# First meeting Data Analysis - NEBULA

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###### tags: `Data analysis` `Meeting`

:::info
- **Location:** Visio
- **Date:** 20/11/2023 - 09h00
- **Ordre du jour**
1. Présentation Projet
> [name=BG]
2. Définition de la nature de la collaboration, des délais et délivrables
> [name=all]
- **Participants:**
- Olivier Rué (OR)
- Mahendra Mariadassou (MM)
- Bénédicte Goustard (DMEM)
- Christelle Ramonatxo (CR)
- Anthony Coste (AC)

:::

You ask for: collaboration
Category: bioinformatics
Your study is designed for: metagenomics
Project name: NEBULA
Aim of the project:
The aim of the study was to explore the impact of a specific preparation
protocol prior to induction of microgravity on the composition of the
intestinal microbiota. Physical exercise will be carried out according to
current practices on board the ISS, i.e. a combination of endurance exercise
(treadmill) and resistance exercise (weighted climbing). 40 C57B6J mice will
be divided into two groups, a control group and a preconditioning group (9
sessions of endurance exercise and 9 sessions of resistance exercise). After
3 weeks of preconditioning, we collected the faeces of all mice from each
group assess the impact of preconditioning on the composition of the
intestinal microbiota. Among those mice, 10 from each group will be suspended
in accordance with the double suspension model to mimic the effects of
microgravity during 21 days. At the end of this period, the faeces were
collected to assess the effects of the suspension on the composition of the
gut microbiota and to observe the impact of preconditioning.

All your data are available: Yes
Number of samples: 59
Sequencing technology: illumina
Expected deliverables:
Abundance table alpha and beta diversity and correlations...

Expected deadline: 02/26/2024
Name: Goustard
Surname: Bénédicte
Email: [e-mail]
Institute or Company: INRAE
City: Montpellier
Country: France

:bar_chart: Description du projet et des besoins
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V3-V4 avec les mêmes primers que d'habitude, seront envoyées par filesender


effet entrainement HIIT (préconditionnement)
20 souris contrôle (C1 à C20) + 20 souris entraînement (21 à E20)
différence microbiote entre les 2 groupes
données physiologiques aussi -> lien entre hypertrophie et microbiote ?

certaines souris ont été suspendues (simulation microgravité) S1 à S20 sont C11 à C20 qui ont été suspendues
ES1 à ES10 sont E11 à E20 entrainées

longitudinal ->

suspension modifie microbiote ?

2 questions d'intérêt:
- Effet de l'entraînement en HIIT sur le microbiote (C1-20 versus E1-20)
- Effet de la suspension sur le microbiote dans les individus non entraînés (S1-S10 versus C11-C20, en longitudinal)
- Effet de la suspension sur le microbiote dans les individus entraînés (ES1-ES10 versus E11-E20, en longitudinal), en particulier est-ce que l'entraînement mitige l'effet de la suspension.

:dart: Délivrables
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- site web
- analyses
- Effet de l'entraînement, de la suspension, de l'interaction ent. x suspension
- Analyses de diversité classique (éventuellement en longitudinal)
- Analyses de delta de diversité
- Analyse discrimantes (pour vérifier si le microbiote est prédicteur du "groupe")

:calendar: Deadline
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- Fin février

## Réunion de restitution 29/03/2024

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