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# Taller Análisis de Expresión génica con microarrays. Parte II: Análisis de enriquecimiento funcional
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<p style="text-align:right;">Prof.: Laura J. Marcos-Zambrano </font>


## GO enrichment analysis:

**1. Datos a utilizar:**
* Resultados del Parte I del Taller:
- Listado de genes [UP](https://drive.google.com/file/d/1EtY4IYd0aHF3HtDtakH9gLU_YZX1QJsa/view?usp=sharing) regulated en medio de cultivo SCGM.
- Listado de genes [Down](https://drive.google.com/file/d/1GRZXYEpZAf_pSPeyvmA4KAzShZ99Vfx5/view?usp=sharing) Regulated en medio de cultivo SCGM.

**2. Aplicación web [ShinyGO](http://bioinformatics.sdstate.edu/go/).**

## Tutorial

Pegar la lista de genes Sobreexpresados en la Caja de ShinyGo, dejar seleccionado "Human" como especie y hacer click en Submit. Repetir con la lista de genes infraregulados.


## Términos Clave
**Enrichment FDR (False Discovery Rate):** Es el valor ajustado que mide la significancia estadística del enriquecimiento de una vía. Valores pequeños indican que es menos probable que el resultado sea un falso positivo.
Ejemplo: Un FDR de 4.5E-08 significa una alta significancia estadística.

**nGenes:** Número de genes en tu lista que están asociados con esa vía específica. Ejemplo: Para la vía "Metabolic pathways", 182 genes de los infraregulados están asociados.

**Pathway Genes:** Número total de genes conocidos asociados con esa vía en la base de datos usada (por ejemplo, KEGG).
Ejemplo: "Metabolic pathways" tiene 1538 genes conocidos en la base de datos.

**Fold Enrichment:** Es la proporción entre la cantidad observada de genes en tu lista para una vía y la cantidad esperada si fuera al azar. Un valor mayor a 1 indica un enriquecimiento. Ejemplo: En la vía "Human papillomavirus infection" (infraregulados), el valor es 2.5, indicando que la representación es 2.5 veces mayor que lo esperado por azar.

**Pathways:** El nombre de la ruta metabólica, señalización, o proceso biológico asociado.

## Ejercicio

- Ejecuta un enriquecimiento de los genes up regulated y downregulated.
- Observa las vías enriquecidas en cada caso y los diferentes tipos de visualizaciones que ofrece la web: Diagramas, redes y vías metabólicas.
- Responde las siguientes preguntas:
1. ¿Por qué las rutas metabólicas (*Metabolic pathways*) están significativamente enriquecidas en los genes infraregulados?
2. Relaciona las rutas del ciclo celular (*Cell cycle*) y ubiquitina (*Ubiquitin mediated proteolysis*)con el impacto funcional de los genes sobreexpresados.
3. ¿Qué conexiones biológicas puedes inferir entre las rutas comunes (Ejemplo: "*Pathways in cancer*") en ambas listas?