP4)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/BkcHIf1hn.png)](https://hackmd.io/_uploads/BkcHIf1hn.png)

- ### [VUS] Uncertain Significance (PM2+BP3)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/Bk_i1XJhh.png)](https://hackmd.io/_uploads/Bk_i1XJhh.png)

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### Likely Benign
- ### Likely Benign (PP3+BS2+BP4)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/S1aw7zJ2n.png)](https://hackmd.io/_uploads/S1aw7zJ2n.png)

- ### Likely Benign (PP2+BS2+BP4+BP6)
    [![](https://hackmd.io/_uploads/ryEuVzk23.png)](https://hackmd.io/_uploads/ryEuVzk23.png)


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## Disclaimer 免責聲明
Geneyx Analysis is for research use only, does not provide medical advice and is not for use in diagnostic procedures. The information provided on or by Geneyx Analysis, such as results, text, graphics, images, etc is for informational purposes only and is not intended to be a substitute for professional medical advice, diagnosis, or treatment. It is not to be construed as medical care, diagnostic or medical advice, does not create any patient-physician relationship and is not a replacement for medical care given by physicians or trained medical personnel.

Geneyx分析僅供研究使用，不提供醫療建議，也不適用於診斷程序。Geneyx分析提供的資訊，如結果、文字、圖形、影像等僅供參考，並不意圖取代專業醫學建議、診斷或治療。此分析不得解讀為醫療照護、診斷或醫學建議，並且不會建立任何病人與醫師之間的關係，也不會取代由醫師或訓練有素的醫務人員提供的醫療照護。



## Quota

- `https://www.prisma-gene.com.tw/User/UsageLimits`, POST
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    - response
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        ```

