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# System prepended metadata

title: Travaux communs avec Enancio / Illumina. Guillaume Rizk

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# Travaux communs avec Enancio / Illumina. Guillaume Rizk

## Thèmatique recherche de variants
### Humain SVs
 - Manta + MindTheGap = détection + assemblage des points de cassure [claire]
 - Détection de variants par kmers via analyses de cohortes (thèse Téo Lemane)
 - Génotypage avec des kmers, avec un graphe ? [claire]
 - Détection de variants avec Linked reads (post-doc Pierre Morisse) [claire fabrice]
### MetaG
 - Cf travaux de Kevin Da Silva sur l'identification de souches bactériennes via le mapping de reads sur graphes de pangénomes [pierre p]
 -  Travaux de phasing de variants [rumen, pierre p]


## Thématique indexation
### MetaG, MetaT, metaTout
 - Poursuite des travaux d'indexation de génomes ou de données de séquençage. [pierre]
     - En cours: Téo Lemane - kmtricks (scaling kmers -> jeux de données)
     - En cours: Lucas Robidou - Bloom filter low FP rate + Indexation avec abondances. 

## Thématique Parallélisme
- en lien avec l'ANR GenoPIM (qui sera soumise le 15/04/2021): parallélisation des structures de données usuelles en génomique sur PIM (Processing-in-Memory). Partenaires = UPMEM et Institut Pasteur (Rayan).

## Thématique "DNA Storage"
- Illumina est partenaire de DNA Storage Alliance (https://www.lebigdata.fr/stockage-adn-alliance-microsoft). A voir si le centre R&D Illumina de Rennes peut investir en R&D sur ce sujet

