# Réunion d'équipe du mardi 26 octobre 2021

Participants: tous sauf Nathalie

## ODJ prévisionnel

* Entretien individuel
* Site web
* Divers

## Entretiens annuels

Point de vigilence à partager avec Sylvain = prérempli???

https://intranet.inrae.fr/ressources-humaines/CARRIERE/Entretien-et-evaluation

& aussi pour la culture :)

https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/blob/master/CEI/CEI_5_Documents_Utiles.zip
Patrick a bien aimé les missions types. Mais Ronan pas forcément.

### Le guide

* L’entretien professionnel est un temps de dialogue privilégié entre la ou le responsable directe et l’agent...
* première entorse on a coutume de faire l'entretien à 3: DU + AE + Agent

* ...sa place dans le collectif de travail...
* me semble important

* Venez avec votre grille ?
* Celle remplie par Sylvain.

* La formalisation de la mission...du ressort du responsable hiérarchique
* je milite pour une co-construction :)

* PC responsable de l'entretien (Sylvain a dénoncé tous les responsables d'équipe)

* "Au terme des échanges, la ou le responsable de l’entretien remplit la fiche d’entretien et porte une appréciation générale sur le travail et la valeur professionnelle de l’agent."
* ambigu
* & impossible si il s'agit du bilan...ou alors ça va être long
* je vous popose de préremplir afin que cela fasse une base.
* bilan
* objectifs
* perspectives

* Le planning fixé par Sylvain me semble très court
* il y aurra sans doute des échanges et des changements post
* entretien

* l'échéance étant début 2022.

## Le projet ou la mission de l'équipe

### Les grandes lignes (à rédiger)

* RECORD est une équipe d'ingénieurs en informatique et mathématiques
* développe et déploie des outils et des méthodes
* administre des infrastructures qui supporte le déploiement
* met en oeuvre des outils et des méthodes dans le cadre de projets scientifique
* RECORD est une équipe plateforme :
* (MATHNUM) travail en priorité avec des partenaires externes au département
* RECORD est une équipe du département MATHNUM
* Les membres de l'équipe peuvent être aussi impliqus dans des projets du département, dans le respect des priorités.
* Les services & compétences
* Développement d'outils logiciels
* Utilisation de méthodes mathématiques
* Déploiement d'outils logiciels
* Services WEB
* Site WEB
* Traitement de données HPC
* Administration d'infra
* La plateforme
* Logiciel
* VLE...
* produits dérivés = les simulateurs et les companions
* Infra
* SIWAA
* erecord
* Les services fortements mobilisés
* forgeMIA
* Meso@LR

### la page d'accueil
L'équipe RECORD est une équipe d'ingénieurs en informatique et en calcul numérique du département MATHNUM. Elle accompagne des projets de recherche dans le périmètre de la modélisation et de la simulation à l'interface entre les mathématiques, l'informatique, la science des agroécosystémes, la zootechnie, l'économie et l'écologie.

Les compétences de l'équipe:
* Administration système (serveur Linux, Ansible, cloud)
* Développement logiciels (C++, Python, R)
* Déploiement d'applications (Conteneurisation, Service & Site WEB)
* Calcul Haute Performance (utilisation de clusters)
* Calcul scientifique (analyse de sensibilité, estimation de paramètres)

Les outils développés:
* une suite logiciel pour la modélisation VLE
* d'un site web SIWAA
* d'un service web erecord
* d'un ensemble de simulateurs et d'outils companions

Les outils collectifs mobilisés:
(une liste en 2 points)
La forge logiciel forgemia et le centre de calcul Meso@LR fournissent composent un socle technologique pour l'équipe et ses partenaires.
Les axes de de développement de l'équipe s'inscrivent dans la démarche DEVOPS et la reproductibilité des traitement de données pour la science ouverte.

Les membres de l'équipe sont partis prenantes d'un ensemble de projets scientifiques ou technologiques

## Se positionner
Pour se positionner, l'essentiel est d'identifier en quoi nous contribuons à la plateforme, et ça devrait rester la mission prioritaire
à défaut d'être la principale.

* dans le cadre de projets avec des partenaires externes
* services et compétence interne & externe
* Les choses réutilisables et utilisables

*

# Réunion d'équipe du mardi 19 octobre 2021

Participants: tous sauf Ronan (CEI5B).

## ODJ prévisionnel

* divers
* entretiens individuels
* lancement du projet site web d'équipe

## site web

Pour démarrer, prendre quelques décisions,
sans qu'elles ne soient irréversibles.

* site web "autonome"
* discussion
* inconvénients avantages
* décider
* outils
* discussion
* statique
* hugo ou autre chose
* décider
* premier niveau d'organisation
* projet gitlab?
* CI/CD ...
* intégrateurs
* en fonction
* atelier pour que chacun soit autonome

Venir avec son PC

### quelques liens

https://forgemia.inra.fr/projects/new#create_from_template
https://gohugo.io/tools/search/
https://websitesetup.org/best-static-site-generators/

## Divers

* Estelle & Céline sont allés voir la FP locale au sujet de gitlab
* Estelle en réunion avec DSI au sujet des infrastructures DSI
* Stockage performant
* Stockage cappacitif = NextCloud(pb lié à l'interface web)
* VM
* sauvegarde
* Convention avec le cines
* + de question sur le model économique
* anticiper les déplacements
* semaine de la modélisation des cultures à Montpellier : Éric n'y va pas, Patrick y va.
* Ronan en contact avec quelqu'un qui veut utiliser Azodyn
* MPI inside a tool
* dataverse access a new task (mini projet -> tuto pour siwaa)
* Like interop SIWAA<->SICLIMA
* Entretiens individuels
* Conseil des service
* Ne pas hésiter à amender
* hal & orcid
* à l'avenir, le CV pourrait être récupéré directement de hal
* dans le futur il faudra peut-être déclarer dans HAL le moindre travail que l'on fait

### Réunion des animateurs

discussion autour de la prime CIA complément individuel annuel

quanta par catégories

sur 3 jours de formations pour Sylvain

A priori par sur critères soçio

Les présidents de centre sont censé gérer par centre

400/600/800

AI->IR

600/800/1000

l'an prochain RIFSEP aussi pour chercheurs

la prime info rentre dans "le salaire" (dans le sens où elle n'est pas remise en cause chaque année).

CIA: critère a investissement exceptionnel, excellence caractère individuel ou collectif.

->d'info demain

tous les entretiens d'activités sont callés

## Entretien individuel

Question à la réunion des animateurs.
* Est ce que c'est envisageable de faire l'entretien sur un document non définitif? Si elle évolue? Quid du guide.
* Calendrier? le Vrai?

Patrick se charge d'écrire un paragraphe sur les missions de l'équipe. Servira aussi pour le site web.

Patrick envoie des trucs intéressants suite à son expérience au sein de la commission CEI.

Nouvelles fiches :
* Ordre un peu inversé : maintenant en premier activités et missions puis contexte plus tard.
* Activités : on prend les activités correspondantes dans l'emploi type ou les emplois types qui nous concernent
* Position dans l'organisation : les organigrammes et le contexte. Patrick nous fournit les organigrammes proposés pour la CEI. Parle-t-on des projets dans lesquels nous sommes ? (du coup la partie peut-être très conséquente)
* Documenter les acronymes
* Conditions particulières d'exercice : peut-être pour indiquer un temps partiel, une situation de handicap, un congé maternité
* Missions transverses : CHU, comité d'utilisateurs
* Bilan : on reste factuel sur les résultats. Et dans l'observation on peut donner son avis/ses impressions. Patrick trouve cela plus facile à lire quand c'est structuré par projet avec La nature de l'implication de la personne (mais déjà donné plus haut). Pas facile à lire quand on ne dit pas ce qu'on fait dans un collectif
* Objectifs : on ne sait pas trop ce qu'on met dans le cadre en plus de ce qui serait listé en dessous

# Réunion d'équipe du mardi 5 octobre 2021

Participants: toute l'équipe

## ODJ prévisionnel

* debriefing des réunions avec le département
* site web d'équipe

## Réunion RECORD MathNum

## Réunion SCIDyn MIAT RECORD MathNUM

Pas de retours très critiques.
Les signaux ne sont pas très fort.

## Synthèse des enseignements

### La mission de redéfinition de RECORD:

Ce qui semble acté ou n'a pas soulevé d'opposition:
* Le changement de périmètre à savoir Ecologie, CSP, HSMM..."Théorie des jeux"
* Ne pas travailler exclusivement avec VLE
* Compétence en matière de traitement de données sur HPC
* Affichage de la proactivité en matière de reproductibilité

Les enseignements:
* Pas d'actions du département pour nous assurer une gouvernance scientifique
* Pas de véléhité forte à nous mettre dans un cadre très e-infra/plateforme institutionnel

Le cadre indémontable:
* Etre tourné vers l'extérieur, autrement dit oui pour une équipe d'ingé mais à l'interface, idéalement s'inscrire systématiquement dans des productions avec des partenaires non MATHNUM utilisant nos production, et dans un cadre de projet. A développer.

Positionnement des Ingénieurs:
* 100% dans l'équipe
* Pas d'ingénieur positionner exclusivement sur un projet scientifique purement MATHNUM
* Partage de compétences entre les équipes possibles, être très claire sur les degrés.

## site web d'équipe
quelques liens:
https://eq-record.pages.mia.inra.fr/record-team/
https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-team
https://www6.inrae.fr/record
http://bioinfo.genotoul.fr/
https://miat.inrae.fr/site/SCIDYN

https://sk8.pages.mia.inra.fr/projet_sk8/index.html

* tour de table
* PC
* prochaine réunion du département = rien à préparer
* Mise à jour "permanente" chaque réunion
* Accès direct à nos projets et produits
* Site static miaforge(à justifier)
* démarche
* contenu
* organisation

## Autres sujet

* Un petit pas dans les datas SiClima <-> SIWAA, Estelle & Nathalie?
* CarSolEl:
* patch cvle (PC)
* toward a tool, or a WF (PC)
* Eric la réunion.
* GitLab formation, Céline & Estelle
* Django à reprogrammer

# Réunion d'équipe du 21 septembre 2021

Participants: Ronan, Nathalie, Eric, Patrick

## en l'absence de réseau, reprises des notes manuscrites chronologiques

Patrick propose un slide à RoNAN sur les projets

Est ce en matière de compétence techno il y a une cohérence.
Je dirais qu'il y a

Autour de la coordination avec SCIDyn,
Est ce qu'un ingénieur peut s'impliquer à moyen terme,
pour une par significative de sont temps par exemple jusqu'à 50%,
dans un pojet scientifique d'une équipe de Recherche.

Est ce que le recrutement d'un ingénieur dans l'équipe RECORD,
pour être utile à des problématiques scientifiques de SCIDyn,
est pertinent.

Interrogation aussi liée au départ de Marie-Jo
Interrogation sur le positionnement de Ronan.(25% ANR)

Répondre à d'autres attentes..AVce implication dans les thématiques.

Parmi les évolutions Equipe l'intérrêt porté à de nouveaux
formalismes de modélisations, qui s'écartent +|- de la modélisation
des systèmes dynamiques de RECORD.

Autour de l'offre de formation.
Ce qui est académique dans le cadre d'une plateforme,
c'est d'avoir un catalogue de formation.

Nous sommes sur des actions ponctuelles:
- Ronan & Azodyn
- Eric & AGIR introduction à GIT
- Moodle INRAE RECORD
- MOOC MASTIC
- Participation à la formation Stics
- GEOC IT
- Galaxy

Une préférence pour développer une offre sur des outils que nous développons.
Et la priorité serait plutôt sur la production de tuto et très en amont.

Développer un catalogue sur une offre d'outils générique contextualisée:
Stics & SLURM pas impossible mais pas prioritaires.

Problème de la concurrence de l'offre existante
- interne et WWW exemple R Shiny...il y a énormément de ressources en ligne.

Priorité...A chaque production...fournir très en amont des turorials
...Typiquement dans le cadre de SIWAA

Une question autour de la gouvernance scientifique.
Incarnée précédement au sein de 2 instances,
COS & Comité des utilisateurs, et en particulier en la
personne, une gouvernance avait le mérite de pouvoir
piloter par des besoins inter-départementaux.
Est ce que le département a la volonté d'agir dans ce sens?

Le pilotage est disseminé au sein des projets.

Concernant Ronan les actions dans le cadre de BirdNet/INCA:
Développement(R/C++), Expérimentation HPC, Développement méthodo

## ODJ prévisionnel

* visite du département
* Equipe RECORD & MATHNUM
* Animateur RECORD, Animateur RECORD, DU MIAT & MATHNUM

## Equipe & MATHNUM 14h

in fine le projet de réunion a changé.

Le format aussi, les participants seront le département + Sylvain + Nous.

* Présentation de l'équipe(focus sur les projets?)
* Rélexion sur la lettre de mission.
* Questions individuelles ou collectives.

