# Travaux communs avec Enancio / Illumina. Guillaume Rizk ## Thèmatique recherche de variants ### Humain SVs - Manta + MindTheGap = détection + assemblage des points de cassure [claire] - Détection de variants par kmers via analyses de cohortes (thèse Téo Lemane) - Génotypage avec des kmers, avec un graphe ? [claire] - Détection de variants avec Linked reads (post-doc Pierre Morisse) [claire fabrice] ### MetaG - Cf travaux de Kevin Da Silva sur l'identification de souches bactériennes via le mapping de reads sur graphes de pangénomes [pierre p] - Travaux de phasing de variants [rumen, pierre p] ## Thématique indexation ### MetaG, MetaT, metaTout - Poursuite des travaux d'indexation de génomes ou de données de séquençage. [pierre] - En cours: Téo Lemane - kmtricks (scaling kmers -> jeux de données) - En cours: Lucas Robidou - Bloom filter low FP rate + Indexation avec abondances. ## Thématique Parallélisme - en lien avec l'ANR GenoPIM (qui sera soumise le 15/04/2021): parallélisation des structures de données usuelles en génomique sur PIM (Processing-in-Memory). Partenaires = UPMEM et Institut Pasteur (Rayan). ## Thématique "DNA Storage" - Illumina est partenaire de DNA Storage Alliance (https://www.lebigdata.fr/stockage-adn-alliance-microsoft). A voir si le centre R&D Illumina de Rennes peut investir en R&D sur ce sujet