Conocer el sistema de marcación de artículos científicos JATS
(Formato, versiones, alternativas, puntos fuertes/débiles…)
Analizar el estado de los módulos de OJS3 para un workflow editorial basado en XML JATS.
Definir una estrategia para adoptar la nueva tecnología.
Fuente: https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_Article_Tag_Suite
XML? NISO? Estándar? de facto? Acceso abierto? …
JATS es un formato para modelar artículos científicos que está basado en XML y se está convirtiendo en el estándard de facto y de jure (ANSI/NISO) de la industria editorial.
La especificación define un conjunto de etiquetas y atributos XML para estructurar los metadatos de los artículos científicos, pero también, su contenido (texto, imágenes, referencias).
Fue creado para ser leído por máquinas y facilitar así la recuperación de la información, la interoperabilidad entre sistemas y la transformación automática a otros formatos.
- No me digas más… ¿me voy a ahorrar la maquetación de los PDFs?
JATS es un formato para modelar artículos científicos que está basado en XML y se está convirtiendo en el estándard de facto y de jure (ANSI/NISO) de la industria editorial.
…
The JATS Preview stylesheets, and the earlier NLM stylesheets, were developed for NCBI by Mulberry Technologies, Inc.
Fuente: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK189779.
Tommie Usdin
Deborah Aleyne Lapeyre
POSITIVO
NEGATIVO
POSITIVO
NEGATIVO
POSITIVO
NEGATIVO
Fuente: http://tei-l.970651.n3.nabble.com/Scholarly-journals-publishing-in-TEI-td4032159.html
POSITIVO
NEGATIVO
¡¡JATS es el formato es el futuro!!
¿Latex - 1984 | PDF - 1993 | EPUB - 2007 | JATS - 2017 | TEI, Schema, DAR?
JATS es un formato para modelar artículos científicos que está basado en XML y se está convirtiendo en el estándard de facto y de jure (ANSI/NISO) de la industria editorial.
La especificación define un conjunto de etiquetas y atributos XML para estructurar los metadatos de los artículos científicos, pero también, su contenido (texto, imágenes, referencias).
…
Meta-lenguaje | Estructuración | Intercomunicación
Árbol XML: Los documentos XML tienen una estructura jeràrquica que puede representarse en forma de àrbol, con una raiz y múltiples ramas.
Metadatos: Front | Contenido: Body + Back
(ESTOOO… ¿HAY ALGUIEN DE REDALYC EN LA SALA?)
Fuente: https://xmljatsredalyc.org/2016/08/15/preguntas-frecuentes
El formato XML JATS4R puede considerarse como un documento de preservación digital de un artículo científico.
¿sería o podría?
JATS es todavía un formato joven. Modela metadatos y contenido pero no incluye los documentos asociados (que se enlazan). No incluye la presentación del documento, que es importante preservar. En definitiva: JATS no es un formato "auto-contenido" que conserve de forma íntegra los artículos, como si lo hacen otros formatos. Por eso la ISO establece que PDF es el formato estándar para la preservación de larga duración.
Reflexión: Obsolescencia del formato
Aparte de que permite ser enviado, garantizando su compatibilidad, a cualquier sistema científico de publicación que esté utilizando el estándar JATS…
¿Han cargado un JATS de SciELO en Redalyc o viceversa? Todo bien ¿no?
Nombren 10 sistemas de publicación científica que usen JATS.
El formato no está plenamente consolidado y existen múltiples variaciones del mismo que pueden ser incompatibles entre si:
Reflexión: Carta de Redalyc a SciELO.
…puede además ser considerado el archivo de respaldo por excelencia, ya que perdurará incluso más que un documento PDF, debido a que contiene el texto puro sin ningún estilo o formato que puede corromper el mismo, lo cual permitirá su visibilidad en el futuro con sólo generar alguna hoja de estilo que así lo permita.
¿respaldo? ¿excelencia? ¿los PDFs caducan?
¿los estilos corrompen el contenido? ¿ves el futuro?
