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  • Curso Análisis de datos de secuenciación masiva en genómica de poblaciones Cuatrimestre: Juio - Agosto 2023 - CICESE Dra. Paulina Mejía Ruíz Otro análisis común para evaluar estructura genética poblacional es el realizado en STRUCTURE (Pitchard et al., 2000). Este programa utiliza un enfoque bayesiano para delinear grupos de individuos en función de sus genotipos en múltiples loci. Se calcula la probailidad de pertenecia de cada individuo a un grupo específico (K). Los programas como structure son estocásticos y tienden a producir resultados diferentes entre corridas. Por esta razon se suelen realizar varias ejecuciones para el mismo modelo y parámetros y se utiliza un rango de valores de K cada uno con múltiples ejecuciones independientes. A) Corriendo Structure
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  • Curso Análisis de datos de secuenciación masiva en genómica de poblaciones Dra. Paulina Mejía Ruíz Usaremos vcftools para filtrar los datos por individuos y loci https://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html Missing data por individuos --missing-indv genera un archivo que reporta la falta de datos por individuo con terminación .imiss vcftools --vcf populations.snps.vcf --missing-indv cat out.imiss
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