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# System prepended metadata

title: Subir datos a ENA
tags: [How-to]

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# Subir datos a ENA
###### tags: `How-to`

Login en ENA Webin Submission [portal](https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/). 

User: Webin-64084



### 1. Crear un proyecto 

Register Study - añadir la info, luego se puede modificar en Study reports so Don't panic. 

### 2. Subir información de las muestras - Spreadsheet to register samples

Descargar los template [aqui.](https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/app-checklist/sample/true) 

He usado el ENA default sample checklist en "otros" añadiendo como extra *Host, Collection date e isolation source.*

Para muestras de metagenoma los códigos del NCBI son:

* **Tax id:** 408170
* **Scientific name:** Human gut metagenome 

### 3. Subir raw data

**Opción:** Usando File uploader.
* Descargar file uploader. 
* Introducir User name y password. (ojo W en mayuscula) 
* Ir a la carpeta y subir todo. 
* Más info [aquí.](https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/fileprep/upload.html#using-webin-file-uploader)

> A mí me dio muchos problemas el servidor para los datos de AI4Food. Saltaba un error de conexión al servidor, parece un fallo en usuario/contraseña pero es por algo del firewall... La solución que encontré fue hacerlo desde Windows en el portátil, **enchufada por cable** a la red de IMDEA y con **FileZilla** ([instrucciones](https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/submit/fileprep/upload.html#using-filezilla-on-windows))

#### Crear documento para muestras - Template for read submission

Descargar el archivo [aquí.](https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/read-submission) yo subí los fastq

* **Sample y Study:** Descargar Webin accesion de las muestras subidas. O el Report que se genera en el portal. 
* **Intrument model:** NovaSeq (En el caso de 16S Novogene)
* **Library name:** Aquí no sabía bien que poner y puse las regiones secuenciadas. *V3-V4_16SrRNA*
* **Library source:** Metagenomic 
* **Library selection:** PCR
* **Library strategy:** Amplicon 
* **Forward and reverse name y md5**


> Obtener el md5 de cada read. 
```bash=1
md5sum *1.fq.gz >  hashList_F.txt
md5sum *2.fq.gz >  hashList_R.txt
```

:eyes: Primero se sube el raw data y luego el Template for read submission. 