### Force de l'équipe = complémentarité

* Administartion Système
* Développement logiciel
* Déploiement logiciel
* WEB
* Calcul Numérique
* HPC

### "Faiblesse" = domaine d'application

* Ecologie
* Végétal
* Animal
* Statistique
* Informatique

### Dans la discussion

* Avoir en tête son propre domaine de compétence
* Comment au travers des projets il s'exprime
* Se situer&|projetter dans le collectif équipe

### Un point particulier miaforge

## Sylvain, Régis, Patrick & MATHNUM

### Fonctionnement de l'équipe RECORD

Témoigner d'une dynamique positive reposant sur:

* Ancrage au sein de l'unité &| du département
* INCA & BirdNet <-> SCIDyn (apport Méthodo & Ingé)
* Thèse de Paul <-> SCIDyn (apport Ingé)
* toulbar2 <-> MAD (apport Méthodo & Ingé)
* forgemia <-> MATHNUM (apport Ingé)
* Collaboration externe
* Atcha
* CarSolEl
* GRUM
* CarboSeq
* REDELAC
* Réseaux
* Stics
* GEOC
* Mexico
* Payot

* Un projet de plateforme en évolution au niveau des outils et des services:
D'une plateforme exclusivement centrée sur le développement d'un logiciel générique à une offre de service plus large
* Utilisation non exclusive de VLE
* Plan d'expérience et HPC
* Ingénierie informathique et Math Aplli
* Reproductibilité Opérationnelle & WF

Réunion d'équipe
Messagerie instantanée

Partage de compétence:
* Service WEB (django, API)
* calcul & HPC
* Forge, Conténairisation, Déploiement (GitLab, Docker, Singularity)
* Python, R , Shiny

### Coordination|Articulation RECORD<->SCIDyn

* Ingénierie RECORD versus Ingénierie SCIDyn
* Attentes de différentes natures:
* Appui ponctuel
* Appui technique
* Implication forte y compris dans la problematique scientifique
* Illustration:
* Thèse de Paul et Stage d'Océane
* gestion de code Python miaforge
* plan d'expérience HPC Muse
* INCA & Birdnet
* ANR
* ngagement à longterme
* Implication dans la problématique scientifique
* La prise en compte des besoins
* normaliser un processus projet
* expression du besoin
* arbitrage interne et explicité basé sur
* Disponibilité
* Compétence avérée ou à acquérir
* Motivation

### Equipe d'ingénieur

* Travailler en collaboration avec des porteurs de projets scientifiques
* Apport de l'ingénierie à titre individuel ou collectif doit prédominer
* Partage d'expérience et de compétence techniques
* Objectif de complémentarité et de recouvrement à l'exception de la spécificité des problématiques scientifiques.

# Réunion d'équipe du 14 septembre 2021
présents: Eric, Nathalie, Patrick

## ODJ prévisionnel

* visite du département
* la liste des projets
* RECORD <-> SCIDyn
* nouveau projet REDELAC
* formation collective
* séminaire interne
* entretiens annuels et FA

## liste des projets..

rubrique perspectives ou difficulyés à venir

Faire une classe Réseau ou un slide pour regrouper.
Payot
Mexico
Stics
GEOC

## Séminaire interne

SCIDyn en novembre ?
Sandra nous a relancé pour Décembre
Simon a demandé a Nathalie d'intervenir
* Nathalie travail sur un problème au sens de toulbar2
* Proposition de service web reposant sur de la containerisation
* potentiel utilisation dans le cadre d'ANITI
Sujet en cours de construction
à Sandra...On est la plus petite équipe.
On peut passer un tour.
Ronan il parle à la visite du département.
en 2022 on verra qui parle de chez nous.

## entretiens annuele et FA

pas d'information précises..potentiellement décallé
Sylvain = amméliorrer les FA...

## visite du département

## le matin

le matin PC = Chapeau équipe en - de 5 minutes.
suivi de Ronan sur INCA/BirNet

## L'après-midi

2 possibilités

* RECORD2.0 sur la mission de l'équipe sur le périmètre des projets plutôt avec Sylvain, Régis & moi. Quid de Simon.
* travailler
* versus réunion d'équipe avec le département.

### La liste des projets

# Réunion d'équipe du 7 septembre 2021
présents: Eric, Nathalie, Patrick.

## ODJ prévisionnel

* Calendrier
* Réunion des animateurs
* Visite du département le 23 septembre
* Divers
* Maxime Garnault, déploiement d'appli Rshiny
* Télétravail
* Instruction budgétaire
* Tour de table
* CarSolEl
* ...

## Calendrier

* 23 septembre visite du département
* 24 septembre matin Journée « Impact carbone de la recherche et du numérique » (https://www6.inrae.fr/imabs/Page-d-accueil/Actualites/Journee-Impact-carbone-de-la-recherche-et-du-numerique) organisé par le pôle IMABS
* 24 septembre aprem IUMAN conteneurs 14h-16h Atelier participatif un quinzaine Eric dans l'Orga avec Cyrille M
* 27-28 septembre journées SCIDyn
* 30 septembre réunion django Atelier
* 14 octobre 2021 de 10 à 12h seminaire Payote: Comment transformer des modèles de recherche en outils opérationnels ?
* 10 décembre journée des doctorants MIAT
* 6-10 décembre : Semaine de la modélisation des cultures du 6 au 10 décembre 2021 à Montpellier (https://www.agropolis.fr/pdf/actu/seminaire-modelisation-cultures-montpellier-decembre-2021-save-the-date-977.pdf)
* Cycle de formation de Stics en Novembre

## TODO

* de la pertinence de présenter SIWAA à la formation Stics..

## journées SCIDyn

* PC animateur du 28 matin sur la question de l'informatique
* à la recherche d'un co-animateur dans SCIDyn, ne pas oublier Marie-Jo

### Le cahier des charges...est le suivant:
Toujours sur la base du tour de table, demander à chacun le rôle du code dans son travail, les ressources utilisées, la valorisation du code... Pour cette partie, les animateurs auront le difficile rôle de "cadrer sans brider". C'est-à-dire d'avoir en tête différents aspects du logiciel : ressources logicielles et de calcul, outils et langages, mise-à-disposition... L'idée est de faire ressortir des connaissances et pratiques à partager en interne, des besoins de formations, d'outils, un ou des profils d'ingénieurs...

On pourrait faires des jeux...mais on a pas la logistique...Quoi que avec des post-it.

Du style...Plusieurs cycles de questions...Avec quizz avant et après...Pour savoir si on progresse :)

Du style...A votre avis Quels sont les 3 langages de programmation...les + utilisés dans l'équipe...

etc etc ...

Si vous avez des questions...

autour de la maitrise du code...

logiciels actifs ou pas...?

Besoins

et organisations collective...

## Réunion des animateurs

### le 23

* si présentation d'équipe 5 minutes
* projets en cours
* où on va
* pas entendre toujours les mêmes
* parler de ce qu'ils font
* accompagnement de projet
* .5 heures
* vision globale + focus
* présentation de l'équipe en 2 slides
* suivi d'un titulaire sur un projet
* Céline
* Simon et Elise, la demi-heure? dans sunrise...
* Ronan
* Claire sur le projet sequoquin

Une réunion RECORD fortement probable...

La question d'un conseil de service

## Fiches d'activité

Travail sur les fiches d'activité des ingénieurs.
C'est important...y passer du temps.
La périodicité...a vérifier..

## Visite du département

* le matin
* Présence obligatoire
* Un orateur moins visible que d'habitude
* l'après-midi?
* Réunion d'équipe avec le département
* là ou les slides des projets...

# Réunion du 31 août 2021

## ODJ prévisionnel

* ModelBuilder
* AMEI
* fait marquant MOOC MASTIC why not
* Divers

Participants:
Patrick, Eric et Nathalie
en congé Ronan & Estelle

## ModelBuilder

* quelques modifications sur le serveur en prod
* et commité sur une branche de la forge
* modif

## demande du département de faire remonter des faits marquants

* Stéphane qui a proposé de faire remonter MASTIC
* dealine assez loin..fiche type
* Eric école chercheur & fil rouge
* Hélène livré modele en ligne sur ercord.
* Ronan a fait un module
* livré sur Ugreenium

## DPSE & télétravail

* 100 jours flottant dans l'année...bonne question sur la quantité est ce que ça a vraiment changé.
* Benjamine pourrait le faire sytématiquement
* Procédure : déclartaion dans arianne, documents à fournir attestation d'assurance, facture FAI, déclaration sur l'honneur système électrique, entretien avec Sylvain, autoformation...
* DPSE toujours fonctionnel mais plus éligible.
* pour suivre sur #temps, la boîte vide, & mattermost

Nathalie resterait sur le télétravail le lundi

## entretien d'activité

c'est reparti pour l'automne...
c'est l'annuel
avec cycle de promotion et remplissage de la grille..

## visite du département

Le 23 septembre.
Le matin serrait consacré à des exposé par des nouvelles personnes.
Le matin à priori en pleinière.
Après-midi réunion de dicussions travail avec le département.
Il peut y avoir des réunions nous concernant?

Une possibilité de discussion avec le département...les projets
Et cette lettre de mission...
Et la cohérence de l'équipe...

Point cellule en amont...Faire l'effort.

# Réunion d'équipe du 10 août 2021

## ODJ prévisionnel

* besoins de formation collective
* ModelBuilder
* SIWAA
* Djando en général
* INFOS

## réunions d'équipe

on reste à 14h30 le mardi

## Divers Info

ANR HSMM-INCA est passé 400k€/4 ans
* 2 thèses
* Camp Montpellier
* 20 personnes
* 3ans de travail
* Ronan à 25% (pas de comptabilité comme projet européens.)
* Paquets R
* Médecine, tremblement de terre & Birdnet
* Régis Nathalie Marie-Jo Sandra

## Formations

Git pour tous ...MIAT
Calcul HPC
Container
Env Python

répondre à Nathalie & Sylvain.

## MB

quelques modifs

Vigilence sur notre implication...
Et sur le mode de fonctionnement.

Méfiance sur la stratégie...

une opportunité néanmoins

## SIWAA

La nouvelle version est sortie.
L'adresse est la même.

l'ancienne version est dispo...mais sans la possibilité de simuler.

Les outils sont à migrer .

Les utilisateurs vont passer par Elixir..fédération de fédération.

Les documents administratifs ont été soumis à Nathalie Gandon.(conditions d'utilisation)

Version en prod pour cette semaine.

## Django

les disponibilités : si on fait un atelier plutôt fin septembre.

déploiement et développement.

## CarSolEl

Muse et Slurm...PB de temps de simulations croissants..

# Réunion d'équipe du 13 juillet

## ODJ prévisionnel

* Jean-Noël et Maxime
* Echeance avec le département, la visite mais peut-être avant.
* Tour de table des projets pour l'été

## prochaine réunion

Eric à priori en congé les 2 dernières semaines d'aout
Ronan dernière semaine et les 2 premieres

## Pas de réunion des animateurs

## Divers

* Organisation du séminaire mexico, Ronan, 29-30 novembre.
* Besoins techniques
* site web un truc
* aspects techniques
* une idée en passant un workshop sur lagun
* pourquoi un peu de birnet.
* mélange distanciel et presentiel.

https://www.sciencesconf.org/

## Tour de table

* Patrick
* présentations RECORD
* Ronan
* du GRUM
* Dicussion sur les déplacement des ongulés (Nathalie qui a rencontré Lucie et Nicolas)
* avec le CEFS...ils ont investi pas mal sur la méthodo et des équipements de déplacement.
* et du birnet ..ecriture papier sur overleaf.
* Estelle pb monnombre d'heures
* Muse jusqu'au 20 aout = dodo
* Eric
* Carsolel
* Simulation de type 4p1000 avec nouvelle version de STics
* en attente pour le 21 juin des données d'entrée
* Un compte de calcul de 100000 heures à 1 k€ pour un besoin entre 10000 et 20000
* Eric a beaucoup anticipé sur l'encapsulation de Stics dans vle2.0
* SticsRPacks ( il y a 2 semaines)
* déroulement en suivant les vignettes et tuto.
* quelques réunions sur l'atelier fin septembre sur le sujet container
* Stics travaux sur le livre rouge , un chapitre sur outils et extension ...calibration, et Eric sur les approches de couplage
* en R markdown appui technique
* toujours Quae mais aussi html.
* Patrick en relecture
* finalisation fin aôut...
* Atcha, dans la comparaison entre vle et Stics...quelques pb de cohérence résiduels
* préparation des outils sur des + gros plan d'expérience pour initialiser des modèles économiques.
* transformation des entrées de csv à csv pour vle(exemple séquence de cultures)
* Point avec Régis Paul et Océane ... présentation d'Océane...vendredi dernier
* définition d'un type de jeu
* PB de comparaison de flottant Python, versus Sage...rationels
* ajout d'une issue au sujet d'une comparaison de réels
* Rapport d'océane, génération de graph UML, utilistaion de pylint
* histoire des timeout...les logs d'affichage...
* & finalement les fichiers d'entrée sont défini par un format d'entrée.
* webinar JC qualité logiciel (Estelle a suivi)
* en perspective du carsolel, du atcha, et de la réunion finale

## Jean-Noël et Maxime

jeudi à 14h

Tapou, Sullo, Enfer &| Muse 24 proc et 256 Go
Post-Doc Maxime, rencontré à la cantine.