JATS modela un artículo separando el contenido de la presentación lo que es una buena idea, pese a no ser original (ya lo hacía TEI, LaTeX, XHTML, ePUB, incluso PDF… o como hace schema.org).
JATS no hace magia.
Reflexión: ¿Cómo presentar un XML?
…
Creado en la NLM, se diseña para ser leído por máquinas, para facilitar la recuperación de la información, la interoperabilidad entre sistemas y la transformación automática a otros formatos.
Un formato que permite marcar contenidos y metadatos y separar contenido de presentación, ofrece datos fácilmente procesables por:
Motores inteligentes | Clasificación automática | Minería de datos …
Fuente: https://ehrintelligence.com/news/top-5-challenges-to-achieving-healthcare-interoperability
Usar un mismo formato y consensuar las especifiaciones, facilita el intercambio de información entre sistemas.
Crítica: http://tei-l.970651.n3.nabble.com/Scholarly-journals-publishing-in-TEI-td4032159.html
La transformación a múltiples formatos es técnicamente posible, aunque a fecha de hoy, el coste de los desarrollos y las adaptaciones de formato resultan complicados.
XML es una tecnología compleja, hay que lidiar con las versiones y existen pocos desarrollos libres para su análisis y procesado.
Fuente: https://www.espacecourbe.com/en/design/expertise/dev-xml-xslt
DTDs, XML Schema… | XSL, XSL-FO… | XSLT
Fuente: https://www.nytimes.com/2017/01/05/nyregion/new-york-documents-archives-records.html
El formato conserva los metadatos, cuerpo y referencias (por eso se define a si mismo como diseñado para el "archivo"), pero no incluye las imágenes y el resto de materiales asociados al artículo. Al no estar autocontenido, consideramos que NO es un formato adecuado para la preservación.
Reflexión: Carta de Redalyc a SciELO.
¿Tal vez el estándar, no es muy estándar?
¿CAFEÍNA?
Cabecera XML: Información del estándar (versión) utilizado, codificación, etc.
Front: Metadatos del artículo y la revista (títulos - multidioma, fechas, tipo de publicación, derechos de autor, URL, DOI, keywords, volumen, número, etc.)
Body: Texto del artículo con referencias a las imágenes o los materiales asociados.
Back: Información de apoyo o complementaria al texto principal (referencias, notas, agradecimientos, apéndices y glosarios)
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<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Archiving DTD v1.0 20120330//EN" "https://jats.nlm.nih.gov/archiving/1.1/JATS-archivearticle1.dtd">
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<article-title>Cultural subcapitalist theory in the works of Joyce</article-title>
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<surname>Bria Ramírez</surname>
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<year>2019</year>
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<body>
<p>Cultural subcapitalist theory in the works of Joyce</p>
<p>Stephen Wilson</p>
<p>Department of Politics, Harvard University</p>
<p>1. Consensuses of failure</p>
<p>“Society is intrinsically elitist,” says Marx; however, according to Von Junz (Von Junz, 1973) , it is not so much society that is intrinsically elitist, but rather the absurdity of society. It could be said that Sartre uses the term ‘Baudrillardist simulacra’ to denote not narrative, but neonarrative.</p>
<p>The collapse, and subsequent fatal flaw, of the neocapitalist paradigm of discourse which is a central theme of Joyce’s Finnegan’s Wake is also evident in Ulysses.</p>
<p>In the works of Joyce, a predominant concept is the concept of textual reality. Thus, Debord uses the term ‘Baudrillardist simulacra’ to denote the bridge between class and sexual identity. The subject is interpolated into a postcultural paradigm of context that includes language as a whole.</p>
<p>Let’s see what happens with <bold>bold</bold>, <italic>italic</italic>, underlines, , <sup>upper</sup> and <sub>lowercase</sub> formating.</p>
