# 小小醫資工程師-醫學影像分析師入門
## 06/08
Liver mass CT
https://radiologyassistant.nl/abdomen/liver/characterisation-of-liver-masses
https://hackmd.io/2QFjeso0QF6w0QiR9WiXxA?view
## 06/03
1. WSI 數位病理 FHIR 影像報告
- FHIR observation, 包含
-- referenced patient, serviceRequest...
-- obs.type, time
**-- code and value**
- 基於肝癌 條列有哪些種類肝癌 每種肝癌有哪些描述資訊(如大小、邊界、形狀...)
- NGS 次世代基因定序
--https://www.hl7.org/fhir/genomics.html
https://guide.104.com.tw/wow/job/2008003007
https://www.ptt.cc/bbs/SENIORHIGH/M.1527396712.A.27A.html
## 05/20
- https://hackmd.io/KKdnRe3_TXaFq_vR1_3rNQ?view
## 05/13
- https://hackmd.io/fXMotukJS1md0WjMI_zlTw#0513
## 05/11
- 研發遠距諮詢系統
- 需要後端驗證 token
-- 參考目前 Java 發展 C++ web server or Node.js
## 05/04
彬彬 mammo SR:
https://hackmd.io/zd9YYcQuTfSm3-HX9WF0ug
https://hackmd.io/@w7Qw2wVXT6-Smrvv3RWxEQ/r1_n2TiB5
## 05/02
- 整理 WSI 檢查流程對應的 FHIR resources
-- 後續討論每個 resources 需要那些欄位
- 用 drawio 改流程圖
- 撰寫 HIS and PIS 轉檔程式，將處方檢體等資料轉成 FHIR 標準規格上傳
-- 成大 雅加達慈院
-- https://build.fhir.org/specimen-mappings.html
- mammo report example
-- https://hackmd.io/zd9YYcQuTfSm3-HX9WF0ug?view
-- https://build.fhir.org/ig/HL7/fhir-breast-radiology-ig/StructureDefinition-MGFinding.html
-- https://documents.cap.org/protocols/cp-hepatocellular-17protocol-4000.pdf
## 04/29 FHIR SR
- 影像報告及病歷報告(癌病病歷):謝愛佳 洪彬彬 吳羽竺 黃宇婷
- 一種影像檢查可有多種發現，**每種發現有多個描述屬性，每個屬性可進一步規範其可填寫的詞彙編碼**，以此結構化描述影像檢查發現
-- Create report template for other report type Radiology report
- [RSNA structred report](https://www.rsna.org/covid-19/rsna-structured-reporting)
-- [Chest lung](https://radreport.org/home/16/2009-12-01%2000:00:00) 吳羽竺 黃宇婷 顏喨穎,鍾薏茜,楊辰茹 5/4 19:30
- Liver[RSNA CT or MR liver SR](https://radreport.org/home/50860/2021-07-21%2018:30:35), [肝病種類](https://chmuseum.klchb.gov.tw/web/Content/Content.aspx?c0=258) 蔡曜恩 龍昱璇 朱家儀 楊晏妮 5/2 晚上八點
- Dermatology(皮膚科) Skin Lesions- [1](https://www.healthline.com/health/skin-lesions#causes)、[2](https://www.merckmanuals.com/professional/dermatologic-disorders/approach-to-the-dermatologic-patient/description-of-skin-lesions)
- https://zh.wikipedia.org/wiki/%E4%B8%98%E7%96%B9
-- 洪彬彬 許博雅,張品蓁
- 影像檢查種類
-- 放射影像、光學影像(內視鏡、拍照、眼底鏡、數位顯微影像...)