Données météo, indice , scripts R , problème de passage à l'échelle national (du safran et du DRIAS)
Dans le cadre ecophito...

Sylvain ouvre les ressources, et on verra le type de collab a envisager si besoin.

# Réunion d'équipe du 5 juillet

## ODJ prévisionnel

* slides
* tour de table

## divers

* réunion mexico en novembre les 29-30 novembre à Toulouse.
* visite du département en septembre le 23 ...slides slides :)

## Nathalie

Production/Publication d'une image Docker pour toulbar2, en utilisant "GitHub Actions" qui est le serveur CI/CD embarqué de GitHub.
L'image contient toulbar2 (exécutable de code C++) et pytoulbar2 (API Python de toulbar2).
Ca se trouve sous https://github.com/nrousse/toulbar2 :
* Le service de production (GitHub Actions) : .github/workflows/docker-publish.yml (gratuit)
* Source du container Docker : docker/toulbar2/Dockerfile__toulbar2
* Exemples d’appel (de toulbar2 et de pytoulbar2) dans : docker/toulbar2/using
* Image toulbar2/toulbar2 sous 'Packages'

J'ai aussi fait un essai sous la forge MIA de production d'une image Docker pour toulbar2 (image wcsp_py_toulbar2 dans 'Container Registry'). ça se trouve sous https://forgemia.inra.fr/nathalie.rousse/wcsp (aller dans "CI") qui contient également mes notes prises sur l'Intégration Continue (IC sous Forge MIA, IC sous GitHub : serveur CI/CD tiers ou GitHub Actions).

## Réunion des animateurs du 5 juillet

* fixation par prestataire, un premier tour efficace & second tour prévu.
* pour l'innauguration la com est à fond
* début à 10h30
* tous les inscrits peuvent venir
* shampouinage en perspective et appel aux bras vendredi
* note de service pour les avancements ITA
* pas glorieuse pour l'unité puisque rien
* galère pour organiser la cvpp 3
* dans les solutions pratiques
* il faut insister sur le soin des fiches d'activités
* Nos fiches n'ont rien à voir avec celles d'ailleurs
* Pas de vrai efforts pour faire évoluer les fiches d'activités
* Nouvelles maquettes pouvant aider
* avis cd rajouté sur le fiches

Un peu + de transparence

* Les postes à la moblité nous sont accordé
* ie devops unité + bioinfo
* gestionnaire
* Journée des stagiaires vendredi de 14h à 16h30
* Concernant le secrétariat
* repartition à peu près stabilisé
* Mais quelques difficultés
* recrutement = benjamine
* Qui est là et quand

## divers

* Formation SticsRPacks (Eric) (semaine)
* Estelle formation Dev Galaxy (semaine précédente)

# réunion du mardi 22 juin 2021

## ODJ provisoire

* animateurs
* Muse les comptes
* La liste des projets
* tour de table

## animateurs d'équipe du 21 juin 2021

La vie poursuit son cours.
Innauguration en préparation.
Quelquqes PB de logistiques concernant nottament les fixations.
journée des stagiaires = après-midi du 9 juillet...14h30-16h30.
Un conseil de service avant l'été...toujours à l'ordre du jour.
plateforme bioinfo fonc cper + feder...Projet UPS...convention UPS
1.6 million d'euros.(pb administratifs) a depenser avant fin 2022
quelques portables en +...délais improbables.
Fred présente le 13.

# réunion précédente à retranscrire

# réunion du mardi 15 juin de 14h30-15h30

## ODJ prévisionnel

* Animateurs
* Muse
* NextCloud
* SIWAA2
* OpenMole

## Animateurs d'equipe 2

* visite PC pour plus tard
* pole comu mstII (réunion Sylvain)
* défi clé pour la région portés par Pierre Benoit
* Patrick Lévy "grand coordinateur de l'université de Toulouse du futur "(TSE & Toulouse I)
* organisé un conseil de service
* une rentrée dans le bat
* de la question d'une journée des stagiaires.

## Animateurs d'équipe

* discussion message de la diréction général
* étape semaine prochaine = éviter d'être à plusieurs dans un bureau
* Le changement c'est à la rentrée
* Meritxell Vynials Salgado a accepté le poste dans l'équipe SciDyn
* Romea
* IE au moins un bon candidat (2 profils)
* au niveau des avancements pas de nouvelle mais échéance au 1 juillet
* rebelote en décembre
* accord IRSTEA douloureux réservation sur 4ans
* jeudi visite de Sandra pour l'innauguration
* déambulation
* déroulé = discours
* président
* préfet
* pdg
* pot
* visite vip à l'intérieur
* Sylvain = guide du projet archi
* vers la salle de formation
* plateformes
* Escalier
* poster de présentation d'équipe
* savoir qui est là?
* 5 minutes devant les posters.
* Présentation d'un vrai projet
* En lien avec ANITI
* Fred
* Thomas
* poster #digitag
* poster sequoquin

# Réunion d'équipe du jeudi 03 juin 2021

## participants

* Nathalie, Éric, Patrick et Estelle
* Ronan est en formation OpenMole

## ODJ Prévisionnel

* Réunion animateur équipe
* Télétravail
* Tour de table
* Migration SIWAA > SIWAA2
* Évolution des PEPIs

## réunion des animateurs

l'inauguration du labo est le 13 juillet.
La com aimerait bien qu'on montre des choses.
Régis et Patrick sont restés dubitatifs.
Envoyer Patrick T. pour faire une belle démo d'agents ?
Thomas autour de la synthèse de molécules ?
D'autres choses marketing ?
Christine G : propose la plateforme bioinfo même si c'est paradoxal car le cluster quittera les locaux de l'Inrae.

Public visé : PDG et président.e de région.

## Télétravail

On attend les ordres pour le 9 juin.

## Tour de table

**PC**
A travaillé sur le programme R GRUM :
* rédaction d'un article : Patrick cherche des articles pour la partie Matériel et Méthode avec Galaxy. A fait chou blanc.
* injecter des données artificielles : Patrick doit vérifier si ça fonctionne - 256 chèvres sur 1 noeud sur siwaa v2

IUMAN : deux réunions. Dont l'une avec David Crevoisier. Ont identifié des questions à propos d'un travail sur [LAGUN](http://gdr-mascotnum.org/lagun/) (soutenu et utilisé en partie par un organisme privé SAFRAN + EPIC institut français du pétrol et énergie nouvelle, https://www.ifpenergiesnouvelles.fr/article/ifpen-et-safran-tech-lancent-lagun-plate-forme-dexploration-donnees-et-doptimisation) pour voir comment partager sur la méthodo.

**Éric**

**Estelle**

sur siwwa et le transfert
Estelle liste les utilisateurs qui ont des données dans l'historique pour les contacter et leur demander de récupérer leurs données.

Point de vigilance...Des utilisateurs.mêmes ponctuels.

On essaie de mettre Siwaa2 en ligne pour mi juillet.

Différences Siwaa / SIwaa2 :
* plus propre vis à vis des montages sur muse
* montée de version de galaxy, python, et autres dépendances
* openstack/ansible
* authentification

## Évolution des PEPIs
Les PEPI étaient organisés par grands domaines techniques / métiers d'informatique. C'était de gros groupes de personnes.
Projet de la DIPSO : revisiter l'organisation car a fonctionné pour 1 ou 2 PEPIs. Les autres se sont essouflés.
L'idée est de reconnaître tout regroupement d'agents sur un travail technique qui n'a pas de vocation de production.
Il peut y avoir des PEPIs dans des CATIs. Certains PEPIs peuvent commencer, d'autres s'arrêter. Des niveaux d'organisation hétérogènes.
Beaucoup de marge de manoeuvre.
Différent des CATIs car les PEPIs sont organisés à partir de la base (besoin n'émanant pas de la hierarchie). Ex : GEOC
Quand on crée un PEPI, on le déclare (fiche simple à remplir).
Donne un peu plus d'existence à des collaborations.

>**L'animation des PEPI évolue**
Les PEPI (Partage d'Expériences et de Pratiques en Informatique) restent des réseaux métiers autour du numérique à INRAE. Historiquement organisé en thématiques, les PEPI étaient animés par des bureaux formés de volontaires, dont certains s'étant essoufflés avec le temps.
La DipSO y a travaillé en partenariat avec la DRHDD, un groupe composé de collègues volontaires et les membres des PEPI dans leur forme originale afin de faire évoluer les PEPI vers une nouvelle structuration innovante qui permettra de mieux répondre aux attentes et besoins des agents INRAE.
- faciliter les échanges entre communautés thématiques
- répartir l'animation sur l'ensemble de la communauté
- inciter les projets déjà structurés, qu'ils soient grands, petits ou informels, à communiquer vers le reste de la communauté
- se connecter aux CATI et aux projets de recherche
Venez découvrir cette nouvelle organisation, ses fondements issus de techniques éprouvées en intelligence collective et poser toutes vos questions lors de l'un des 3 webinaires d'1h que nous vous proposons :
·28/05 10h-11h
·31/05 14h-15h
·8/06 11h-12h
Les webinaires auront lieu ici : https://bbb.visio.inrae.fr/b/lis-fxx-5cn-rl7

# Réunion d'équipe du mardi 25 mai 2021

## participants

* Nathalie en congé
* Ronan est arrivé

## ODJ Prévisionnel

* Journée SCIDyn
* Tour de table des projets actifs
* Divers

## Ronan à L'AG du département

* Rien de nouveau pour nous.
* Pas assisté à OpenScience.

Objectif = schéma stratégique du département.
Discussions autour des axes, des catégorisations.

## Tour de table des sujets vivants

### Estelle

SIWAA2 : tester ou ça coince en faisant tourner des outils
NextCloud : gestion des stockage
* 2 demandes dont le stockage S3
* demande Nextcloud

Reste à faire le lien entre S3 et NextCloud

S3...un format, est ce que ça appartient à Amazon?

Aménagement de la salle de séminaire personne mal entendente

Inscription en cours Formation développement du code de Galaxy.

### Patrick

GRUM ne marchait pas sur SIWAA : job canceled.
Et on a eu un message : ne pas lancer nos jobs depuis le HOME.
En fait, l'admin (IDRIS) tuait nos jobs.

Nous étions en réflection sur le meilleur moyen d'utiliser scratch et work.
Le répertoire de travail est sur scratch, les données à la fin sont copiées sur le work par Galaxy (et donc les entrées sont sur le work).
Il faudra demander à Muse si ça convient.
Voir pourquoi l'écriture est vraiment pénalisante (plus que la lecture).

On a testé siwaa2 pour les besoins de test de GRUM. Ça a tourné.

On pourrait essayer d'adopter de nouvelles bonnes pratiques pour nos outils (copier l'entrée plutôt que de lire en permanence pendant la simulation, idem pour la sortie).

On note les problèmes au fur et à mesure :
* pb d'authentification à résoudre
* destinations

### Éric

Peu de jours travaillés.
Paul en
s donc pas d'avancées de ce côté. Comportement différent entre frontal et noeud non résolu (pas trop approfondi).
Un peu de Atcha.
Des avancées pour Carsolel. Projet de passer sur vle2. Problème de tests qui ne passent pas. Également, en attente de retour des chercheurs pour la simulation.

### Ronan

en vacance
un peu de birnet
présentation méthodo 21 juin
plant2pro Anabelle Larmure simulation azodyn pois.
Aide à Alissa & Ricardo
Ronan à exmodello.

## Visite du PC

pas beaucoup avancé sur la présentation d'équipe.

## AG du département

Demander à Ronan s'il y était ?

## Divers

Estelle en vacance du 11 au 21 juin
Patrick en congé première semaine de juilet
Ronan deuxième
Eric en aout ...

Journée Scidyn participer au debrief.

Pas de réunion des animateurs.

Eric en WE prolongé le prochain

Prochaine réunion d'équipe = compliquée
estelle absente mardi aprem
patrick absent potentiellement jeudi

https://iutdijon.u-bourgogne.fr/ccs-france/

## Réunion des animateurs du 17 mai 2021

AG demain:
* moi en congé
* Régis & Sylvain

visite du PC:
* sondage pas brillant...le faire à la rentrée

kakemono:

* appel à l'unité pour des illustrations.

