# Prerequisites
## 基因組成
基因是由 **DNA** ， 一種叫做 **histone** 的蛋白質，以及一些其他的蛋白質所組成。DNA透過纏繞 histones 調整基因轉錄。其中，轉錄因子(TF)是只夠結合在某基因上的蛋白質，這些蛋白質能夠調控基因的轉錄，透過調控RNA聚合酶和DNA模板的結合。
## ChIP-Seq
### 功能
在DNA上會有很多蛋白質，這些蛋白質各有不同的作用。而ChIP-Seq便是一種工具，能夠決定某個特定的蛋白質結合的基因組位置。
### 步驟
1. 將DNA分段(因為電腦無法一次輸入太大筆的資料)
2. 給想要檢測的蛋白質附上抗體
3. 分離想要檢測的DNA片段
4. 將蛋白質去除
5. 將Sequence Adapter附著在準備好的基因兩端
6. PCR Amplify 這些 DNA
7. Sequences 和 去除不需要的輸入
8. 定位
9. 資料分析
## DNase-Seq
### 功能
DNase-Seq 也是一種工具，用來決定DNA中，nucleosomes間隔的片段。
### 步驟
1. 分割想要檢測的DNA片段
纏繞histones的DNA片段會妨礙機器讀取資料，因此我們需要將DNA片段分割。另一方面，結合其他蛋白質(TF等)的DNA片段會將nucleosomes分開(這些片段便是決定DNA功能的片段)，藉此我們便可以將這些DNA片段分開。這時，我們需要使用一種叫做DNase I的酵素，將DNA片段一一切下。
2. 將Sequence Adapter附著在準備好的基因兩端
3. PCR Amplify 這些 DNA
4. 資料分析
較常出現的基因片段會重疊(pile up)，而這些基因片段便是DNaseI Hypersensitive Sites(DHS)
**References**
[GuanLab/Leopard - GitHub](https://github.com/GuanLab/Leopard)
[StatQuest: A gentle introduction to ChIP-Seq](https://www.youtube.com/watch?v=nkWGmaYRues)
[轉錄因子- 維基百科，自由的百科全書](https://zh.wikipedia.org/zh-tw/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E5%9B%A0%E5%AD%90)
[DNase-Seq Introduction](https://www.youtube.com/watch?v=4VE44dAOe-g)
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