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## 術語
- subject: 個案資訊
- consent - personal data 同意 - 個人資料
    - 從醫學角度來看，這句話可以翻譯成「同意書 - 個人資料」。在醫療研究或治療過程中，當醫生需要收集患者的個人資料時，必須先取得患者的同意書。這個同意書會清楚說明要收集哪些資料以及如何使用這些資料。因此，「consent - personal data」的意思就是當患者在簽署同意書時提供的個人資料。
        <!--
        站在醫學角度，請翻譯底下句子
        consent - personal data
        -->
- consent - clinical data 同意 - 臨床數據
- consanguinity [͵kɑnsæŋˋgwɪnətɪ] 血緣
- ethnicity [ɛθˋnɪsɪtɪ] 種族
- paternal ancestry [pəˋtɝn!][ˋænsɛstrɪ] 父系血統
- maternal ancestry [məˋtɝn!][ˋænsɛstrɪ] 母系血統
- family history 家族史(家族病史)
- proband
    - "Proband" 是指家族中首次發現某種疾病或症狀的個體，通常作為遺傳研究的對象。在醫學上，可以翻譯成「首發者」、「患者樣本」或「研究樣本」等。
- proband sample 發病者檢體
- enrichment kit 富集試劑
- ACMG
    - The American College of Medical Genetics and Genomics
    美國醫學遺傳學和基因體學學會
    - [Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4544753/)
        - ‘pathogenic’, ‘likely pathogenic’, ‘uncertain significance’, ‘likely benign’, and ‘benign’
    - [應用機器學習搭配資料庫註解預測突變點之致病性](https://www.airitilibrary.com/Publication/alDetailedMesh1?DocID=U0001-0802202114562200)
        - 2015年提出的ACMG指引，依據不同疾病調整判斷準則與計分方式，將變異點分為致病性、可能致病性、不確定性、可能良性及良性五種類別
        - 不確定性率 (VUS rate)
    - #### ACMG guideline
        [![](https://i.imgur.com/mUOJExu.png)](https://i.imgur.com/mUOJExu.png)
        (資料來源：[Navigating the nuances of clinical sequence variant interpretation in Mendelian disease.](https://europepmc.org/article/pmc/6679919))
    - #### [Table3] Criteria for Classifying Pathogenic Variants
        https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4544753/
        - PP: Pathogenicity Probability 致病性機率
        - ACMG 中的 co-segregation data 是什麼意思
            [ChatGPT] 在ACMG準則中，co-segregation data指的是觀察一個潛在致病變異體與一個已知致病基因在家族中傳遞的關聯性。如果一個潛在致病變異體在一個家族中與某種疾病的發病高度相關且與該疾病的已知致病基因共同傳遞，則可以使用PP1標準作為證據來支持其致病性。通常情況下，這需要在家族中觀察多個受影響的家族成員，以確定該變異體在家族中的遺傳模式。
    - #### 在提出 ACMG  臨床準則前，所遇到的痛點是什麼？
        [ChatGPT] 在提出ACMG臨床準則之前，臨床醫學和基因測試領域存在著缺乏統一標準和準則的問題。這導致了基因檢測的結果和解釋存在很大的變異性，可能會對患者的診斷和治療產生混淆和錯誤。此外，缺乏標準化的方法還可能導致基因測試產品的質量和可靠性之間存在差異，這可能會影響患者對基因測試的信心和接受度。ACMG臨床準則旨在解決這些問題，提供統一的標準，以幫助醫生和患者更好地理解基因測試結果和解釋，以及確保基因測試產品的質量和可靠性。
    - #### ACMG 臨床準則是根據什麼條件來制定的？
        [ChatGPT] ACMG臨床準則是基於遺傳變異對人體健康的潛在影響程度，從而制定出一套系統性的評估和分級標準。這些標準是根據基因變異的分子特性、生物信息學分析、流行病學研究以及臨床觀察等多種證據綜合而成的。具體來說，ACMG基於對基因變異的功能、頻率、疾病相關性、基因型和表現型相關信息等多種指標進行綜合評估，從而對該變異的臨床意義進行分級，以指導臨床醫生在臨床診斷和治療中的決策。
- VUS
    - Variants of Uncertain Significance 不確定意義的變異
- VUS rate
    - Rates of Variants of Uncertain Significance 不確定意義的變異率
- REVEL(Rare Exome Variant Ensemble Learner) 是什麼意思？
    > 來源：https://geneyx.com/docs/settings/#h-acmg-settings
    > 
    Rare Exome Variant Ensemble Learner (REVEL) 是一種基於機器學習的預測模型，用於評估基因體學中罕見外顯子變異的致病性。該模型使用多個已知的變異性和基因功能特徵，對新的罕見外顯子變異進行預測，從而提高對其致病性的判定能力。REVEL 是由美國加州大學聖地亞哥分校的研究人員開發的，並且已被廣泛應用於臨床基因測序和研究中，以幫助鑑定致病性基因變異。
- 似然比檢驗 (LRT) 
    - [LIKELIHOOD RATIO TEST](https://evomics.org/resources/likelihood-ratio-test/)
- recessive hemizygous
    > 在基因遺傳學中，hemizygous（半合子）是指只有一個染色體上携帶某種基因的狀態，這通常發生在性染色體上，因為男性只有一個X染色體。如果某種基因的表現需要兩個等效基因，且一個等效基因缺失或不完整，那麼該基因的表現就會被壓制。在這種情況下，如果該基因位於X染色體上，且男性只有一個X染色體，那麼男性就會出現recessive hemizygous的表現，這種表現方式通常是由於母親是heterozygous（異合子）帶有該基因，而父親不帶有該基因所致。(by ChatGPT)

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## 參考資料
- ### [Geneyx Analysis](https://geneyx.com/geneyxanalysis/)
- ### [NGS Data Analysis | Clinical Genome Research | Geneyx](https://geneyx.com/)


- ### [以圖形資料庫建構罕見疾病特徵比對系統](https://ndltd.ncl.edu.tw/cgi-bin/gs32/gsweb.cgi/login?o=dnclcdr&s=id=%22107YM005114049%22.&searchmode=basic)
    - 罕見疾病
        - 病患個數：全球約有3億5千萬名
        - 存活現況：30%的病患活不過5歲
        - 確診時間：4.8年(從發病到確診)
    - #### Q1: 醫療困境
        - 病例數量太少，醫護人員不易由症狀中聯想到疾病
    - #### A1: 解決方案
        - 建立罕見疾病查詢系統
            - 輸入表現型或疾病名稱進行比對
    - #### Q2: 系統困境
        - 正確的結果未必能在前幾筆搜尋中呈現
            如同 Google 搜尋一樣，前面的資料不一定是想要的
    - #### A2: 解決方案
        - 整合「人類表現型控制語彙（Human phenotype ontology, HPO）」、「罕見疾病與孤兒藥物網絡（Orphanet）」等網際網路資源
        - 透過圖形資料庫 Neo4J 儲存「病徵-病名」關係
- ### Dominant 和 Recessive 上位語
    - [Genomic characterization of mutant laboratory mouse strains by exome sequencing and annotation lift-over](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4422528/)
        - Expected mode of inheritance: Dominant, Recessive
        - Selected genotype in vcf file: 0/1, 1/1
    - [VAAST 2.0: Improved Variant Classification and Disease-Gene Identification Using a Conservation-Controlled Amino Acid Substitution Matrix](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gepi.21743)
        - inheritance models: dominant, recessive

