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# System prepended metadata

title: Cycle Bioinformatique par la pratique 2023
tags: [CYCLE de FORMATION]

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###### tags: `CYCLE de FORMATION`
# Cycle Bioinformatique par la pratique 2022

>  [color=red] :arrow_forward: Dernières modifications <a href="#section-web">Préparation site web</a> :arrow_backward: 
 
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[TOC]


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*  Debrief cycle 2022 pour préparation 2023 
    *  Debrief cycle formation 2022 / 2023  
       ven. 14/10/2022 09:30-11:00
       JOUY-MAIAGE-Bat233-SalleFormation / visio
    
*  Fichiers préparation (modules et planning)
    *  https://nextcloud.inrae.fr/s/cwfkrgkz4LYT4KY
    *  https://nextcloud.inrae.fr/s/5EDyzkZ2jRmrnWw
    
* Présents : Olivier R, Ba, Christelle, Sylvain, Sandra, Valentin, Sophie, Hélène, Cyprien, Thomas, Julie, Cédric, Mahendra
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## BILAN 2022


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### Planning des modules 

* **16** modules **différents** proposés, dont 1 “joué” 2 fois et **2** modules **annulés** par manque de participants.


![](https://i.imgur.com/9Va7spL.jpg)

> Cette année aucun report, tous les modules se sont déroulés aux dates prévues.
> Anticpation en proposant les premiers modules du mois de mars en distentiels.
> Beaucoup plus d'annulations en 2022 que d'habitude.


### Taux d'occupation, nombre de jours cumulés...

![](https://hackmd.io/_uploads/BJt2jQEQj.png)

> Au total **37** **formateurs cumulés ** ont été mobilisés, mais **42** étaient prévus initialement (avant annulation).  

### Répartition des INRAE par département

![](https://hackmd.io/_uploads/B1Xt2XEmj.png)


### Comparaison participation avec l'année dernière

![](https://i.imgur.com/jtkd3Do.png)


### Calendrier vacances scolaires premier semestre 2023

![](https://i.imgur.com/jjcFcrk.jpg)

> Eviter le mois de janvier (trop court !) 

### Tour de table par module

> Votre bilan, vos impressions... 

* **20** - 16S : RAS, il marche bien, bcp de demandes (joué 2 fois), à reconduire avec une probable évolution sur la partie FROGS. Parmi les participants, de + en + de junior avec peu de recul, cela se ressent sur les discussions/échanges.
* **12** - Introduction à R : pas de changement à prévoir.
* **14 et 14bis** - Python x2 : nouveau formateur (Thomas Guigou), bons retours, à reconduire dans les même conditions. 
* **25** - Bonnes pratiques : peu de participants. Dommage que cela n'attire pas, faut-il changer le titre, par exemple en mettant git ? Sandra mentionne des personnes intéressées via le PEPI (Karine Badonnel et Anne Gabory). A reconduire en reformulant le titre et la plaquette
* **26** - Shiny : pas de retour d'hébergements ensuite mais ce n'est pas un service affiché par la plateforme. A reconduire sur le même format. Réinsister sur les pré-requis sur R.
* **17** - Initiation à Galaxy : s'est bien passé, certains aimeraient faire des analyses bioinfo mais c'est hors du scope --> le mentionner sur la plaquette.
* **15** - Text-mining : maintenu malgré le faible nb de participants (un collaborateur très motivé), à reconduire
* **19** - 3D : annulé faute de participants. Souhait de le reproposer en ajustant la com ; besoin de modifier le contenu par rapport à alphafold.
* **12bis** - ggplot2 : groupe très hétérogène du fait de la succession immédiate avec l'introduction à R et insister sur le côté initiation. Revoir le titre. Prévoir un exercice pour les plus rapides.
* **23** - RNAseq bioinfo/stat : plutôt bien, le fait d'avoir enlever la partie initiation Galaxy a été positive et a permis de récupérer du temps. A reproposer en l'état. Concernant la partie visualisation, on pourra basculer sur du full webapp pour IGV.
* **16** - RNAseq stat : bons retours, surtour sur le mat&mét, une demande pour avoir de l'aide pour analyser leur données. De légères modif à prévoir pour utiliser tidyverse. En réflexion : prévoir une journée longtemps après en distanciel.
* **8bis** - NGS : prévoir à terme une évolution vers un peu plus de reads longs (mais pas encore de demande). A reproposer.
* **9** - Annotation de génomes : annulé faute de participants. A reproposer tout en le faisant évoluer au vu de la formation EBAI
* **9bis** - Comparaison de génomes : bons retours, le contenu  va évoluer, Hélène aimerait le lier davantage au module annotation.
* **24** - métaG : vérification des pré-requis fastidieux, mais ensuite s'est bien passé. A reconduire en l'état. Gros travail fait sur le jeu de données.


