# 統計檢定套件: statannotations
###### tags: `求生指引`

[Github](https://github.com/trevismd/statannotations)

[TOC]
## 使用方式+星號更改

annot = Annotator(ax, box_pairs, data=df, x="Method", y="R$^2$",)
annot.configure(test=test_med[choose_med], text_format='star', loc='outside', verbose=False,
                pvalue_thresholds=[[1e-3, "***"], [1e-2, "**"], [0.05, "*"], [1, "ns"]])
annot.apply_test().annotate()

## 統計檢定方法
### 預設
* Mann-Whitney
* 'Mann-Whitney' (=stats.mannwhitneyu, alternative='two-sided')
* 'Mann-Whitney-gt' (=stats.mannwhitneyu, alternative='greater')(no same length)
* 'Mann-Whitney-ls' (=stats.mannwhitneyu, alternative='less')(no same length)
* t-test
* t-test_ind (=stats.ttest_ind)
* t-test_paired (=stats.ttest_rel)
* t-test_welch (=stats.ttest_ind, equal_var=False)
* Levene test
* 'Levene' (=stats.levene)
* Wilcoxon test
* 'Wilcoxon' (=stats.wilcoxon)
* Kruskal-Wallis test
* 'Kruskal' (=stats.kruskal)
* Brunner-Munzel test
* 'Brunner-Munzel' (=stats.brunnermunzel)


### 新增其他 scipy.stats 中的方法
* statannotations/stats/StatTest.py 搜尋 STATTEST_LIBRARY (line.88)
* 在 STATTEST_LIBRARY 中新增方法 → '使用時輸入的字串': StatTest(scipy.stats的方法, test_long_name(不重要), test_short_name(不重要), stat_name(不重要), 其他scipy.stats可設定的參數 )
例如：

    'My-test':  StatTest(stats.ranksums, 
    'Wilcoxon rank-sum statistic for two samples', 
    'rank-sum')

* statannotations/stats/test.py 搜尋 IMPLEMENTED_TESTS (line.10)
* 在 IMPLEMENTED_TESTS 中新增前述步驟加入的方法字串
例如：

    IMPLEMENTED_TESTS = ['t-test_ind', 't-test_welch', 
    't-test_paired', 'Mann-Whitney', 'Mann-Whitney-gt', 
    'Mann-Whitney-ls', 'Levene', 'Wilcoxon', 'Kruskal', 
    'Brunner-Munzel', 'My-test']

* 完成