### 機器學習
- ### [應用機器學習搭配資料庫註解預測突變點之致病性](https://www.airitilibrary.com/Publication/alDetailedMesh1?DocID=U0001-0802202114562200)
    - 這幾年間隨著大量定序資料的累積，隨之而來的是大量的變異點的標註
    - 在ClinVar資料庫(統計至2020年)累積了近80幾萬個與疾病表現型相關的點位，其中確定的臨床證據有限或可能互相矛盾，且經過ClinGen專家審核的只有約12,000個點位
    - 2015年提出的ACMG指引，依據不同疾病調整判斷準則與計分方式，將變異點分為致病性、可能致病性、不確定性、可能良性及良性五種類別
    - ### 實際狀況
        ![](https://i.imgur.com/3u0Z01l.png)
        確定的臨床證據有限或可能互相矛盾
    - ### 理想狀況：
        - ACMG 理想狀況：
            1. 致病性、2. 可能致病性、3. 不確定性、4.可能良性、5.良性
        - 並期望得到一個致病性的機率


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## 參考資料 - 比較部份

### SV vs CNV
- ### [Overview of Structural Variation](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/content/overview/)
    > Structural variation (SV) is generally defined as a region of DNA approximately 1 kb and larger in size
- ### CNV 和 SV 的差異在哪裡？
    ![](https://i.imgur.com/8nxzGWD.png)
    > CNV代表著拷貝數變異（Copy Number Variations），是指基因體內某一段DNA序列的拷貝數量異常，即相對於正常狀態有多餘或缺失的拷貝數量。這種變異可以是整個染色體、某些染色體片段或單一基因的多重拷貝。
    > 
    > 而SV代表著結構變異（Structural Variations），是指基因體內某些DNA序列發生了插入、刪除、倒位、重複或融合等結構異常。這種變異可以影響基因或基因組區域的表達、調節或功能，對人類疾病的發生和發展有重要的影響。
    > 
    > 簡單來說，CNV指的是基因體內拷貝數量的異常，SV則指的是基因體內結構的異常。兩者都是基因體變異的一種，對人類健康和疾病有著重要的影響。

- ### CNV 是 SV 的一種嗎？
    ![](https://i.imgur.com/E3c2jty.png)
    > 是的，CNV是SV的一種。SV（Structural Variations）包括了基因體內結構的異常，其中包括了CNV（Copy Number Variations），也就是基因體內某一段DNA序列的拷貝數量異常。因此，CNV是SV的一種子類型。除了CNV之外，SV還包括插入、刪除、倒位、重複或融合等結構異常。這些變異都可能對基因或基因組區域的表達、調節或功能產生影響，對人類疾病的發生和發展有重要的影響。

- ### SV 是 CNV 的一種嗎？
    ![](https://i.imgur.com/m7ItVSg.png)
    > SV（Structural Variations）不是CNV（Copy Number Variations）的一種，它們是兩個不同的基因體變異類型。
    > 
    > CNV是基因體內某一段DNA序列的拷貝數量異常，即相對於正常狀態有多餘或缺失的拷貝數量，而SV是指基因體內某些DNA序列發生了插入、刪除、倒位、重複或融合等結構異常，它們通常與某些疾病的發生和發展密切相關。
    > 
    > 儘管SV和CNV都是基因體變異的一種，但它們的形成機制、影響範圍和臨床意義都有所不同。因此，對於基因體變異的研究和分析，需要將這兩種類型的變異分開考慮。

- ### https://www.biostars.org/p/71715/
    Q: What Is The Difference Between Structural Variants (Svs) And Copy-Number Variants (Cnvs)?
    A: CNVs are one of the many types of SVs. So all CNVs are SVs but not all SVs are CNVs
    