# Réunion d'équipe du mardi 11 mai 2021

## Participants
Patrick, Éric, Nathalie, Estelle

## ODJ Prévisionnel

* Je n'étais pas à la réunion des animateurs
* Le séminaire SIF
* D'un pierre 3 coups
* Dates à retenir
* AG SCIDyn 25 mai
* Lagun 26 mai 10h-11h30
* Inauguration batiment MIAT 13 juillet 2021 à 10h30
* Le séminaire aura lieu de 9h30 à 12h. L'inscription est obligatoire https://russ.site.ined.fr/fr/annee-2020-2021/vendredi-11-juin-2021/
* French régional conf on complex system
* https://iutdijon.u-bourgogne.fr/ccs-france/
* cloud inrae pour l'équipe
* Divers
* Kakémono
* Tour de table

## Tour de table
* Eric & Paul...certains jobs ne sont pas passés
* Il y avait aussi un pb de bufferisation résolu par une option.
* Réunion avec Régis demain
* Carsolel
* passage en 2 de vle, mais pb de validation.
* 2 tests ne passe pas.

## D'une pierre 3 coups.

3 tâches que l'on peut factoriser :
Présentation de l'équipe au président de centre.
Point à l'automne sur les projets auquel on participe.
Un petit site web d'équipe.

Voir si on a envoyé à Patrick toutes les infos.
L'idée c'est que ce soit un mémo pour que tout le monde dans l'équipe puisse dire quelque chose sur ce que font les autres.

## Séminaire SIF
À digérer.
Il faut s'en inspirer et continuer à échanger sur le sujet.
Se méfier des effets de mode cela dit.

## Divers

* Kakémono
Sorte de présentation succinte de l'unité affiché lors de l'inauguration.
* quid des équipes?
* confusion personels versus équipes
* pourquoi pas d'équipe d'ingénieneurs
* terme peresonnels
* bizarre la reprise des acronymes

## Cloud Inrae pour l'équipe
Estelle fait une demande d'accès et stockage capacitif sur Ariane. Pour l'équipe.

# Réunion d'équipe du mardi 4 mai 2021

## Participants

Patrick, Eric, Estelle, Ronan

## ODJ prévisionnel

* Infos en provenance de la réunion des animateurs
* Autour de la thèse de Paul
* Les présentations
* Interopérabilités pour IUMAN, jeudi matin à 10h
* SIWAA
* Présentation de l'équipe
* Divers

## sur les interopérabilités...
Peut-être pas tout mettre...

Expérience raphaêl Martin Passim BioMA...

Mutulalisation du code...

Exemple de mutualisation...Peut-être à l'interface.

## Divers

* 23 septembre anniversaire d'Estelle et visite du département.
* 25 mai journée SciDyn
* lundi journée reproductibilité
* #temps le grand voyage...

## Réunion des animateurs
* concernant l'AG du département du 18 mai plus d'info à venir cette semaine
* Consignes sanitaires rien de neuf
* Visite du PC des incertitudes planent sur la forme et sur la date
* présentiel?
* mardi prochain?
* in fine en juin, 16, 21, 30 matin, aprem , matin
* En raison du nouveau dispositif concernant les promotions, les entretiens individuels serraient décalés.

## Autour de la thèse de Paul : réunion NashEquilibrium, équilibre de Wilson...

Mercredi 28.
Travaux avec Paul: Éric et Patrick ont aidé à essayer de lancer les scripts de Paul sur Muse. Patrick a utilisé un container avec sage. Éric s'est occupé de paralléliser.
Durant le weekend, 1 lot sur 7 à tourné. Ajout de logs.
Éric : en fait on n'a pas de news de ce qui est lancé mais on ne sait pas si c'est juste un pb d'affichage ou vraiment planté.
Éric a montré à Paul comment lancer ses scripts hier.
Paul a redécoupé ses données.
Patrick : fournir 2 CPUs à singularity.
Il y a des chances que ça dure juste très longtemps.
Cela dit, même en local certains scripts sont figés.
Paul a modifié ses scripts pour repartir de ce qui était fait après plantage.
Éric et Paul travaille sur des copies locale des sources.

Alternative à l'image docker : il faudrait demander à meso@lr de mettre la bonne version de sage. Mais pour quel avantage ? Peut-être plus facile pour débuguer.

Mais sinon pas de gain de temps depuis le local vers muse.

Pour gagner du temps, il faudrait paralléliser.
Pour le moment à la main en scindant les jeux de données.
Il faudrait voir ce qui est possible avec python.

Ronan a un script qui permet de paralléliser. Mais Éric semble avoir fait l'équivalent.

Pour la deadline semble un peu juste. Surtout s'il y a des blocages.

Patrick et Éric ont investi sur le lancement sur muse et non sur le code lui même.

Paul lance des expés pour un papier à soumettre vers le 10 mai.

les expés sont dans un notebook jupyter...

Faire tourner en ligne de commande c'est intéressant aussi.

Il y a des questions de //lélisme.

La priorité et sur les expés...et pourquoi sur Meso...

Paul essaye de rendre son code indépendant de jupyter.

Pycharm est un ide python

On attend qu'Océane ait un mail Inrae pour lui créer un compte sur Muse.

# Réunion d'équipe du mardi 27 avril 2021

## Participants

Nathalie absente.

## ODJ provisoire

* Réunion des animateurs
* Réunion avec le département RECORD 2.0
* Présentation de l'équipe (j - 15)
* Présentation SIWAA (j - 10)
* Divers

## Divers

Paul & Régis...Besoin d'accompagnement? On verra en fonction de leur demande. C'est de la collaboration de proximité.

Azodyn Colza, c'est reparti... Ronan essaie de reconstituer le dépôt Git retrouvé sur Mulcyber.

Azodyn pois aussi redémarre..simu Spatialisé sur Bourgogne.
Modèle dispo sur SIWAA. On est un peu loin de la simulation.
Se souvient qu'elle a mis de sous sur SIWAA, va le réutiliser.
Muriel Valentin Morisson.

Sebastien Gervois historiquement dans l'affaire.

La question se pose de revisiter cette collaboration?
Ronan prends en charge toute la gestion des azodyns.

Là c'est une collaboration complémentaire.

Azodyn Colza un peu plus compliqué, modélisation de de la dégradation des feuilles.

GRUM (poids vif de chèvre), réunion hier. Ça continue. Idée d'écrire un papier technico-informatique.

## Réunion des animateurs
J'ai retenu cette idée de partager les présentations. On a accès à leur présentations (voir plus loin).
Un peu d'homogénéisation, mais pas trop.
De toute façon c'est court.

Visite du département en septembre, le 23.

Poser des questions sur la vie du département.

## Réunion MAD

Il y aurait une AG département le 18 mai (préparation du SSD).
13-14 septembre il y aurait une AG département.

## Réunion avec le département

Sylvain, 2xChristines, Hervé, & PC

Discussion sur les 2 pages. 2h.

ce que je comprends provisoirement:
* les 2 pages sont acceptables
* nous pouvons continuer à construire en associant d'autres collègues scientifiques ou non - en discuter avec le "comité de vigilance"
* pour les discussions avec les autres départements à l'origine de Record, pas urgent
* Je n'ai pas compris si nous pouvons faire évoluer le nom de la marque, le nom de l'équipe...à voir avec Sylvain.(Christine et Hervé pas forcément en phase là dessus)
* Décliner un projet d'équipe en s'appuyant sur les projets en cours.
* Le département aurait aimé une présentation de ce que nous faisons actuellement dans l'équipe (ce qu'il se passe sur Azodyn, liste des projets actifs, appui au calcul...)
* Question posée à Patrick : comment cela se passe-t-il pour les autres plateformes ? Se passe-t-il quelque chose entre les plateformes du département agroenv ? Réponse de Patrick : pas d'échange sur les aspects scientifiques.
* Le département semble vouloir moins s'impliquer sur l'animation scientifique de la plateforme. Et ce n'est peut-être pas nécessaire. On peut monter des partenariats plus tard.
* Rdv en septembre pour faire un point

Pilotage recentré sur l'opérationnel...Et le scientifique c'est du partenariat.

## Présentation de l'équipe

### un peu de matériel
* [Team SCIDyn](https://www.overleaf.com/project/60672aa8c2db801bb520b452)
* [Team SaAB](https://docs.google.com/presentation/d/15jg4Yxq5wWiZ7A5mZSeUcH3nFzwgX3cI5Bo7tRMma3s/edit#slide=id.g6419c19f96_0_0)
* [AG MathNUM](https://forgemia.inra.fr/patrick.chabrier/presentations/-/blob/master/AGNUMMRECORD/AGNUMMRECORD.pdf)
* [HCERES](https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/blob/master/Presentations/HCERES2019/HCERES-2019-RECORD-V2-PC.pdf)

& bien entendu la lettre

### La présentation en cours de dev

* [RECORD](https://drive.google.com/file/d/1bPXZfBYugtRuM6FRppBJBHrtIMluq7K9/view?usp=sharing)

## Présentation SIWAA

### Résumé

L'équipe RECORD adiministre et développe un site web SIWAA pour l'analyse et la simulation de modèles dans le périmètre des agroécosystèmes. Ce site web repose sur le framework Galaxy qui est déployé à la fois sur des ressources informatiques INRAE et sur le méso Centre de l'universtité de Montpellier. Nous présentons à la fois les motivations et les grandes lignes de l'architecture de ce site Web pour fournir un retour d'expérience à la fois technique et organisationnel sur le fonctionnement du système en place. On abordera aussi la question de l'ingénierie informatique liée au déploiement d'outils sur un site web opérationnel.

Retour d'expérience, Framework galaxy, aspect techniques, aspects fonctionnels

### Les sujets

* De quoi s'agit-il..la présentation
* Motivation lié à la qualité
* de EFESE, 4p100, Agmip...en passant par Aglob...
* Reproductibilité
* OpenScience
* Communauté visée
* Type scientifique
* Périmètre "monde"
* Type de service
* pourquoi Galaxy et pourquoi pas autrechose Hub shiny..HubJupyter
* La ressource de calcul
* Le modèle économique
* L'administration
* Comment être efficace
* L'écosystème autour CI/CD & la Forge
* Docker et Singularity
* Les applications disponibles
* Les projets ayant utilisé "un peu"
* GRUM
* Operate
* Les nouveaux projets
* CarboSeq
* ...
* L'animation en périphérie
* GEOC
* Galaxy
* Les collab
* Stics
* Les perspectives

### un peu de matériel
* [Stics 2020](https://forgemia.inra.fr/patrick.chabrier/presentations/-/blob/master/Stics2020Slides/stics2020slides.pdf)
* [autour de GEOC](https://forgemia.inra.fr/geoc/hackaton2020)

### La présentation en cours de dev
* [SIWAA](https://drive.google.com/file/d/1e1vLWUcmwAbeBkXPqmqYwnAiqaFm1KwY/view?usp=sharing)

# Réunion d'équipe du 15 avril 2021

## ODJ

* Contexte
* Réunion des animateurs
* Participation jury CEI
* RECORD 2.0
* la réunion c'est mardi
* au delà de la vision courte
* des noms de personnes
* Nom de plateforme & nom d'équipe
* Points projets
* CarboSolel
* forgemia
* Equilibre de Nash
* Com
* pas avancé, un peu suspendu à la discussion sur les noms
* Présentations
* il va falloir s'y mettre.
* Divers
* Qui s'incrit à la journée reproductibilité de la SIF ?
* Patrick invité au comité de pilotage de l'IDS de Gedeop - a accepté

## Notes

### Contexte

DPSE versus ASA versus congé,
n'oubliez pas de consommer les reports.
vendredi aprem Estelle travaille
Eric pas là semaine prochaine.

PC en congé probablement 2 jours semaine prochaine, dont lundi.
pas de réunion d'équipe mardi cause département.

### Animateurs

Uniquement discussion sur le processus des promotions, fiches à remplir.
Réunion harmonisation semaine prochaine

### Participation jury CEI

Patrick et Ronan ont été sollicités.
Patrick a dit oui, a déjà une expérience.
Ronan ne sait pas, engagement conséquent sur 5 ans.

### points projets

* Carbosel

a eut lieu une réunion, on a échangé sur les options...
relancer les simulations:
* scénario méso
* scénario siwaa
* scénario instal spécifique
* plus scénario intermédiaires
* scénarios natifs stics
* 4p1000 on meso
* quelques essais PC
* pas exclu du ad'hoc

* forgemia
* mise à jour de la base de donnée
* gestion de l'authentification
* ça s'est bien passé
* RMT modelia
* formation prévue
* recherche de financement conjoint
* David et François + sur les donnés
* encadrement de stage putatif

### RECORD 2.0

On attend la réunion avec Sylvain et Christine le 20/04.
Patrick a proposé des noms.

la discussion avec Régis...
Ronan pas convaincu par le côté Jérome

Patrick, Eric, Ronan + sur les besoins..
+ collaborer sur le plan tech et scientifique.

Etre plus précis...dans une réponse à Régis.

