# siRNA/CRISPRガイドRNAの標的配列を挟むPCRプライマーの自動設計

塩基配列（例：agattaagtacacgggcttcagg, マウス）からスタートして、PCRプライマーを自動設計できるとよい。

### 塩基配列からゲノム座標へ

GGGenomeを利用：
https://gggenome.dbcls.jp/mm39/agattaagtacacgggcttcagg.bed

track name=GGGenome description="GGGenome matches"
chr8	105897935	105897958	.	0	+

この周囲の塩基配列を取得して [Primer 3](https://bioinfo.ut.ee/primer3/) に投げればよい。

### ゲノム座標から塩基配列の取得 (UCSC API)

UCSCゲノムブラウザに表示されている情報はAPIから取得できる。

参考： http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/api.html

たとえば上記の前後に200bpずつ加えて塩基配列を取得する：

https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence?genome=mm39;chrom=chr8;start=105897735;end=105898158

`jq` コマンドを使えば配列のみ切り出せる：

curl -s 'https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence?genome=mm39;chrom=chr8;start=105897735;end=105898158' \
  | jq -r .dna

結果

GGGGAGGAGAAAAGTTTGAGCGGCTCGGTTGCCGGGAAGCCCCCGGGACGGCGCGCCGGCCGAGGGGGAATCTCGCCCCGGCAAGCAGTCCGCCCACAGGCTCTGCTTGCCCTTATCGGAGCCgcggggagcgggcgggcgggccggcgggTGCCGCCGCGGATTTGACTCCTGATTTCGGGGCCGTCTCTCTGCCTTGCAGATTAAGTACACGGGCTTCAGGGACCGGCCCCACGAGGAGCGCCAGACACGCTTCCAGAACGCCTGCCGCGACGGTCGCTCGGAGATCGTAAGTCGCCGGGGAGGGACCCCCCCACCCTACCCCCGGTGCGCGCGGGGAGGCCGCGGGGACCCAGGCGCGCGCCAGTCACTTGTTGCGCGCGGCCCCGGGCGTGTTCCGGACGGCGCCGCGGACGCTGCGGC

curl -X POST -F SEQUENCE_TEMPLATE=GGGGAGGAGAAAAGTTTGAGCGGCTCGGTTGCCGGGAAGCCCCCGGGACGGCGCGCCGGCCGAGGGGGAATCTCGCCCCGGCAAGCAGTCCGCCCACAGGCTCTGCTTGCCCTTATCGGAGCCgcggggagcgggcgggcgggccggcgggTGCCGCCGCGGATTTGACTCCTGATTTCGGGGCCGTCTCTCTGCCTTGCAGATTAAGTACACGGGCTTCAGGGACCGGCCCCACGAGGAGCGCCAGACACGCTTCCAGAACGCCTGCCGCGACGGTCGCTCGGAGATCGTAAGTCGCCGGGGAGGGACCCCCCCACCCTACCCCCGGTGCGCGCGGGGAGGCCGCGGGGACCCAGGCGCGCGCCAGTCACTTGTTGCGCGCGGCCCCGGGCGTGTTCCGGACGGCGCCGCGGACGCTGCGGC \