<p>If one examines the neocapitalist paradigm of discourse, one is faced with a choice: either reject cultural subcapitalist theory or conclude that the significance of the participant is significant form. Therefore, Sartre suggests the use of capitalist subconstructivist theory to read art. If the neocapitalist paradigm of discourse holds, we have to choose between the modern paradigm of reality and predeconstructivist rationalism.</p>
<p>“Sexual identity is part of the dialectic of language,” says Debord; however, according to Porter (Porter, 1988) , it is not so much sexual identity that is part of the dialectic of language, but rather the paradigm,</p>
<p>and eventually the dialectic, of sexual identity. But the premise of Baudrillardist simulacra suggests that society, surprisingly, has objective value. The subject is contextualised into a neocapitalist paradigm of discourse that includes narrativity as a paradox.</p>
<p>Thus, Sontag’s essay on capitalist discourse holds that government is a legal fiction. Any number of narratives concerning the neocapitalist paradigm of discourse may be revealed.</p>
<p>However, Lacan promotes the use of cultural subcapitalist theory to attack sexism. An abundance of discourses concerning the collapse, and hence the dialectic, of subsemiotic class exist.</p>
<p>But the premise of the capitalist paradigm of expression states that art is capable of deconstruction, given that Baudrillardist simulacra is valid. The subject is interpolated into a Baudrillardist hyperreality that includes reality as a reality.</p>
<p>However, many depatriarchialisms concerning Baudrillardist simulacra may be discovered. The premise of postmaterialist discourse implies that culture serves to reinforce class divisions.</p>
<p>It could be said that Hamburger (Hamburger, 1979) states that we have to choose between Baudrillardist simulacra and cultural theory. The subject is contextualised into a cultural subcapitalist theory that includes language as a paradox.</p>
<p>2. The neocapitalist paradigm of discourse and neocapitalist feminism</p>
<p>“Consciousness is part of the rubicon of language,” says Sontag. Therefore, if Foucaultist power relations holds, we have to choose between cultural subcapitalist theory and dialectic narrative. Drucker (Drucker, 1981) suggests that the works of Fellini are not postmodern.</p>
<p>In the works of Fellini, a predominant concept is the distinction between without and within. However, Lacan’s critique of the neocapitalist paradigm of discourse states that the Constitution is fundamentally unattainable, but only if narrativity is interchangeable with art; otherwise, Sartre’s model of precultural Marxism is one of “patriarchialist postdialectic theory”, and thus</p>
<p>part of the fatal flaw of culture. The main theme of Humphrey’s (Humphrey, 1992) essay on cultural subcapitalist theory is not, in fact, discourse, but subdiscourse.</p>
<p>But any number of desituationisms concerning the difference between sexual identity and class exist. Derrida uses the term ‘the neocapitalist paradigm of discourse’ to denote the role of the observer as artist.</p>
<p>It could be said that a number of constructions concerning neocapitalist textual theory may be found. If neocapitalist feminism holds, we have to choose between the neocapitalist paradigm of discourse and prematerial narrative.</p>
<p>Therefore, the subject is interpolated into a neocapitalist feminism that includes narrativity as a reality. The primary theme of the works of Fellini is the stasis, and eventually the meaninglessness, of capitalist sexuality.</p>
<p>But the within/without distinction prevalent in Fellini’s Satyricon emerges again in Amarcord, although in a more postpatriarchialist sense. The subject is contextualised into a cultural subcapitalist theory that includes culture as a totality.</p>
<p>3. Fellini and neocapitalist feminism</p>
<p>“Sexual identity is meaningless,” says Sontag. Therefore, the premise of cultural subcapitalist theory implies that society has intrinsic meaning. Foucault suggests the use of the neocapitalist paradigm of discourse to modify and challenge class.</p>