### Divers

* Journée reproductibilité

https://www.societe-informatique-de-france.fr/journee-reproductibilite/
Lundi 10 mai.
Qui s'incrit ? PC

* Patrick invité au comité de pilotage de l'IDS de Gedeop - a accepté
* ATCHAA fin aôut, workshop final.
* migration du mooc MASTIC shiny ... vers un autre hébergeur.
* mooc MASTIC va être labellisé agreenium

# Réunion d'équipe du 1 avril 2021

## ODJ

* Initiative de Robert dans le cadre de mexico
* https://evento.renater.fr/survey/reunion-mexico-nkkh5o80
* http://gdr-mascotnum.org/lagun/
* DA VEIGA / Safran
* mexico le 26 mai de 10h à 12h
* Point GEPEC
* projet d'Estelle, relancer Sylvain...
* OpenMole...Ronan s'est inscrit...Une partie par la fp.
* Python avancé <- à l'automne.
* ...
* Point Com
* Un nom pour l'équipe
*
* Jouer avec des mots clés
* un nom pour SIWAA :)
* SIWAA
* SIWAAE
* WAASI
* SIMFLOW
* MATHFLOW
* W4Num
* W4Sim
* W4S
* site d'équipe
* RECORD 2.0
* 2 pages transmises au département
* Réunion Christine, Hervé, Sylvain & moi, le 20 avril
* Rappel sur DPSE pratique & peut-être déjà obsolète
* Réunion avec Régis

Patrick et Eric sont OK pour suivre un peu ce qu'on fait sur le calcul d'équilibre de Nash et de nous aider sur les points les plus infos, comme le partage de code (Binder, code "détaché" de Sagemath, Jupyter...). C'est aussi pour eux un laboratoire pour apprendre à utiliser ces outils. Et ils seront aussi un peu au soutien d'Océane, quand on aura déterminé le contenu exact de son stage (qui pourrait être la partie Jupyter/Binder, histoire de faire un notebook "tuto" de la résolution de jeux par l'approche de Wilson).

Du coup, je les ai ajoutés comme développeurs pour notre dépôt.

* Point

* Divers
* Operate ça repart
* CarboSeq
* CarSolel
* SIWAA, Big Warning sur la parallélisation
* pas de srun
* singularity
* ...
* Confinement
* demande ASA
* Présentations
* Equipe
* Séminaire "SIWAA"
* Motivation liée à des projets EFESE,4p1000
* Motivation lié à la qualité
* Reproductibilité
* OpenScience
* La ressource de calcul
* L'administration
* L'écosystème autour CI/CD & la Forge
* Docker et Singularity
* Les applications disponibles
* Les projets ayant utilisé "un peu"
* GRUM
* Operate
* Les nouveaux projets
* CarboSeq
* ...
* L'animation en périphérie
* GEOC
* Galaxy
* Les collab
* Stics
* Les perspectives
## Notes

### Réunion des animateurs

Simon, message de Nathalie V. (trop de travail) pas de présentation lourde scientifique pour le passage du président de centre.

Nathalie une demi heure, Thomas pourrait faire office de remplacement.

Présentation des équipes en mai ?

en une heure = environ = 10 minutes par équipe

Qui est invité à participer? Quand?

le 12 avril, Sylvain présente l'unité en réunion de DU de centre.

Autre point les avancements, les classements etc...
Comment Sylvain va gérer le nouveau système de classement pour les promotions. Il devra remplir une grille avec 4 niveaux de notes. Il compte sur les chefs d'équipe pour l'aider. Les chefs d'équipe devront mettre des messages.
Apparement pas de rapport avec l'entretien d'activité.
Dans l'équipe on est tous promouvables de corps et/ou de grade.
Eric 2x
Estelle
Patrick (promouvable de grade)
Nathalie (de grade)
Ronan (de grade)

### Divers

Pour MAD, présentation SciDyn..Nathalie ou Patrick.

### Com

Beaucoup de travail...

### RECORD 2.0

Réunion de 2h prévue avec le département le 20 mai (Christine, Sylvain, Patrick et Hervé).

Questions que Patrick posera
* Changer de nom ?
* Personne que l'on peut contacter ? Faire valider la liste que l'on a déjà.
* Participation du département dans l'animation des travax de l'équipe ?
* Concertation entre département tel qu'initialement ?

### Réunion Régis

Réunion de lundi 29/03. 1h.
Paul travaille sur des aspects algo liés à la théorie des jeux pour trouver des équilibres de Nash.
Utilisation de résolutions de polynomes..
Mobilisation dans ce périmètre de SageMath.
Code Python et Jupyter NoteBook
Stagiaire Océane...pour stocker des choses dans des notebooks.

A l'occasion avoir une réflexion sur listes de ressources didactiques.

### Suite de Stics Operate

Stics Operate : multisimulation sur des USM.
Demande de Marie Laynay : comment peut-on facturer l'utilisation de Siwaa par un prestataire ?
Ce prestataire étant un ancien Inra qui a créé une auto-entreprise. Sera chargé de faire tourner Stics.
En fait qui paiera ? L'Inrae ou le prestataire ?
Plutôt Inrae mais pas Marie Launay.
Le prestataire aurait son propre compte sur Muse.
En facturation interne, il y a un minimum de 150€.

# Réunion d'équipe du 23 mars 2021

## ODJ

* Réunions
* http://www.agro-transfert-rt.org/wp-content/uploads/2019/01/12_Colloque_SoleBIOM-AMG_Atelier1_Resume_CarSolEl.pdf
* Stics<->SIWAA
* Multisimu
* Optim
* ++
* CarboSeq (Après-Demain)
* Déménagement
* RECORD 2.0
* Présentation de l'équipe en mai
* Suite de HackIT
* Point
* Demande de Régis, accompagnement de l'ingénierie autour de Paul.

## Notes

### Déménagement

En cours, en réflexion sur l'aménagement des bureaux.
Sondage pour les fournitures.
Ne pas oublier le sondage de Nathalie sur les fournitures.

### Présentation de l'équipe à finaliser pour le 11 mai.

PC propose un premier jeu de slides.
Sur la base de ce qu'on a en stock, sur ce que l'on veut pour la suite et notre orga.
Demander des instructions pour une présentation

### Divers

* Nouveaux masques
* Quelqu'un de Safran (Sébastien Davéga) serrait intéressé de venir dans MathNum
* Estelle apporte sa compétence de dev au groupe forgemia
* Sauvegarde DSI ? Question de la redondance?

### Organisation d'un Atelier autour de l'utilisation de R

vendredi prochain...à 14h...

Pourquoi Croptimizer...à l'origine Daniel..mais aussi avec Apsim...

l'Affichage + en dure ou par mail...Faire un programme..

### Nouveau projet CarSolEl

faire des simulations à la 4p1000, pour l'instant on réfléchi à une réingénierie du WF. Anne-Isabelle avait géré la partie prairie de EFESE.
Réunion prévue le 6 avril.
Ils sont prêts à financer leurs heures de calcul.
Potentielle utilisation de SIWAA.

### Réunion Stics
* Samuel Buis et Patrice Lecharpentier (référents Stics, Patrice - informaticien, Samuel - méthodo stat).
Déployer une certain nombre d'outils de stics sur Siwaa.
Que mutualise-t-on ? Quelle ingénieurie ? Quels paquets R ?
En matière de multi-simulation, suite du travail de Guillaume Robaldo sur GNU parallel. Améliorer la gestion de la multi-simulation sur Stics. Apparement ils excluent la multisimulation déléguée à R.
Question qui se pose : quel type d'interface ? quelle généricité ?

### réponse AO inter-unité AgroEcoSystem
Rejeté par les 2 départements (mathnum, agroenv): scientifiquement non valide comme méthode, pas d'intérêt à ajouter une couche web, des méthodes equivalentes pourraient exister, intérêt de la méthode non prouvée car pas d'article.

### CATI IUMAN
Atelier sur le partage d'expérience autour de R dans le CATI.
Une quinzaine de personnes se sont inscrites dont 5/6 orateurs.

### Record 2.0
Doc finalisé. Pas de retour du département pour l'instant.

### Galaxy Community conférence

demande de Hackathon auprès de Yvan et ???.
Estelle a pris la main sur l'organisation du tuto...
Estelle est intéressée par voir le processus de dev des tuto.

### Demande de Régis : accompagnement ingénieurie Paul
Thèse théorie des jeux appliquée à l'agroécologie. Directeurs de thèse : Hélène Fargier et Régis.
2 aspects :
* Gestion de développement en commun (sur gitlab)
* Python, jupyter notebook, binder, sagemath...

Leurs besoins pourraient être :
* partager le code
* benchmark : tester des résultats attendus (intégration continue ?)
* gérer le déploiement des paquets

On est attendu sur l'accompagnement d'une stagiaire qui arrive bientôt.

# Réunion d'équipe du 9 mars 2021

## ODJ prévisionnel
* Réunion des animateurs
* https://www.data-terra.org/ & Montpellier?
* Déménagement
* RECORD 2.0
* https://partage-fichiers.inra.fr/perso/pchabrier/_layouts/15/WopiFrame.aspx?sourcedoc=/perso/pchabrier/Documents/RECORD_2.0/RECORD_2.0_V0.1.docx
* MOOC
* Changement de date séminaire interne <-> 7 mai.
* https://miat.inrae.fr/site/S%C3%A9minaires
* Tour de table
* Divers
* Gauthier, Raphaël Duboz, cdd modélisation participative, Irritator
* Régis, Paul Jourdan, sagemath, Ipyhton, Binder, Gitlab
* Et la position entre Jean-Noël et Gauthier a ne pas négliger.

# Notes

## Déménagement

* Ronan vient demain
* il reste des cartons à l'acceuil
* jeu d'étiquettes dans le casier
* on peut préciser la posiion du mobilier
* Eric & Estelle volontaires pour lundi & mardi
* Laisser les clés dans le bureau

## Réunion des animateurs

Suis arrivé très tard...
Christine Gaspin : il a pas mal de demandes auprès du département autour de Data Terra à Montpellier. On n'en sait pas plus pour le moment.
Mathieu Fovel, Cesio, MathNum?
Tetis(Montpellier) ex IRSTEA
Est-ce qu'il y a GeOrchestr sous Data Terra ?
GeoOrchestra FrameWork Opensource, stoquer rendre accessible en ligne des
couches de données SIG.
dans Atchaa Guillaume a déployé une instance.
Le cati GEDEOP, & Wilfried Heintz opére uen instance, ils demadait qu'elle soit labellisé INRAE.
Dans le cadre de Tempo aussi.

## RECORD 2.0

Toujours sur un texte court avec pour projet de le remettre au département pour échanges.
Discussion entre Patrick et Régis suite à relecture. Quelques propositions de Régis vont être intégrées.
Patrick développe point par point ce qu'on entend par développement logiciel, développement et administration de solutions web...
Il faut enlever le développement de méthodes mathématiques. Renforcer l'explication du lien avec Scydin.
Patrick devrait finaliser rapidement.
Très bonne implication de Régis. C'est agréable.

## MOOC

Une prochaine fois.
Eric et Shiny app, qui envisage de lacher la connection à ça.
400€/an.
Pour l'instant c'est l'unité qui paye.
Discussion autout de la pérennité du MOOC.
eRECORD un seul utilisateur = MASTIC.
Le gros modèle est utilisé.
magare n'est plus utilisé.
Plutôt un PB administratif à court terme.

Le MOOC a testé & quelques modifs sur les supports.

Le code des applis Shyni sur un mastic dans forge MIA.

https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/index.php?categoryid=168

Il n'y aurra pas une gestion par session.

## Infos

Il est probable que notre date de séminaire soit avancée au 7 mai.

## Tour de table

Ce qui nous occupe principalement.
Éric : Atcha, réunion référents Stics
Nathalie : finit une proposition de projet pour SAAB, services web dans Record, présentation services web pour l'équipe SAAB pour voir si ça pourrait les intéresser.
Patrick : projet Record, CI-CD GRUM, message à Manuel Martin concernant CarboSeq pour savoir s'il y a déjà des données et plans d'exp
Ronan : birdnet, ANR INCA HSML a passé le premier round, ANR Dissetec non passé, modélisation du processus d'apparition des feuilles avec Sandra, RMT Modelia avec François Brun - action science des données en agriculture - monter un stage en analyse de sensiblité, Mastic lundi... et après GRUM
Estelle:
- en cours installation du toolshed avec recette ansible
- projet de formation en cours de rédaction
- un peu de CI/CD quota pull docker
- en tant que CHU prestataire outils pour mal entendants

# Réunion d'équipe du 2 mars 2021
t
## ODJ prévisionnel

* Réunion des animateurs
* Déménagement et nouveau batiment
* Point projet
* CarboSeq
* Divers
* Veille techno
* GRUM CI/CD planemo+slurm
* GRUM + R package parallelly (slurm)
* Changement d'authentification
* Retour d'Estelle sur le RGPD
* RECORD 2.0
* https://partage-fichiers.inra.fr/perso/pchabrier/Documents/RECORD_2.0/RECORD_2.0_V0.1.docx?Web=1
* Travailler l'offre plus précisément sur les services centraux
* Priorité sur l'accompagnement de l'acitivité code dans les projets, du codage à sa bonne utilisation sur cluster
* Formation +| haut niveau
* PGD orienté code, Open Science
* Définition d'un périmètre en terme de Départements INRAE
* pour ne pas rentrer dans le détails des disciplines
* détails sémantiques DEVOPS et Offre
* Feuille de route
* Retour au département
* Identifier des acteurs à consulter

## Notes

### Animateurs

Nathalie V contactée pour un acceuil chercheur (mobilité entrante), bioinfo Paul Sab, Réseau bayésien. HDR? Centre de biologie intégrative.

