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title: PDBj勉強会 第78回

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# PDBj勉強会 第78回
**2019/05/15（水）15:00～17:00**
**出席：鷹野さん、鈴木さん、笠原さん、工藤**
**欠席：**

## 青少年の科学の祭典（サイエンスフェスタ）大阪大会
[青少年の科学の祭典](http://www.kagakunosaiten.jp/) [大阪大会](http://www.pesj-bkk.jp/OSF/)（8/17（土）・18（日））は18（日）のみ出展する内容で出展申し込み採択された（採択通知を5/14受領）。これを受け、蛋白研としてはサイエンスアゴラ2019への出展は見合わせる。
2020年以降どうするかは引き続き検討。1年おきにアゴラと交互に出展するという案もある（古川先生の一案）。
ガイドブックに掲載する出展案内の原稿を提出する必要あり（提出締切は5/24（金））。

* 赤青めがねはやるが、万見プライムをlocalで動作
* GFP復活? → 川端さんも含め検討　なお乾燥ウミホタルを使って光るのをみせるグループはある
* 3Dプリンタモデル、ペーパーモデルも用意し説明に活用する
* 場所もせまいので3Dプリンタモデルはノイラミニダーゼ＋タミフル1本で行く。蛋白研にある1個＋笠原さん作の数個を使うことを想定。
* 想定スタッフは川端さん、げっちゃん、工藤＋鷹野さん

留意事項
* ガイドブックの目的と性格
ガイドブックは下記3つの役割を持っており、それらの目的にふさわしい内容が求められる。
    1. 来場した子どもたちや保護者が読み、実験内容を理解するためのもの（理科の教科書としての性格）。
    2. 来場した先生方が、学校の授業等理科教育の場で活用するためのもの（教師用指導書としての性格）。
    3. 出展した先生方が、研究の成果を報告するためのもの（学会発表予稿集としての性格）。
* ガイドブックに求められる内容
大会が終わったあと、手元に残るのはガイドブックです。ガイドブックは、出展者の皆さんの教育や研究における実践報告・提言を公開するものであり、教育資産として蓄積されます。したがって、後世から見て恥ずかしくないしっかりした内容としてください。
    1. この実験によって、新しくわかった知見や、期待される学習効果について、お書きください。
    2. 演示内容を説明する原理・法則について、明確に説明してください。
    3. この実験が持つ科学的意義、教育的意義、社会的意義に言及してください。
    4. 事故につながらないよう、安全には十分に配慮してください。
    5. 皆さんがこの実験を行うにあたって参考にした文献や、記述にあたって引用した文献を明記してください。
    6. 成人（20歳以上）の方が執筆してください。児童・生徒主体の発表の場合は、文責者（指導者）を明記してください。
* 表現について
    1. 原則として日本語でお書きください。科学的な文章に心がけてください。
    2. ですます調で、中学生が読んで十分に理解できる、平易でわかりやすい表現に心がけてください。文章の難易度については、中学の教科書の表現に準じてください。
* 分量
B5 1テーマ1ページ（40x40文字）

* 項目
    * タイトル：「生命をささえるタンパク質の「かたち」」
    * 出展者名：「大阪大学蛋白質研究所・日本蛋白質構造データバンク（PDBj）」
    * 本文（理解の助けとして写真や図を多用する）

## ライセンスについて〜GPLとLGPL、Creative Commonsなど
話題に出たので、これを機に改めて内容を確認し理解を深めておきましょう。

* J(S)molを使った公開ウェブサービスをつくる際の著作権表示は? →とりあえず公開して何か言われたら対応で問題ないのでは? なおPDBjでJSmolを使っているが、特に著作権表示はしていないのが現状。

* GPLとLGPL
[GPL](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.ja.html)（GNU General Public License、GNU一般公衆ライセンス）はソフトウェアなどの制作物に用いることを意図したライセンスの一種。自由に使えるが一定の著作権は留保する（コピーレフト、copyrightの対義語としてつくられた語）
参考：[GNU General Public License - Wikipedia](https://ja.wikipedia.org/wiki/GNU_General_Public_License)

[GNU Lesser General Public License]

GPL/LGPLのソフトウェア・ライブラリを利用すると、そのライセンスに従う必要があるが、ウェブサービスとして利用する場合はどうなのかははっきりしない。

MolmilはGitHubにおいてあり、GPLが選択されている。

ソースが見えるJavaScriptはソースが公開されてしまっているので、公開しろという規定に反することはなさそう。

* Creative Commons

* jVを改造したい場合の扱いが不明確。



## 共同作業ツール
PDBjのウェブを改訂するというプロジェクトがあり、何か共同作業をするのにいいものはないかという話題があったので、HackMD以外にもいくつか調べてみました。その情報を参考までに共有します（工藤）。

* [Wrike](https://www.wrike.com/ja/)
共同作業を行うためのクラウドプラットフォームの一つ。作業の割り振り、進捗管理、コミュニケーションツールなどが提供されている。コーディングなどの実作業に特化したプラットフォームは提供されていないよう。
5ユーザまでの機能限定版なら無料。
[デモ動画（音声は英語、日本語字幕つき）](https://wrike.wistia.com/medias/oq62enm06a)

* Qiita Team
https://pdbjdev.qiita.com/ で30日トライアル中。
    * Markdown記法に対応
    * テンプレート機能を使って日報や議事録の書式を統一できる
    * chat、twitterのようなコミュニケーションインタフェースがある
    * 参考：[特長 アーカイブ - 生産性を向上させる情報共有ツール - キータチーム（Qiita:Team）](https://teams.qiita.com/features/)

* [GitHub](https://github.co.jp/)
ソフトウェア開発を共同で進めるためのプラットフォーム。現在はマイクロソフトがやっている。
基本無料だが有償オプションも存在するみたい。
無料で非公開だと人数や機能に制限がある。
教育機関向けには料金


* [GitLab](https://about.gitlab.com/)
コード開発を共同で行うためのプラットフォーム。Gitシステムを使った別のサービス（競合）
ユーザインタフェースは今のところ英語しかないよう。
げっちゃんが https://gitlab.com/pdbjapan でmmCIF Editor,Parserをつくっているらしい。
localに導入することもできるらしい。

* [bitbucket](https://bitbucket.org/)
GitHub, GitLabの競合。アカデミックプランあり。

* 参考: [Gitlabに触ってみて、Githubと比較した - Qiita](https://qiita.com/developer-kikikaikai/items/3fd1277a9a5778000638 "Gitlabに触ってみて、Githubと比較した - Qiita")

メールはいろんな話題のものが交錯したり迷惑メールが混ざったりすることもあり、今や共同作業をするためのコミュニケーションツールとしては時代遅れな感じがしなくもない。

## 日本コンピュータ化学会
みんなきてね
http://www.bio.info.hiroshima-cu.ac.jp/sccj2019/index.html
2019/10/24（木）・25（金）

2019/10/26（土）は高校生向けイベント
講演は栗栖先生

## 参考情報
* [PDBj勉強会 各回内容](https://hackmd.io/vZS6tNdjTaGEUXCFNn5Vew)
* [各種資料（Google Drive）](https://drive.google.com/drive/folders/1vMa0DWILcqdIPDL4JQIunRxWIAscSdnq)