<p>“Sexual identity is part of the dialectic of truth,” says Debord; however, according to Finnis , it is not so much sexual identity that is part of the dialectic of truth, but rather the defining characteristic,</p>
<p>and hence the collapse, of sexual identity. Thus, Parry states that we have to choose between cultural subcapitalist theory and the dialectic paradigm of expression. Bataille promotes the use of the neocapitalist paradigm of discourse to deconstruct sexism.</p>
<p>Every good article need to include a table:</p>
<table-wrap>
<table>
<tr>
<td>
<bold>
<italic>Something</italic>
</bold>
</td>
<td>
<bold>
<italic>Somethoughs</italic>
</bold>
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<bold>
<italic>My thing</italic>
</bold>
</td>
<td>
<bold>
<italic>0</italic>
</bold>
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<bold>
<italic>Your thing</italic>
</bold>
</td>
<td>
<bold>
<italic>0</italic>
</bold>
</td>
</tr>
</table>
</table-wrap>
<p>Tabla 1: Some thoughts about something</p>
<p>In the works of Fellini, a predominant concept is the concept of pretextual reality. However, the subject is interpolated into a cultural subcapitalist theory that includes truth as a whole. The characteristic theme of Tilton’s critique of dialectic desituationism is not narrative, as the neocapitalist paradigm of discourse suggests, but postnarrative.</p>
<p>But the subject is contextualised into a Sontagist camp that includes reality as a reality. An abundance of constructions concerning the futility, and eventually the stasis, of presemanticist truth exist.</p>
<p>It could be said that the subject is interpolated into a neocapitalist paradigm of discourse that includes consciousness as a whole. A number of discourses concerning cultural subcapitalist theory may be revealed.</p>
<p>But the subject is contextualised into a neocapitalist feminism that includes truth as a totality. Baudrillard uses the term ‘the neocapitalist paradigm of discourse’ to denote the common ground between sexual identity and consciousness.</p>
<p>Thus, the primary theme of the works of Fellini is not deappropriation, but subdeappropriation. Many discourses concerning the difference between sexual identity and culture exist. Main approaches are:</p>
<list>
<list-item>
<p>Patriarchal discourse.</p>
</list-item>
<list-item>
<p>Division of labor.</p>
</list-item>
<list-item>
<p>Definition of self.</p>
</list-item>
<list-item>
<p>Queer theory. </p>
</list-item>
</list>
<p>But the characteristic theme of Brophy’s model of the neodialectic paradigm of consensus is a mythopoetical whole. The subject is interpolated into a neocapitalist feminism that includes narrativity as a totality.</p>
<p>4. Patriarchial subdialectic theory and cultural discourse</p>
<p>“Sexual identity is used in the service of sexist perceptions of sexuality,” says Lacan. It could be said that if cultural discourse holds, we have to choose between the neocapitalist paradigm of discourse and the postsemiotic paradigm of discourse. Dahmus (Dahmus, 1995) holds that the works of Fellini are an example of self-referential nationalism.</p>
<p>If one examines textual theory, one is faced with a choice: either accept the neocapitalist paradigm of discourse or conclude that consensus must come from the collective unconscious. Therefore, Derrida suggests the use of cultural discourse to modify sexual identity. The subject is contextualised into a neocapitalist paradigm of discourse that includes consciousness as a</p>
<p>reality.</p>
<p>Let’s go with a formula simple:</p>
<p>Or with a more complex one:</p>
<p>It could be said that in Satyricon, Fellini analyses Baudrillardist simulation; in La Dolce Vita, although, he examines cultural subcapitalist theory. Marx promotes the use of subsemantic construction to attack sexism.</p>
<p>Thus, the primary theme of the works of Fellini is the failure, and thus the absurdity, of textual narrativity. The subject is interpolated into a cultural discourse that includes language as a whole.</p>
