Linux I - HackMD

###### tags: `Coding` # Linux I ## 常見基本指令 1. pwd : 列印工作路徑 2. mkdir : 建立目錄(folder) 3. ls : 列出工作路徑下的檔案或是目錄清單。 * ls -l ：查看權限 4. cd : 切換目錄的路徑 5. rm : 刪除檔案、目錄 6. cp : 拷貝檔案、目錄 7. mv : 移動檔案、目錄 8. touch : 建立一個空的文件檔 9. chmod : 變更檔案權限 * chmod [選項] [模式] [檔案] * -f, --silent, --quiet：隱藏任何錯誤訊息。 * -v, --verbose：列出每個檔案處理之詳細過程。 * -c, --changes：與-v類似，但是只列出有更改之過程。 * -R, --recursive：以遞迴的方式對目前目錄下的所有檔案及子目錄進行更改。 * --help：列出幫助資訊。 * --version：列出版本資訊。 * ls -l -> 類似-rwxrwxrwx的字串 * 第一個字元為'-':檔案 / 第一個字元為'd':資料夾 * 九個字元三個三個一組，分別代表為:使用者、群組、其他使用者對這個檔案的權限 * 權限有三個字元，分別代表為: * r(read)：讀取的權限 * w(write)：修改的權限 * x(execute)：執行的權限 * chmod 調控權限(文字方式): * chmod a+w filename... //讓所有使用者都有編輯filename檔案的權限。當中指令可拆解為如下 * 指定對象：'a' -> 所有使用者 / 'u' -> 檔案擁有者/ 'g' -> 檔案所屬群組的使用者/ o -> 其他使用者 * 運算子:'+' -> 將屬性加到使用者上 / '-' ->將屬性從使用者上移除/ '=' -> 將屬性assign到使用者上 * 屬性: 'r' -> 讀取權限 / 'w' -> 編輯權限 / 'x' -> 執行權限 /'X' -> 若對象為資料夾，或所有使用者裡已有人有執行權限，則給予執行權限/ 'u' -> 檔案擁有者目前所持有之權限 / 'g' -> 檔案所屬群組之使用者目前所持有之權限 /'o' -> 其他使用者目前所持有之權限 * chmod調控權限(數字方式): * chmod 764 filename... * r屬性值：4, w屬性值：2, x屬性值：1 * 若希望User擁有rwx屬性，則a值為4+2+1=7 * 若希望Group擁有rw-屬性，則b值為4+2=6 * 若希望Other擁有r--屬性，則c值為4 * chmod 777 * 將當前目錄裡所有檔案之任何權限開放給所有人 10. sudo : 提升權限 * 於/etc/sudoers內可調控哪些使用者有super權限如下： * 帳號名稱來源主機=(可切換帳號) 可執行的指令 * accmgr ALL=(root) !/usr/bin/passwd, /usr/bin/passwd [A-Za-z]*, !/usr/bin/passwd root * 上面式子設定出:accmgr為使用者，只能以root權限執行passwd，然而於設定時加上不能直接執行passwd(避免更改到root)，只能使用passwd加上使用者名稱，同時於最後加上硬條件，避免更改到root密碼。 11. poweroff : 關機 12. man : 萬能的男人 * 在指令前加上man，可以找到對應的使用手冊 ---- ## 環境變數這邊講一下設定環境變數的幾個做法. 1. export指令 ```export PATH="$PATH":/home/bin``` 或 ```export PATH=${PATH}:/home/bin``` 輸入之後可以使用export指令來查看環境變數是否有輸入進去。 *此修改重開機後，就必須再作一次 2. 修改profile profile的路徑是在 "/etc/profile" 直接修改profile這個檔案在裡面加入 ```export PATH="$PATH":/home/bin``` 或 ```export PATH=${PATH}:/home/bin``` *此修改必須在重開機之後，才會有作用 3. 修改.bashrc .bashrc的路徑是在"/home/danny/.bashrc" 在檔案最後面加入 ```export PATH="$PATH":/home/bin``` 或 ```export PATH=${PATH}:/home/bin``` *此修改只需關掉Terminal在開啟後，就都會被設定 4. 修改 /etc/enviroment 這檔案裡面包含原本PATH變數的資料, 要增加請在最後面用:加上你要加入的路徑即可 ```PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin"``` -------- ## Remove Duplicate Text Line * sort command – Sort lines of text files in Linux and Unix-like systems. * uniq command– Rport or omit repeated lines on Linux or Unix ### Removing Duplicate Lines With Sort, Uniq and Shell Pipes ``` sort {file-name} | uniq -u sort file.log | uniq -u ``` ### Remove duplicate lines with uniq 建立一檔案如下: ``` cat garbage.txt ``` 其內容如下: ``` this is a test food that are killing you wings of fire we hope that the labor spent in creating this software this is a test unix ips as well as enjoy our blog ``` 利用uniq -u移除重複內容: ``` $ sort garbage.txt | uniq -u ``` output內容如下: ``` food that are killing you unix ips as well as enjoy our blog we hope that the labor spent in creating this software wings of fire ``` <a href="https://www.cyberciti.biz/faq/unix-linux-shell-removing-duplicate-lines/"> more information for remove duplicate line</a> ----- ## apt ### storage &emsp;藉由apt-get install安裝的package，會被除存在: ``` /var/cache/apt/archives ``` ---- ## R ### 安裝Rscript: ``` apt-get install r-base ``` ### 安裝limma: ``` #step 1 $ R #進入R workspace #step 2 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("limma") ``` ### 安裝edgeR: ``` #step 1 $ R #進入R workspace #step 2 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("edgeR") ``` ### 安裝ggplot2: ``` #step 1 $ R #進入R workspace #step 2 install.packages("ggplot2") ``` ---- ## Conda install 問題 1. 遇到： Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: / failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. <a href="https://tools-platform-guide.readthedocs.io/zh_CN/latest/anaconda/conda%E5%AE%89%E8%A3%85%E7%8E%AF%E5%A2%83%E6%8A%A5%E9%94%99/">解法</a> ``` # 查询版本 $ conda -V # 升级 $ conda update -n base conda # 更新所有版本 $ conda update --all ```