# CHRU Strasbourg

A Strasbourg avec Antony nous avons monté une UF de bioinfo (pompeusemeent appelée "Bioinformatique Médicale appliquée au Diagnostic", mais on devait faire une différence avec la recherche...) mutualisée au niveau de notre pole de bio entre onco et maladies rares. Et chez vous?

Jean Muller

### Usage
Analyse NGS en somatique et constit de panels et d'exomes

### Stockage

Serveurs de fichiers gérés par la DSI

### Calcul
Serveurs locaux dev + intégration + prod
Pour la production:
- 1 centos7 : 32 CPU, 256 GB RAM
- 1 centos6 : 32 CPU, 226 GB RAM

### Vous lancez quoi dessus ?
pipeline maison (STARK + modules associés)

### qui gère ?
DSI

# CHRU Toulouse
Au CHU de Toulouse, nous avons créé une UA (unité d'analyse) Cellule bioinformatique également dédiée au diagnostic. En tout cas, ca a été un peu compliqué de créer la structure, il a fallu convaincre et rassurer. Tout un programme !

Du coup, j'imagine que ce genre de structuration aura systématiquement des spécificités qui répondent à un contexte local. Christophe HABIB

# CHRU Caen
Par exemple dans notre labo du CLCC de Caen les trois bioinformaticiens sont des membres à part entière du laboratoire et sont dans l’organigramme du LABM dans une position de cadre non managérial (autonomie de travail) sous l’autorité fonctionnelle des biologistes médicaux.

Cela s’explique par le fait qu’il n’y a pas besoin de faire de la bioinformatique « as a service » puisque qu’ils traitrent exclusivement nos données de santé et de recherche. C’est une question d’échelle. On garde un système fluide. D’un point de vu qualité c’est peut-être plus simple également car cela n’est pas organisé en un service support et reste soumis a management de la qualité du laboratoire (pas de double système). Avec le changement de législation fin d’année sur l’obligation CE-IVD cela peut avoir un impact.

Laurent Castera

# CHRU Lyon
A Lyon, les choses sont très floues et nous ne sommes pas à proprement parler dans une case. Le problème vient du fait que nous avons une activité transversale alors que les plateformes de biologie moléculaires sont liées à un site. Du coup, au niveau affichage, nous sommes l'entité "Cellule bioinformatique de la plateforme NGS", sous la responsabilité du président du conseil scientifique de la plateforme. On fait effectivement partie du labo de biologie, et au niveau qualité, ça semble beaucoup ressembler à ce que décrit Laurent à Caen.

En pratique, au niveau administratif, c'est beaucoup plus compliqué et ça dépend du financement sur lequel est recruté l'ingénieur. En ajoutant une couche au millefeuille, on s'est débrouillé pour que ce soit le même cadre qui soit l'interlocuteur des 3 ingés (2 qui dépendent de la biologie et 1 de la DRCI). Pour le personnel médical, on est deux concernés et nous sommes dans des services différents. C'est donc un joyeux bazar.

Claire Bardel

### Usage
Analyses constitutionnelles, somatiques
Analyses viro, bactério, bientôt myco

### Stockage
NAS (scality géré par la DSN (pas mal de soucis de perfs dessus))

### Calcul
Cluster externe pour la production constit/somatique (Contrat avec le cluster de Grenoble)
Machines locales de calcul pour la viro, pour l'hebergement de l'interface web de gestion des runs + interprétation et pour le developpement
Un serveur dragen pour le démultiplexage des runs novaseq pour le covid + pipeline CovidSeq
Une partie des équipes externalise à sophia, des tests sont en cours avec SeqOne pour une équipe je crois
Une équipe a un serveur spécifique pour les analyses QiaSeq

### Vous lancez quoi dessus ?
Démultiplexage, pipelines divers et variés (nextflow)

### qui gère ?
Les machines locales sont co-gérées par la DSN et nous (beaucoup nous)

# CHRU Rouen
Ici un peu comme à Caen, les bioinfo qui s'occupent de la partie diag sont intégrés dans le service de génétique moléculaire et ils travaillent avec la plateforme de séquençage qui produit les données, tout en étant personnel CHU, nous ne sommes pas une équipe/unité à part.

Olivier QUENEZ

# CHRU Dijon

À Dijon, l'équipe de bioinformatique est coordonnée par Yannis. Ellen'est pas définie comme une UF en tant que telle et est intégrée aulaboratoire (la partie diagnostique du labo est l'UF "innovation endiagnostic génomique des maladies rares" et la partie recherche estl'équipe "GAD : génétique des anomalies du développement"). L'équipe debioinformatique comprend notamment 4 bioinformaticiens à temps plein, 1data manager à mi-temps, 1 étudiant en alternance et 4 étudiants enthèse. En pratique, mis à part 3 étudiants, tout le monde fait du diagnostic et de la recherche. Les financements sont très différents en fonction des personnes (CHU ou financements de recherche).

