# Intrahost variation in MPXV
The following image summarizes SNPs (no indels) found in four samples from BioProject PRJNA845087.
The image is interactive. Clicking on bars of the histogram of change counts (yellow bars) will restrict the image to that subset of changes.
The image has the following panels:
## Top panel
Distribution of detected changes across MPXV genomes (accession MP903343). The `Y` axis is the alternative allele frequence. Each change is depicted using two marks:
- **circle** = corresponds to median AF across samples. Size of circle corresponds to the number of samples conatining this change
- **vertical rule** = vertical rule shows the spread of AFs of inidividual samples (from min to max)
## Lower panel left
Histogram of substitution types. Clicking on any bar will restrict the entire graph to these changes.
## Lower panel middle
Histogram of 5'-context
## Lower panel right
Histogram of 3'-context
-------
```vega
{
"config": {"view": {"continuousWidth": 400, "continuousHeight": 300}},
"vconcat": [
{
"layer": [
{
"mark": {"type": "rule", "opacity": 0.75},
"encoding": {
"color": {"field": "eff", "title": "Effect", "type": "nominal"},
"x": {
"field": "POS",
"title": "Genome position",
"type": "quantitative"
},
"x2": {"field": "POS"},
"y": {"field": "min_AF", "title": "AF", "type": "quantitative"},
"y2": {"field": "max_AF"}
},
"height": 150,
"selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}},
"width": 600
},
{
"mark": {"type": "circle", "opacity": 0.5},
"encoding": {
"color": {"field": "eff", "title": "Effect", "type": "nominal"},
"size": {
"field": "nSamp",
"title": ["Number", "of samples"],
"type": "nominal"
},
"tooltip": [
{
"field": "POS",
"format": ",",
"title": "Genome position",
"type": "quantitative"
},
{
"field": "min_AF",
"format": ",",
"title": "Minimum AF",
"type": "quantitative"
},
{"field": "mid_AF", "title": "Median AF", "type": "quantitative"},
{
"field": "max_AF",
"title": "Maximum AF",
"type": "quantitative"
},
{"field": "pre", "title": "Prefix", "type": "nominal"},
{"field": "post", "title": "Suffix", "type": "nominal"},
{
"field": "Sample",
"title": "Seen before?",
"type": "quantitative"
}
],
"x": {
"field": "POS",
"title": "Genome position",
"type": "quantitative"
},
"x2": {"field": "POS"},
"y": {"field": "mid_AF", "type": "quantitative"},
"y2": {"field": "max_AF"}
},
"height": 150,
"selection": {
"selector011": {
"type": "interval",
"bind": "scales",
"encodings": ["x"]
}
},
"transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}],
"width": 600
}
]
},
{
"hconcat": [
{
"mark": "bar",
"encoding": {
"color": {
"condition": {"value": "orange", "selection": "selector010"},
"value": "grey"
},
"x": {
"aggregate": "count",
"field": "change",
"title": "Count",
"type": "nominal"
},
"y": {
"field": "change",
"sort": [
"A>C",
"A>G",
"A>T",
"C>A",
"C>T",
"G>A",
"G>C",
"G>T",
"T>A",
"T>C",
"T>G"
],
"title": "Change (REF->ALT)",
"type": "nominal"
}
},
"height": 150,
"selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}},
"width": 200
},
{
"mark": {"type": "bar", "color": "red"},
"encoding": {
"x": {
"aggregate": "count",
"field": "pre",
"title": "Count",
"type": "nominal"
},
"y": {
"field": "pre",
"sort": [
"A>G",
"A>C",
"A>T",
"C>A",
"C>T",
"G>T",
"G>A",
"T>A",
"T>C",
"T>G",
"G>C"
],
"title": "Prefix",
"type": "nominal"
}
},
"height": 150,
"selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}},
"transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}],
"width": 200
},
{
"mark": {"type": "bar", "color": "blue"},
"encoding": {
"x": {
"aggregate": "count",
"field": "post",
"title": "Count",
"type": "nominal"
},
"y": {
"field": "post",
"sort": [
"A>G",
"A>C",
"A>T",
"C>T",
"C>A",
"G>A",
"G>T",
"G>C",
"T>C",
"T>A",
"T>G"
],
"title": "Suffix",
"type": "nominal"
}
},
"height": 150,
"selection": {"selector010": {"type": "single", "encodings": ["y"]}},
"transform": [{"filter": {"selection": "selector010"}}],
"width": 200
}
]
}
],
"data": {"name": "data-dcb91b44cdbf8e7c84160b17e1e98522"},
"$schema": "https://vega.github.io/schema/vega-lite/v4.17.0.json",
"datasets": {
"data-dcb91b44cdbf8e7c84160b17e1e98522": [
{
"POS": 1266,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999427,
"max_AF": 0.999771,
"mid_AF": 0.9995075,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 2595,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999296,
"max_AF": 0.999822,
"mid_AF": 0.999575,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 3115,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.998814,
"max_AF": 0.998988,
"mid_AF": 0.9989680000000001,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 3526,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999622,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9998095,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 3822,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.99919,
"max_AF": 0.999838,
"mid_AF": 0.999656,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 7775,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.998809,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 14004,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.996357,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9990895,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "GG",
"post": "GC",
"Sample": null
},
{
"POS": 15432,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.997992,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": ".",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 21727,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.989899,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.993615,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 25436,
"REF": "T",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.166172,
"max_AF": 0.166172,
"mid_AF": 0.166172,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>G",
"pre": "AT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 25665,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.992509,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.997934,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 28842,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.995652,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "CA",
"post": "AC",
"Sample": null
},
{
"POS": 30371,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 31057,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 34388,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.058824,
"max_AF": 0.058824,
