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# System prepended metadata

title: 'Seminario: Alineamiento de secuencias'
tags: [Estudiantes, UAX]

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###### tags: `UAX` `Estudiantes`
# Seminario: Alineamiento de secuencias 
 <font color = 'gray'>
    <p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>
   <font color = 'gray'>
    <p style="text-align:right;">Basada en práctica de COMAV Bioinformatics. </font>  

## Alineamientos múltiples de proteínas. 

:::info
:memo: Los resultados debes entregarlos como una TAREA en el aula virtual. 
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## Necesitarás los siguientes ficheros:
1. Fraxatina mamíferos. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/1ncU2qu2a6S_NxHEikutx45R53Upp_thq/view?usp=sharing).
2. Fraxatina mamíferos cercanos. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/13r47dTxNS7D5dnpNu4h09AO5XJKuVps-/view?usp=sharing). 
3. Fraxatina no relacionados. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/1v6sFIZyg6M7ba0gkbNVcMwQxApVQkLWA/view?usp=sharing). 
4. Secuencia nucléotidos gen CT099 de *Lycopersicon pimpinellifolium*. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/19TtwdcXhGoO_MsyDVAPQHZojgBIOCtIm/view?usp=sharing). 


## ClustalOmega para alinear proteínas. 
1. Usaremos los servidores de EBI para [ClustalOmega](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/). 

:::warning
Tenemos otras opciones para realizar alineamientos múltiples:
* [MUSCLE.](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/) Servidor EBI. 
* [MAFFT](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/). Servidor EBI. 
* ClustalOmega. [Servidor Galaxy](https://galaxy.pasteur.fr/?tool_id=toolshed.pasteur.fr%2Frepos%2Frplanel%2Fclustalw%2Fclustalw%2F2.1&version=2.1&__identifer=g51pj50uurf).
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2. Para visualizar los resultados ve a "Results viewer" Y usa MView en la misma web. ([Manual de MView](https://desmid.github.io/mview/manual/manual.html))
3. Dudas ... consulta el [manual](https://www.ebi.ac.uk/seqdb/confluence/display/JDSAT/Clustal+Omega+Help+and+Documentation) :wink:
4. Recuerda *"The default settings will fulfill the needs of most users."*

### Alineamiento de Proteínas:
* Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina mamíferos.
* Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina mamíferos cercanos. 
* Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina no relacionados. 

:::info
Compara los tres alineamientos:
- En el alineamiento de mamíferos. ¿El porcentaje de identidad (pid) de la secuencia de humanos, ¿Con qué se está comparando? ¿Qué valor tiene? 
- En el alineamiento de mamíferos relacionados. ¿El porcentaje de identidad (pid) de la secuencia de humanos, ¿Con qué se está comparando? ¿Qué valor tiene? ¿y el de Macaco?
- En el alineaminto de "no relacionados" ¿Cómo es el coverage (cov) y el porcentaje de identidad (pid)? ¿Tiene sentido?
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### Alineamiento de secuencias: 

* El Clustal también nos permite alinear secuencias de ADN, lo cual es útil tanto para detección de SNPs o mutaciones y estudios filogenéticos. 
* Vamos a buscar SNPs en del gen CT099 de *Lycopersicon pimpinellifolium*, para ello vamos a utilizar las secuencias de varios individuos de esta especie. 
* Alinear las secuencias del fichero seq_dna.fasta e identificar los cambios presentes en las secuencias.

:::info
Haz un print de pantalla indicando los cambios que observes. 
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<p align="right">
    <img src="https://i.imgur.com/zoLqVfj.png" width=20% height=20%>
</p>