--- title: 'Metagenómica funcional 2025. Tema 4B' disqus: hackmd --- Metagenómica Funcional 2025 === Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C. La Paz, Baja California Sur. Noviembre 2025 **Dra. E. Ernestina Godoy Lozano** | elizabeth.godoy@insp.mx | tinagodoy@gmail.com ## Tabla de Contenido [TOC] # TEMA 5. Genómica comparativa y pangenomas. Parte B ## 4.1. Preparación de espacio de trabajo ```gherkin= Feature: Generar directorio de trabajo cd curso_2025 mkdir comparative_genomics && cd comparative_genomics mkdir pyani ``` ## 4.2. PYANI ```gherkin=5 Feature: Activar ambiente conda source /opt/anaconda3/bin/activate conda activate pyani-plus ``` ### 4.2.1 Obtencion de referencias ```gherkin=8 Feature: Obtencion de referencias cd pyani # Haremos una copia del directorio de pyani_input cp -r /Datos/curso_metagenomica/pyani_input/ . cd pyani_input Feature: Revisar los archivos con ls ls grep -c '^>' *.fna ``` ### 4.2.2 Agregar genoma problema ```gherkin=18 Feature: Generar liga simbolica dentro de la carpeta de pyani_input del genoma a comparar ln -s /Datos/curso_metagenomica/bins_final/bin.3.fa Pelosinus_MAG.fna Feature: Verificar que la liga simbolica esta activa ls -l cd .. ``` ### 4.2.3 Correr pyani-plus método: ANIm (MUMmer/nucmer) ```gherkin=24 Feature: Ayuda de pyani-plus pyani-plus --help pyani-plus anim --help Feature: Correr y crear base de datos (~5 min) nohup pyani-plus anim pyani_input/ --database pelosinus.db --create-db --name "Pelosinus ANIm" & Feature: Ver runs en la base pyani-plus list-runs --database pelosinus.db Feature: Graficar un run (heatmap, distribuciones) al directorio de salida mkdir pyani_plus_output # Por defecto las etiquetas son el "stem" (nombre del archivo sin extensión) nohup pyani-plus plot-run --database pelosinus.db --outdir pyani_plus_output --run-id 1 --label stem & # Borrar imagenes jpg, svgz y pdf cd pyani_plus_output rm *.jpg *.pdf *.svgz Feature: Exportar resultados tabulares del run 1 # Genera TSVs con matrices de ANI, coberturas, etc. cd .. pyani-plus export-run --database pelosinus.db --outdir pyani_plus_output --run-id 1 Feature: Copiar archivos de salida a su computadora # comando en mi computadora scp -r ebioinfoXX@200.23.162.231:/home/ebioinfoXX/curso_2025/comparative_genomics/pyani/pyani_plus_output/ . ``` ## 4.3 Pangenomas ```gherkin=52 Feature: Preparar ambiente de trabajo cd ../.. mkdir proteinOrtho cd proteinOrtho ``` ### 4.3.1 Obtencion de referencias ```gherkin=56 Feature: Generar ligas simbolicas de los proteomas ln -s /Datos/curso_metagenomica/genomas/*.faa . # Verificar ligas activas ls -l ``` ### 4.3.2 Correr ProteinOrtho ```gherkin=61 Feature: activar ambiente de proteinortho_v6 conda activate proteinortho_v6 Feature: Ayuda de proteinortho5.pl proteinortho --help Feature: Correr proteinortho nohup proteinortho -project=Pelosinus -cpus=4 -verbose -step=0 -dups=2 -singles bin_3_Pelosinus.faa Pelosinus_fermentans_JBW45.faa Pelosinus_sp_Bkl1.faa & ``` ### 4.3.3 Explorar salida de ProteinOrtho ```gherkin=69 Feature: Usar comando "head" y "cat" head Pelosinus.proteinortho.tsv head Pelosinus.proteinortho-graph cat Pelosinus.proteinortho-graph.summary ``` ### 4.3.4 Generar cuentas de pangenoma ```gherkin=73 Feature: Crear directorio pangenome mkdir pangenome cd pangenome Feature: Contar y guardar genes de Core, Shell y Cloud wc -l ../Pelosinus.proteinortho.tsv # Core grep '^3' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > core.tab wc -l core.tab # Shell grep '^2' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > shell.tab wc -l shell.tab # Cloud grep '^1' ../Pelosinus.proteinortho.tsv > cloud.tab wc -l cloud.tab ### Explorar archivos less core.tab less shell.tab less cloud.tab Feature: Extraer genes que solo tienen nuestro genoma cut -f6 cloud.tab| grep -v '*' > cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab # Contar numero de genes wc -l cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab # Explorar archivo less cloud_Pelosinus_fermentas_GOM.tab ``` ### 4.3.4 Generar diagrama de Venn ```gherkin=105 Feature: Usar script venn_diagram_Pelosinus.R Rscript /Datos/curso_metagenomica/scripts/venn_diagram_Pelosinus.R ../Pelosinus.proteinortho.tsv ``` ###### tags: `CIBNOR` `Metagenómica` `2025`