# 生命科学を支える塩基配列データベース・ウェブツール

東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科
内藤 雄樹（[自己紹介](https://researchmap.jp/meso_cacase/)）
2023年4月24日「情報生命工学」資料

- [スライドPDF](https://data.dbcls.jp/~meso/pdf/20230424_naito.pdf)

講義で紹介するデータベースやウェブツールへのリンクです。

### Integbioデータベースカタログ ###

[](https://integbio.jp/dbcatalog/)

- Integbioデータベースカタログ – https://integbio.jp/dbcatalog/
- 統合TVによる解説動画
- [Integbioデータベースカタログの使い方 2017](https://togotv.dbcls.jp/20171004.html)

### 統合TV ###

[](https://togotv.dbcls.jp/)

- 統合TV – https://togotv.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- [統合TVによる統合TVの使い方](https://togotv.dbcls.jp/welcome/guide.html)

### NCBI ###

[](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

- NCBI - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

### NCBI BLAST ###

[](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)

- NCBI BLAST - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

### UCSC BLAT ###

[](https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat)

- UCSC BLAT - https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
- 配列を探してみよう - tgaatgaagacgatcgactcaaattcacagctccacaggatggaattcttcttaacaaagctcgacaattcgga （線虫）
- 統合TVによる解説動画
- [高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009](https://togotv.dbcls.jp/ja/20090619.html)

### UCSCゲノムブラウザ ###

[](https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks)

- UCSCゲノムブラウザ – https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks
- 統合TVによる解説動画
- [UCSC Genome Browserの使い方〜基本編](https://togotv.dbcls.jp/ja/20091113.html)
- [UCSC Genome Browserの使い方〜表示編](https://togotv.dbcls.jp/ja/20091126.html)
- [UCSC Genome Browser の使い方〜アノテーショントラック編〜](https://togotv.dbcls.jp/ja/20100722.html)
- [UCSC Genome Browserの使い方〜wig形式のファイルをトラックとして追加する〜](https://togotv.dbcls.jp/ja/20120116.html)
- [UCSC Genome Browserの使い方〜表示+ENCODE編〜 2012](https://togotv.dbcls.jp/ja/20120528.html)
- [UCSC genome browserの使い方～配列取得編～2013](https://togotv.dbcls.jp/ja/20131113.html)

### 統合遺伝子検索GGRNA ###

[](https://GGRNA.dbcls.jp/)

- 統合遺伝子検索GGRNA - https://GGRNA.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- [GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する](https://togotv.dbcls.jp/ja/20120124.html)
- ヒトのnanogを検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
- Accession番号から検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
- 塩基配列から検索
- 14bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattgc
- 11bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagat
- 8bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaaga
- アミノ酸配列から検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
- PCRプライマー検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
- マイクロアレイのプローブ検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

### 高速配列検索GGGenome ###

[](https://GGGenome.dbcls.jp/)

- 高速配列検索GGGenome – https://GGGenome.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- [高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方](https://togotv.dbcls.jp/ja/20131025.html)
- [GGGenome《ゲゲゲノム》で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する](https://togotv.dbcls.jp/ja/20150721.html)
- ミスマッチやギャップを含む検索 – https://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA
- 表計算ソフトで塩基配列検索
- [Googleスプレッドシート](https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0AqoKv30zqpDbdHJpSFI1SzJOZmxjVkYzUXByMFhrWWc&usp=sharing#gid=0) を参照
- 検索結果をゲノムブラウザ上に表示
1. UCSCゲノムブラウザ (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks)
2. 「add custom tracks」ボタン
3. 「https://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力

### CRISPR設計ウェブサーバCRISPRdirect ###

[](https://crispr.dbcls.jp/)

- CRISPRdirect - https://crispr.dbcls.jp/
- 統合TVによる解説動画
- [CRISPRdirectを使ってCRISPR/Cas法のガイドRNA配列を設計する](https://togotv.dbcls.jp/ja/20140412.html)

### 参考：各生物種のゲノム ###

- NCBI Genome - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/
- Ensembl Genomes - https://ensemblgenomes.org/
- 昆虫はEnsembl Metazoa - https://metazoa.ensembl.org/
- 植物はEnsembl Plants - https://plants.ensembl.org/

### おまけ：研究に役立つウェブツール ###

- siRNA設計ツールsiDirect - https://siDirect2.RNAi.jp/
- 統合TVによる解説動画
- [siDirectでsiRNAを設計する2011](https://togotv.dbcls.jp/ja/20110606.html)
- [siDirectのオプションを使いこなす & shRNAを設計する](https://togotv.dbcls.jp/ja/20110712.html)

[](https://siDirect2.RNAi.jp/)

- テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》(https://difff.jp/)
- 統合TVによる解説動画
- [difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》を使って文章の変更箇所を調べる](https://togotv.dbcls.jp/ja/20130828.html)

[](https://difff.jp/)

- TogoDB (https://togodb.org/)
- 統合TVによる解説動画
- [TogoDBの使い方 自分のデータベースを作る](https://togotv.dbcls.jp/ja/20100807.html)

[](https://togodb.org/)

- 研究者の情報を調べるためのツール
- 研究成果から
- 日本の博士論文をさがす CiNii Dissertations - https://ci.nii.ac.jp/d/
- 特許情報プラットフォーム J-PlatPat - https://www.j-platpat.inpit.go.jp/
- 研究資金から
- 科研費採択課題 KAKEN - https://kaken.nii.ac.jp/
- 日本の研究.com - https://research-er.jp/
- 本人が発信する情報から
- researchmap - https://researchmap.jp/
- Facebook - https://www.facebook.com/
- Twitter - https://twitter.com/

- 参考
- 小野浩雅 編『[バイオDBとウェブツール ラボで使える最新70選](https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758104067/)』実験医学増刊 2022年10月発行
- 内藤雄樹 編『[今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100](https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758103435/)』実験医学増刊 2014年12月発行

License
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Copyright ©2023 Yuki Naito ([@meso_cacase](https://twitter.com/meso_cacase)) at
Tokyo Medical and Dental University, Japan.
Licensed under [CC-BY 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.ja).