# Intrahost variation in MPXV The following image summarizes SNPs (no indels) found in four samples from BioProject PRJNA845087. The image is interactive. Clicking on bars of the histogram of change counts (yellow bars) will restrict the image to that subset of changes. The image has the following panels: ## Top panel Distribution of detected changes across MPXV genomes (accession MP903343). The `Y` axis is the alternative allele frequence. Each change is depicted using two marks: - **circle** = corresponds to median AF across samples. Size of circle corresponds to the number of samples conatining this change - **vertical rule** = vertical rule shows the spread of AFs of inidividual samples (from min to max) ## Lower panel left Histogram of substitution types. Clicking on any bar will restrict the entire graph to these changes. ## Lower panel middle Histogram of 5'-context ## Lower panel right Histogram of 3'-context ------- ```vega { "config": {"view": {"continuousWidth": 400, "continuousHeight": 300}}, "vconcat": [ { "layer": [ { "mark": {"type": "rule", "opacity": 0.75}, "encoding": { "color": {"field": "eff", "title": "Effect", "type": "nominal"}, "x": { "field": "POS", "title": "Genome position", "type": "quantitative" }, "x2": {"field": "POS"}, "y": {"field": "min_AF", "title": "AF", "type": "quantitative"}, "y2": {"field": "max_AF"} }, "height": 150, "selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}}, "width": 600 }, { "mark": {"type": "circle", "opacity": 0.5}, "encoding": { "color": {"field": "eff", "title": "Effect", "type": "nominal"}, "size": { "field": "nSamp", "title": ["Number", "of samples"], "type": "nominal" }, "tooltip": [ { "field": "POS", "format": ",", "title": "Genome position", "type": "quantitative" }, { "field": "min_AF", "format": ",", "title": "Minimum AF", "type": "quantitative" }, {"field": "mid_AF", "title": "Median AF", "type": "quantitative"}, { "field": "max_AF", "title": "Maximum AF", "type": "quantitative" }, {"field": "pre", "title": "Prefix", "type": "nominal"}, {"field": "post", "title": "Suffix", "type": "nominal"}, { "field": "Sample", "title": "Seen before?", "type": "quantitative" } ], "x": { "field": "POS", "title": "Genome position", "type": "quantitative" }, "x2": {"field": "POS"}, "y": {"field": "mid_AF", "type": "quantitative"}, "y2": {"field": "max_AF"} }, "height": 150, "selection": { "selector011": { "type": "interval", "bind": "scales", "encodings": ["x"] } }, "transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}], "width": 600 } ] }, { "hconcat": [ { "mark": "bar", "encoding": { "color": { "condition": {"value": "orange", "selection": "selector010"}, "value": "grey" }, "x": { "aggregate": "count", "field": "change", "title": "Count", "type": "nominal" }, "y": { "field": "change", "sort": [ "A>C", "A>G", "A>T", "C>A", "C>T", "G>A", "G>C", "G>T", "T>A", "T>C", "T>G" ], "title": "Change (REF->ALT)", "type": "nominal" } }, "height": 150, "selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}}, "width": 200 }, { "mark": {"type": "bar", "color": "red"}, "encoding": { "x": { "aggregate": "count", "field": "pre", "title": "Count", "type": "nominal" }, "y": { "field": "pre", "sort": [ "A>G", "A>C", "A>T", "C>A", "C>T", "G>T", "G>A", "T>A", "T>C", "T>G", "G>C" ], "title": "Prefix", "type": "nominal" } }, "height": 150, "selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}}, "transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}], "width": 200 }, { "mark": {"type": "bar", "color": "blue"}, "encoding": { "x": { "aggregate": "count", "field": "post", "title": "Count", "type": "nominal" }, "y": { "field": "post", "sort": [ "A>G", "A>C", "A>T", "C>T", "C>A", "G>A", "G>T", "G>C", "T>C", "T>A", "T>G" ], "title": "Suffix", "type": "nominal" } }, "height": 150, "selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}}, "transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}], "width": 200 } ] } ], "data": {"name": "data-dcb91b44cdbf8e7c84160b17e1e98522"}, "$schema": "https://vega.github.io/schema/vega-lite/v4.17.0.json", "datasets": { "data-dcb91b44cdbf8e7c84160b17e1e98522": [ { "POS": 1266, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999427, "max_AF": 0.999771, "mid_AF": 0.9995075, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 2595, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999296, "max_AF": 0.999822, "mid_AF": 0.999575, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 3115, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.998814, "max_AF": 0.998988, "mid_AF": 0.9989680000000001, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 3526, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999622, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9998095, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 3822, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.99919, "max_AF": 0.999838, "mid_AF": 0.999656, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 7775, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.998809, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 14004, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.996357, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9990895, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "GG", "post": "GC", "Sample": null }, { "POS": 15432, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.997992, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": ".", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 21727, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.989899, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.993615, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 25436, "REF": "T", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.166172, "max_AF": 0.166172, "mid_AF": 0.166172, "eff": "MISSENSE", "change": "T>G", "pre": "AT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 25665, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.992509, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.997934, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 28842, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 0.995652, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "CA", "post": "AC", "Sample": null }, { "POS": 30371, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 31057, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 