Seminario: Alineamiento de secuencias

###### tags: `UAX` `Estudiantes` # Seminario: Alineamiento de secuencias Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano Basada en práctica de COMAV Bioinformatics. ## Alineamientos múltiples de proteínas. :::info :memo: Los resultados debes entregarlos como una TAREA en el aula virtual. ::: ## Necesitarás los siguientes ficheros: 1. Fraxatina mamíferos. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/1ncU2qu2a6S_NxHEikutx45R53Upp_thq/view?usp=sharing). 2. Fraxatina mamíferos cercanos. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/13r47dTxNS7D5dnpNu4h09AO5XJKuVps-/view?usp=sharing). 3. Fraxatina no relacionados. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/1v6sFIZyg6M7ba0gkbNVcMwQxApVQkLWA/view?usp=sharing). 4. Secuencia nucléotidos gen CT099 de *Lycopersicon pimpinellifolium*. [Descargar](https://drive.google.com/file/d/19TtwdcXhGoO_MsyDVAPQHZojgBIOCtIm/view?usp=sharing). ## ClustalOmega para alinear proteínas. 1. Usaremos los servidores de EBI para [ClustalOmega](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/). :::warning Tenemos otras opciones para realizar alineamientos múltiples: * [MUSCLE.](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/) Servidor EBI. * [MAFFT](https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/). Servidor EBI. * ClustalOmega. [Servidor Galaxy](https://galaxy.pasteur.fr/?tool_id=toolshed.pasteur.fr%2Frepos%2Frplanel%2Fclustalw%2Fclustalw%2F2.1&version=2.1&__identifer=g51pj50uurf). ::: 2. Para visualizar los resultados ve a "Results viewer" Y usa MView en la misma web. ([Manual de MView](https://desmid.github.io/mview/manual/manual.html)) 3. Dudas ... consulta el [manual](https://www.ebi.ac.uk/seqdb/confluence/display/JDSAT/Clustal+Omega+Help+and+Documentation) :wink: 4. Recuerda *"The default settings will fulfill the needs of most users."* ### Alineamiento de Proteínas: * Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina mamíferos. * Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina mamíferos cercanos. * Realiza el alineamiento de proteínas de del fichero Fraxatina no relacionados. :::info Compara los tres alineamientos: - En el alineamiento de mamíferos. ¿El porcentaje de identidad (pid) de la secuencia de humanos, ¿Con qué se está comparando? ¿Qué valor tiene? - En el alineamiento de mamíferos relacionados. ¿El porcentaje de identidad (pid) de la secuencia de humanos, ¿Con qué se está comparando? ¿Qué valor tiene? ¿y el de Macaco? - En el alineaminto de "no relacionados" ¿Cómo es el coverage (cov) y el porcentaje de identidad (pid)? ¿Tiene sentido? ::: ### Alineamiento de secuencias: * El Clustal también nos permite alinear secuencias de ADN, lo cual es útil tanto para detección de SNPs o mutaciones y estudios filogenéticos. * Vamos a buscar SNPs en del gen CT099 de *Lycopersicon pimpinellifolium*, para ello vamos a utilizar las secuencias de varios individuos de esta especie. * Alinear las secuencias del fichero seq_dna.fasta e identificar los cambios presentes en las secuencias. :::info Haz un print de pantalla indicando los cambios que observes. ::: --- <img src="https://i.imgur.com/zoLqVfj.png" width=20% height=20%>