"mid_AF": 0.058824,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "AG",
"post": "GC",
"Sample": null
},
{
"POS": 34463,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 37206,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.993671,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 38030,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.065693,
"max_AF": 0.095588,
"mid_AF": 0.0871555,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 38364,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.99435,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 38666,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.929515,
"max_AF": 0.961905,
"mid_AF": 0.9404935,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 39123,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.987013,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9901675,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CT",
"Sample": null
},
{
"POS": 39143,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.99505,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 44506,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.057143,
"max_AF": 0.057143,
"mid_AF": 0.057143,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 45186,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.054054,
"max_AF": 0.054054,
"mid_AF": 0.054054,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "AG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 51243,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.096234,
"max_AF": 0.096234,
"mid_AF": 0.096234,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 52889,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 54121,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 54639,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.995652,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 55137,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.988827,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 56937,
"REF": "T",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.090909,
"max_AF": 0.226054,
"mid_AF": 0.11593300000000001,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>A",
"pre": "AT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 64301,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.987705,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 64430,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.997375,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 64615,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.052817,
"max_AF": 0.055147,
"mid_AF": 0.053982,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "AC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 64618,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.053381,
"max_AF": 0.054945,
"mid_AF": 0.054163,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>A",
"pre": "TC",
"post": "CT",
"Sample": null
},
{
"POS": 66221,
"REF": "T",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.061594,
"max_AF": 0.073034,
"mid_AF": 0.067314,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>A",
"pre": "GT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 71264,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.051383,
"max_AF": 0.051383,
"mid_AF": 0.051383,
"eff": "SILENT",
"change": "T>C",
"pre": "AT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 72071,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.189655,
"max_AF": 0.271111,
"mid_AF": 0.248041,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 73070,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.987755,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 73243,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.996337,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 74209,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 75223,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.061611,
"max_AF": 0.061611,
"mid_AF": 0.061611,
"eff": "SILENT",
"change": "C>A",
"pre": "CC",
"post": "CC",
"Sample": null
},
{
"POS": 75708,
"REF": "T",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.051402,
"max_AF": 0.08,
"mid_AF": 0.061187000000000005,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>G",
"pre": "AT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 75712,
"REF": "T",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.174342,
"max_AF": 0.191589,
"mid_AF": 0.1829655,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>A",
"pre": "AT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 76575,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.07722,
"max_AF": 0.07722,
"mid_AF": 0.07722,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 77387,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 77711,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.059748,
"max_AF": 0.059748,
"mid_AF": 0.059748,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 78060,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.194805,
"max_AF": 0.194805,
"mid_AF": 0.194805,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>C",
"pre": "TT",
"post": "TC",
"Sample": null
},
{
"POS": 79884,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.065972,
"max_AF": 0.065972,
"mid_AF": 0.065972,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>T",
"pre": "TA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 81279,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 82377,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.990783,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9973259999999999,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 82455,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 84591,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.994475,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9979675,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 91933,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.087137,
"max_AF": 0.145923,
"mid_AF": 0.1122175,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>T",
"pre": "TA",
"post": "AC",
"Sample": null
},
{
"POS": 91938,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.090909,
"max_AF": 0.152466,
"mid_AF": 0.118975,
"eff": "SILENT",
"change": "T>C",
"pre": "TT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 92353,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 94084,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.072886,
"max_AF": 0.072886,