34388, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.058824, "max_AF": 0.058824, "mid_AF": 0.058824, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "AG", "post": "GC", "Sample": null }, { "POS": 34463, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 37206, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.993671, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 38030, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 0.065693, "max_AF": 0.095588, "mid_AF": 0.0871555, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 38364, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.99435, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 38666, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.929515, "max_AF": 0.961905, "mid_AF": 0.9404935, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 39123, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.987013, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9901675, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CT", "Sample": null }, { "POS": 39143, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.99505, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 44506, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.057143, "max_AF": 0.057143, "mid_AF": 0.057143, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 45186, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.054054, "max_AF": 0.054054, "mid_AF": 0.054054, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "AG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 51243, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.096234, "max_AF": 0.096234, "mid_AF": 0.096234, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 52889, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 54121, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 54639, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.995652, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 55137, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.988827, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 56937, "REF": "T", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.090909, "max_AF": 0.226054, "mid_AF": 0.11593300000000001, "eff": "MISSENSE", "change": "T>A", "pre": "AT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 64301, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.987705, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 64430, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.997375, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 64615, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 2, "min_AF": 0.052817, "max_AF": 0.055147, "mid_AF": 0.053982, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "AC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 64618, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.053381, "max_AF": 0.054945, "mid_AF": 0.054163, "eff": "MISSENSE", "change": "C>A", "pre": "TC", "post": "CT", "Sample": null }, { "POS": 66221, "REF": "T", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.061594, "max_AF": 0.073034, "mid_AF": 0.067314, "eff": "MISSENSE", "change": "T>A", "pre": "GT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 71264, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 1, "min_AF": 0.051383, "max_AF": 0.051383, "mid_AF": 0.051383, "eff": "SILENT", "change": "T>C", "pre": "AT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 72071, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.189655, "max_AF": 0.271111, "mid_AF": 0.248041, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 73070, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.987755, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 73243, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.996337, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 74209, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 75223, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.061611, "max_AF": 0.061611, "mid_AF": 0.061611, "eff": "SILENT", "change": "C>A", "pre": "CC", "post": "CC", "Sample": null }, { "POS": 75708, "REF": "T", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 0.051402, "max_AF": 0.08, "mid_AF": 0.061187000000000005, "eff": "MISSENSE", "change": "T>G", "pre": "AT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 75712, "REF": "T", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.174342, "max_AF": 0.191589, "mid_AF": 0.1829655, "eff": "MISSENSE", "change": "T>A", "pre": "AT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 76575, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.07722, "max_AF": 0.07722, "mid_AF": 0.07722, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 77387, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 77711, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.059748, "max_AF": 0.059748, "mid_AF": 0.059748, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 78060, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 1, "min_AF": 0.194805, "max_AF": 0.194805, "mid_AF": 0.194805, "eff": "MISSENSE", "change": "T>C", "pre": "TT", "post": "TC", "Sample": null }, { "POS": 79884, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.065972, "max_AF": 0.065972, "mid_AF": 0.065972, "eff": "MISSENSE", "change": "A>T", "pre": "TA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 81279, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 82377, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.990783, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9973259999999999, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 82455, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 84591, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.994475, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9979675, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 91933, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.087137, "max_AF": 0.145923, "mid_AF": 0.1122175, "eff": "MISSENSE", "change": "A>T", "pre": "TA", "post": "AC", "Sample": null }, { "POS": 91938, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.090909, "max_AF": 0.152466, "mid_AF": 0.118975, "eff": "SILENT", "change": "T>C", "pre": "TT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 92353, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 94084, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.072886, "max_AF": 