Dans la rubrique déménagement:
* Bennes prévues vers l'entrée principale de l'unité.
* étiquettes noires, étiquettes jaunes...Dans les casiers
* pas de nomenclature dispo pour l'instant
* pour le 12 débrancher l'électronique
* [Apparte] Estelle vient lundi ou mardi 9/03, dans le cadre de l'aménagement de la salle de séminaire, pour assistance auditive.

### point projet

CarboSeq : vendredi dernier (26/02) réunion passage en revue de tous les WP. Éric et Patrick, WP 9, tâche 3, en gros "Modélisation > toolbox".
Cette toolbox doit harmoniser/homogénéiser les données de tous les partenaires. Le paquet R qui comprend les modèles s'appellera RothC.
Tous les aspects ne sont pas très clairs encore. Ni au niveau du partage des tâches (on fait juste le wrapper ou on participe à l'écriture du paquet R), ni sur la nature des données...
Les données ont toutes une référence spatiale. Ce qui peut être intéressant pour les études type AgGlob. Des sorties sous forme de carte.
Sinon les autres WP sont thématiques : piégeage du carbone dans les prairies, sols inondés, forêt.
Pour le moment, manque flagrant de données.
Éric et Patrick ont prévu d'envoyer un mail au responsable français pour lui faire quelques propositions.

### Divers

#### Projet GRUM
Estimation de paramètres de poids vif de chèvre. Patrick travaille sur l'automatisation de la livraison d'un outil dans Galaxy.
Dans la chaîne : construction du container puis lancement des tests de l'outil via planemo.

Pour tester, container qui contient planemo et singularity.
Étape qui manque : publier sur le toolshed. Mais soucis car actuellement le toolshed n'est pas accessible par le runner forgemia. Sera résolu quand le toolshed sera mis public pour siwaa v2.

#### Docker hub : nb de pull request limité
Basé sur l'IP ou l'authentification de l'utilisateur.
Voir si on peut passer outre l'IP du shared runner pour ForgeMIA.
En essayant de mettre une copie sur forgemia (container registry), Patrick a été bloqué par un soucis de certificat.

#### R et CPU
Le paquet parallel de R ne parallélise que sur un noeud (et non sur plusieurs noeuds).
Récemment, 2 nouveaux paquets (parallely et future) ont émergé. À approfondir.

Voir ce que font les personnes du groupe rockR qui font des containers robustes

#### nouvelle identité INRAE

Continuer a utiliser le plus longtemps possible INRA.
Estelle concernée dans le cadre de la forge.

#### RGPD

Chaque session = même contenu.
Poser des questions nouvelle à chaque session est possible.
Site dispo pour la démarche à suivre, qui a été présenté.
Pour tout projet de recherche, il faut se poser la question en amont.
Revues et projets demandent de +en+ de certificats.
Concernant SIWAA il faudrait ajouter des garanties et des restrictions.
Dans l'unité il doit y avoir un dpd (délégué à la protection des données accompagnateur).
https://intranet.inrae.fr/donnees-personnelles/

#### réunion des référents Stics (6 mois)
Eric

### RECORD 2.0

Réunion de ce matin avec Ronan, Éric et Sylvain. On part toujours un texte court.
La plateforme est à distinguer de l'équipe.
On va lister les départements qui sont susceptibles d'être intéressés.
Préciser dans le document ce qui est une offre d'activité de la plateforme.
On pourrait avoir une mission renforcée sur l'accompagnement des projets scientifiques qui ont besoin de faire du developpement logiciel au regard par exemple de l'openscience, des PGD orientés code etc. Pour que ces dev soient bien gérés, bien utilisés etc.
À retourner au département sous peu.

# Réunion d'équipe du mardi 15 février

Nathalie en congé
Ronan en réunion MOOC MASTIC

## Ordre du jour prévisionnel

* Réunion des animateurs
* Projets
* COM
* GEPEC
* 2 pages
* Veille collective
* Divers

## Notes

### Animateurs

Déménagement le 15 mars & 16 mars. Si on veut bosser dès le 17, on doit désinfecter. Sinon on attend 48h. Les 15 et 16 mars, les agents ne sont pas attendus sur site.
Une benne dès le 1er mars pour jeter. On peut s'en servir. On ne sait pas encore où ça sera.
Cartons (pour documents et objets de bureautique) et étiquettes de couleur + **bureau de destination**. Au moins 2 couleurs : noir pour jeter + autres couleurs.
Meubles et éléctronique, ce sont les déménageurs qui embalent et déplacent.
On est en attente de la codification définitive des bureaux pour la destination.
Chacun rempli ses cartons et les déménageurs font le transfert.
Pour le 14, le bureau doit être ouvert et la clef doit être dans le barilet côté intérieur de la porte. Si plus d'une clef, scotcher les autres.

in fine recherche de volontaires mais pas trop.
La réponse de Sylvain a une enquète du département.
Il faudrait étoffer les réponses. Patrick a demandé à Sylvain s'il faut le faire.
Stoquer les questions -> PC.
Les questions reviendront peut-être.

Quelques discussions sur les profils, GEPEC.

### Projets

* AgroExplo n'a pas été accepté, en attente d'une réunion de debrief avec Samuel Buis.
* CarboSeq
* première réunion france INRAE, préparatoire de coordination = vendredi 5 février.
* Question posée sur le code.
* kick-off 25-26 & 1 mars.
* les données devraient être standardisées pour être passées d'un simulateur à l'autre. La toolbox cristallisera cette standardisation
* qui s'occupera de mettre en place les outils pour les hors-Inrae ? Qui paiera pour leur ressources de calcul ?
* question administrative non résolue : si on y passe plus de temps que ce qui est "vendu", peut-on l'indiquer ?
* il est possible (mais pas sûr) qu'ils aient besoin d'Interactive Tools

### COM

C'est parti ?

https://eq-record.pages.mia.inra.fr/record-team/team/

* contenu
* aspects règlementaires
* images
* copyright
* procesus com
* adresse de contact
* credits

2 choses très différentes dixit Eric la ligne éditoriale
et aspects web...

### GEPEC

* formation OpenMole, Christine Gaspin a pointé à Patrick cette formation.
* formation Galaxy, Estelle en Juin/juillet formation développeur.

### veille Collective

* binder a regarder sans modération.(fait le lien entre gitlab & jupyter hub)
* https://mybinder.org/ to play with
* https://repl.it/ proposition d'Eric. D'un dépôt à une interface web.

### 2 pages

Suis dessus.

### Divers

* RGPD, Estelle assite au premier épisode.
* Pour les sites
* Pour l'équipe
* Pour les utilisateurs

# Réunion d'équipe du jeudi 4 février

## Ordre du jour prévisionnel

* point tec Muse
* Réunion des Animateurs
* Point GEPEC Estelle & Ronan
* Point CEI
* [RECORD 2.0](https://partage-fichiers.inra.fr/perso/pchabrier/Documents/RECORD_2.0/RECORD_2.0.docx?Web=1)
* Point Com
* Divers

## Notes

### Meso@LR

le /scratch...
scratch n'est du nfs, plus fait pour gérer un grand nombre d'i/o
En terme de bonne pratique utiliser le scratch pour les jobs
idem su génotoul.
Voir comment mieux gérer ça avec Galaxy.
Copier/coller les entrées/sorties entre work-home et scratch risque d'être contreproductif.
Voir si le sshfs fait ramer aussi muse.
Nathalie va changer aussi sa manière de fonctionner avec les services web.
Ronan constate une monté en charge.

meso-help est hébergé sur sympa à Montpellier.

### Point COM

La remarque de MJO :smile:

Ca pose pas mal de PB en particulier.
Et pour ma part ça appartient aussi à Hélène.

D'ailleurs nous avons reçu un message officiel concernant la position d'Hélène? Du point de vue de la plateforme?

Sur le fait qu'hélène ne fasse pas parti dee l'équipe c'est un fait.

la réponse en pratique, méthode des petits pas:
Une page statique HUGO sur GitLab.
Appartenant au groupe membre de l'équipe
Et juste inspiration minimale Genotoul
http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/about-us/contact-us/

avec lien sur page pro/perso pour ceux.
Plus tard, on pourra toujours mettre ces infos ailleurs.
Garder le mode de

Il faut faire quelque-chose...sur le site actuel..

PC mail à Sylvain..à ce sujet...?

Une page composition et une phrase générique sur la mission.

Estelle site de MIAT, plus flexible.

Au fait, on change de nom ?
Ronan pour, comme ça les gens sauront clairement qu'on a changé de mission.
Patrick pour.
Nathalie pour.
On verra quand on aura fixé nos missions.

### Point CEI

CEI 5? plutôt un consensus

début 8 mars.

chrome-extension://oemmndcbldboiebfnladdacbdfmadadm/https://intranet.inrae.fr/evaluation/content/download/4802/42222/version/2/file/2021_Liste+CEI_Evaluation_Ingenieurs-3.pdf

### Point GEPEC

GEPEC = gestion prévisionnel de l'emploi et des compétences

#### Estelle

Projet de formation, pour le déploiement d'appli sur cluster ou sur cloud,
manque des compétences en administration système.
Formation en ligne et certification Linux
La formation permanente, Patrick, Sylvain, les Christines et Hervé.
A la question d'Eric: Est ce que le besoin en connaissance Linux?
Est-ce nécessaire? Estelle plutôt oui..surtout sur les bases.

#### Ronan

& formation OpenMole https://exmodelo.org/

présentiel en Juin, Exploration de modèles sous OpenMole
même problématique que Mexico
Voir à quoi ressemble OpenMole
On risque d'être concurrents. Donc à mieux connaître.
Hervé connait bien.
Gamma est dispo sur OpenMole.
Voir quelle est leur approche technique.

### Divers

#### datas & tuto
Une façon peut-être d'attaquer la question des datas que je trouve assez emblématique.

* https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/climate/
* https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/ecology/

sur le fond et sur la forme.

sur le fond c'est hyper didactique
sur la forme c'est un template sur github

Estelle en retour d'expérience :smile:

#### Divers de Divers

* réunion MJO calcul
* reproductibilité demain
* Atchaa...
* recrutement pour faire des simus
* Démarche? bricolage? SIWAA pour reproductibilité et qualité?
* SIWA demande de compte?

### Réunion des animateurs

#### apparte autour du projet RECORD

S'inspirer de la plateforme biostat..

à l'interface entre scydin...et des agros.

Que dans les productions de la plateforme il y ait
des gens de scydin.

Elargir autour de record-vle

faire rentrer ces activités.

Pas pure développement

participation à des projets.

Elargir offre de formation.

fin de l'apparte

Attestation de février? Une nouvelle version.

ouverture des concours des cr c'est dmain..diffusion large demain

Les annonces ITA c'est mi-février.

Discussion avec Anne et Sylvain et Fred et Sandra..
Axe plante, modélisation et simulation des plantes..
Jusqu'à l'organisme.

Régis en CSS...Voir comment réduir le nombre d'activité dans une équipe.

Christine: audit qualité revue de direction,
autorisation siéger à 3, question de sécurité.
Auditeur(externe), RMQ(annick), Mathias assister à la revue de processus.
1 audit interne et un audir externe.
Pas completement carré sur ingénierie logiciel..
planifier reporter...Agilité..Utiliser les mêmes environnement
Affecter à l'équipe de recherche pour alléger le dispositif.

Risquer la non-conformité.

L'enjeu c'est de conserver la labellisation, non c'est que ça s'amméliorre.
Les indicateurs...
Démarche qualité...

CPER

embarqué dans un PPR avec Claire. programme prioritaire de recherche.
Métapogramme agriculture numérique

Les infra intègre de plus en plus des dimensions de recherche

Un gros projet en région vieillessement sur 10 ans 1000 échantillons.
Aucune plateforme au départ.
Inspire.

Intention projet eucaryote.

GEPEC mercredi matin.

Nathalie plateforme bioinfo 15%

rappel :
* activité non télétravail (visio/scan/bien être psy)

Chacun celon sa conscience

# Réunion d'équipe du mardi 26 juillet

pour info le silo du projet d'évolution de RECORD : https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/tree/master/RECORD_2.0

## ODJ prévisionnel

* Réunion SciDyn
* Réunion des animateurs
* Séminaire MIAT Interne

## Réunion SciDyn

* Essentiellement discussion sous forme de tour de table.