"mid_AF": 0.072886,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "TG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 94086,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.073529,
"max_AF": 0.073529,
"mid_AF": 0.073529,
"eff": "SILENT",
"change": "A>T",
"pre": "TA",
"post": "AG",
"Sample": null
},
{
"POS": 95038,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GC",
"Sample": null
},
{
"POS": 95383,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.076923,
"max_AF": 0.185304,
"mid_AF": 0.1073965,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>C",
"pre": "AT",
"post": "TC",
"Sample": null
},
{
"POS": 95561,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.059259,
"max_AF": 0.062295,
"mid_AF": 0.060777,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 96947,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.065844,
"max_AF": 0.150862,
"mid_AF": 0.133917,
"eff": "NONSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 97822,
"REF": "T",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.086449,
"max_AF": 0.101493,
"mid_AF": 0.093971,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>A",
"pre": "AT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 98606,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.082927,
"max_AF": 0.082927,
"mid_AF": 0.082927,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>T",
"pre": "AA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 102300,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.063584,
"max_AF": 0.07177,
"mid_AF": 0.067677,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>C",
"pre": "AA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 104202,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.050633,
"max_AF": 0.086022,
"mid_AF": 0.056096999999999994,
"eff": "SILENT",
"change": "A>T",
"pre": "TA",
"post": "AC",
"Sample": null
},
{
"POS": 109690,
"REF": "T",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.067568,
"max_AF": 0.067568,
"mid_AF": 0.067568,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>G",
"pre": "AT",
"post": "TC",
"Sample": null
},
{
"POS": 111823,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.066667,
"max_AF": 0.076433,
"mid_AF": 0.07155,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>C",
"pre": "GA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 111828,
"REF": "T",
"ALT": "A",
"nSamp": 3,
"min_AF": 0.051118,
"max_AF": 0.074766,
"mid_AF": 0.068807,
"eff": "NONSENSE",
"change": "T>A",
"pre": "TT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 115205,
"REF": "G",
"ALT": "C",
"nSamp": 3,
"min_AF": 0.083333,
"max_AF": 0.096296,
"mid_AF": 0.092937,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>C",
"pre": "TG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 116580,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.063415,
"max_AF": 0.063415,
"mid_AF": 0.063415,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GC",
"Sample": null
},
{
"POS": 119039,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.09205,
"max_AF": 0.09205,
"mid_AF": 0.09205,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "GC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 124134,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 124678,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "CG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 128178,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.153094,
"max_AF": 0.223048,
"mid_AF": 0.209705,
"eff": "SILENT",
"change": "C>A",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 128702,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.996154,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 130036,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 3,
"min_AF": 0.061584,
"max_AF": 0.099602,
"mid_AF": 0.067114,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "GC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 130130,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.063025,
"max_AF": 0.127148,
"mid_AF": 0.09432650000000001,
"eff": "SILENT",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AC",
"Sample": null
},
{
"POS": 130997,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.070632,
"max_AF": 0.070632,
"mid_AF": 0.070632,
"eff": "SILENT",
"change": "A>C",
"pre": "GA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 131753,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.057778,
"max_AF": 0.076577,
"mid_AF": 0.0671775,
"eff": "SILENT",
"change": "G>T",
"pre": "CG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 133046,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.167286,
"max_AF": 0.269327,
"mid_AF": 0.198927,
"eff": ".",
"change": "T>C",
"pre": "AT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 134861,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.054545,
"max_AF": 0.054545,
"mid_AF": 0.054545,
"eff": "SILENT",
"change": "A>G",
"pre": "TA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 135504,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.070039,
"max_AF": 0.072414,
"mid_AF": 0.0712265,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "AA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 137765,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.055375,
"max_AF": 0.055375,
"mid_AF": 0.055375,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "AG",
"post": "GC",
"Sample": null
},
{
"POS": 138434,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 3,
"min_AF": 0.060185,
"max_AF": 0.082609,
"mid_AF": 0.064516,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>C",
"pre": "GA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 140151,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.126394,
"max_AF": 0.163324,
"mid_AF": 0.152176,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GT",
"Sample": null
},
{
"POS": 140158,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.09466,
"max_AF": 0.138107,
"mid_AF": 0.133645,
"eff": "SILENT",
"change": "T>C",
"pre": "AT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 140159,
"REF": "A",
"ALT": "T",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.112462,
"max_AF": 0.123919,
"mid_AF": 0.1181905,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>T",
"pre": "TA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 140160,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.114804,
"max_AF": 0.127841,
"mid_AF": 0.1213225,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>G",
"pre": "AA",
"post": "AT",
"Sample": null
},
{
"POS": 148194,
"REF": "G",
"ALT": "T",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.051282,