- 檢查流程 (基於流程，產生對應的 resources)
-- Scheduled Workflow (SWF): 看診、開單、排程、照影、判讀打報告
--- https://mos2718.github.io/svgFHIR/Index.html
-- Encounter based: 病人到就醫部門(或醫護人員前往病人位置)、檢查(及判讀)、看診及處置
-- specimen exam: 手術採檢(含內視鏡及巨觀檢查)、檢體配置、顯微檢查
-- Patient-initiated image exam: 上傳影像(uplaod image)、加入描述說明(add meta data)主觀描述用 FHIR condition、授權存取、檢視判讀
## 0428
https://www.aiwalls.com/android%E8%BB%9F%E9%AB%94%E9%96%8B%E7%99%BC%E6%95%99%E5%AD%B8/22/17221.html
好處主要有兩個，一是容易更改要展現的內容（包括樣式），二、使用HTML提供呈現介面及內容，可以在瀏覽器、Aandroid APP、IOS APP 發跨平台應用
缺點:
- github 下載及發佈內容
-- 已發佈的範例 [數位內容]
https://github.com/mos2718/MICexp
https://github.com/mos2718/FHIRBeginnerPractices
網頁發佈到 楊承昊的 AWS server
https://docs.aws.amazon.com/zh_tw/codecommit/latest/userguide/getting-started.html
及連到其 FHIR server
## 0427
- https://www.ithome.com.tw/news/141639
https://www.researchgate.net/figure/Personal-health-record-PHR-and-electronic-health-record-EHR-relationships-IoT_fig1_312145087
- 鄭筑勻 吳嘉欣 房駿宜 蔡耀安 鄭昱威 5/3 討論
-- [ECG](https://hackmd.io/ESjpAB5ZRES_s2tucK9xxA#%E7%A8%8B%E5%BC%8F%E7%AF%84%E4%BE%8B)
-- Android web view 呈現網頁及波形圖
-- 手機 APP 內籤瀏覽器
-- 考慮在手機、平板、及筆電的排版效果
--- HTML canvas 及 CSS 標籤
-- https://www.w3schools.com/css/css3_mediaqueries_ex.asp
-- TPR 時間及量測數值之換算
-- https://ieeexplore.ieee.org/document/8101902/figures#figures
- SR
-- WADO
## SR
- https://hackmd.io/ovyre_HSQrSFzi-c2wHBdw
- https://hackmd.io/y3HAfYBoS-qT3gdwxDp3jQ?view
## FHIR 入門範例
- https://github.com/mos2718/FHIRBeginnerPractices
## 0422
- 生醫訊號折線圖 IoT 及生醫訊號處理
-- 賴忠裕 洪彬彬 莊舒雅
-- 房駿宜 蔡耀安 黃怡萍 蔡昀容 許博雅
- 雲端主機人員組織及資安: (蕭文榮 李晉宇) 謝愛佳 莊舒雅
-- 楊晏妮 林毓文 朱家儀 丘宸安 侯柏志 陳敬迪
- 手機 APP 內籤瀏覽器
-- 鄭筑勻 吳嘉欣
## 0413 醫資專家及種子教師群組
- 雲端主機人員組織及資安: (蕭文榮 李晉宇) 謝愛佳 莊舒雅
-- Add OAuth mechanism to authenticate target health care provider API
-- Authorize Medical Record to other practitioner page
楊晏妮
林毓文
朱家儀
丘宸安
侯柏志
張晉嘉
鍾薏茜
4/20
FHIR 主機
裝 linux 申請固定 IP 及可 SSH
人員組織
- IoT 及生醫訊號處理 賴忠裕
-- 房駿宜 蔡耀安 黃怡萍 蔡昀容 107316138許博雅 107316138張品蓁
4/18 晚上八點
- 影像報告及病歷報告(癌病病歷):謝愛佳 洪彬彬 吳羽竺 黃宇
-- Create report template for other report type Radiology report
顏喨穎
鍾薏茜
趙立乘
楊辰茹
鄭筑勻
龍昱璇
朱家儀
吳嘉欣
楊晏妮
蔡曜恩
## FHIR 網頁表單
## DICOM 解析
DICOM IOD 的用途
VS DUMP DICOM Tag 安裝及使用
show hexdump 分析 DICOM 及其他檔案
4/15,22
老師 好,我們目前在準備111年度計畫書,不知道老師或學校這裡有沒有要打工的學生,主要工作是協助健康福祉文件整理及程式註解說明,我們會持續進行程式正規化,學生可以參與系統及程式正規化的說明,取得線上正式系統的實務經驗,對於未來就業應該會有幫助
## 04/06
- FHIR observation and diagnosticReport
-- observation 可代表影像發現
-- diagnosticReport 參考到 observation 並給與assessment 臆斷 and suggestion 處置建議