Julie mentionne une formation de Rennes sur l'interprétation des listes de gènes différentiellement exprimés avec GO et réseaux.
Pourrait maturer à moyen terme.

Merci à Christian pour la mise à disposition des postes et pour sa disponibilité. 


![](https://i.imgur.com/gYtdmE5.png)

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## Préparation 2023

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### Nouveaux modules

- :new:  Module avancé R tidyverse [MM, CHA] : sur 2 jours, les vignettes existent, les exos d'application aussi, à prévoir en mai/juin et à tester en interne.
- :-1: Module variant : pas envie de le refaire
- :question: Module Linux et utilisation cluster Migale : des demandes, pourrait se faire en mode capsule vidéo avec Cyprien. A réfléchir. 

        
### Suppression module existant ?
        - aucun 
### Modification modules (durée/contenu/intervenant) :
 
 - [x] Modules 12 et 12bis : soit jouer le module ggplot2 avant l’initiation à R pour être sûr que les apprenants ont un minimum de connaissance de R, soit le jouer plusieurs mois après (par exemple R en mars et ggplot en juin ou septembre).
 - [ ] Module 25 garder le même format mais reformuler 
 - [ ] Module 26 garder le même format ajouter un pre requis !!!
 - [ ] Module 15 revoir la com
 - [ ] Module 19 revoir la com
 - [ ] Module 17 incister dans le titre sur "Initiation à l'outil"
 - [ ] Module 12bis revoir le titre / com "Initiation"
 - [ ] Module 16 ajouter 1 jour en décalé du module et en distanciel ("demande d'échange à distance") ??
 
        
        
### Modules à reconduire
- [x] Module 25 Bonnes pratiques pour une meilleure reproductibilité de ses analyses 
- [x] Module 12 Initiation au langage R 
- [x] Module 12bis Graphiques sous R avec ggplot2 
- [x] Module 20 Analyse de données de métabarcoding 
- [x] Module 24 Analyse de données métagénomiques « shotgun » 
- [x] Module 19 Modélisation in silico de structures 3D de protéines. Prédiction de mutations. Arrimage de ligands. 
- [x] Module 14 Initiation à Python 
- [x] Module 17 Initiation à l’utilisation de Galaxy 
- [x] Module 8bis Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous Galaxy 
- [x] Module 16 Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d'intérêt différentiellement exprimées 
- [x] Module 14bis Python avancé 
- [x] Module 23 Analyse Traitement bioinformatique et analyse différentielle de données d'expression RNA-seq sous Galaxy 
- [x] Module 9 Annotation automatique de génomes bactériens 
- [x] Module 9bis Comparaison de génomes microbiens 
- [x] Module 26 Développement d'une application avec R Shiny 
- [x] Module 15 - Introduction au text-mining avec AlvisNLP 



### A venir 

Nous demanderons aux "référents" de : 
* remplir les 2 fichiers : [**planning**](https://nextcloud.inrae.fr/s/5EDyzkZ2jRmrnWw) et information [**module**](https://nextcloud.inrae.fr/s/cwfkrgkz4LYT4KY)
    * - bloquer les dates
    * - valider les plaquettes


Merci à tous


<div id="section-web"></div>

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## Préparation site web :arrow_backward: 
> [color=red] [time=Fri, Dec 16, 2022 3:13 PM]

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#### Planning 
Ouverture ce jour : 
> [time=Thu, Jan 5, 2023 12:28 PM]
![](https://i.imgur.com/FsNM5JK.png)


#### Plaquettes 

https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module12.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module16.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module26.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module8bis.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module25.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module17.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module24.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module14.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module14bis.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module15.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module19.pdf (Gwen)
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module20.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module9bis.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module9.pdf
https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module12bis.pdf

https://migale.inrae.fr/sites/default/files/formation/2023/module12ter.pdf


