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# System prepended metadata

title: Metagenómica funcional 2025. Tema 4B
tags: ['2025', CIBNOR, Metagenómica]

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title: 'Metagenómica funcional 2025. Tema 4B'
disqus: hackmd
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Metagenómica Funcional 2025
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Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C. La Paz, Baja California Sur.
Noviembre 2025

**Dra. E. Ernestina Godoy Lozano** | elizabeth.godoy@insp.mx | tinagodoy@gmail.com
## Tabla de Contenido

[TOC]

# TEMA 5. Genómica comparativa y pangenomas. Parte B
## 4.1. Preparación de espacio de trabajo

```gherkin=
Feature: Generar directorio de trabajo
cd curso_2025
mkdir comparative_genomics && cd comparative_genomics
mkdir pyani
```

## 4.2. PYANI
```gherkin=5
Feature: Activar ambiente conda
source /opt/anaconda3/bin/activate
conda activate pyani-plus
```

### 4.2.1 Obtencion de referencias
```gherkin=8
Feature: Obtencion de referencias
cd pyani

# Haremos una copia del directorio de pyani_input
cp -r /Datos/curso_metagenomica/pyani_input/ .
cd pyani_input

Feature: Revisar los archivos con ls
ls
grep -c '^>' *.fna
```
### 4.2.2 Agregar genoma problema
```gherkin=18
Feature: Generar liga simbolica dentro de la carpeta de pyani_input del genoma a comparar
ln -s /Datos/curso_metagenomica/bins_final/bin.3.fa Pelosinus_MAG.fna

Feature: Verificar que la liga simbolica esta activa
ls -l
cd ..
```

### 4.2.3  Correr pyani-plus método: ANIm (MUMmer/nucmer)
```gherkin=24
Feature: Ayuda de pyani-plus
pyani-plus --help
pyani-plus anim --help

Feature: Correr y crear base de datos (~5 min)
nohup pyani-plus anim pyani_input/ --database pelosinus.db --create-db --name "Pelosinus ANIm" &

Feature: Ver runs en la base
pyani-plus list-runs --database pelosinus.db

Feature: Graficar un run (heatmap, distribuciones) al directorio de salida
mkdir pyani_plus_output

# Por defecto las etiquetas son el "stem" (nombre del archivo sin extensión)
nohup pyani-plus plot-run --database pelosinus.db --outdir pyani_plus_output --run-id 1 --label stem &

# Borrar imagenes jpg, svgz y pdf
cd pyani_plus_output
rm *.jpg *.pdf *.svgz

Feature: Exportar resultados tabulares del run 1
# Genera TSVs con matrices de ANI, coberturas, etc.
cd ..
pyani-plus export-run --database pelosinus.db --outdir pyani_plus_output --run-id 1


Feature:  Copiar archivos de salida a su computadora
# comando en mi computadora
scp -r ebioinfoXX@200.23.162.231:/home/ebioinfoXX/curso_2025/comparative_genomics/pyani/pyani_plus_output/ .
```

## 4.3 Pangenomas
```gherkin=52
Feature: Preparar ambiente de trabajo
cd ../..
mkdir proteinOrtho
cd proteinOrtho
```
### 4.3.1 Obtencion de referencias
```gherkin=56
Feature: Generar ligas simbolicas de los proteomas
ln -s /Datos/curso_metagenomica/genomas/*.faa .

# Verificar ligas activas
ls -l
```
### 4.3.2 Correr ProteinOrtho
```gherkin=61
Feature: activar ambiente de proteinortho_v6
conda activate proteinortho_v6

Feature: Ayuda de proteinortho5.pl
proteinortho --help

Feature: Correr proteinortho
nohup proteinortho -project=Pelosinus -cpus=4 -verbose -step=0 -dups=2 -singles bin_3_Pelosinus.faa Pelosinus_fermentans_JBW45.faa Pelosinus_sp_Bkl1.faa &
```
### 4.3.3 Explorar salida de ProteinOrtho
```gherkin=69
Feature: Usar comando "head" y "cat"
head Pelosinus.proteinortho.tsv
head Pelosinus.proteinortho-graph
cat Pelosinus.proteinortho-graph.summary
```
### 4.3.4 Generar cuentas de pangenoma
```gherkin=73
Feature:  Crear directorio pangenome
mkdir pangenome
cd pangenome

Feature: Contar y guardar genes de Core, Shell y Cloud
wc -l ../Pelosinus.proteinortho.tsv

# Core
grep '^3' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > core.tab
wc -l core.tab

# Shell
grep '^2' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > shell.tab
wc -l shell.tab

# Cloud
grep '^1' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > cloud.tab
wc -l cloud.tab

### Explorar archivos
less core.tab
less shell.tab
less cloud.tab

Feature: Extraer genes que solo tienen nuestro genoma
cut -f6 cloud.tab| grep -v '*' > cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab

# Contar numero de genes
wc -l cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab

# Explorar archivo
less cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab
```
### 4.3.4 Generar diagrama de Venn
```gherkin=105
Feature: Usar script venn_diagram_Pelosinus.R
Rscript /Datos/curso_metagenomica/scripts/venn_diagram_Pelosinus.R ../Pelosinus.proteinortho.tsv
```
###### tags: `CIBNOR` `Metagenómica` `2025`