- [HTML basic]( https://mos2718.github.io/js2020/Index.html)
## 04/01
FHIR JS codes
https://github.com/mos2718/FHIRBeginnerPractices
https://developer.nhs.uk/apis/itk3nationalpathology-1-0-0/explore_diagnostic_report.html
https://confluence.ihtsdotools.org/download/attachments/87042641/201912_Karim_Nashar_IM.pdf?version=1&modificationDate=1573141121000&api=v2
- 顏:造口
-- 手術紀錄 造影 評估(AI) 雲端儲存
- C# 繪圖
-- JSON, HTTP, 處理 JPG
- 表單
-- 疫苗資料(Medication Request)
評估資料(Immunization Evalution)
觀察資料(Observation)
疫苗表單 : 批號、日期、品牌。
評估表單:日期、是否發燒/感冒症狀
觀察表單:頭暈、想吐、心悸
- 常見系統
-- 人員組織管理
-- 雲端影像及紀錄儲存
-- 授權
https://www.vac.gov.tw/vac_home/changhua/mp-207.html
##
- Open SSL
DICOM structured reporting
parser DICOM DICOM SR DICOM RT
https://miro.com/app/board/uXjVOBlN_P4=/
## 03/26
- TPR
https://www.semanticscholar.org/paper/Study-on-the-Feasibility-of-NFC-P2P-Communication-Huang-Chang/227095f668149cd7cb3e22a8f9cdfd8e941fd65e/figure/10
## 03/28
- https://jerrynest.io/app-android-webview/
- https://www.youtube.com/watch?v=mZOnjGPF-9w
- github annount
- github 上發布網頁
- https://mos2718.github.io/t/Index.html
- https://mos2718.github.io/W1/GitPPTs/index.html
## 03/25
-[BMD](https://build.fhir.org/observation-example-bmd.json.html)
https://fiend1120.pixnet.net/blog/post/193711428-android-http-get-%E5%8F%8A-post-
android studio browser
https://www.youtube.com/watch?v=mZOnjGPF-9w
- https://www.jubo-health.com/homeservice
- https://github.com/mos2718/FHIRBeginnerPractices
- http://hapi.fhir.org/baseR4/Patient/2861232
## 03/23
1.user login
2.list of encounter, select a patient
3. add serviceRequest
## 03/18
- 請下載此範例跑看看
https://github.com/mos2718/drawD
https://emr.mohw.gov.tw/FHIRemr/WebSite1/Default.aspx
RSNA
https://www.sohu.com/a/358025530_668211
http://203.64.84.113/t/DICOM/index.htm
## 03/16
https://hackmd.io/S8CrTQGxS4irYN2lH7SKvQ?view
## 03/09
- 繪製曲線圖
```htmlembedded=
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<script src="ECGdat.js"></script>
</head>
<body>
<canvas id="myCanvas" width="1000" height="600" style="border:1px solid #070707;">
Your browser does not support the HTML5 canvas tag.</canvas>
<script>
w=[{"age":1,"weight":5},
{"age":2,"weight":7},
{"age":3,"weight":8},
{"age":7,"weight":20},
{"age":12,"weight":50}];
//alert(w[3].weight);
var c = document.getElementById("myCanvas");
var ctx = c.getContext("2d");
ctx.beginPath();
ctx.lineWidth = 2;
ctx.strokeStyle ="#0000FF"; // red;
ctx.moveTo(100, 500);
ctx.lineTo(800, 500);
