# Filogenia
## Programas para filogenia
[MEGAX](https://www.megasoftware.net/)
[Phylogeny.fr](http://www.phylogeny.fr/index.cgi)
[exemplo](https://github.com/janeckaj/sequence-data-files)
[iqtree](http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/)

## Conceitos principais
Conceito chave: Homologia
Estruturas homólogas têm o mesmo ancestral ou prevê-se que tenham o mesmo ancestral.

Genes ou proteínas ortólogos são homólogos que divergiram após eventos de especiação.
Genes de um ancestral comum que divergiu por espciacao

Genes ou proteínas parálogos são homólogos que divergiram como
consequência da duplicação do gene
Genes que divergiram por duplicacao no genoma da mesma especie


## Passo a passo
Escolha dos genes -> Alinhamento -> Construcao da arvore
### Alinhamento
Clustal
MAFFT
MUSCLE

### modelo de substituicao nucleotidica
Mutações no DNA do tipo **TRANSIÇÃO** são substituições de uma base pirimídica
por outra pirimídica, ex.: T→C ou C→T, ou de uma base púrica por outra púrica, Ex.:
A→G ou G→A. Logo há 4 possibilidades.
Por outro lado, Mutações no DNA do tipo **TRANSVERSÃO** ocorre quando bases
pirimídicas são substituídas por bases púricas, ex.: T→A, T→G, C→A, C→G, ou viceversa, bases púricas são substituídas por bases pirimídicas, Ex.: A→T, G→T, A→C,
G→C. Logo há 8 possibilidades.


Calculo tenta predizer quanto proximo sao os organismos

### algoritimo para construcao da arvore
Existem vários métodos:
Distância;
UPGMA;
Neighbor-Joining;
Baseado em uma matriz de distancia de pares
p-distance sofre devido a ocorrencia de multiplas substituicoes no mesmo sitio (A-C-G-A)
Necessita de um modelo evolucionario

Evolução Mínima;
Máxima Parcimônia;
Procura pela topologia com menor número de substituições;
A arvore mais simples possivel que explica os dados deve ser a escolhida (menor numero de substituicoes)
Subestima as mudancas evolutivas (menor arvore possivel)

Máxima Verossimilhança (mais usado);
Procura por uma topologia com melhor adequação a um
determinado modelo de substituição;

Inferência Bayesiana;
Baseado em probabilidade