"max_AF": 0.051282,
"mid_AF": 0.051282,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>T",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 150473,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.987342,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.994525,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 150571,
"REF": "T",
"ALT": "G",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.066225,
"max_AF": 0.078652,
"mid_AF": 0.0724385,
"eff": ".",
"change": "T>G",
"pre": "AT",
"post": "TG",
"Sample": null
},
{
"POS": 151465,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.995327,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": ".",
"change": "A>C",
"pre": "CA",
"post": "AG",
"Sample": null
},
{
"POS": 154801,
"REF": "A",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.055319,
"max_AF": 0.13806,
"mid_AF": 0.097806,
"eff": "MISSENSE",
"change": "A>C",
"pre": "AA",
"post": "AA",
"Sample": null
},
{
"POS": 155799,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": ".",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GG",
"Sample": null
},
{
"POS": 156686,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.051643,
"max_AF": 0.051643,
"mid_AF": 0.051643,
"eff": ".",
"change": "C>A",
"pre": "AC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 158219,
"REF": "T",
"ALT": "G",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.061983,
"max_AF": 0.061983,
"mid_AF": 0.061983,
"eff": ".",
"change": "T>G",
"pre": "TT",
"post": "TT",
"Sample": null
},
{
"POS": 159170,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.070652,
"max_AF": 0.070652,
"mid_AF": 0.070652,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>A",
"pre": "TC",
"post": "CT",
"Sample": null
},
{
"POS": 161252,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.19802,
"max_AF": 0.317881,
"mid_AF": 0.283428,
"eff": "SILENT",
"change": "T>C",
"pre": "CT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 161262,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.051873,
"max_AF": 0.061728,
"mid_AF": 0.056800500000000004,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 162068,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.16934,
"max_AF": 0.21288,
"mid_AF": 0.19111,
"eff": "MISSENSE",
"change": "T>C",
"pre": "TT",
"post": "TA",
"Sample": null
},
{
"POS": 162247,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.995575,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9977875,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 162335,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.995935,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CT",
"Sample": null
},
{
"POS": 163301,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 1,
"min_AF": 0.05,
"max_AF": 0.05,
"mid_AF": 0.05,
"eff": ".",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 163307,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 3,
"min_AF": 0.052402,
"max_AF": 0.065574,
"mid_AF": 0.059361,
"eff": ".",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GG",
"Sample": null
},
{
"POS": 164925,
"REF": "C",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.195531,
"max_AF": 0.229974,
"mid_AF": 0.210609,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>A",
"pre": "GC",
"post": "CT",
"Sample": null
},
{
"POS": 170266,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "GG",
"post": "GG",
"Sample": null
},
{
"POS": 173630,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.051576,
"max_AF": 0.083565,
"mid_AF": 0.0669575,
"eff": ".",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
},
{
"POS": 175675,
"REF": "G",
"ALT": "C",
"nSamp": 2,
"min_AF": 0.052448,
"max_AF": 0.074689,
"mid_AF": 0.0635685,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>C",
"pre": "GG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 178149,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.996429,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": ".",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 179163,
"REF": "T",
"ALT": "C",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.181598,
"max_AF": 0.216949,
"mid_AF": 0.18790400000000002,
"eff": ".",
"change": "T>C",
"pre": "AT",
"post": "TC",
"Sample": null
},
{
"POS": 181899,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 1,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 1,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 183438,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.989381,
"max_AF": 0.997537,
"mid_AF": 0.991304,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CC",
"Sample": null
},
{
"POS": 183899,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.395498,
"max_AF": 0.405462,
"mid_AF": 0.3979865,
"eff": "SILENT",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 186497,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.998911,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9995639999999999,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 188413,
"REF": "A",
"ALT": "G",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.998786,
"max_AF": 0.999766,
"mid_AF": 0.9992274999999999,
"eff": ".",
"change": "A>G",
"pre": "AA",
"post": "AG",
"Sample": null
},
{
"POS": 190579,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999186,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9993185,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "AG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 193311,
"REF": "G",
"ALT": "A",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999588,
"max_AF": 0.999839,
"mid_AF": 0.999754,
"eff": "MISSENSE",
"change": "G>A",
"pre": "TG",
"post": "GA",
"Sample": null
},
{
"POS": 193607,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999046,
"max_AF": 1,
"mid_AF": 0.9995069999999999,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CG",
"Sample": null
},
{
"POS": 194018,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999321,
"max_AF": 0.999832,
"mid_AF": 0.999558,
"eff": "SILENT",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CC",
"Sample": null
},
{
"POS": 194538,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999459,
"max_AF": 0.999861,
"mid_AF": 0.9995769999999999,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CC",
"Sample": null
},
{
"POS": 195867,
"REF": "C",
"ALT": "T",
"nSamp": 4,
"min_AF": 0.999449,
"max_AF": 0.999543,
"mid_AF": 0.9995400000000001,
"eff": "MISSENSE",
"change": "C>T",
"pre": "TC",
"post": "CA",
"Sample": null
}
]
}
}
```