Filogenetik ağaçları nasıl yorumlamalı?

--- title: Filogenetik ağaçları nasıl yorumlamalı? authors: - Emma Hodcroft - Nicola Müller - James Hadfield - Sidney M. Bell - Richard Neher - Trevor Bedford authorLinks: - https://neherlab.org/emma-hodcroft.html - https://bedford.io/team/nicola-mueller/ - https://bedford.io/team/james-hadfield/ - https://twitter.com/sidneymbell - https://neherlab.org/richard-neher.html - https://bedford.io/team/trevor-bedford/ affiliations: "Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; Chan Zuckerberg Initiative, CA, USA" translators: - Zeynep Harcanoğlu - Eren Ada - Benura Azeroglu - Onur Özer translatorLinks: - https://twitter.com/zharcanoglu - https://twitter.com/erenada - https://twitter.com/benuraaa - https://twitter.com/the_MRCA date: "13 Mart 2020" dataset: "https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?d=tree&legend=open&c=country" abstract: "Bu anlatı, genomik epidemiyoloji hakkında bilgi sağlayan filogenetik ağaçları nasıl okumak ve anlamlandırmak gerektiğini açıklar. Bu web sayfasındaki görseller masaüstü internet tarayıcıları için optimize edilmiştir." ---      # [İçindekiler](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?d=tree&legend=open&c=country) * [Bulaşma ağları ile filogenetik ağaçların ilişkisi nedir](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=2)? * [Filogenetik ağaçları nasıl okurum](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=3)? * ["Çeşitlilik" panelinin filogenetik ağaçlarla ilişkisi nedir](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=4)? * [Genetik çeşitlilik ile farklılıkları belirlemek](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=5). * [Zaman boyunca farklılıkları belirlemek](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=6). * [Bir salgının başlangıç tarihini belirlemek](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=7)? * [Ağaçtaki karakterleri (renkleri) nasıl yorumlamalıyım](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=8)? * [Harita ile filogenetik ağacın ilişkisi nedir](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=9)? * [İleri okuma: filogenetik ağaçlardaki belirsizlikler](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=10). * [Veri seti hakkında](https://nextstrain.org/narratives/trees-background?n=11).    # [Bulaşma ağları ile filogenetik ağaçların ilişkisi nedir?](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?d=tree&p=full) Patojenler bir konak içerisinde hızla çoğaldıktan sonra bir başka konağa bulaşarak yayılırlar. Bir epideminin başlayabilmesi ancak takip eden süreçte, bir enfeksiyon birden fazla enfeksiyona sebep oluyorsa mümkündür. Bir patojen çoğalıp yayılırken, patojenin genomunun da birçok kez çoğaltılması (replikasyon) gereklidir ve bu sürecin normal bir sonucu olarak genomda birçok rastgele mutasyon (kopyalama hataları) birikir. Bu rastgele mutasyonlar patojenin yayılımını takip edebilmemiz ve bulaşma yolları ile dinamikleri hakkında fikir edinebilmemiz açısından oldukça faydalı olabilir.  ```auspiceMainDisplayMarkdown # Bir örnek <div width="50%" margin="auto"> <img width="500px" alt="cartoon showing how transmission tree and phylogenetic tree relate" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/infection_tree_combined.png"/> Yukarıdaki görsel bir bulaşma ağacının taslağını gösteriyor. Her bir daire bir vakayı (enfekte olmuş bir bireyi), yatay çizgiler ise bireylerin enfekte olduğu süreyi temsil ediyor. Aralarında bağlantı olan vakalar bir bireyden bir diğerine enfeksiyonun bulaşmasını temsil ediyor. Burada bir bulaşma ağacının tamamını görmekteyiz. Oysaki gerçekte, vakaların sadece bir kısmı belirlenebilir (mavi vakalar); bulaşma ağacı tamamı ile bilinmemekle birlikte toplam vaka sayısına dair sadece tahminler yapılabilir. Genom dizileri, bulaşma ağacının bazı bölgeleri ile ilgili çıkarımlar yapabilmemizi sağlar. Bu örnekte ağaç üzerinde üç mutasyon (küçük karolar) belirtilmiştir. Aynı mutasyona sahip diziler birbirlerine daha benzerdir. Bu sebeple bu mutasyonlardan faydalanarak aynı bulaş zinciri içerisindeki benzer virüsleri birbirleri ile gruplandırabiliriz. </div> ```   # [Filogenetik ağaçları nasıl okurum?](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11) Bir filogenetik ağacın x (yatay) ekseni zamanda ya da genetik çeşitlenmedeki farklılığın derecesini gösterir - bu konuya birazdan değineceğiz. Ağacın y (dikey) ekseni ise ağaç üzerinde yer alan her şeyi görmemize yardım eder; herhangi bir ölçüm birimine sahip değildir. Ağacın uç noktaları örnekleri temsil eder (örneğin bir önceki sayfadaki mavi vakalar). Ağacın ara düğümleri (nodes) örneklenmemiş vakaları temsil eder ancak bu düğüm noktalarının, örneklenmiş ilişkili bütün vakaların atası olduğunu varsayıyoruz (örneğin bir önceki sayfadaki kırmızı düğümler). Bu ilişkileri örneklenmiş vakalardaki mutasyon örüntülerinin analiz edilmesiyle anlıyoruz.  ```auspiceMainDisplayMarkdown ## Bir örnek <div width="50%" margin="auto"> <img width="700px" alt="Example phylogeny where all or only a subset of cases are included in the final phylogeny" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/toy_alignment_tree.png"/> Sol üst tarafta mutasyonların renkli daireler tarafından gösterildiği bir filogenetik ağacı görüyoruz. Sağda ise, bunlara karşılık gelen ve yine mutasyonların renkli daireler ile gösterildiği genomik dizileri görüyoruz. Burada aynı mutasyonlara sahip genomik dizilerin beraber gruplandığını görebiliriz. Eğer diziler bir dikey düz çizgi ile birbirine bağlı gözüküyorsa -A ve B örneğindeki gibi- bu, bu diziler arasında bir fark olmadığı anlamına geliyor - yani bu genomik diziler tamamen aynı. Eğer bir dizi tek başına uzun bir çizginin üzerindeyse - C ve E örneğindeki gibi- bu demek oluyor ki o dizi, diğer hiç bir dizide görülmeyen kendine has bir mutasyona sahip. Bu çizgilerin uzunluğu mutasyon sayısıyla orantılı - ne kadar mutasyon o kadar uzun çizgi. A ve B diğer hiç bir örnekte görülmeyen ortak bir mutasyona sahip (yeşil daire). Bu ağaca göre A ile B'nin birbirine yakından ilişkili olduğunu, diğer yandan ise D ile E'nin de birbirine yakın olduğunu söyleyebiliriz. A ile B, C örneğine D ile E'ye olduğundan daha yakın. ### İleri okuma * [How to read a tree: tutorial from Arctic Network](https://artic.network/how-to-read-a-tree.html). * [How to read a tree: video from Khan academy](https://www.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-evolution/hs-phylogeny/a/phylogenetic-trees). </div> ```   # ["Çeşitlilik" panelinin ağaçlarla ilişkisi nedir](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?d=tree,entropy&c=gt-ORF1b_314&legend=open) Haydi COVID-19'a neden olan SARS-CoV-2'nin halka açık olarak yayınlanmış ilk 169 tipine (suş) bakalım. Tıpkı bir önceki sayfada olduğu gibi, bu viral genom dizilerini birbirleri ile karsılaştırdık (burada bahsedilen bütün bu analizlerin nasıl yapıldığını [Github](https://github.com/nextstrain/ncov) üzerinden görebilirsiniz). Burada, üstte bir filogenetik ağaç görüyorsunuz. Onun altında ise genomdaki varyasyonu (yani mutasyonları) gösteren çubuklu bir grafik görebilirsiniz (Diversity, yani genetik çeşitlilik). Bu mutasyonlar olmasaydı bu ağacı oluşturmak imkansız olacaktı. Bu yüzden bu iki şey birbiri ile çok sıkı bir şekilde ilişkili. Buradaki "Çeşitlilik" (Diversity) panelinde yatay eksen virüs genomundaki her bir bölgeyi gösteriyor (hem de yaklaşık otuz bin -30,000- bölgenin her birini!). Dikey eksen ise her bir bölgede ne kadar farklılık olduğunu gösteriyor. Buradaki filogenetik ağacı bu mutasyonlardan birine göre renklendirdik. Bu örnekteki mutasyon "ORF1b" geninin 314. kodonunda yer alan mutasyon. Elimizde bu mutasyonun fonksiyonel (yani biyolojik bir değişiklik ile ilişkili) olduğunu söylemek için hiç bir sebep yok. İşte tam olarak da böyle mutasyonları kullanarak genomik diziler arasındaki ilişkiyi belirliyor ve filogenetik ağaçları oluşturabiliyoruz.    # [Genetik çeşitlilik ile farklılıkları belirlemek](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?c=num_date&d=tree&m=div) Bu, COVID-19'a neden olan virüs SARS-CoV-2'nin halka açık olarak paylaşılan ilk 169 </tag> tipinin (suşunun) bir filogenisidir. Burada, yatay eksen ağacın köküne (salgının başlangıcına) kıyasla gerçekleşen farklılaşmayı yani genomdaki değişikliklerin sayısını (mutasyonları) gösteriyor. Bazı genom dizileri hiçbir mutasyona sahip olmayabilir yani ağacın kökü (merkezi) ile özdeş olabilirler. Diğer virüsler ise bir ile on bir arasında mutasyona sahipler. Bu şu anda, bir filogenetik ağaca çok fazla benzemiyor olabilir. Genom dizilerinin çoğu birbirleriyle aynı -- A ve B gibi dikey hatların üzerinde duruyorlar (bazıları da ağacın en sol tarafında yer alıyor). Diğer dizilerin kendine özgü ya da ortak mutasyonları var ve sağa doğru giden hatlarda ya da "dallarda" konumlanıyorlar. İmleci dalların üzerinde gezdirerek bir dalın kaç tane mutasyona sahip olduğunu görebilirsiniz.   # [Zaman içindeki farklılıkları belirlemek](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?c=num_date&d=tree&legend=open) Ayrıca, x eksenine örneklerin alındığı tarihi yerleştirerek virüsün zaman içinde nasıl yayıldığını da görüntüleyebiliriz. Burada, x ekseni her virüsün örneklendiği tarihi temsil ediyor. Uç kısımların konumları bu örneklerin alındığı tarihi yansıtıyor. İç taraflardaki düğümlerin tarihleri ("kayıp vakalar") ise ataların ne zaman örneklendiğine ve virüsün mutasyon geçirme hıza göre bulunur. Daha önce aynı hat üzerinde duran (yani özdeş olan) genom dizilerinin şimdi nasıl zaman boyunca yayıldığına dikkat edin. Bu, virüsün mutasyon hızı yayılma hızından biraz daha yavaş olduğunda olur. Ağacın nasıl değiştiğini görmek için bu sayfa ve önceki sayfa arasında geçiş yapabilirsiniz.   # [Bir salgının başlangıç tarihini belirlemek](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?c=num_date&d=tree&legend=open) Bunlara ek olarak, genomiği bir salgının başlangıç tarihini -bu tarih, salgını fark etmemizden öncesine denk gelse bile- belirlemek için kullabiliriz. Ağaçtaki her bir örneğe ve düğüm noktasına bir tarih verebildiğimiz için bu bilgileri ağacın 'kök'üne (salgının başlangıcına) bir tarih atamak için kullanabiliriz. Bu, şimdiye kadar elde ettiğimiz tüm SARS-CoV-2 dizilerinin "en yakın ortak ortası"nı temsil eder. Örneğin büyükanneniz ve büyükbabanızın sizin ve birinci dereceden tüm kuzenlerinizin ortak atası olduğu gibi. Eğer imleci en soldaki dikey hattın üzerine getirirseniz bu salgının tahmin edilen başlangıç tarihinin 2019 yılının Kasım ortası - Aralık ortası olduğunu görebilirsiniz.    # [Ağaçtaki karakterleri (renkleri) nasıl yorumlamalıyım?](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11) Filogenetik ağaçlar çoğu zaman örneklerin nereden alındığı gibi bazı ek bilgiler içerir. Buradan yola çıkarak ve bazı matematiksel modeller kullanarak, ara düğüm noktalarının (varsayımsal örneklenmemiş ara vakaların) nerede olduğuna dair tahminler yürütebiliriz. Bu, virüsün bir bölgeden diğerine nasıl hareket ettiğini anlamamıza yardım eder. Ancak, bu çıkarımları yaparken dikkatli olmak gerekir çünkü eksik örneklem ve eksik genom dizileme bu tür çıkarımları bir hayli etkileyebilir.  ```auspiceMainDisplayMarkdown # Bir örnek <div width="50%" margin="auto"> <img width="700px" alt="Illustration showing how sampling effects interpretation of viral spread" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/introductions.png"/> Sol tarafta, turuncu ve mavi ile gösterilmiş iki farklı bölgeden alınan örneklerle eksiksiz bir şekilde örneklenmiş bir filogetik ağaç görüyoruz. Ağaçta aşağı doğru ilerledikçe üç örneğin renginin (bölgesinin) turuncudan maviye değiştiğini görüyoruz. Buradan turuncu bölgeden mavi bölgeye üç farklı virüs girişi olduğu sonucunu çıkartabiliriz. Ancak bu çıkarım örneklem ile birebir ilişkilidir. Ortadaki ağaçta bir turuncu örneği sildik. Bu durumda turuncudan maviye yalnızca bir giriş görüyoruz. Bu da, mavi bölgeye daha erken bir dönemde yalnızca bir virüs girişi olduğuna işaret ediyor. En sondaki örnekte ise turuncudan yalnızca bir genom dizimiz var ki bu durum bize turuncudan maviye yalnızca bir geçiş olduğunu düşündürüyor. İşte bu yüzden, bu çıkarımlar çok değerli olsa bile bu çıkarımları oldukça dikkatli bir şekilde yorumlamak gerekiyor. ```     # [Harita ile filogenetik ağacın ilişkisi nedir?](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11?d=tree,map&legend=closed) Burada ağacın her bir örneğin konumuna (ve her bir düğüm noktasının tahmini konumuna) göre renklendirilmiş versiyonunu gösteriyoruz. ['Explore the data'](https://nextstrain.org/ncov), üzerine tıklarsanız ve sayfanın alt kısmında yer alan haritadaki "Play" butonuna basarsanız virüsün salgın süresince tahmin edilen yayılımını gösteren bir animasyonu izleyebilirsiniz.   # [İleri okuma: filogenetik ağaçlardaki belirsizlikler](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-11) Biraz önce düğüm noktalarının (dalların kesiştiği noktaların) _varsayımsal_ örneklenmemiş vakaları temsil ettiğinden bahsetmiştik. Aslında tüm ağaçlar bir patojenin zaman içerisindeki evrimini ve yayılımını açıklamak üzere sunulmuş _hipotezlerdir._ Nextstrain projesinde sunduğumuz ağaçlar nokta tahminleridir, yani geçmişe dair üretilen olası ilişkiler arasında elimizdeki mevcut veriyi gözlemleme olasılığımızı en yüksek hale getiren senaryolardır. Ancak bu tahminler her zaman bir miktar belirsizlik de içerir. Genel olarak ağaç üzerinde fazla sayıda örneğin olduğu bölgeler daha güvenilirken az sayıda örneğin olduğu bölgelerde belirsizlik daha fazladır. ```auspiceMainDisplayMarkdown # Bir gösterim <div width="50%" margin="auto"> <img width="700px" alt="Illustration of the uncertainty inherent in tree reconstruction" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/c69bfd0750c284ff12f33682f8d82848e13d9e15/static-site/content/help/01-general/figures/hcov_densitree.png"/> </div> ```   # [Bilimsel katkılar](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-05?d=map&c=author) Bu salgında harika ve hızlı bir şekilde çalışan tüm bilim insanlarına, özellikle de Çin'de çalışanlara, teşekkür etmek istiyoruz. Bu gibi çalışmalar yalnızca genomik verilerin ve meta verilerin hızlı paylaşımı sayesinde mümkün olabilir. Ayrıca, bu verilerin yüklenebileceği ve paylaşılabileceği platformu sağladığı için [GISAID](https://gisaid.org)'e minnettarlıkla teşekkür ederiz.   ```auspiceMainDisplayMarkdown Bu laboratuvarlar tarafından toplanan veriler için minnettarız: * Arizona Department of Health Services * Auckland Hospital * BCCDC Public Health Laboratory * Bamrasnaradura Hospital * Bundeswehr Institute of Microbiology * CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD * CR&WISCO GENERAL HOSPITAL * California Department of Health * California Department of Public Health * Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene * Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf * Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan) * Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC) * Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health * Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services * Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio * Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto * Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich * Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy * Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris * Department of Internal Medicine, Triemli Hospital * Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital * Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University * Department of Pathology, Toshima Hospital * Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases * Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland * Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention * Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases * Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases * Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid * Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine * Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich * Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention * Dutch COVID-19 response team * ErasmusMC * Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis * Foundation Pamm * Fujian Center for Disease Control and Prevention * General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health * Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention * HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto * Hangzhou Center for Disease Control and Prevention * Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab * Harborview Medical Center * Hong Kong Department of Health * Hospital Israelita Albert Einstein * IL Department of Public Health Chicago Laboratory * INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS * Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology * Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology * Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College * Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC * Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias * KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology * Klinik Hirslanden Zurich * Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases * Laboratoire National de Sante * Laboratoire de Virologie, HUG * Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano * Laboratory Medicine * Lapland Central Hospital * MHC Brabant Zuidoost * MHC Drente * MHC Flevoland * MHC Gooi & Vechtstreek * MHC Haaglanden * MHC Kennemerland * MHC Rotterdam-Rijnmond * MHC Utrecht * MHC West-Brabant * MSHS Clinical Microbiology Laboratories * Massachusetts Department of Public Health * Monash Medical Centre * NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology * National Centre for Infectious Diseases * National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE) * National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal * National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC * National Public Health Laboratory * National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases * Pathology Queensland * Providence Regional Medical Center * Public Health Ontario Laboratory * RIVM * Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England * Seattle Flu Study * Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick * Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia. * Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital * Singapore General Hospital * Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere) * State Health Office Baden-Wuerttemberg * Taiwan Centers for Disease Control * Texas Department of State Health Services * The Central Hospital Of Wuhan * The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology * The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital * Tianmen Center for Disease Control and Prevention * UCD National Virus Reference Laboratory * University of Washington Virology Lab * Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology * Valley Medical Center * Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust * Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge. * Wales Specialist Virology Centre * Washington State Department of Health * Washington State Public Health Lab * Weifang Center for Disease Control and Prevention * West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC * Wisconsin Department of Health Services * Wuhan Fourth Hospital * Wuhan Jinyintan Hospital * Wuhan Lung Hospital * Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention * Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention * Zhongxian Center for Disease Control and Prevention ```   # [Bilimsel katkı detayları](https://nextstrain.org/ncov/2020-03-05?d=map&c=author) Bu veriler [GISAID](https://gisaid.org) üzerinden paylaşılabiliyor. Katkıları için çok teşekkür ediyoruz. Sağda her laboratuvar tarafından paylaşılan dizilerin bilgilerini bulabilirsiniz.  ```auspiceMainDisplayMarkdown SARS-CoV-2 genomları bu laboratuvarlardaki cömert bilim insanları tarafından paylaşıldı: * Arizona Department of Health Services * USA/AZ1/2020 * Auckland Hospital * NewZealand/01/2020 * BCCDC Public Health Laboratory * Canada/BC_37_0-2/2020 * Bamrasnaradura Hospital * Nonthaburi/61/2020 * Nonthaburi/74/2020 * Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology * pangolin/Guangdong/P2S/2019 * pangolin/Guangxi/P1E/2017 * pangolin/Guangxi/P2V/2017 * pangolin/Guangxi/P3B/2017 * pangolin/Guangxi/P4L/2017 * pangolin/Guangxi/P5E/2017 * pangolin/Guangxi/P5L/2017 * Bundeswehr Institute of Microbiology * Germany/BavPat2/2020 * Germany/BavPat3/2020 * CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD * France/RA739/2020 * CR&WISCO GENERAL HOSPITAL * Wuhan/HBCDC-HB-05/2020 * California Department of Health * USA/CA3/2020 * USA/CA4/2020 * USA/CA5/2020 * California Department of Public Health * USA/CA-CDPH-UC1/2020 * USA/CA-CDPH-UC2/2020 * USA/CA-CDPH-UC3/2020 * USA/CA-CDPH-UC4/2020 * USA/CA-CDPH-UC5/2020 * USA/CA-CDPH-UC6/2020 * USA/CA-CDPH-UC7/2020 * USA/CA-CDPH-UC8/2020 * USA/CA-CDPH-UC9/2020 * USA/CA1/2020 * USA/CA2/2020 * USA/CA6/2020 * USA/CA7/2020 * USA/CA8/2020 * USA/CA9/2020 * USA/UC-CDPH-UC11/2020 * Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene * Germany/NRW-01/2020 * Germany/NRW-02-1/2020 * Germany/NRW-03/2020 * Germany/NRW-04/2020 * Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf * Germany/NRW-011/2020 * Germany/NRW-05/2020 * Germany/NRW-06/2020 * Germany/NRW-07/2020 * Germany/NRW-08/2020 * Germany/NRW-09/2020 * Germany/NRW-10/2020 * Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan) * Taiwan/2/2020 * Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC) * Nigeria/Lagos01/2020 * Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health * Australia/NSW10/2020 * Australia/NSW12/2020 * Australia/NSW13/2020 * Australia/NSW14/2020 * Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services * Australia/NSW01/2020 * Australia/NSW05/2020 * Australia/NSW06/2020 * Australia/NSW07/2020 * Australia/NSW08/2020 * Australia/NSW09/2020 * Sydney/2/2020 * Centre for Infectious Diseases and Microbiology- Public Health * Australia/NSW11/2020 * Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio * Portugal/CV62/2020 * Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto * Portugal/CV63/2020 * Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich * Germany/BavPat1/2020 * Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy * Italy/CDG1/2020 * Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy * Italy/SPL1/2020 * Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris * France/IDF0372-isl/2020 * France/IDF0372/2020 * France/IDF0373/2020 * France/IDF0386-islP1/2020 * France/IDF0386-islP3/2020 * France/IDF0515-isl/2020 * France/IDF0515/2020 * France/IDF0571/2020 * Department of Internal Medicine, Triemli Hospital * Switzerland/1000477102/2020 * Switzerland/1000477377/2020 * Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital * Taiwan/NTU01/2020 * Taiwan/NTU02/2020 * Taiwan/NTU03/2020 * Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University * SouthKorea/KUMC01/2020 * SouthKorea/KUMC02/2020 * SouthKorea/KUMC04/2020 * SouthKorea/KUMC06/2020 * Department of Pathology, Toshima Hospital * Japan/TK/20-31-3/2020 * Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases * Japan/AI/I-004/2020 * Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland * Finland/FIN01032020/2020 * Finland/FIN03032020A/2020 * Finland/FIN03032020B/2020 * Finland/FIN03032020C/2020 * Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention * Anhui/SZ005/2020 * Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases * Japan/NA-20-05-1/2020 * Japan/OS-20-07-1/2020 * Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases * Japan/KY-V-029/2020 * Japan/TY-WK-012/2020 * Japan/TY-WK-501/2020 * Japan/TY-WK-521/2020 * Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid * Netherlands/Hardinxveld_Giessendam_1364806/2020 * Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine * SouthKorea/KUMC03/2020 * SouthKorea/KUMC05/2020 * Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich * Switzerland/1000477796/2020 * Switzerland/1000477797/2020 * Switzerland/1000477806/2020 * Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention * SouthKorea/KCDC05/2020 * SouthKorea/KCDC06/2020 * SouthKorea/KCDC07/2020 * SouthKorea/KCDC12/2020 * SouthKorea/KCDC24/2020 * Dutch COVID-19 response team * Netherlands/Gelderland_1/2020 * Netherlands/Limburg_2/2020 * Netherlands/Limburg_3/2020 * Netherlands/Limburg_4/2020 * Netherlands/Limburg_5/2020 * Netherlands/Limburg_6/2020 * Netherlands/NoordBrabant_1/2020 * Netherlands/NoordBrabant_10/2020 * Netherlands/NoordBrabant_11/2020 * Netherlands/NoordBrabant_12/2020 * Netherlands/NoordBrabant_13/2020 * Netherlands/NoordBrabant_14/2020 * Netherlands/NoordBrabant_15/2020 * Netherlands/NoordBrabant_16/2020 * Netherlands/NoordBrabant_17/2020 * Netherlands/NoordBrabant_18/2020 * Netherlands/NoordBrabant_19/2020 * Netherlands/NoordBrabant_2/2020 * Netherlands/NoordBrabant_20/2020 * Netherlands/NoordBrabant_21/2020 * Netherlands/NoordBrabant_22/2020 * Netherlands/NoordBrabant_23/2020 * Netherlands/NoordBrabant_24/2020 * Netherlands/NoordBrabant_25/2020 * Netherlands/NoordBrabant_26/2020 * Netherlands/NoordBrabant_27/2020 * Netherlands/NoordBrabant_28/2020 * Netherlands/NoordBrabant_29/2020 * Netherlands/NoordBrabant_3/2020 * Netherlands/NoordBrabant_30/2020 * Netherlands/NoordBrabant_31/2020 * Netherlands/NoordBrabant_32/2020 * Netherlands/NoordBrabant_33/2020 * Netherlands/NoordBrabant_34/2020 * Netherlands/NoordBrabant_35/2020 * Netherlands/NoordBrabant_36/2020 * Netherlands/NoordBrabant_37/2020 * Netherlands/NoordBrabant_38/2020 * Netherlands/NoordBrabant_39/2020 * Netherlands/NoordBrabant_4/2020 * Netherlands/NoordBrabant_5/2020 * Netherlands/NoordBrabant_6/2020 * Netherlands/NoordHolland_1/2020 * Netherlands/NoordHolland_2/2020 * Netherlands/Overijssel_1/2020 * Netherlands/Overijssel_2/2020 * Netherlands/Utrecht_1/2020 * Netherlands/Utrecht_10/2020 * Netherlands/Utrecht_11/2020 * Netherlands/Utrecht_12/2020 * Netherlands/Utrecht_13/2020 * Netherlands/Utrecht_14/2020 * Netherlands/Utrecht_15/2020 * Netherlands/Utrecht_16/2020 * Netherlands/Utrecht_2/2020 * Netherlands/Utrecht_3/2020 * Netherlands/Utrecht_4/2020 * Netherlands/Utrecht_5/2020 * Netherlands/Utrecht_6/2020 * Netherlands/Utrecht_7/2020 * Netherlands/Utrecht_8/2020 * Netherlands/ZuidHolland_1/2020 * Netherlands/ZuidHolland_10/2020 * Netherlands/ZuidHolland_11/2020 * Netherlands/ZuidHolland_13/2020 * Netherlands/ZuidHolland_14/2020 * Netherlands/ZuidHolland_15/2020 * Netherlands/ZuidHolland_16/2020 * Netherlands/ZuidHolland_17/2020 * Netherlands/ZuidHolland_18/2020 * Netherlands/ZuidHolland_19/2020 * Netherlands/ZuidHolland_2/2020 * Netherlands/ZuidHolland_20/2020 * Netherlands/ZuidHolland_21/2020 * Netherlands/ZuidHolland_22/2020 * Netherlands/ZuidHolland_23/2020 * Netherlands/ZuidHolland_24/2020 * Netherlands/ZuidHolland_5/2020 * Netherlands/ZuidHolland_6/2020 * Netherlands/ZuidHolland_7/2020 * Netherlands/ZuidHolland_8/2020 * Netherlands/ZuidHolland_9/2020 * ErasmusMC * Netherlands/Nieuwendijk_1363582/2020 * Netherlands/Rotterdam_1363790/2020 * Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis * Netherlands/Tilburg_1363354/2020 * Netherlands/Tilburg_1364286/2020 * Foundation Pamm * Netherlands/Berlicum_1363564/2020 * Fujian Center for Disease Control and Prevention * Fujian/13/2020 * Fujian/8/2020 * General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China * Wuhan/WH01/2019 * Wuhan/WH02/2019 * Wuhan/WH03/2020 * Wuhan/WH04/2020 * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health * Foshan/20SF207/2020 * Foshan/20SF210/2020 * Foshan/20SF211/2020 * Guangdong/20SF012/2020 * Guangdong/20SF013/2020 * Guangdong/20SF014/2020 * Guangdong/20SF025/2020 * Guangdong/20SF028/2020 * Guangdong/20SF040/2020 * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health * Guangdong/20SF174/2020 * Guangzhou/20SF206/2020 * Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health * Guangdong/20SF201/2020 * Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention * Guangdong/2020XN4239-P0034/2020 * Guangdong/2020XN4243-P0035/2020 * Guangdong/2020XN4273-P0036/2020 * Guangdong/2020XN4276-P0037/2020 * Guangdong/2020XN4291-P0038/2020 * Guangdong/2020XN4373-P0039/2020 * Guangdong/2020XN4433-P0040/2020 * Guangdong/2020XN4448-P0002/2020 * Guangdong/2020XN4459-P0041/2020 * Guangdong/2020XN4475-P0042/2020 * Guangdong/DG-S2-P0054/2020 * Guangdong/DG-S41-P0056/2020 * Guangdong/DG-S6-P0055/2020 * Guangdong/DG-S9-P0045/2020 * Guangdong/FS-S29-P0051/2020 * Guangdong/FS-S30-P0052/2020 * Guangdong/FS-S34-P0015/2020 * Guangdong/FS-S42-P0046/2020 * Guangdong/FS-S48-P0047/2020 * Guangdong/FS-S50-P0053/2020 * Guangdong/GD2020012-P0022/2020 * Guangdong/GD2020016-P0011/2020 * Guangdong/GD2020080-P0010/2020 * Guangdong/GD2020085-P0043/2020 * Guangdong/GD2020086-P0021/2020 * Guangdong/GD2020087-P0008/2020 * Guangdong/GD2020115-P0009/2020 * Guangdong/GD2020134-P0031/2020 * Guangdong/GD2020139-P0007/2020 * Guangdong/GD2020227-P0029/2020 * Guangdong/GD2020233-P0027/2020 * Guangdong/GD2020234-P0023/2020 * Guangdong/GD2020241-P0013/2020 * Guangdong/GD2020246-P0028/2020 * Guangdong/GD2020258-P0018/2020 * Guangdong/GDFS2020052-P0025/2020 * Guangdong/GDFS2020054-P0005/2020 * Guangdong/GDFS2020056-P0044/2020 * Guangdong/GDFS2020127-P0026/2020 * Guangdong/GDSZ202004-P0004/2020 * Guangdong/GDSZ202008-P0020/2020 * Guangdong/GDSZ202009-P0032/2020 * Guangdong/GDSZ202013-P0014/2020 * Guangdong/GDSZ202015-P0019/2020 * Guangdong/GZ-S6-P0050/2020 * Guangdong/JM-S1-P0062/2020 * Guangdong/MM-S1-P0048/2020 * Guangdong/SZ-N128-P0057/2020 * Guangdong/SZ-N59-P0049/2020 * Guangdong/ZH-N22-P0059/2020 * Guangdong/ZH-S33-P0058/2020 * Guangdong/ZQ-S2-P0061/2020 * Guangdong/ZS-S6-P0060/2020 * HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto * Finland/FIN-25/2020 * Hangzhou Center for Disease Control and Prevention * Hangzhou/HZCDC0001/2020 * Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab * Hangzhou/HZ-1/2020 * Harborview Medical Center * USA/WA3-UW1/2020 * USA/WA9-UW6/2020 * Hong Kong Department of Health * HongKong/VB20024950/2020 * HongKong/VB20026565/2020 * HongKong/VM20001061/2020 * HongKong/case42_VM20002493/2020 * HongKong/case48_VM20002507/2020 * HongKong/case52_VM20002582/2020 * HongKong/case78_VM20002849/2020 * HongKong/case85_VM20002868/2020 * HongKong/case90_VM20002907/2020 * canine/HongKong/20-02756/2020 * Hospital Israelita Albert Einstein * Brazil/SPBR-01/2020 * Brazil/SPBR-02/2020 * Brazil/SPBR-03/2020 * Hospital Sao Joaquim Beneficencia Portuguesa * Brazil/SPBR-04/2020 * Brazil/SPBR-05/2020 * Brazil/SPBR-06/2020 * IL Department of Public Health Chicago Laboratory * USA/IL1/2020 * USA/IL2/2020 * INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS * Italy/INMI1-cs/2020 * Italy/INMI1-isl/2020 * Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology * India/1-27/2020 * Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology * India/1-31/2020 * Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College * Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 * Wuhan/IPBCAMS-WH-02/2019 * Wuhan/IPBCAMS-WH-03/2019 * Wuhan/IPBCAMS-WH-04/2019 * Wuhan/IPBCAMS-WH-05/2020 * Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC * Wuhan/IVDC-HB-envF13-20/2020 * Wuhan/IVDC-HB-envF13-21/2020 * Wuhan/IVDC-HB-envF13/2020 * Wuhan/IVDC-HB-envF54/2020 * Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias * Mexico/CDMX/InDRE_01/2020 * Jingzhou Center for Disease Control and Prevention * Jingzhou/HBCDC-HB-01/2020 * KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology * Belgium/GHB-03021/2020 * Klinik Hirslanden Zurich * Switzerland/1000477757/2020 * Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases * SouthKorea/KCDC03/2020 * Laboratoire National de Sante * Luxembourg/Lux1/2020 * Laboratoire de Virologie, HUG * Switzerland/AG0361/2020 * Switzerland/BL0902/2020 * Switzerland/GE3121/2020 * Switzerland/GE3895/2020 * Switzerland/GE5373/2020 * Switzerland/GE9586/2020 * Switzerland/TI9486/2020 * Switzerland/VD5615/2020 * Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano * Italy/UniSR1/2020 * Laboratory Medicine * Taiwan/CGMH-CGU-01/2020 * Lapland Central Hospital * Finland/1/2020 * MHC Brabant Zuidoost * Netherlands/Eindhoven_1363782/2020 * MHC Drente * Netherlands/Dalen_1363624/2020 * MHC Flevoland * Netherlands/Zeewolde_1365080/2020 * MHC Gooi & Vechtstreek * Netherlands/Blaricum_1364780/2020 * Netherlands/Naarden_1364774/2020 * MHC Haaglanden * Netherlands/Nootdorp_1364222/2020 * MHC Hart voor Brabant * Netherlands/Oisterwijk_1364072/2020 * MHC Kennemerland * Netherlands/Haarlem_1363688/2020 * MHC Rotterdam-Rijnmond * Netherlands/Rotterdam_1364040/2020 * MHC Utrecht * Netherlands/Utrecht_1363564/2020 * Netherlands/Utrecht_1363628/2020 * Netherlands/Utrecht_1364066/2020 * MHC West-Brabant * Netherlands/Andel_1365066/2020 * Netherlands/Helmond_1363548/2020 * MSHS Clinical Microbiology Laboratories * USA/NY1-PV08001/2020 * Massachusetts Department of Public Health * USA/MA1/2020 * Monash Medical Centre * Australia/VIC01/2020 * NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology * Jiangsu/JS01/2020 * Jiangsu/JS02/2020 * Jiangsu/JS03/2020 * National Centre for Infectious Diseases * Singapore/12/2020 * Singapore/13/2020 * Singapore/14/2020 * Singapore/3/2020 * Singapore/4/2020 * National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE) * Vietnam/VR03-38142/2020 * National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal * Nepal/61/2020 * National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC * Beijing/IVDC-BJ-005/2020 * Chongqing/IVDC-CQ-001/2020 * Henan/IVDC-HeN-002/2020 * Jiangsu/IVDC-JS-001/2020 * Jiangxi/IVDC-JX-002/2020 * Shandong/IVDC-SD-001/2020 * Shanghai/IVDC-SH-001/2020 * Sichuan/IVDC-SC-001/2020 * Wuhan/IVDC-HB-01/2019 * Wuhan/IVDC-HB-04/2020 * Wuhan/IVDC-HB-05/2019 * Yunnan/IVDC-YN-003/2020 * National Public Health Laboratory * Singapore/11/2020 * National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases * Singapore/10/2020 * Singapore/7/2020 * Singapore/8/2020 * Singapore/9/2020 * Pathology Queensland * Australia/QLD01/2020 * Australia/QLD02/2020 * Australia/QLD03/2020 * Australia/QLD04/2020 * Australia/QLD09/2020 * Providence Regional Medical Center * USA/WA1/2020 * Public Health Ontario Laboratory * Canada/ON-PHL2445/2020 * Canada/ON-VIDO-01/2020 * RIVM * Netherlands/Delft_1363424/2020 * Netherlands/Diemen_1363454/2020 * Netherlands/Loon_op_zand_1363512/2020 * Netherlands/Oss_1363500/2020 * NetherlandsL/Houten_1363498/2020 * Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England * England/01/2020 * England/02/2020 * England/09c/2020 * England/200641094/2020 * England/200690245/2020 * England/200690300/2020 * England/200690306/2020 * England/200690756/2020 * England/200940527/2020 * England/200960041/2020 * England/200960515/2020 * England/200981386/2020 * England/200990002/2020 * England/200990006/2020 * England/200990660/2020 * England/200990723/2020 * England/200990724/2020 * England/200990725/2020 * England/200991076/2020 * England/201000003/2020 * England/201040081/2020 * England/201040141/2020 * Seattle Flu Study * USA/WA-S2/2020 * USA/WA-S3/2020 * Second Hospital of Anhui Medical University * Hefei/2/2020 * Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick * Sydney/3/2020 * Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia. * Spain/Valencia1/2020 * Spain/Valencia2/2020 * Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital * Shenzhen/SZTH-002/2020 * Shenzhen/SZTH-003/2020 * Shenzhen/SZTH-004/2020 * Shenzhen Third People's Hospital * Shenzhen/SZTH-001/2020 * Singapore General Hospital * Singapore/1/2020 * Singapore/2/2020 * Singapore General Hospital, Molecular Laboratory, Division of Pathology * Singapore/5/2020 * Singapore/6/2020 * Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere) * France/IDF0626/2020 * South China Agricultural University * pangolin/Guandong/1/2019 * State Health Office Baden-Wuerttemberg * Germany/Baden-Wuerttemberg-1/2020 * Taiwan Centers for Disease Control * Taiwan/3/2020 * Taiwan/4/2020 * Texas Department of State Health Services * USA/TX1/2020 * The Central Hospital Of Wuhan * Wuhan/HBCDC-HB-02/2020 * The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology * CzechRepublic/951/2020 * The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital * Shenzhen/HKU-SZ-002/2020 * Shenzhen/HKU-SZ-005/2020 * Tianmen Center for Disease Control and Prevention * Tianmen/HBCDC-HB-07/2020 * UCD National Virus Reference Laboratory * Ireland/COR-20134/2020 * UW Virology Lab * USA/WA-UW15/2020 * USA/WA-UW16/2020 * USA/WA-UW17/2020 * USA/WA-UW18/2020 * USA/WA-UW19/2020 * USA/WA-UW20/2020 * USA/WA-UW21/2020 * USA/WA11-UW7/2020 * USA/WA12-UW8/2020 * USA/WA13-UW9/2020 * USA/WA14-UW10/2020 * USA/WA15-UW11/2020 * USA/WA16-UW12/2020 * USA/WA17-UW13/2020 * USA/WA18-UW14/2020 * Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology * Wuhan/HBCDC-HB-03/2020 * Wuhan/HBCDC-HB-04/2020 * Unknown * Netherlands/Coevorden_1363618/2020 * Valley Medical Center * USA/WA8-UW5/2020 * Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust * England/Sheff01/2020 * England/Sheff02/2020 * Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge. * Cambodia/0012/2020 * WA State Department of Health * USA/WA1-A12/2020 * Wales Specialist Virology Centre * Wales/PHW03/2020 * Wales/PHW05/2020 * Wales/PHW1/2020 * Wales/PHW2/2020 * Washington State Department of Health * USA/WA1-F6/2020 * USA/WA2/2020 * Washington State Public Health Lab * USA/WA4-UW2/2020 * USA/WA6-UW3/2020 * USA/WA7-UW4/2020 * Weifang Center for Disease Control and Prevention * China/WF0001/2020 * China/WF0002/2020 * China/WF0003/2020 * China/WF0004/2020 * China/WF0006/2020 * China/WF0009/2020 * China/WF0012/2020 * China/WF0014/2020 * China/WF0015/2020 * China/WF0016/2020 * China/WF0017/2020 * China/WF0018/2020 * China/WF0019/2020 * China/WF0020/2020 * China/WF0021/2020 * China/WF0023/2020 * China/WF0024/2020 * China/WF0026/2020 * China/WF0028/2020 * China/WF0029/2020 * West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC * Scotland/CVR01/2020 * Scotland/CVR02/2020 * Scotland/CVR03/2020 * Scotland/CVR04/2020 * Scotland/CVR05/2020 * Wisconsin Department of Health Services * USA/WI1/2020 * Wuhan Fourth Hospital * Wuhan/WH05/2020 * Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences * bat/Yunnan/RaTG13/2013 * Wuhan Jinyintan Hospital * Wuhan/HBCDC-HB-01/2019 * Wuhan/HBCDC-HB-02/2019 * Wuhan/HBCDC-HB-03/2019 * Wuhan/HBCDC-HB-04/2019 * Wuhan/WIV02/2019 * Wuhan/WIV04/2019 * Wuhan/WIV05/2019 * Wuhan/WIV06/2019 * Wuhan/WIV07/2019 * Wuhan Lung Hospital * Wuhan/HBCDC-HB-06/2020 * Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention * Chongqing/YC01/2020 * Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention * Zhejiang/WZ-01/2020 * Zhejiang/WZ-02/2020 * Zhongxian Center for Disease Control and Prevention * Chongqing/ZX01/2020 ```