--- title: 'Comandos básicos unix' disqus: hackmd --- # Unidad Didáctica de Bioinformática y Proteómica Ejercicios de Comándos Básicos Unix === ![downloads](https://img.shields.io/github/downloads/atom/atom/total.svg) ![build](https://img.shields.io/appveyor/ci/:user/:repo.svg) ![chat](https://img.shields.io/discord/:serverId.svg) ## Tabla de Contenido [TOC] ### Ejercicio 1. Conectarse y desconectarse al servidor #### Conectarse ```gherkin= ssh -X -p 265 alumnoXX@201.131.57.37 ``` #### Desconectarse ```gherkin=2 exit logout ``` ### Ejercicio 2. Pidiendo ayuda desde la terminal A. ¿Para qué sirve el comando users? ```gherkin=4 man users ``` B. ¿Con que opción puedo ver la versión del comando users ? ```gherkin=5 users --help users --version ``` C. ¿Para que sirve el comando du? ```gherkin=7 users --version ``` D. Usar el comando du en el archivo: /home/egodoy/data/secuencias/secuencias16S.fa ```gherkin=8 du -h /home/egodoy/data/secuencias/secuencias16S.fa ``` ### Ejercicio 3. Contestar las siguientes preguntas: A. ¿Qué archivos hay en el directorio "/home/egodoy/data/secuencias"? ```gherkin=9 ls /home/egodoy/data/secuencias ``` B. ¿Cuál es la diferencia cuando usan las opciones ls –la? ```gherkin=10 ls -la /home/egodoy/data/secuencias ``` C. ¿En donde se encuentran cuando ejecutan cd? ```gherkin=11 cd ``` ### Ejercicio 4. Permisos de directorio Crear un directorio que se llame test en el siguiente path: /home/egodoy/data/secuencias ```gherkin=12 cd /home/egodoy/data/secuencias mkdir test ``` ### Ejercicio 5. Creación de directorios 5.1 Crear tres directorios test, prueba y unix en su home ```gherkin=14 cd mkdir test prueba unix ls ``` 5.2 Borrar directorio test ```gherkin=17 rmdir test ``` ### Ejercicio 6. Ligas simbólicas 6.1 Crear una liga simbólica de la carpeta /home/egodoy/data/secuencias/ con el nombre de test ```gherkin=18 ln -s /home/egodoy/data/secuencias/ test ``` 6.2 Verificar que la liga este activa ```gherkin=19 ls ls -l ``` 6.3 Crear una liga simbólica a los archivos dentro de la carpeta /home/egodoy/data/secuencias/ dentro de la carpeta prueba ```gherkin=21 cd prueba ln -s /home/egodoy/data/secuencias/*.* . ls ls -l ``` ### Ejercicio 7. Mover archivos Mover los archivos que hay en prueba a unix ```gherkin=25 mv *.* ../unix/ cd ../unix/ ls ``` ### Ejercicio 8. Copiar y borrar directorios 8.1 Copiar directorio test a prueba ```gherkin=28 cd cp -r test prueba/ ``` 8.2 Borrar los directorios: prueba y test ```gherkin=30 rm -r prueba/ rm test ``` ### Ejercicio 9. Visualizar archivos Utilizar el comando less para visualizar el contenido de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ```gherkin=32 cd unix less Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ``` ### Ejercicio 10. Explorar contenido de archivos 10.1 Explorar solo las tres primeras líneas de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ```gherkin=34 head -n3 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ``` 10.2 Explorar las dos últimas líneas de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ```gherkin=35 tail -n2 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out ``` ### Ejercicio 11. Visualizar el contenido de archivos 11.1 Visualizar el contenido de alkB.fa ```gherkin=36 head alkB.fa ``` 11.2 ¿Qué tipo de archivo es? 11.3 Buscar solo los nombres de las secuencias en el archivo alkB.fa ```gherkin=37 grep '>' alkB.fa ``` 11.4 ¿Cuántas secuencias tiene el archivo alkB.fa? ```gherkin=38 grep -c '>' alkB.fa ``` 11.5 ¿Cuántas secuencias son “Uncultured” y cuáles son? ```gherkin=39 grep -c 'Uncultured' alkB.fa grep 'Uncultured' alkB.fa ``` ### Ejercicio 12. Visualizar el contenido de archivos ocultos Ver el contenido del archivo oculto: /home/egodoy/data/.sorpresa ```gherkin=41 cat /home/egodoy/data/.sorpresa ``` ### Ejercicio 13. Concatenar archivos 13.1 Concatenar los archivos alkB1.fa y alkB.fa en un archivo que se llame alkB_todos.fa ```gherkin=42 cat alkB1.fa alkB.fa > alkB_todos.fa ``` 13.2 Contar el número de secuencias de alkB_todos.fa ```gherkin=43 grep -c '>' alkB_todos.fa ``` 13.3 ¿Coincide con la suma de las secuencias de alkB1.fa y alkB.fa? ```gherkin=44 grep -c '>' alkB1.fa grep -c '>' alkB.fa grep -c '>' alkB_todos.fa ``` ### Ejercicio 14. Cortar archivos 14.1 Cortar el archivo alkB.txt por la columna tipo (type) y colocarlo en un archivo nuevo que se llame tipo.txt ```gherkin=47 head -n1 alkB.txt cut -f3 alkB.txt > tipo.txt head tipo.txt ``` 14.2 Cortar el archivo alkB.txt por la columna seqid y colocarlo en un archivo nuevo que se llame id.txt ```gherkin=50 cut -f1 alkB.txt > id.txt head id.txt ``` ### Ejercicio 15. Contar en linux ¿Cuantas líneas tienen los archivos tipo.txt y id.txt? ```gherkin=52 wc tipo.txt wc id.txt wc tipo.txt id.txt ``` ### Ejercicio 16. Pegar archivos Pegar los archivos id.txt y tipo.txt en un archivo nuevo llamado seq_por_tipo.txt ```gherkin=55 paste id.txt tipo.txt > seq_por_tipo.txt head seq_por_tipo.txt ``` ### Ejercicio 17. Concatenando comandos ¿Cuántas veces se repite la secuencia “AF148683.1” en el archivo seq_por_tipo.txt ? ```gherkin=57 grep 'AF148683.1' seq_por_tipo.txt grep 'AF148683.1' seq_por_tipo.txt | wc -l ``` ### Ejercicio 18. Ordenando archivos en la terminal Ordenar el archivo Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out de acuerdo al porcentaje de identidad (pident) de mayor a menor. ```gherkin=59 head -n1 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out sort -k3 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head sort -k3 -n Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head sort -k3 -nr Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head ``` ### Ejercicio 19. uniq y sort 19.1 ¿cuántas secuencias únicas hay en el archivo id.txt en dia1? ```gherkin=63 sort id.txt | uniq | wc -l ``` 19.2 ¿cuántas veces se repite cada secuencia? ```gherkin=64 sort id.txt | uniq -c ``` 19.3 Ordenar el resultado de mayor a menor ```gherkin=65 sort id.txt | uniq -c | sort -nr ``` ### Ejercicio 20. Historia Guardar mi historia de comandos con el nombre de comandos_unix.txt ```gherkin=66 history > comandos_unix.txt ``` ### Ejercicio 21 . Copiar archivos a mi computadora Copiar el archivo comandos_unix.txt a mi computadora ```gherkin=67 scp -r -P 265 egodoy@201.131.57.37:/home/egodoy/unix/comandos_unix.txt . ``` ###### tags: `UD_Bioinfo` `Documentation` `UNIX`