<p>But an abundance of destructuralisms concerning cultural subcapitalist theory may be found. The neocapitalist paradigm of discourse suggests that society, somewhat paradoxically, has objective value.</p>
<p>It could be said that Debord suggests the use of cultural discourse to read and analyse reality. The main theme of Brophy’s (Brophy, 1980) analysis of cultural subcapitalist theory is a dialectic totality. </p>
<p>References</p>
<p>Brophy, R. O. (1980). <italic>Deconstructing Social realism: The neocapitalist paradigm of discourse, nationalism and the postpatriarchial paradigm of context.</italic> (1980.<sup>a</sup> ed.). Harvard University Press.</p>
<p>Dahmus, S. U. B. (1995). <italic>The neocapitalist paradigm of discourse in the works of Smith.</italic> (1995.<sup>a</sup> ed.). Panic Button Books.</p>
<p>Drucker, F. (1981). <italic>The neocapitalist paradigm of discourse in the works of Spelling.</italic> (1981.<sup>a</sup> ed.). Loompanics.</p>
<p>Hamburger, U. J. O. (1979). <italic>Deconstructing Realism: The neocapitalist paradigm of discourse, Lacanist obscurity and nationalism.</italic> (1979.<sup>a</sup> ed.). Yale: Yale University Press.</p>
<p>Humphrey, U. H. (1992). <italic>The Dialectic of Society: Cultural subcapitalist theory and the neocapitalist paradigm of discourse.</italic> (1992.<sup>a</sup> ed.). Michigan: University of Michigan Press.</p>
<p>Porter, W. (1988). <italic>The neocapitalist paradigm of discourse in the works of Fellini.</italic> (1988.<sup>a</sup> ed.). Oxford University Press.</p>
<p>Von Junz, B. (1973). <italic>Narratives of Fatal flaw: The neocapitalist paradigm of discourse in the works of Cage.</italic> (1973.<sup>a</sup> ed.). Oxford University.</p>
<p>Final notes</p>
<p>
<italic>The essay you have just seen is completely meaningless and was randomly generated by the Postmodernism Generator. To generate another essay, follow </italic>
<ext-link>this link</ext-link>
<italic>. If you liked this particular essay and would like to return to it, follow </italic>
<ext-link>this link</ext-link>
<italic> for a bookmarkable page. </italic>
</p>
<p>
<italic>The Postmodernism Generator was written by </italic>
<ext-link>Andrew C. Bulhak</ext-link>
<italic> using the </italic>
<ext-link>Dada Engine</ext-link>
<italic>, a system for generating random text from recursive grammars, and modified very slightly by </italic>
<ext-link>Josh Larios</ext-link>
<italic> (this version, anyway. There are others out there). </italic>
</p>
</body>
<back/>
</article>
Descargar: https://gist.github.com/marcbria/31f1466fe8872653580b301693c9c767
[A1] OJS 3 core: OJS (sin módulos) permite que los/las autores/as entreguen en cualquier formato (DOCX, ODT, JATS, LaTeX…). La herramienta contempla documentos asociados y versionado.
>> PKP | Activo (estable)
[A2] OJS3-plugin ~ fidusWriter: integra fidusWriter para que los autores entreguen originales en JATS.
>> PKP + fidusWriter | Activo (beta)
Herramientas de conversión masiva (externas a OJS):
[B1] myTypeset: Python. Convierte de DOCX a NLM/JATS-XML.
>> M.P. Eve, PKP, UH… | Activo (estable)
[B2] Pandoc: Haskell. Conversión universal. Ajustar la herramienta requiere trabajo.
>> MacFarlane (et. al.) | Activo (estable)
[B3] DOCX2JATS:: Java. Convierte de DOCX a NLM/JATS-XML.
>> Vitaliy (PKP) | Abandonado
[B7] docxToJats: PHP. Evolución de DOCX2JATS [B3]. Convierte de DOCX to JATS-XML.
>> Vitaliy (PKP) | Activo (beta)
[B5] PeerJ JATS conversion: Compilado de scripts, XSLs y esquemas útiles para que programadores los usen par a crear programas que trabajen con JATS.
>> PeerJ | Abandonado
Herramientas de conversión integradas en OJS:
[B4] OJS3 plugin ~ JatsFrontPuller: genera la sección <front> de un JATS basada en los metadatos de OJS. El autor dice que "ya no es necesário" pq la funcionalidad se incluye en el módulo ojs3-markup.
>> ajnyga (PKP) | Abandonado
[B6] OJS3 plugin ~ docxConverter: Transforma un docx (Word, libre/openOffice o googleDocs) a JATS. Se integra a la perfección con OJS. Todavía no implementa figuras ni referencias.