A.S

### Usage
Analyses constitutionnelles et mosaïque ; prénatal et postnatal
Analyse d'exome (SNV, CNV, mitochondrie, disomies uniparentales, éléments mobiles insérés, STR...), de génome short-read, de génome long-read, de RNA-seq, d'exome grande profondeur, HiC, RIPSeq, ChIPSeq
Analyse de données de SHD en virologie, bactériologie, parasitologie (identification de souches, génotypage SarsCov2 & VIH, etc.)
Analyse d'images en neuroanatomie de la souris.
### Stockage
CCUB (Cluster de Calcul de l'Université de Bourgogne, https://ccub.u-bourgogne.fr/dnum-ccub/)
Accréditation HDS en cours de réalisation.
### Calcul
CCUB (SGE) 8800 coeurs. Majoritairement sous CentOS 7.
### Vous lancez quoi dessus ?
Pipelines développés par l'équipe
### qui gère ?
Équipe de bioinformatique pour le développement et le lancement des pipelines
Université de Bourgogne pour l'administration du CCUB

# CHRU Grenoble
### Usage

### Stockage
NAS (Samsung) géré par la DSI et son prestataire Samsung

### Calcul
Cluster de Calcul SLURM

### Vous lancez quoi dessus ?
?

### qui gère ?
?

# CHRU Rennes

Ah oui et pour l’organisation au CHU de Rennes:
On a une UF dans le service de génétique moléculaire et génomique que j’avais appelé “Bioinformatique et Génétique computationnelle” et qui dans les fait est désignée comme “Bioinformatique Médicale”.
J’avais intentionnellement mis “génétique” afin de rester dans le service de génétique et de ne pas devenir une structure dite “polaire” ie une facilities.
Ce qui est d’ailleurs aujourd’hui en discussion à la demande du chef de pôle car nous avons aussi intégrer une valence forte Covid > Viro/bacterio. :((
L’UF est composée de 5 personnes:
W. Carré (constit), A. Aliouat (tumeur solide et onco-hémato), M Sassi (Bioinfo microbio) et F. Denoual (intégration / relation avec la DSI) ; et moi.
Nous allons accueillir une autre personne en CDI pour overlapper Florent qui a un poste dit “critique”; ce qui fera 6 personnes.
Nous accueillons également une équipe “hors sol” dédiée au projet DIAGHO avec aujourd’hui 4 personnes:
C. Rousseau (Cheffe de projet à Nantes)? J. Lebunetel (Dévelopeur, à Rennes), A. M Essabbar (Développeur, arrive à Rennes en novembre) et M. Lamballais (Développeur Front, à Angers).
Nous espérons que pour la nouvelle année nous aurons suffisamment avancé pour partager au travers de bioinfodiag les développements réalisés cette année.
Nous accueillerons aussi P. Rollier (AHU entre la génétique clinique, moléculaire et la bioinfo) et nous accueillons généralement des stagiaires de M2.
Enfin nous avons aussi des membres temporaires recrutés sur projet.

Marie de TAYRAC

### Usage

Analyse NGS en somatique et constit
service - interface web d'interprétation

### Stockage
NAS DSI

### Calcul
Cluster de Calcul géré par la DSI

### Vous lancez quoi dessus ?
pipeline maison

### qui gère ?
DSI

# CHRU Reims

Déjà je suis tout seul, donc y a pas d'équipe de bioinfo
* Ensuite je suis rattaché directement à notre plateforme de BM du "Pôle de Biologie Médicale et Pathologie" qui a sa propre UF, au même titre que l'ingénieure et les 2 techniciennes de la plateforme
* Et sinon ça m'a été précisé dès ma prise de poste que je suis positionné en priorité sur tout ce qui est soin, la recherche c'est vraiment si la routine ça roule
* Je crois que mon poste est financé par des crédits CHU, mais j'ai jamais bien compris à vrai dire

Félix VANDERMEEREN

### Usage
?

### Stockage
?

### Calcul
1 VM CentOS sur un PC

### Vous lancez quoi dessus ?
bcl2fastq

### qui gère ?
DSI

# BORDEAUX

5 biinfo,
cluster ,
Mesocentre de calcul intensif aquitain

# MONTPELLIER

Mobidetail etc ..
contact: charles Van ...

# MARSEILLE
?

# NICE ?

# LILLE ?