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title: PDBj勉強会 第97回

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# PDBj勉強会 第97回
**2021/05/11（火）15:00～17:00**
**出席：鷹野さん、鈴木さん、笠原さん、工藤**
**欠席：**

## 話題
* コロナがなかなか収束せず
* Twitterより　SRA（Short Read Archive） [INSDC](http://www.insdc.org/)（DNAデータバンクの国際協力の枠組み、PDBで言うwwPDBのようなもの）からデータを取ったら指摘があり取り下げたって話。
    https://twitter.com/yaskaz/status/1391756755860791297
> INSDC が受付・提供するデータの再利用性については policy の通りですので「登録者が再利用の条件を定めることなどできません」の一言で済ませたいところですが... 今回の会期中に議論の枠がとれれば出したいと思います（初日から議題２つ積み残したので時間が時間なければメイルにて）

[DOE Joint Genome Institute: A DOE Office of Science User Facility of Lawrence Berkeley National Laboratory](https://jgi.doe.gov/)
[Statement on the Use of Genomics Data - DOE Joint Genome Institute](https://jgi.doe.gov/statement-on-the-use-of-genomics-data/)
JGIにデータを提供した研究者が他人の利用に関して異議を唱えているらしい。
[Retraction warning: random re-analysis and publication of data downloaded from public databases may lead to retraction! ! ! Be careful! ... - Programmer Sought](https://www.programmersought.com/article/35927661891/)
PDBの場合、登録は一元化されていてそこでPublic Domainという利用条件の下登録されているのでこのような問題は生じないと思われる。
DNAの場合、個人情報などの問題があり権利関係がより面倒なことになりそう。タンパク質も将来的にはありえない話ではないかもしれないが。

PDBデータの著作権は元々CC0（Public Domain）と位置付けていたが、PDBのPIたちが議論し、CC0を明示しようとしている。Scienceの世界で論文を引用しろという話はまた別（Scienceの世界での義務的なマナー）。

構造生物学の分野では、他人のデータを使うことはよくあるので、他人のデータ利用については敷居が低いのかもしれない。

密度マップから構造再構築→[PDB-REDO](https://pdb-redo.eu/)というものが既にある

電顕データは結晶とは違い、どれで1つの実験と言うのかがよくわからない。

他のDBの利用規約はどうなっているのだろう？

2020年末でUKがEUから離脱完了。EBIは特に影響はない？

オリンピック、米国放送会社の権利が絡むし開催するしかないのでは。
でも海外客を見込んでつくったホテルなどは痛手では。

どうしてワクチンが行き渡らないんだろう？
TVでは若者が出歩いて広めているような報道がよく見られるが、年寄りも案外広めているところはありそう。
ワクチン予約がうまく回ってない。

日本は、コロナによる死者は比較的少ない方だが、経済的打撃は大きそう。

* PDBj新旧汎用コン移設は、げっちゃんシステム周りがまだごたごたしている。当初同じしくみのマシンを2台用意するつもりだったが、切り分けしやすくするため1台をげっちゃんシステム用、もう1台をそれ以外用にわけた。

* バイオインフォマティクス学会教科書改訂
「バイオインフォマティクス入門」
PDBに関する記述は2Pだけ

## 参考情報
* [PDBj勉強会 各回内容](https://hackmd.io/vZS6tNdjTaGEUXCFNn5Vew)
* [各種資料（Google Drive）](https://drive.google.com/drive/folders/1vMa0DWILcqdIPDL4JQIunRxWIAscSdnq)