>> Vitaliy (PKP) | Activo (beta)
[Z1b] OJS3 plugin ~ ojs3-markup: Herramienta compuesta de dos partes (cliente-servidor). Integra el servicio de conversión OTS en OJS.
>> Kassim (PKP) | Activo (rediseño)
[C1] Substance/Texture (aka. LensWriter): "Substance" es un editor de marcas genérico adaptado para trabajar con JATS (esa versión se llama "Texture"). La implementación no está finalizada pero el desarrollo es muy sólido y funciona con las etiquetas más habituales. Se libera en formato escritorio (que solo lee DAR) y formato web (que lee JATS).
>> Substance Consortium | Activo (estable)
[C2] OJS3 plugin ~ texture: integra el editor web de JATS (Texture [C1]) en el circuito de publicación de OJS. Incluido en en la galería de módulos OJS y al activarse incluye un nuevo botón que abre el XML-JATS con texture y guarda los cambios en OJS como una nueva versión. Las imágenes se añaden como documentos dependientes. Es la implementación más usable de las testeadas.
>> Alec & Dulip (PKP-UH) | Activo (estable)
[D1] OJS3 plugin ~ embedGalley: convierte la galerada JATS XML a HTML y lo incrusta en la página de resumen del artíulo. El módulo usa código y XLS de "PeerJ JATS conversión"[B5].
>> Ajnyga (PKP community) | Activo (estable)
[D2] OJS3 plugin ~ OAI JATS: presenta la información del JATX XML en el interfaz OAI-PMH.
>> Alec (PKP) | Activo (estable)
[D3] OJS3 plugin ~ Lens Galley: integra el visor JS de eLife Lens para mostrar el XML-JATS. Aviso: Este módulo colisiona con el módulo Texture.
>> Alec (PKP) | Activo (beta)
[D5] OJS3 plugin ~ lensGalleyBits: (aka. OJS3 Lens-viewer plugin for JATS and BITS) extiende lens para entender BITS. Esta versión es compatible con el módulo texture.
>> Dulip (PKP-UH) | Activo (estable)
[D6] OJS3 plugin ~ jatsTemplate: en caso de no encontrar una versión mejor, el módulo genera un JATS XML básico a partir de los metadatos OJS y del texto completo. Se desarrolló para trabajar con OAI JATS y poder enteregar JATS via OAI cuando un artículo no tiene JATS disponibles.
>> Alec (PKP) | Activo (estable)
[Z1] OTS + ojs3-markup: PKP liberó un desarrollo "cliente-servidor" para cubrir la etapa de CONVERSIÓN.
SciELO Markup:
Convert2XML:
¡VAMOS A JUGAR!
https://www.youtube.com/watch?v=V9BoQ_nn2ek&feature=youtu.be
Nadie puede garantizar que JATS sea el mejor formato para los artículos científicos (¿hype?) pero tampoco se puede ignorar que es la apuesta de las grandes editoriales y de las organizaciones open access.
Optar por un formato extendido es garantía de que no vamos a estar solos/as si en un futuro se opta por otras tecnologías (estar atentos/as a TEI y schema.org)
El marcado en JATS no va a ser trabajo en balde: la web nos ha enseñado que es buena idea separar presentación de contenido y el nuevo formato facilitará la recuperación, la interoperabilidad y el transporte.
OJS3 presenta desarrollos muy avanzados que ofrecen una experiencia de usuario/a muy amigable y robusta.
Estos desarrollos son libres y gratuitos
(sin aranceles ni condiciones de ningún tipo).
Pese a todo, consideramos que no se encuentran suficientemente maduras como para ser usadas en entornos de producción.
Todo apunta a que pronto podremos disponer de un circuito de publicación JATS sobre OJS, por lo que recomendamos migrar a OJS3.
Servei de publicacions de la UAB
PKP's technical committee (at large member)
(CC-by - 2019)