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# System prepended metadata

title: 05/05
tags: [討論議程]

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tags: 討論議程
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# 05/05
## 輪流講講這週進度&下週打算做什麼
### Mika
* 第二題，講Dask,OpenUCX,UCX-py是甚麼軌，下周研究code
### Jocelin
* DASK, UCX, UCX-py 安裝OK 應該是改 DASK 安裝檔裡的內容(與通信相關 但還不確定改哪裏)
* 猜安裝前要改python檔。知道要怎麼安裝，但不知道要改什麼

### 淑微
* 看論文&模型 51筆關於基因排序的資料
* valid 28
* test 23
* 資料集:身體不同部位的核甘酸基因
* DNase-seq:提取特徵值
* DNA sequence: TACG轉成數字(one-hot-encoding)

* 報告:講module;下週看code
cell-type specific TF？

* Reference
    資料集：
    https://www.synapse.org/#!Synapse:syn6176232
    論文的Code:
    https://github.com/GuanLab/Leopard

### 霖均
* 解釋基因轉錄機制(?
* RNA-seq
* 轉錄因子是蛋白質，要找轉錄因子會附著在哪段基因上
* 題目目的:用mpi建module>更好或更快的找到 TF binding
* 資料:
    Chip-seq: https://www.youtube.com/watch?v=nkWGmaYRues
    DNase-seq: https://www.youtube.com/watch?v=4VE44dAOe-g
    RNA-seq: https://www.youtube.com/watch?v=tlf6wYJrwKY
    PCA(一種資料分析方法): https://www.youtube.com/watch?v=_UVHneBUBW0

### 子瑜
* 第三題論文翻譯、大概看架構(前面的別人的研究，有講到TF binding主要結合在開放染色體、不同細胞類型會不同
* 第一題 看了Install 跟input card
* input card:https://www.youtube.com/watch?v=9jD1KY426EM
* 報告：WRF；下周看QE能算什麼、轉錄因子是什麼

### Steven
* CP，內容要再研究
* 報告:PW流程、理論(密度泛涵
* input:可以優化control card, system card等的部分

### 要有人做的部分:
* 1.理解轉錄因子的作用、是不是要找特定的
* 2.Dask benchmark哪些是範例哪些是解答
* 3.第三題要用horovod嗎?還是只用mpi就可以?


## 雲端有各個題目的資料夾 & 要不要每個題目創一個Line群? (怎麼樣資訊比較流通?)

不用，怕分散=>放雲端
hackMD(分題目開

## 覺得完成"可以跑mpi"這個目標，各個題目的時限分別要多久?

* 第二題 跑mpi感覺不是這題的目標

* 第一題 1個月

* 第三題 2個月

## 明天的報告(大家有東西可以報告嗎?討論內容、分工......)


## 其它
