HackMD
Unidad Didáctica de Bioinformática y Proteómica
Ejercicios de Comándos Básicos Unix
Tabla de Contenido
Ejercicio 1. Conectarse y desconectarse al servidor
Conectarse
ssh -X -p 265 alumnoXX@201.131.57.37
Desconectarse
exit
logout
Ejercicio 2. Pidiendo ayuda desde la terminal
A. ¿Para qué sirve el comando users?
man users
B. ¿Con que opción puedo ver la versión del comando users ?
users --help
users --version
C. ¿Para que sirve el comando du?
users --version
D. Usar el comando du en el archivo: /home/egodoy/data/secuencias/secuencias16S.fa
du -h /home/egodoy/data/secuencias/secuencias16S.fa
Ejercicio 3. Contestar las siguientes preguntas:
A. ¿Qué archivos hay en el directorio "/home/egodoy/data/secuencias"?
ls /home/egodoy/data/secuencias
B. ¿Cuál es la diferencia cuando usan las opciones ls –la?
ls -la /home/egodoy/data/secuencias
C. ¿En donde se encuentran cuando ejecutan cd?
cd
Ejercicio 4. Permisos de directorio
Crear un directorio que se llame test en el siguiente path: /home/egodoy/data/secuencias
cd /home/egodoy/data/secuencias
mkdir test
Ejercicio 5. Creación de directorios
5.1 Crear tres directorios test, prueba y unix en su home
cd
mkdir test prueba unix
ls
5.2 Borrar directorio test
rmdir test
Ejercicio 6. Ligas simbólicas
6.1 Crear una liga simbólica de la carpeta /home/egodoy/data/secuencias/ con el nombre de test
ln -s /home/egodoy/data/secuencias/ test
6.2 Verificar que la liga este activa
ls
ls -l
6.3 Crear una liga simbólica a los archivos dentro de la carpeta /home/egodoy/data/secuencias/ dentro de la carpeta prueba
cd prueba
ln -s /home/egodoy/data/secuencias/*.* .
ls
ls -l
Ejercicio 7. Mover archivos
Mover los archivos que hay en prueba a unix
mv *.* ../unix/
cd ../unix/
ls
Ejercicio 8. Copiar y borrar directorios
8.1 Copiar directorio test a prueba
cd
cp -r test prueba/
8.2 Borrar los directorios: prueba y test
rm -r prueba/
rm test
Ejercicio 9. Visualizar archivos
Utilizar el comando less para visualizar el contenido de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
cd unix
less Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
Ejercicio 10. Explorar contenido de archivos
10.1 Explorar solo las tres primeras líneas de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
head -n3 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
10.2 Explorar las dos últimas líneas de Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
tail -n2 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
Ejercicio 11. Visualizar el contenido de archivos
11.1 Visualizar el contenido de alkB.fa
head alkB.fa
11.2 ¿Qué tipo de archivo es?
11.3 Buscar solo los nombres de las secuencias en el archivo alkB.fa
grep '>' alkB.fa
11.4 ¿Cuántas secuencias tiene el archivo alkB.fa?
grep -c '>' alkB.fa
11.5 ¿Cuántas secuencias son “Uncultured” y cuáles son?
grep -c 'Uncultured' alkB.fa
grep 'Uncultured' alkB.fa
Ejercicio 12. Visualizar el contenido de archivos ocultos
Ver el contenido del archivo oculto: /home/egodoy/data/.sorpresa
cat /home/egodoy/data/.sorpresa
Ejercicio 13. Concatenar archivos
13.1 Concatenar los archivos alkB1.fa y alkB.fa en un archivo que se llame alkB_todos.fa
cat alkB1.fa alkB.fa > alkB_todos.fa
13.2 Contar el número de secuencias de alkB_todos.fa
grep -c '>' alkB_todos.fa
13.3 ¿Coincide con la suma de las secuencias de alkB1.fa y alkB.fa?
grep -c '>' alkB1.fa
grep -c '>' alkB.fa
grep -c '>' alkB_todos.fa
Ejercicio 14. Cortar archivos
14.1 Cortar el archivo alkB.txt por la columna tipo (type) y colocarlo en un archivo nuevo que se llame tipo.txt
head -n1 alkB.txt
cut -f3 alkB.txt > tipo.txt
head tipo.txt
14.2 Cortar el archivo alkB.txt por la columna seqid y colocarlo en un archivo nuevo que se llame id.txt
cut -f1 alkB.txt > id.txt
head id.txt
Ejercicio 15. Contar en linux
¿Cuantas líneas tienen los archivos tipo.txt y id.txt?
wc tipo.txt
wc id.txt
wc tipo.txt id.txt
Ejercicio 16. Pegar archivos
Pegar los archivos id.txt y tipo.txt en un archivo nuevo llamado seq_por_tipo.txt
paste id.txt tipo.txt > seq_por_tipo.txt
head seq_por_tipo.txt
Ejercicio 17. Concatenando comandos
¿Cuántas veces se repite la secuencia “AF148683.1” en el archivo seq_por_tipo.txt ?
grep 'AF148683.1' seq_por_tipo.txt
grep 'AF148683.1' seq_por_tipo.txt | wc -l
Ejercicio 18. Ordenando archivos en la terminal
Ordenar el archivo Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out de acuerdo al porcentaje de identidad (pident) de mayor a menor.
head -n1 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out
sort -k3 Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head
sort -k3 -n Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head
sort -k3 -nr Pseudomonas_alcaligenes_blastp.out | head
Ejercicio 19. uniq y sort
19.1 ¿cuántas secuencias únicas hay en el archivo id.txt en dia1?
sort id.txt | uniq | wc -l
19.2 ¿cuántas veces se repite cada secuencia?
sort id.txt | uniq -c
19.3 Ordenar el resultado de mayor a menor
sort id.txt | uniq -c | sort -nr
Ejercicio 20. Historia
Guardar mi historia de comandos con el nombre de comandos_unix.txt
history > comandos_unix.txt
Ejercicio 21 . Copiar archivos a mi computadora
Copiar el archivo comandos_unix.txt a mi computadora
scp -r -P 265 egodoy@201.131.57.37:/home/egodoy/unix/comandos_unix.txt .
