---
# System prepended metadata

title: Scrip de pré-processamento da tabela de sulfato de magnésio da literatura

---

# Scrip de pré-processamento da tabela de sulfato de magnésio da literatura

# REGRAS DE ENTRADA:
# ***********ORDEM DAS COLUNAS: 1. Espécie ou cepa|2. Domínio|3.Concentração Sulfato de magnésio|4.Unidade|5. Concentração de NaCl|6. Unidade|7. Epsotolerante|8. Halotolerante|9. Halofílica|10. Salinotolerante|11. Tolerante|12. Psicrotolerante***************
# Concentrações não podem ter símbolo %, se for dado assim no paper, coloque "p" nas colunas de concentração
# Decimal é dado por vírgula
# Coluna 3 e 5 (Unidade de concentração) pode ser p = % massa/volume | g = g/L | m = mol/L
# Colunas a partir da 7 "s" se o artigo descreve o micro-organismos com aquele termo e "n" caso o termo não tenha sido utilizado
# Coluna 2 (Dominío) pode ser B = bactérias | A = archaea | E = eukarya
#********** PACOTES E BIBLOTECAS **********
install.packages("dplyr")   #Linha necessária apenas se não tiver pacote já instalado
library(dplyr)



#********** LEITURA E PRIMEIRO PRÉ-PROCESSAMENTO **********
sulfotab <- read.table("sulfato.tsv", sep="\t", dec=",", header=TRUE, fill=TRUE) #Lê tabela e transforma em dataframe


sulfotab[,3] <- as.numeric(sub(",", ".", sulfotab[,3], fixed=TRUE)) #Transforma conc. MgSO4 em números, considerando "," como decimal e mantendo dígitos decimais
sulfotab[,5] <- as.numeric(sub(",", ".", sulfotab[,5], fixed=TRUE)) #Transforma conc. NaCl em números, considerando "," como decimal e mantendo dígitos decimais



#********** UNIDADE SULFATO DE MAGNÉSIO **********


for (n in seq_along(sulfotab[,1])){ #passa por cada bicho
    if (sulfotab[n,4] = "p" ){ #Vê qual das linhas está com concentração em % massa/volume para fazer a transformação
        sulfotab[n,3] <- ((sulfotab[n,3]*10)/120.366)
        }}


#********** UNIDADE CLORETO DE SÓDIO **********

for (n in seq_along(sulfotab[,1])){ #passa por cada bicho
    if (sulfotab[n,6] = "p" ){ #Vê qual das linhas está com concentração em % massa/volume para fazer a transformação
        sulfotab[n,5] <- ((sulfotab[n,5]*10)/58.44)
        }}
        
sulfotab <- sulfotab[,-c(4, 6)] 
        
write.table(sulfotab, file="sulfotab.tsv") #Salva arquivo .tsv da tabela de sulfato de magnésio pré-processada


#********** LEITURA E PRIMEIRO PRÉ-PROCESSAMENTO PERCLORATO DE MAGNÉSIO **********
perclotab <- read.table("perclorato.tsv", sep="\t", dec=",", header=TRUE, fill=TRUE) #Lê tabela e transforma em dataframe

perclotab[,3] <- as.numeric(sub(",", ".", perclotab[,3], fixed=TRUE)) #Transforma conc. MgClO4 em números, considerando "," como decimal e mantendo dígitos decimais
perclotab[,5] <- as.numeric(sub(",", ".", perclotab[,5], fixed=TRUE)) #Transforma conc. NaCl em números, considerando "," como decimal e mantendo dígitos decimais


#********** UNIDADE PERCLORATO DE MAGNÉSIO **********

for (n in seq_along(perclotab[,1])){ #passa por cada bicho
    if (perclotab[n,4] == "p" ){ #Vê qual das linhas está com concentração em % massa/volume para fazer a transformação
        perclotab[n,3] <- ((perclotab[n,3]*10)/223.206) #transforma concentração de MgClO4 de % massa/volume para mol/L
        }
    }

#********** UNIDADE CLORETO DE SÓDIO **********

for (n in seq_along(perclotab[,1])){ #passa por cada bicho
    if (perclotab[n,6] == "p" ){ #Vê qual das linhas está com concentração em % massa/volume para fazer a transformação
        perclotab[n,5] <- ((perclotab[n,5]*10)/58.44) #transforma concentração de NaCl de % massa/volume para mol/L
        }
    }

perclotab <- perclotab[,-c(4, 6)] #Retira colunas que diziam a unidade das concentrações porque não são mais necessárias depois da conversão
write.table(perclotab, file="perclotab.tsv") #Salva arquivo .tsv da tabela de sulfato de magnésio pré-processada



sulfoXnacl <- cor(sulfotab[,4],sulfotab[,3])

plot(sulfotab[,4],sulfotab[,3])
print(sulfoXnacl)