## Séminaire Interne

mars,avril,mai,juin

où va-t-on?

2 propositions

* Une autour des services web
* potentiellement les nouveaux services
* dans une séance autre que celle sur Galaxy
* Une autour de l'instance Galaxy
* L'équipe semble partante pour cela
* retour d'expérience
* Pourquoi, comment, ci-cd
* Estelle pas forcément à l'aise sur le pourquoi (mais c'est celui qui est à l'aise qui présentera ça)
* Éric : on pourrait se poser la question de l'objectif de l'exposé (restitution pour que les autres sachent ce que l'on fait, lancer des débats pour regarder les pistes de collaboration/points communs pour la suite, purement technique par les outils)
* Patrick : on ne rentre pas trop dans les détails avec un peu de tout pour qu'il y ait des éléments pour chacun des auditeurs
* Ronan : on peut aussi présenter les modèles qui sont sur Siwaa. Muse, dockerisation, conda
* Éric : EFESE ? mise à dispo de données dans AgGlob ?
* Ronan : on pourrait se tenir prêts pour les futures études type EFESE, 4pour1000. Avec mise à dispo de données climatiques ou sol par exemple.

apparté intéressant sur tout ce qui est donné
simuler à l'échelle de la france agroclim + sol + ...
Aglob.
Occupation du sol cesbio

Il faut être à l'interface.

plutôt 2 séances différentes. On commence par proposer à Sandra la présentation commune puis ce sera au tour de Nathalie. On demande si on peut présenter en mai.

## Partage de compétences - service web
remplir le doodle de Nahalie.
but : partager, transférer
On pourrait tous se retrouver sur la définition API REST et utilisation.
Après suivant les compétences/envies, chacun sera libre d'approfondir.
WS pour web service.Une nouvelle api de service web.

# Réunions de mardi 19 et jeudi 21/01/2021

## ODJ prévisionnel

* Réunion des animateurs
* SIWAA le point, la question du renommage SIWAA
* Jupyter Hub
* Projet RECORD
* Première réunion https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/blob/4ae92535474c322009dce13766a3425343569f05/RECORD_2.0/2020-01-11-r%C3%A9union-projet.md
* Sylvain et Régis as reporter
* Réunion avec CDA https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/blob/4ae92535474c322009dce13766a3425343569f05/RECORD_2.0/2020-01-15-r%C3%A9union-CDA.md
* Feuille de route (prochaine réunion lundi 11h)
* Support
* service,
* démarche qualité,
* procesus d'ammélioration continue
* First step http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/ask-for/create-an-account-2/attente

* préconiser SIWAA...pour la simulation.
* attente des gens?
* passerelles entre siwaa et pas de support.
* de la question de l'autonomie.

* IfDevThenShare
* CI/CD et SIWAA
* Divers
* la com ... site web static sur les news

## Notes

## Azodyn et Pierre Lebreton

Ils ont une machine à 28 coeur...
avril 2019.
Linux ubuntu...
Ronan lui a montré siwaa.
Pierre Lebreton a eut une erreure
en entrée météo dans un zip
fournir la
Nouvelle api R de vle,
pas publiée au sens...

La remarque type c'est est ce que l'on abandonne.

Juste pour faire de la simu.

Il faudrait se positionner par rapport à windows.

### Réunion des animateurs

Régis, Simon, Sylvain & moi

Christine occupée à la CNOC,

Sandra et la Com à propos du nouveau de l'inauguration du nouveau
bâtiment. En Juin et Juillet.
Début Juillet JOBIM démarre le 6.
Dernière semaine de juin les conf de Juin francophone.

Ce serrait bien de faire un lancement scientifique du pôle
MathInfo.
Peut-être 2 types ou couper en 2....
2 types d'innauguration
Les confs à ce moment.

Participer à un comité d'organisation.

Région/sicoval/INRAE/préfecture/rectorat.

Ou l'on évoque la visite du président de Centre.

On pourrait en profiter pour organiser la visite du département.

Quand le CD vient on invite le Président de centre.

une discussion sur BBB versus RDV versus ZOOM versus gotoMeeting

Régis une info. Jean-Baptiste Durand de l'ensimag..
à virtual plante et a amap et projet de mobilité..Stat Computational.
Un système de délégation existe encore. Département + Unité finance.
Certaines université demande + cher.
Pour préparer un cr blanc.

côté rh...
prévenir de l'ouverture du poste SciDyn publicité.

Régis rencontre Anne Goezler.

Il faudrait ouvrir un poste à la mobilité.

Elle part sur le modèle de feuille.

Axe Sandra Fred pourrait être renforcé.
In Fine Sandra travail + avec Nathalie P.

Jobim 06-09 juillet
PFIA 28 juin-02 juillet
SfSD 7-11 juin
R francophones (report de 2020)
JFRB (début juin)

### SIWAA

pourquoi une nouvelle instance:
* hébergement du serveur actuel = DSI (administration standard)
* Nouveau serveur sur OpensStack(sorte de cloud) avec installation avec Ansible (automatisée)
* Nouvelle version de Galaxy = maintenance sur 1 an + Python 3

Question de Eric? 2 instances?
La mise à jour de la version en prod trop compliquée.

Autre info sur la scalabilité de OpenStack.

Nouveau système d'authentification.

au lieu de passer par le ldap INRA, on passe par la fédération Elixir,
+ y accéder par un compte Google

**Estelle regarde si on peut créer un compte de type [e-mail].**

Garde-t-on le nom SIWAA ?

Pour Workbench for Agroecosystems SImulations and Analytics

https://siwaa.pages.mia.inra.fr/com/

La remarque sur le

SIWAAE

Analytics ne parle pas trop à Ronan.

On a des modèles en Ecology, ne se retrouve pas dans Agroecosystems.

Analysis

se donner 4 Analysis of AgroEcosystem.

On garde le même acronyme, on corrige AA, et on essaye de retirer la simu.

La machine de test accessible par le vpn.

### Réunion séminaire

* lire le compte-rendu
* celui qui parle qui dit qui il invite
* Sandra et Nathalie contact les responsables d'équipes
* Obligation d'assister (obligation tacite)

### IfDevThenShare

Retour d'expérience
PC : vle test et ci/cd sur github
- guillaume robaldo dans le cadre test liés à des cas d'utilisation
- vle - test dans le cadre d'une estension décision.

CD : Laurence Puillet application + outils stics

Propose du jour...consignes au niveau national...pour le chercheurs.

Appui en ingénierie...sur les bonnes pratiques...Question de bonnes pratiques...Ronan...
Apporter des bonnes solutions en amont...Pro actif.

Monter une formation git...Le faire avec CATI et PEPI...

Fait dans le cadre

### Divers Info

En passant par là https://perso.math.univ-toulouse.fr/biostat/

lsb_release universelle

# Réunion d'équipe du 12 janvier 2021

## Participants

## Parmi les sujets

* réflexion anecdotique : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/training-2/training/ (http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/unix/doc/Formation_LINUX_GenoToul.pdf)
* INRAE 2030
* Séminaire Interne
* réunion des animateurs
* réunion RECORD_2.0/périmètre & questions sur les personnes
* IfDevThenShare (Tests et CI)
* CarboSeq pas discuté
* Attaquer le biseau sur eRECORD par Django?

## Notes

### INRAE 2030
https://intranet.inrae.fr/national/vie-de-linstitut/voeux-2021-de-philippe-mauguin-et-document-strategique-inrae-2030-12701?ticket=ST-1204866-0067ZilEuIWxI5T5PMO4-cas

#### vidéo
On est plus particulièrement concerné par la 5ième orientation "scientifique et transversale".
-> Science et Innovation ouverte

#### OS5
https://intranet.inrae.fr/national/app/uploads/2021/01/INRAE2030-FRBdef.pdf

"...En complément d’approches analytiques, observationnelles et expérimentales, des approches in silico de modélisation et simulation, de statistique computationnelle et d’intelli-gence artificielle aident à la compréhension, ainsi qu’à la conception et au pilotage, des systèmes d’intérêt."

##### OS 5.1. Systèmes complexes et évolutifs
Nos orientations scientifiques impliquent la mobilisation des connaissances et données, diverses et hétérogènes, et leur exploitation pour comprendre, concevoir et faciliter la gestion des systèmes complexes étudiés (systèmes évolutifs, contraints, incertains, et pouvant impliquer une diversité d’acteurs). Il est ainsi nécessaire de développer les approches permettant l’in-tégration massive des connaissances, de mobiliser le calcul intensif, l’apprentissage, la modélisation et la simulation et d’adapter ces approches à nos domaines de recherche. Ces développements sont consubstantiels de pratiques de plus en plus interdisciplinaires et transdisciplinaires.

* Développement de systèmes d’information FAIR permet-tant de décloisonner et intégrer les connaissances, en s’ap-puyant sur les services d’e-infrastructures.
* Mobilisation et adaptation des méthodes et outils d’appren-tissages issus de l’Intelligence Artificielle et de la statistique.
* Renforcement de nos capacités de modélisation et simula-tion de systèmes dynamiques complexes.
* Démarches et savoir-faire d’analyse des données et de mo-délisation pour atteindre des objectifs finalisés (dispositifs de surveillance ou d’alerte, aide à la décision...).

A la suite de l’analyse scientifique prospective sur les « Approches prédictives en biologie et écologie »60, un métaprogramme de recherche interdiscipli-naire DIGITBIO est lancé par INRAE pour soutenir les recherches en biologie intégrative et prédictive

pour mémoire Ronan au conseil scientifique avec Claire
Ronan Axe SSD stat
Patrick Axe e-infra

### réunion séminaire interne, le 21 à 10h30

https://docs.google.com/document/d/1UTRfDvBIjc7Pv5B39xZdQewJGsVaJTmmQKWvTnCDjVc/edit#heading=h.zgcfz6zfkxa0

Quelqu'un a-t-il prévu d'aller à la réunion?
Eric & Estelle & peut-être Nathalie.

Eric mélange de différentes choses = un risque si obligation d'assister.

### réunion des animateurs

centrée sur la GPEC = Gestion prévisionnelle des emplois et compétence
Christine a développé la GEPEC de la plateforme (poste IR pour concours interne, poste DevOps).
Une discussion sur le positionnement de Nathalie. Reste dans l'équipe Record et travaille à temps partiel sur la toolbox de Simon. Le changement d'équipe doit être motivé par Simon (GEPEC toujours).
Chistine a indiqué qu'il fallait bien suivre l'implication d'un agent sur 2 équipes.

PC: ça serrait plus pratique si il y avait des notes de cette réunion.

### réunion RECORD_2.0/périmètre & projet RECORD

* Patrick a signifié officiellement son engagement auprès de MathNum
* Régis prêt à s'impliquer
* à la fois comme contributeur et directeur scientifique par intérim et interlocuteur scidyn
* prêt à s'impliquer dans la vie collective de l'équipe y compris en participant à nos réunions d'équipe
* du coup ? mattermost ? liste de diff ? gitlab
* quid de sylvain

On informe Régis systématiquement des réunions qui vont avoir lieu en organisant l'ordre du jour en fonction de ce qui l'intéresse (en mettant ce qui l'intéresse d'abord par exemple).
On lui propose également de l'ajouter au mattermost, à la liste de diffusion.

Il va falloir contacter un certain nombre de personnes pour demander leur avis sur l'orientation de Record. A-t-on des idées de personnes ?
Doit être fait rapidement.
Dynafor, ODR, Jean-Noël, PHASE, ECOSOCIO et AGROENV.
Éric : idéalement les personnes qui étaient dans le réseau des utilisateurs de feu Record (Jacques-Éric, Hélène, Stéphane). Mais pas dit qu'ils veulent s'impliquer.

Ronan propose qu'il y ait une présentation de l'existant avant de s'adresser à eux, sous forme d'un état des lieux...comprenant aussi un petit historique.

Eric sur identifier des besoins.

Patrick est d'accord qu'il faut qu'il y ait un chapitre introductif d'accroche. Mais aujourd'hui on est à cours de projet car on est à côté des besoins donc il faut demander aux gens leurs besoins.

Nathalie sur ne pas bruler les étapes.

Se caller avec Régis en // ou préalablement.

Prochaine question à traiter en équipe : que met-on dans un document d'accroche ? Pourquoi vient-on les voir ?
Pour ceux qui nous connaissent (Jean-Noël, Gauthier), a-t-on besoin de leur présenter le contexte ?

### IfDevThenShare

mercredi prochain...

1 présentation partagée Eric+Estelle+Patrick ?

Il y a au sein de vle une approche intégrée.
Jeu de test dans VLE...est ce que c'est un outils std.
Ou est ce que c'est une réécriture.
Les outils pour vle ou dans vle...
La chaine de vle...

