# Structure tensor analysis

Vamos a hacer un ejemplo de juguete. Usaré una imagen con una textura claramente coherente.

## Usando StructureJ
Disponible [aquí](http://bigwww.epfl.ch/demo/orientation/).

Una vez instalado y reiniciado Fiji, aparece en el menú `Plugins`. Usaré `Vector Field`


Un histograma veloz en matlab me deja ver que existen orientaciones a +90 y -90 grados. Nada mal!

Qué pasa con otra textura?

Uy, qué bien!

## Datos de verdad

Usaré una excelente inmuno de Pau con MBP en verde y neurofilamentos en rojo.

Primero separo los canales.


Trabajaré con neurofilamentos (rojo), porque quiero ver qué filtros hay que ponerle antes de calcular el tensor de estructura, pero antes haré un crop para ver solo una sección. Lo selecciono y lo duplico (clic derecho).


Veamos cómo se porta así a la brava.

Meh, parece hay dos problemas. Primero, que la ventana para hacer el tensor es demasiado chiquita, y la otra es que tal vez debo primero darle una filtrada a la imagen.

Vemos con otros parámetros de ventana para el tensor:


Bastante mejor. Pero vamos a filtrar la imagen y vemos qué tal.

## Remove background


## Tubeness


## bandpass filter


Hasta eso se ven bastante similares entre cualquera de los filtros.

:construction_worker: Falta mejorar el filtro, y establecer los parámetros del structure tensor. Pero ahí va la cosa.

El de mielina está bien chido.