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# System prepended metadata

title: VCF - Genomics1152samples_c2_1000.vcf (豬隻小資料)
tags: [基因體, 基因體/二級分析, 二級分析, VCF, 生物資訊]

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VCF - Genomics1152samples_c2_1000.vcf (豬隻小資料)
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###### tags: `基因體/二級分析`
###### tags: `生物資訊`, `基因體`, `二級分析`, `VCF`

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[TOC]

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## 目錄：
- VCF 基本結構
- [Genomics1152samples_c2_1000.vcf - header](#Genomics1152samples_c2_1000---header)
- [Genomics1152samples_c2_1000.vcf - body - sample](#Genomics1152samples_c2_1000---body---sample)
- [Genomics1152samples_c2_1000.vcf - body - all](#Genomics1152samples_c2_1000---body---all)

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![](https://us.v-cdn.net/5019796/uploads/FileUpload/70/9eec0b6faaa664f7630abddaf15594.png)

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## Genomics1152samples_c2_1000 - header
```
##fileformat=VCFv4.2
檔案格式＆版本

##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
過濾器，用來過濾品質不好的序列
如某個點有突變(SNP)，但可信度不高，就過濾掉
目前設置：皆為 pass


豬隻有 38 條染色體
底下為豬隻的第 1～18 號體染色體，
第19號(X, Y)是性染色體
分別用 contig(片段重疊群) 來紀錄各個染色體長度
##contig=<ID=1,length=274330532>
##contig=<ID=2,length=151935994>
##contig=<ID=3,length=132848913>
##contig=<ID=4,length=130910915>
##contig=<ID=5,length=104526007>
##contig=<ID=6,length=170843587>
##contig=<ID=7,length=121844099>
##contig=<ID=8,length=138966237>
##contig=<ID=9,length=139512083>
##contig=<ID=10,length=69359453>
##contig=<ID=11,length=79169978>
##contig=<ID=12,length=61602749>
##contig=<ID=13,length=208334590>
##contig=<ID=14,length=141755446>
##contig=<ID=15,length=140412725>
##contig=<ID=16,length=79944280>
##contig=<ID=17,length=63494081>
##contig=<ID=18,length=55982971>
##contig=<ID=X,length=125939595>
##contig=<ID=Y,length=43547828>

豬隻的粒線體染色體 MT(mitochondrion) 長度
##contig=<ID=MT,length=16613>

Sus scrofa 品種（由全基因體霰彈槍定序法定序）
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AEMK02000452.1/
##contig=<ID=AEMK02000452.1,length=3843259>

Sus scrofa 品種（由全基因體霰彈槍定序法定序）
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AEMK02000698.1
##contig=<ID=AEMK02000698.1,length=2641821>
...
...(more)
...
##contig=<ID=AEMK02000519.1,length=15096>


##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=IGC,Number=1,Type=Float,Description="Illumina GenCall Confidence Score">
##FORMAT=<ID=BAF,Number=1,Type=Float,Description="B Allele Frequency">
##FORMAT=<ID=LRR,Number=1,Type=Float,Description="Log R Ratio">
##FORMAT=<ID=NORMX,Number=1,Type=Float,Description="Normalized X intensity">
##FORMAT=<ID=NORMY,Number=1,Type=Float,Description="Normalized Y intensity">
##FORMAT=<ID=R,Number=1,Type=Float,Description="Normalized R value">
##FORMAT=<ID=THETA,Number=1,Type=Float,Description="Normalized Theta value">
##FORMAT=<ID=X,Number=1,Type=Integer,Description="Raw X intensity">
##FORMAT=<ID=Y,Number=1,Type=Integer,Description="Raw Y intensity">
```

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## Genomics1152samples_c2_1000 - body - sample

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## Genomics1152samples_c2_1000 - body - all