0.072886, "mid_AF": 0.072886, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "TG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 94086, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.073529, "max_AF": 0.073529, "mid_AF": 0.073529, "eff": "SILENT", "change": "A>T", "pre": "TA", "post": "AG", "Sample": null }, { "POS": 95038, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GC", "Sample": null }, { "POS": 95383, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.076923, "max_AF": 0.185304, "mid_AF": 0.1073965, "eff": "MISSENSE", "change": "T>C", "pre": "AT", "post": "TC", "Sample": null }, { "POS": 95561, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.059259, "max_AF": 0.062295, "mid_AF": 0.060777, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 96947, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.065844, "max_AF": 0.150862, "mid_AF": 0.133917, "eff": "NONSENSE", "change": "G>T", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 97822, "REF": "T", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.086449, "max_AF": 0.101493, "mid_AF": 0.093971, "eff": "MISSENSE", "change": "T>A", "pre": "AT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 98606, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.082927, "max_AF": 0.082927, "mid_AF": 0.082927, "eff": "MISSENSE", "change": "A>T", "pre": "AA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 102300, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 2, "min_AF": 0.063584, "max_AF": 0.07177, "mid_AF": 0.067677, "eff": "MISSENSE", "change": "A>C", "pre": "AA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 104202, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.050633, "max_AF": 0.086022, "mid_AF": 0.056096999999999994, "eff": "SILENT", "change": "A>T", "pre": "TA", "post": "AC", "Sample": null }, { "POS": 109690, "REF": "T", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.067568, "max_AF": 0.067568, "mid_AF": 0.067568, "eff": "MISSENSE", "change": "T>G", "pre": "AT", "post": "TC", "Sample": null }, { "POS": 111823, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 2, "min_AF": 0.066667, "max_AF": 0.076433, "mid_AF": 0.07155, "eff": "MISSENSE", "change": "A>C", "pre": "GA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 111828, "REF": "T", "ALT": "A", "nSamp": 3, "min_AF": 0.051118, "max_AF": 0.074766, "mid_AF": 0.068807, "eff": "NONSENSE", "change": "T>A", "pre": "TT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 115205, "REF": "G", "ALT": "C", "nSamp": 3, "min_AF": 0.083333, "max_AF": 0.096296, "mid_AF": 0.092937, "eff": "MISSENSE", "change": "G>C", "pre": "TG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 116580, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.063415, "max_AF": 0.063415, "mid_AF": 0.063415, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GC", "Sample": null }, { "POS": 119039, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.09205, "max_AF": 0.09205, "mid_AF": 0.09205, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "GC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 124134, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 124678, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "CG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 128178, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.153094, "max_AF": 0.223048, "mid_AF": 0.209705, "eff": "SILENT", "change": "C>A", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 128702, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.996154, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 130036, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 3, "min_AF": 0.061584, "max_AF": 0.099602, "mid_AF": 0.067114, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "GC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 130130, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 0.063025, "max_AF": 0.127148, "mid_AF": 0.09432650000000001, "eff": "SILENT", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AC", "Sample": null }, { "POS": 130997, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 1, "min_AF": 0.070632, "max_AF": 0.070632, "mid_AF": 0.070632, "eff": "SILENT", "change": "A>C", "pre": "GA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 131753, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 2, "min_AF": 0.057778, "max_AF": 0.076577, "mid_AF": 0.0671775, "eff": "SILENT", "change": "G>T", "pre": "CG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 133046, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.167286, "max_AF": 0.269327, "mid_AF": 0.198927, "eff": ".", "change": "T>C", "pre": "AT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 134861, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.054545, "max_AF": 0.054545, "mid_AF": 0.054545, "eff": "SILENT", "change": "A>G", "pre": "TA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 135504, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 2, "min_AF": 0.070039, "max_AF": 0.072414, "mid_AF": 0.0712265, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "AA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 137765, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.055375, "max_AF": 0.055375, "mid_AF": 0.055375, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "AG", "post": "GC", "Sample": null }, { "POS": 138434, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 3, "min_AF": 0.060185, "max_AF": 0.082609, "mid_AF": 0.064516, "eff": "MISSENSE", "change": "A>C", "pre": "GA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 140151, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.126394, "max_AF": 0.163324, "mid_AF": 0.152176, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GT", "Sample": null }, { "POS": 140158, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.09466, "max_AF": 0.138107, "mid_AF": 0.133645, "eff": "SILENT", "change": "T>C", "pre": "AT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 140159, "REF": "A", "ALT": "T", "nSamp": 2, "min_AF": 0.112462, "max_AF": 0.123919, "mid_AF": 0.1181905, "eff": "MISSENSE", "change": "A>T", "pre": "TA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 140160, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 2, "min_AF": 0.114804, "max_AF": 0.127841, "mid_AF": 0.1213225, "eff": "MISSENSE", "change": "A>G", "pre": "AA", "post": "AT", "Sample": null }, { "POS": 148194, "REF": "G", "ALT": "T", "nSamp": 1, "min_AF": 0.051282, "max_AF": 0.051282, "mid_AF": 0.051282, "eff": "MISSENSE", "change": "G>T", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 150473, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.987342, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.994525, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 150571, "REF": "T", "ALT": "G", "nSamp": 2, "min_AF": 0.066225, "max_AF": 0.078652, "mid_AF": 0.0724385, "eff": ".", "change": "T>G", "pre": "AT", "post": "TG", "Sample": null }, { "POS": 151465, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.995327, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": ".", "change": "A>C", "pre": "CA", "post": "AG", "Sample": null }, { "POS": 154801, "REF": "A", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.055319, "max_AF": 0.13806, "mid_AF": 0.097806, "eff": "MISSENSE", "change": "A>C", "pre": "AA", "post": "AA", "Sample": null }, { "POS": 155799, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": ".", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GG", "Sample": null }, { "POS": 156686, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.051643, "max_AF": 0.051643, "mid_AF": 0.051643, "eff": ".", "change": "C>A", "pre": "AC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 158219, "REF": "T", "ALT": "G", "nSamp": 1, "min_AF": 0.061983, "max_AF": 0.061983, "mid_AF": 0.061983, "eff": ".", "change": "T>G", "pre": "TT", "post": "TT", "Sample": null }, { "POS": 159170, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.070652, "max_AF": 0.070652, "mid_AF": 0.070652, "eff": "MISSENSE", "change": "C>A", "pre": "TC", "post": "CT", "Sample": null }, { "POS": 161252, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.19802, "max_AF": 0.317881, "mid_AF": 0.283428, "eff": "SILENT", "change": "T>C", "pre": "CT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 161262, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 2, "min_AF": 0.051873, "max_AF": 0.061728, "mid_AF": 0.056800500000000004, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 162068, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 2, "min_AF": 0.16934, "max_AF": 0.21288, "mid_AF": 0.19111, "eff": "MISSENSE", "change": "T>C", "pre": "TT", "post": "TA", "Sample": null }, { "POS": 162247, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.995575, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9977875, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 162335, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.995935, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CT", "Sample": null }, { "POS": 163301, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 1, "min_AF": 0.05, "max_AF": 0.05, "mid_AF": 0.05, "eff": ".", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 163307, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 3, "min_AF": 0.052402, "max_AF": 0.065574, "mid_AF": 0.059361, "eff": ".", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GG", "Sample": null }, { "POS": 164925, "REF": "C", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.195531, "max_AF": 0.229974, "mid_AF": 0.210609, "eff": "MISSENSE", "change": "C>A", "pre": "GC", "post": "CT", "Sample": null }, { "POS": 170266, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "GG", "post": "GG", "Sample": null }, { "POS": 173630, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.051576, "max_AF": 0.083565, "mid_AF": 0.0669575, "eff": ".", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null }, { "POS": 175675, "REF": "G", "ALT": "C", "nSamp": 2, "min_AF": 0.052448, "max_AF": 0.074689, "mid_AF": 0.0635685, "eff": "MISSENSE", "change": "G>C", "pre": "GG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 178149, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.996429, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": ".", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 179163, "REF": "T", "ALT": "C", "nSamp": 4, "min_AF": 0.181598, "max_AF": 0.216949, "mid_AF": 0.18790400000000002, "eff": ".", "change": "T>C", "pre": "AT", "post": "TC", "Sample": null }, { "POS": 181899, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 1, "max_AF": 1, "mid_AF": 1, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 183438, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.989381, "max_AF": 0.997537, "mid_AF": 0.991304, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CC", "Sample": null }, { "POS": 183899, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.395498, "max_AF": 0.405462, "mid_AF": 0.3979865, "eff": "SILENT", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 186497, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.998911, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9995639999999999, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 188413, "REF": "A", "ALT": "G", "nSamp": 4, "min_AF": 0.998786, "max_AF": 0.999766, "mid_AF": 0.9992274999999999, "eff": ".", "change": "A>G", "pre": "AA", "post": "AG", "Sample": null }, { "POS": 190579, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999186, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9993185, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "AG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 193311, "REF": "G", "ALT": "A", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999588, "max_AF": 0.999839, "mid_AF": 0.999754, "eff": "MISSENSE", "change": "G>A", "pre": "TG", "post": "GA", "Sample": null }, { "POS": 193607, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999046, "max_AF": 1, "mid_AF": 0.9995069999999999, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CG", "Sample": null }, { "POS": 194018, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999321, "max_AF": 0.999832, "mid_AF": 0.999558, "eff": "SILENT", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CC", "Sample": null }, { "POS": 194538, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999459, "max_AF": 0.999861, "mid_AF": 0.9995769999999999, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CC", "Sample": null }, { "POS": 195867, "REF": "C", "ALT": "T", "nSamp": 4, "min_AF": 0.999449, "max_AF": 0.999543, "mid_AF": 0.9995400000000001, "eff": "MISSENSE", "change": "C>T", "pre": "TC", "post": "CA", "Sample": null } ] } } ```