Les balises tests des wrappers de tools Galaxy.

+ logo RECORD

Pour la semaine prochaine, venir avec du contenu. On verra pour la mise en forme au dernier moment.

### Divers

journée reproductibilité le 5 février

# Première réunion de l'année 2021(5 janvier 2021)

## Participants
toute l'équipe au complet

## Parmi les sujets
* voeux
* réunion des animateurs
* lettre du CD à l'animateur d'équipe
* remontée de profil avec MAD
* divers

## Notes

### Voeux
Bonne Année 2021,

celle de la rénovation ou de la fin de la plateforme RECORD

Acronyme RECORD: "REnovation et COoRDination de la modélisation des cultures pour la gestion des agro-écosystèmes"

rénovation de la rénovation :smile:

* proposition d'exercice visite critique par nous en mode hackathon du site web
https://www6.inrae.fr/record, ce qui est me semble-t-il une forme de référence publique, exercice facile à faire.

### réunion du lundi (animateurs d'équipe de MIAT)
*les notes de pc*

* https://temps-activites.inra.fr/fr/ ce que j'ai retenu
* s'inscrire explicitement en DPSE
* en présentiel se déclarer au secrétariat
* pas de pointeuse pour l'instant
* 5 DPSE/semaine toujours possible, jusqu'à quand?

* autour des écoles doctorales
* Stéphane représente MIAT pour SEVAB
* MITT pb de constitution du bureau
* Simon se retire & bientôt Régis se retire du conseil scientifique

* Réunion (mi Janvier) Sylvain et MathNum au sujet des besoins en RH
* à 5ans? en lien avec le SSD.
* Les priorités du département sont encore un peu flou
* Au niveau du centre "axe MathInfo pour les agrobiosciences"
* La question de l'apprentissage/deep learning/réseau de neuronnes
* demande par Sylvain que cela soit discuté en équipe
* remarque sur le départ de Mathieu, de Victor
* départ de Robert et Roger
* Simon: demande d'un poste chercheur en Algo des séquences
* Mathias succéderait à Christine en 2023 sur la direction de la plateforme bioinfo (anticipation et durabilité)
* Poste IE dev en concours externe pour bioinfo
* Poste Scydin apprentissage par renforcement
* Christine à Simon warning sur l'articulation équipe de recherche et équipe plateforme. Typiquement Nathalie (biostat<->bioinfo) peu émarger parce qu'elle fait de la formation.
* Activité de recherche se fait qu sein des équipes de recherche
* Christine, plateforme = tournée vers l'extérieur.

### lettre du CD à PC
https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/blob/master/MathNum/mailCD15dec2020.txt

en quelques mots:
* pourquoi moi?
* MathNum attaché aux e-infra en tant qu'interface entre MathNum et les autres départements
* Pas découragé, mais suite aux difficultés, évoluer
* redéfinir
* objectifs
* organisation
* gouvernance
* mission pour l'équipe
* ouvert aux départements(intéressés par les agroécosystèmes)
* complémentaires aux autres plateformes
* en interraction avec scydin
* identification d'un porteur
* échéance pour fin mars
* points intemédiares possibles

Première échéance aujourd'hui, répondre plus en détails.
Y aller ou pas ?

Réunion de travail avec Régis, pas uniquement, Moi, pas uniquement, Sylvain, Christine...?

Pas si compliqué que ça...

Marge de manoeuvre pour définir le projet.

Demander à Scydin

Les conditions...etc...

réécrire le projet..animer...

Quel porteur scientifique ?

porteur proche et mathinfo...
la question des outils à promouvoir
pas trop d'hypothèse sur les formalismes.
pas que du vle

Eric des porteurs dans le groupe de Stics

Est-ce que Régis verra un intéret à porter également ce qui sort de ses travaux habituels (ATCHA, SIWAA, modèles de culture) ?

Il faut quelqu'un qui nous connaisse (et donc plutôt local).

Nous organisons d'abord une réunion intra-unité avec scidyn et ensuite on élargira sur le centre (odr, agir ?). Mais il faut quelqu'un qui ait la fibre informatique.

Il faut que les porteurs aient quelque chose en échange.

Si nous ne trouvons pas de soutien en local, nous risquons de nous démontiver.

Dynafor? Comme accroche pour un responsable?

Une remarque de Ronan:

un objet commun pour l'équipe, pour l'instant tout le dispositif SIWAA est la seule piste. Et VLE n'est plus au centre.

### MAD et des remontées de profil

préambule:
* Un ingénieur de plateforme consacre une part significative de son travail à développer ou assurer des services tournés vers l'extérieur.
* un scientifique qui contribue à une plateforme ne le fait pas au travers de son activité de recherche en propre(= formation, transfert, expertise)

Mais toujours garder en tête que l'équipe RECORD n'est
plus sur le mode "activité équipe = activité plateforme"

Trouver une utilité, ou un besoin commun avec MAD,
en terme de service ou de compétence.
Définir une plateforme technologique générique utile d'une façon
ou d'une autre pour SciDyn

Sommes nous en mesure d'identifier des besoins réels?
Organisation à revoir en la matière, à mon avis.

Les besoins virtuels du futur dont nous avons envie?
ce que nous avons envie de faire mais pas assez d'ETP
ou de compétence pour engager?

* profils scientifique?
* Victor Like exemple les travaux inachevé de Laurence (métamodélisation de grosses boîtes noires)

* profils ingénieurs?
* développement d'application, mais pourquoi
* vle?, iritator?, intégration d'outils dans Galaxy?
* notre carnet de commande? du grum, du fleche, du carboseq, du modexplo.
* WEB
* Sémantique
* IDM

* des compétences qui serait utiles de part et d'autres
* R
* Shiny
* python
* C++
* api rest
* web sémantique
* deep learning

& maintenant?

Nathalie veut faire remonter un profil d'Ingénieur
sur modèle graphique dynamique...

A discuter dès lundi prochain...

### Divers
Eric sur AMEI: comment ça se situe par rapport à notre projet.

# Dernière réunion de l'année 2020

sur un nouveau jouet bien pratique pour copier directement dans forgemia.
Mais auand même qui ressemble beaucoup à l'etherpad.

## Participants
Patrick, Éric, Estelle, Ronan
(Nathalie en congé)

## Parmi les sujets
* thèse de Cyrille
* réseau de Neurones
* carboseq
* GRUM
* GEOC
* Réunion des animateurs
* & projet d'équipe, projet RECORD

## Notes

## Congés

Patrick : les 2 semaines
Estelle : juste là le 22/12, pas là jeudi 17, revient le 4
Ronan : en vacances du 17 soir au 4
Éric : les 2 semaines

### thèse de Cyrille

>thèse de Cyrille
Doctorant co-financé par #DigitAg
Sujet de thèse : Représentation sémantique et modulaire des modèles de cultures à l'aide d'un métalangage déclaratif
le **vendredi 18 décembre 2020 à 9h00**.
Compte-tenu de la situation actuelle, la soutenance se déroulera à 100% à distance, via le lien Youtube suivant : https://www.youtube.com/channel/UCXy446jSUTkPm_dTLdWj0Qg?view_as=subscriber
https://www.hdigitag.fr/fr/ecoutez-les-presentations-de-cyrille-midingoyi-et-anis-taleb-le-9-decembre-2020-a-17h17/

relancer Pierre Martre en 2021(pc)

### réseau de Neuronnes

>Bonjour à toutes et tous,
Ce jeudi à 14h, Céline et moi vous présenterons les librairies Spektral
et PyTorch Geometric pour l'utilisation des réseaux de neurones pour
graphes. Nous en profiterons pour décrire une vision générale des GNN
sous forme d'algorithmes de message passing et présenter les
architectures les plus communes. [Spoiler alert] on a même déjà un peu
testé pour vous ;)
@bientôt,
Nathalie
>
>
>Nathalie Vialaneix vous invite à une réunion Zoom planifiée.
>
>Sujet : WG GNN
>Heure : 17 déc. 2020 02:00 PM Paris
>
>Participer à la réunion Zoom
>https://us02web.zoom.us/j/86288647571
>
>ID de réunion : 862 8864 7571
>Code secret : 086695

Dixit Ronan : le niveau est assez élevé (peut-être que Nathalie arrivera à rendre cela abordable).

## CarboSeq

juste pour rappeler que la réponse à l'appel d'offre a été favorable.

ouverture d'un silo : https://forgemia.inra.fr/eq-record/record-home/-/tree/master/Projects/CarboSeq

On est impliqué sur le développement d'une toolbox et mise à disposition du modèle dans un tool galaxy. La toolbox étant indépendante de Galaxy.
Cette toolbox aura pour vocation d'aider un autre WP (toolbox et simu sont faits par des équipes différentes).

& le début serait en février.

### Divers

Pour sentir ce qui est chaud en la matière?

http://toth.condillac.org/

& ce vendredi

Pour tenter de nous faire oublier l'absence de notre collègue Patrick
https://miat.inrae.fr/site/Patrick_TAILLANDIER, parti au Vietnam,
le séminaire MIAT recevra cette semaine Franck Taillandier (INRAe,
RECOVER)
https://www6.paca.inrae.fr/recover_eng/Laboratory-s-members/Social-Pages/Franck-TAILLANDIER
pour un séminaire intitulé « De l’aide à la décision à l’aide à la
réflexion, un glissement paradigmatique... ». Le séminaire aura lieu à
10h30, uniquement en visio, à :

https://us02web.zoom.us/j/86518032434
mot de passe : 123456

Espérant vous y e-voir nombreux,
Nathalie et Sandra, l'équipe séminaire

Résumé : Décider est une préoccupation partagée par tous les domaines
d’application ; l’étudier, accompagner les gens vers de bons choix est
une préoccupation majeure, hier comme aujourd’hui. La recherche
scientifique a ainsi investi le champ de l’aide à la décision sous de
multiples angles, du plus théorique au plus appliqué. Cela offre un
corpus d’une richesse rare et un panel d’outils propres à répondre à de
nombreuses problématiques. Mais cela ne va pas sans soulever de
questions… Est-on toujours sûr d’utiliser ces outils à bon escient ?
Qu’est-ce qu’une bonne décision ou qu’une bonne démarche d’aide à la
décision ? D’ailleurs, qu’entend-on par « aide » à la décision ? Ce
séminaire n’aura pas vocation à vous apporter toutes les réponses, mais
fidèle à la démarche que je prône, à vous faire réfléchir quant à ces
questions…

& aussi IUMAN & ifdevthenshare (consacré aux tests et au CI/CD)

https://doodle.com/poll/b3saa2fnvcvwcx7r

& un séminaire sur les dépots de données.

https://ropensci.org/commcalls/dec2020-datarepos/

* Ronan est entrain de tester Irritator
* c'est pas user friendly
* que des equa diff qss
* tous les operateurs sont des modèles
* fournir des dérivées analytiques
* Pour voir ce que ça donne avec GRUM
* Irritator + optimisé que VLE = pour s'attaquer à d'autres échelles
* dans le qss de VLE c'est pas tout à fait la même chose
* dans vle approche mumérique
* dans irritator une approche analytique
* pure curiosité
* Gauthier pas hyper interressé par le qss de vle.
* La question de collaborer avec Gauthier.
* Parseur d'equation et python pour amméliorer l'utilisabilité d'irritator, pas initéressant pour vle aussi.

### GRUM

Quelque news:
* réunion mensuel
* un modèle de poids vif
* ajustement sur des données
* estimation des paramètres
* identifiabilité du modèle
* ammélioration de la méthode
* Olivier a des données de vache
* les paramètres sont en dur
* permettre à l'utilisateur de siwaa de changer les paramètres

### GEOC, le GxIT Hack

c'est fini.

Quelques idées en circulation:
* un debriefing en janvier.
* un tuto style galaxy training.
* Yvan voulait ouvrir un chat + dépot github.
* C'était bien, 25 participants pour la partie Dev et plutôt 20 pour la partie admin.

https://github.com/bigbluebutton/bigbluebutton/issues/1969

envoyer une question sur la liste de geoc concernant
https://bbb.visio.inrae.fr/playback/presentation/2.0/playback.html?meetingId=216c27a3ffef2fc5c88f2b37c7ed5ef7cd781efe-1607585753219

savoir ce qu'on en fait.

## réunion des animateurs d'équipe

Débat : les animateurs d'équipes demandent qu'il y ait plus d'animation d'unité. Par exemple il n'y a plus d'AG.

Discussion autour de la propositon de Nathalie et Sandra sur des présentations dans l'unité. Des exemples ont été cités : tout le monde doit parler une fois par an, des séminaires une fois par mois, ...

Rien de tranché. Sylvain va s'appuyer sur le dynamisme de Nathalie et Sandra.

Il faudrait monter une animation pour iMabs.

## Projet d'équipe

Pour le moment en standby. Christine Gaspin s'y intéresse. Elle et le département aimerait bien avoir les idées au clair pour l'élaboration du schéma stratégique.