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# System prepended metadata

title: DNA mimic protein project

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# DNA mimic protein project

P56 跟其他比較不一樣

HI1450 跟 SeUGI 還有一點相似

想要研究 DNA micmic proteins (DMP)

1. 目前主要是細菌和病毒裡面
2. 目前大概已經找到20幾個
3. 目前可以先從小的蛋白質做搜尋，因為大的蛋白質裡面可能也會有部分的片段有 DNA mimic protein 的效果

(DNA擬態蛋白，具有跟 DNA 類似的性質，取帶 DNA 跟 DNA-binding protein 結合)

這種蛋白質會擬態成 DNA，使一些蛋白的功能失效

![](https://i.imgur.com/kFPZUGq.png)

![](https://i.imgur.com/GfhpiJc.png)

## 蛋白質如何假裝成 DNA 呢？

仔細看磷酸根(帶負電 ASP, GLU 帶負電)

DNA 擬態蛋白利用帶負電的胺基酸假裝是 DNA 的磷酸根

![](https://i.imgur.com/GgJru1r.png)


![](https://i.imgur.com/WHQcKHf.png)


## DNA 擬態蛋白質的特色

1. 15~20% 的帶負電胺基酸(至少25%)
2. 分子量偏小
3. 表面有類似 DNA 的形狀

![](https://i.imgur.com/Wu2ANIL.png)

![](https://i.imgur.com/glM7tbg.png)

即使是跟同一個 DNA-binding protein 結合，擬態蛋白的結構也可以長得天差地遠

## 生物資訊的作法

![](https://i.imgur.com/H9g378i.png)

1. 找規則
2. 去 pdb 撈可能的 DNA 擬態蛋白候選清單
3. 找相關論文確定是否能 binding，若找不到要自己去細胞裡面找找看有沒有能 biding 的

![](https://i.imgur.com/DpR21v5.png)


![](https://i.imgur.com/PnXqmGJ.png)


![](https://i.imgur.com/Pizcm4h.png)

![](https://i.imgur.com/5u5kEUg.png)


![](https://i.imgur.com/AZgFRIs.png)

![](https://i.imgur.com/eeYfFqJ.png)



## 胺基酸特性

20種胺基酸

+ 親水性胺基酸: Q, E, N, H, D
+ 帶正電胺基酸: 
+ 帶負電胺基酸: D, E

## SAUGI, UGI, VPR, P56

UDG 是 Binding partner

找指紋

![](https://i.imgur.com/bjChmwR.png)


## 實用連結 

1. [PDB 格式說明](https://jerkwin.github.io/2015/06/05/PDB%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E8%AF%B4%E6%98%8E/)
2. [AlphaFold2 論文精讀](https://www.youtube.com/watch?v=Oy3OCoGUr-w)
3. [Pymol for beginner](https://www.youtube.com/watch?v=nFY3EjBNPBQ)


吃細菌的病毒 偏小的蛋白質

## pdb 常用指令

選擇 ASP 與 GLU
```
select aas, resn ASP+GLU
```


## 9/5

+ Threshold 的參數應該要固定
+ 分群
+ D/E-rich repeat 很可能是 DNA mimic protein 
+ Bipartite matching 可能只是一個分數、可能還要有別的比較方法

## 2/8


![](https://i.imgur.com/MX4rg1d.png)

![](https://i.imgur.com/lVWpSjU.png)

![](https://i.imgur.com/BHb1Be7.png)

![](https://i.imgur.com/V18rfb1.png)