ctx.moveTo(100, 0);
ctx.lineTo(100, 500);
ctx.stroke();
ctx.strokeStyle ="#FF0000"; //"green";
ctx.lineWidth =1;
x = w[0].age * 50 + 100;
y = 500 - w[0].weight * 10;
ctx.moveTo(x,y);
for(i=1;i<5; i++)
{
x = w[i].age * 50 + 100;
y = 500 - w[i].weight * 10;
ctx.lineTo(x,y);
}
ctx.stroke();
</script>
</body>
</html>
```
-
```htmlembedded=
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<script></script>
</head>
<body>
<canvas id="id1" width="600" height="450"></canvas>
<script type="text/javascript">
var c=document.getElementById("id1");
var ctx=c.getContext("2d");
ctx.beginPath();
ctx.lineWidth = 2;
ctx.strokeStyle ="#FF0000"; // red;
ctx.moveTo(0, 300);
ctx.lineTo(800, 300);
ctx.stroke();
</script>
</body>
<html>
```
## 03/5
-https://www.w3schools.com/html/html5_canvas.asp
- https://www.w3schools.com/howto/tryit.asp?filename=tryhow_js_animate_3
- https://www.w3schools.com/graphics/game_intro.asp
## 03/2
<!DOCTYPE html><html><body>
<svg height="600" width="800">
<image x=100 y=0 href="CT_AR.jpg" height="256" width="256"/>
</svg>
</body></html>
https://drive.google.com/file/d/18yfkb4ANTjSM9Ag0DIud5G-OvYkxl-mn/view?usp=sharing
https://drive.google.com/file/d/1u2EdiKgt13TmCfuZ3Dky8pHxqrdTLhvx/view?usp=sharing
## 02/25
- RadiAnt DICOM viewer
--https://hackmd.io/0omT5yAfS96xK4yV49TRdg
-- 可再加安裝說明
-- 找看看哪裡可下載或取得 DICOM 檔
- mouse down move up 楊辰如
- https://www.w3schools.com/graphics/tryit.asp?filename=trysvg_rect2
## 主題: 醫學影像解析、量測、及定位
## 現況
- 醫學影像臨床用途廣泛，但現行醫學、放射、醫資等科系師生普遍不熟悉:
-- 醫學影像造影流程
-- 產生的 DICOM 資料規格，以利進一步分析
-- 影像及定位機制: 螢幕、影像、人體三者的座標關係
- 若能了解上述醫學影像知能，在醫學資訊領域有非常多的應用值得發展。其所需知能並不困難，但同學們對此普遍陌生，無法應用將所學數理及資訊知能在影像醫學領域進一步應用，甚為可惜。
## 需求
- 影像結構化報告
- 影像數位學習
- 引像導引立體定位
## 課程連結
- [課程簡介及電腦繪圖入門](https://mos2718.github.io/FHIR_PACS/Index.html)
- [繪製醫學影像範例程式](https://github.com/mos2718/drawD)
## 目的
- 設計入門教材及活動，以了解
-- 醫學影像成像原理、[造影流程](https://hackmd.io/8LBuD4JZSqKRwbslAkD_LA?view)
-- 產生的資料規格(DICOM)
-- 資料處理分析: 影像呈現、量測、座標轉換及定位
-- 及應用需求: 影像標記及結構化報告、影像分析系統(AI)與 PACS 整合應用、QIBA 影像量化分析
- 扎根培育醫療及資訊跨域開發人才
##
- 活動及宣傳
- 內容美化
- **影像知識傳承及管理**
-- 專科影像教學
-- froum
## 活動
- 晉江街 台大師大
- 應用需求線上專家會議
-- 醫院、大學、業界合作提出需求
-- 影像量化分析在診斷及治療的應用、設計影像報告、網頁教案、與 AI 整合
- JS 前端基礎教育訓練(HTML、JS、Canvas 繪圖)
- FHIR 影像檢查流程教育訓練
-- 視訊 + 線上介紹
-- 介紹相關 FHIR resources 在檢查流程的應用
- 醫學影像網頁應用教育訓練
-- JS 分析及呈現醫學影像
-- 設計影像網頁報告
## https://timetable.nycu.edu.tw/?r=main/crsoutline&Acy=109&Sem=2&CrsNo=A953&lang=zh-tw
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